View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13181_low_3 (Length: 689)

Name: NF13181_low_3
Description: NF13181
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13181_low_3
NF13181_low_3
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (9-523)||(48043227-48043734)
chr1 (151-401)||(48056587-48056836)
chr1 (297-518)||(48051481-48051701)
chr1 (152-332)||(48051312-48051480)
chr1 (160-354)||(48037329-48037528)
chr1 (608-670)||(48043874-48043936)
chr1 (173-307)||(48045200-48045331)
chr1 (9-90)||(48051132-48051209)
chr1 (434-511)||(48056891-48056968)
chr1 (455-522)||(48045485-48045552)
chr1 (568-606)||(48043794-48043832)
chr1 (9-88)||(48056456-48056532)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 523
Target Start/End: Original strand, 48043227 - 48043734
Alignment:
Q  9 gaagaatattgtgaacctgtatggtaggtaaataagtataatactctctttgatacctttgttggtaaacctagttatcacaggctatcagattggattt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  48043227 gaagaatattgtgaacctgtatggtaggtaaataagtataatactctctttgatacctttgttggtaaacctagttattacaagctatcagattggattt 48043326  T
Q  109 aaagccagtcaaatatggaaaagaaaaactagtagtatgatacaccaatatcatcccttcgatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatag 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48043327 aaagccagtcaaatatggaaaagaaaaactagtagtatgatacaccaatatcatcccttcaatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatag 48043426  T
Q  209 attcatatggcagaagttgagagcttcagttgtttgctttagaatgttttacaaaccgacaaattactgagtcaatgttgttggagtttttacatgagat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48043427 attcatatggcagaagttgagagcttcagttgtttgctttagaatgttttacaaaccgacaaattactgagtcaatgttgttggagtttttacatgagat 48043526  T
Q  309 catgatgtaacaaacttccctcccattgattgatttcagtcccctgctcatgtgaaacaacatcatatgaatggaaagtacgagcacatcctgnnnnnnn 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||           
T  48043527 catgatgtaacaaacttccctcccattgattgatttcagtcccctgctcatgtgaaacaacatcatatgaatg--------gagcacatcctgaaaaaaa 48043618  T
Q  409 gcaaattttttgaaatcaaaggatcacacactacttaaatcttttttgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttgtcaatcttatt-acctagaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48043619 gcaaattttttgaaatcaaaggatcacacactacttaaatcttttttgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttgtcaatcttattaacctagaa 48043718  T
Q  508 ccagcagtggaatccc 523  Q
    ||||||||||||||||    
T  48043719 ccagcagtggaatccc 48043734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 151 - 401
Target Start/End: Original strand, 48056587 - 48056836
Alignment:
Q  151 caccaatatcatcccttcgatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatagattcatatggcagaagttgagagcttcagttgtttgctttag 250  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  48056587 caccaatatcatcccttcaatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatagaatcctagggcagaagttgagagcttcagttctttgcgttag 48056686  T
Q  251 aatgttttacaaaccgacaaattactgagtcaatgttgttggagtttttacatgagatcatgatgtaacaaacttccctcccattgattgatttcagtcc 350  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||||     
T  48056687 aatgttttacaaaccaacaaataactgagtcgatgttggtggagtttttacttgagatcatgatgcaacaaacttctctctcatttattgatttcagtct 48056786  T
Q  351 cctgctcatgtgaaacaacatcatatgaatggaaagtacgagcacatcctg 401  Q
    || |  || |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  48056787 ccagtgcacgtgaaacaacatca-atgaaaggaaagtacaagcacatcctg 48056836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 297 - 518
Target Start/End: Original strand, 48051481 - 48051701
Alignment:
Q  297 tttacatgagatcatgatgtaacaaacttccctcccattgattgatttcagtcccctgctcatgtgaaacaacatcatatgaatggaaagtacgagcaca 396  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||||    
T  48051481 tttacacgagatcatgatgtaacaaacttccttcccatatattgatttcagtcccctgcacatgtgaaacaacatcatatgaaaggcaagtacggacaca 48051580  T
Q  397 tcctgnnnnnnngcaaattttttgaaatcaaaggatcacacactacttaaatcttttttgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttgtcaatctt 496  Q
    |||||       || ||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48051581 tcctgattaaaagctaaaattt-gaaatcataggatcacacactacttaaaccttttctgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttatcaatctt 48051679  T
Q  497 attacctagaaccagcagtgga 518  Q
     |||| ||||||||||||||||    
T  48051680 gttacttagaaccagcagtgga 48051701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 152 - 332
