View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13182_low_3 (Length: 702)

Name: NF13182_low_3
Description: NF13182
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13182_low_3
NF13182_low_3
[»] chr7 (28 HSPs)
chr7 (16-418)||(21689767-21690169)
chr7 (501-692)||(21690252-21690443)
chr7 (19-171)||(21682007-21682159)
chr7 (23-230)||(21664468-21664675)
chr7 (19-234)||(21714540-21714758)
chr7 (27-164)||(21628493-21628630)
chr7 (19-234)||(21772318-21772536)
chr7 (22-171)||(21785766-21785915)
chr7 (19-234)||(21788586-21788801)
chr7 (19-161)||(21992539-21992681)
chr7 (36-169)||(21726270-21726403)
chr7 (36-152)||(15713991-15714107)
chr7 (57-169)||(21792385-21792497)
chr7 (23-170)||(21807802-21807949)
chr7 (19-152)||(21623550-21623683)
chr7 (36-161)||(21705011-21705136)
chr7 (38-161)||(21764420-21764540)
chr7 (60-153)||(21745924-21746017)
chr7 (19-171)||(21647104-21647256)
chr7 (63-144)||(21652461-21652542)
chr7 (106-161)||(21656895-21656950)
chr7 (280-393)||(21664695-21664808)
chr7 (289-349)||(21652766-21652826)
chr7 (265-381)||(21788811-21788927)
chr7 (280-382)||(21705210-21705312)
chr7 (268-335)||(21746084-21746154)
chr7 (286-349)||(21764629-21764692)
chr7 (313-349)||(21992767-21992803)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (36-169)||(25747-25880)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (582-664)||(8369732-8369813)
chr4 (586-661)||(8397941-8398016)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (663-692)||(22191044-22191073)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 28)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 418
Target Start/End: Original strand, 21689767 - 21690169
Alignment:
Q  16 tgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgag 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21689767 tgttgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatgaagtactcgag 21689866  T
Q  116 ctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttccttgagtgtctctgggccagaccaggtaagtcacagccagagaagg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21689867 ctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcacgacgaatttcctcgagtgtctctgggccagaccaggtaagtcacagccagagaagg 21689966  T
Q  216 agaaagacgtggttccaaatgagtcacagttagcgaaggaggatgacgaagaaggacaacacaatgtatcaataccaaatgaatcacattcgaagacacc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21689967 agaaagacgtggttccaaatgagtcacagttagagaaggaggatgacgaagaaggacaacacaatgtatcaataccaaatgaatcacattcgaagacacc 21690066  T
Q  316 cactcatcttcttgatcttcagcacaaaatcatcgccacggcatctaaacccaaggtaaaatagaatctattaacaattaacaatatataaaaatcgtag 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21690067 cactcatcttcttgatcttcagcacaaaatgatcgccacggcatctaaacccaaggtaaaatagaatctattaacaattaacaatatataaaaatcgtag 21690166  T
Q  416 tcc 418  Q
    |||    
T  21690167 tcc 21690169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 501 - 692
Target Start/End: Original strand, 21690252 - 21690443
Alignment:
Q  501 ctaatttgtggcttaattataacaaaaataatttattatcctctcttatgccttaaatatagaaaaaatagnnnnnnnnaacctttcttatgtcatggat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||    
T  21690252 ctaatttgtggcttaattataacaaaaataatttattatcctctcttatgccttaaatatagaaaaaatagttttttttaacctttcttatgtcatggat 21690351  T
Q  601 ttaggaaaacagtttattcttatatctattaatattttaatctaactagtttacatataaaataggctaaactacacttttcgtcccctatg 692  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21690352 ttaggaaaacagtttattcttatatctattaatattttaatctaactagtttacatataaaataggctaaactacacttttcgtcccctatg 21690443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 171
Target Start/End: Original strand, 21682007 - 21682159
Alignment:
Q  19 tgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagcta 118  Q
    |||||||||||  ||| || |||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21682007 tgaaccagggcacatgaatgttaaggttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttatcaagtactcaagcta 21682106  T
Q  119 ttgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcct 171  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  21682107 ttgtggaaagatagcaatgagagtgaattgataaaaattatgacgaatttcct 21682159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 230
Target Start/End: Original strand, 21664468 - 21664675
Alignment:
Q  23 ccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgt 122  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  21664468 ccagagcctatggatattaaggttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaactaccttatcaagtactcaagctattgt 21664567  T
Q  123 ggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttccttgagtgtctctgggccagaccaggtaagtcacagccagagaaggagaaaga 222  Q
    |||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||| |  | | | | | ||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||| | |    
T  21664568 ggaaagatgaagacaagagtggattgatagaaagcatcatgaatttcttcaaatatattttggcaagaccaggtgagtcgcagtcagagaaggagataca 21664667  T
Q  223 cgtggttc 230  Q
    ||||||||    
T  21664668 cgtggttc 21664675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 234
Target Start/End: Original strand, 21714540 - 21714758
Alignment:
Q  19 tgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagcta 118  Q
    |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||| | | |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21714540 tgaaccagggcaaatgaatatcaaggttgatcaacttgttcttgtaatgatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttatcaagtactcaagcta 21714639  T
Q  119 ttgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttccttgagtgtc-tc--tgggccagaccaggtaagtcacagccagagaagg 215  Q
    |||||||||||| |  || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  |||| ||  ||||||| ||||| | |||||||| ||||||||     
T  21714640 ttgtggaaagatgaagaccagagtggattgataaaaagcatgatgaatttcctcgcctgtcatcattgggccacaccagatgagtcacagtcagagaaga 21714739  T
Q  216 agaaagacgtggttccaaa 234  Q
    |||| ||| ||||||||||    
T  21714740 agaaggacatggttccaaa 21714758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 27 - 164