Target Start/End: Original strand, 48051312 - 48051480
Alignment:
Q  152 accaatatcatcccttcgatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatagattcatatggcagaagttgagagcttcagttgtttgctttaga 251  Q
    ||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48051312 accaacatcatctcttcaaagaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaattgattcatatggcaagagttgagagcttcaattgtttgctttaga 48051411  T
Q  252 atgttttacaaaccgacaaattactgagtcaatgttgttggagtttttacatgagatcatgatgtaacaaacttccctccc 332  Q
    |||||||            || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48051412 atgtttt------------ataactgagtccatgttgttggagtttttacacgagatcatgatgtaacaaacttccctccc 48051480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 160 - 354
Target Start/End: Original strand, 48037329 - 48037528
Alignment:
Q  160 catcccttcgatgaccttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatagattcatatggcagaag-ttgagagcttcagttgtttgctttagaatgtttt 258  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| |||    
T  48037329 catccctaccatgacattgatatcagtctgcaatgcaacattcaaatagattcacagggcagaagtttgagagcttaagttctttgctttagaatgcttt 48037428  T
Q  259 acaaaccgacaaattactgagtc----aatgttgttggagtttttacatgagatcatgatgtaacaaacttccctcccattgattgatttcagtcccctg 354  Q
    ||||| | || ||| ||||||||    ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  48037429 acaaatcaactaataactgagtcaattaatgttggtgaagtttttacatgagatcatgaagcaacaaacttctctttcattgatggattccagtcccctg 48037528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 608 - 670
Target Start/End: Original strand, 48043874 - 48043936
Alignment:
Q  608 aagtcatggagttcacttcttgaagcaggtaaattctcataagcggctgcatcaacatcatac 670  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48043874 aagtcatggagttcacttcttgaagcaggtaaattctcataagcggctgcatcaacatcatac 48043936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 173 - 307
Target Start/End: Original strand, 48045200 - 48045331
Alignment:
Q  173 accttgatatcagtctgcaatgtaacattcaaatagattcatatggcagaagttgagagcttcagttgtttgctttag---aatgttttacaaaccgaca 269  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||      |||| ||||||||||   ||||||||||||| | ||     
T  48045200 accttgatatcaatctgcaatgcaacattcaaatagattcatagggcaggagttgag------agttctttgctttagaaaaatgttttacaaagcaacg 48045293  T
Q  270 aattactgagtcaatgttgttggagtttttacatgaga 307  Q
     || |||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  48045294 cataactgagccaatgttggtgtagtttttacatgaga 48045331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 9 - 90
Target Start/End: Original strand, 48051132 - 48051209
Alignment:
Q  9 gaagaatattgtgaacctgtatggtaggtaaataagtataatactctctttgatacctttgttggtaaacctagttatcaca 90  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  48051132 gaagaatgttgtgaacctgaatggta----aataagtataatactctctttgatacctttgttggtaaaccaagctatcaca 48051209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 434 - 511
Target Start/End: Original strand, 48056891 - 48056968
Alignment:
Q  434 acacactacttaaatcttttttgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttgtcaatcttattacctagaaccag 511  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48056891 acacagtacttacatcttttctgtcgtgtcttgcttagacaaagcaccaggtttgtcaatcttattaccaagaaccag 48056968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 455 - 522
Target Start/End: Original strand, 48045485 - 48045552
Alignment:
Q  455 tgtcaggtcttgcttagacaaatccccaggtttgtcaatcttattacctagaaccagcagtggaatcc 522  Q
    |||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||    
T  48045485 tgtcgggtcttgcttagacaaattgtcaggtttgtcaattttattacctaaaaccagcaattgaatcc 48045552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 568 - 606
Target Start/End: Original strand, 48043794 - 48043832
Alignment:
Q  568 ggaattgaatctgagatcacccttatcactccattcttt 606  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48043794 ggaatcgaatctgagatcacccttatcactccattcttt 48043832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 88
Target Start/End: Original strand, 48056456 - 48056532
Alignment:
Q  9 gaagaatattgtgaacctgtatggtaggtaaataagtataatactctctttgatacctttgttggtaaacctagttatca 88  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||  ||| |||||| |   |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  48056456 gaagaatattgtgaatctgaatggtatataagtaagtaga---ctctctttgatacctttgatggtaaaccaagttatca 48056532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University