Target Start/End: Original strand, 21628493 - 21628630
Alignment:
Q  27 ggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaa 126  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  21628493 ggcctatggatattaagcttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttatgaagtactcaagctattgtggaa 21628592  T
Q  127 agataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacga 164  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  21628593 agataacaatgagaatgaattgataaaatgcatgacga 21628630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 234
Target Start/End: Original strand, 21772318 - 21772536
Alignment:
Q  19 tgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagcta 118  Q
    ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21772318 tgaaccatggcacatgaatattaaggttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttatcaagtactcaagcta 21772417  T
Q  119 ttgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttccttgagtgtc-tc--tgggccagaccaggtaagtcacagccagagaagg 215  Q
    |||||||||||| |  || ||||||  |||||| ||||||||| ||||||||| || |||| ||  ||||||| ||||| | |||||||| ||| ||||     
T  21772418 ttgtggaaagatgaagacgagagtggcttgatagaaagcatgatgaatttcctcgactgtcatcattgggccacaccagatgagtcacagtcagggaaga 21772517  T
Q  216 agaaagacgtggttccaaa 234  Q
    |||| ||| ||||||||||    
T  21772518 agaaggacatggttccaaa 21772536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 171
Target Start/End: Original strand, 21785766 - 21785915
Alignment:
Q  22 accagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattg 121  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||    
T  21785766 accagggcaaatgaatattaaggttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttatgaagtcctcaaactattg 21785865  T
Q  122 tggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcct 171  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21785866 tggaaagatagcgacgagagtgaattgataaaaagcatgaagaatttcct 21785915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 234
Target Start/End: Original strand, 21788586 - 21788801
Alignment:
Q  19 tgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagcta 118  Q
    |||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||||| | | |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||   ||||||| |||||    
T  21788586 tgaacctgggcacatgaatattaaagttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttctgttggagaatcaacttccttacgtagtactcaagcta 21788685  T
Q  119 ttgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttccttgagtgtc-tc--tgggccagaccaggtaagtcacagccagagaagg 215  Q
    ||||||||||||   ||| | |||||||||||||||||||||| || |||||| || |||| ||  ||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  21788686 ttgtggaaagat---aacgatagtgaattgataaaaagcatgatgactttcctcgactgtcatcattgggccacaccagatgagtcacagccagataagg 21788782  T
Q  216 agaaagacgtggttccaaa 234  Q
    |||| ||| ||||||||||    
T  21788783 agaaggacatggttccaaa 21788801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 161
Target Start/End: Original strand, 21992539 - 21992681
Alignment:
Q  19 tgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagcta 118  Q
    |||||| ||||  ||| ||||||| ||||||||||| | | |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||   ||||||| |||||    
T  21992539 tgaacctgggcacatgaatattaaagttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttctgttggagaatcaacttccttacgtagtactcaagcta 21992638  T
Q  119 ttgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatga 161  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  21992639 ttgtggaaagataacaatgagagtgaattgataaaaagcatga 21992681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 36 - 169
Target Start/End: Original strand, 21726270 - 21726403
Alignment:
Q  36 atattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaa 135  Q
    |||||| |||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |  |    
T  21726270 atattagggttgatcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttatcaagtactcaagctattgtggacagatgaaga 21726369  T
Q  136 caagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttc 169  Q
    | |||||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  21726370 cgagagtggattgatagaaagcatgatgaatttc 21726403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 36 - 152
Target Start/End: Original strand, 15713991 - 15714107
Alignment:
Q  36 atattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaa 135  Q
    |||||||| |||||||||| | | |||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15713991 atattaagcttgatcaactggatcttgtgataatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttatgaagtactcaagctattgtggaaagataacaa 15714090  T
Q  136 caagagtgaattgataa 152  Q
    | ||||||| |||||||    
T  15714091 cgagagtgagttgataa 15714107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 57 - 169
Target Start/End: Original strand, 21792385 - 21792497
Alignment:
Q  57 ctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaag 156  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| ||| ||| ||||    
T  21792385 ctattgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaactgccttatgaagtactcaagctattgtggaaagacgacaaccagagtgcattaatagaaag 21792484  T
Q  157 catgacgaatttc 169  Q
    |||||||||||||    
T  21792485 catgacgaatttc 21792497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 21807949 - 21807802
Alignment:
Q  23 ccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgt 122  Q
    ||||||| | ||||||||||| |||||||||| | | || ||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||    
T  21807949 ccagggcatgtggatattaagcttgatcaactggttcttctgataacggatgtgcttttgttggagaatcaactgccttataaagtacttaagctattgt 21807850  T
Q  123 ggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcc 170  Q
    || ||||||||||  || ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  21807849 gggaagataacaatgagggtgaattgataaaaatcatgaggaatttcc 21807802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 152
Target Start/End: Original strand, 21623550 - 21623683
Alignment:
Q  19 tgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagcta 118  Q
    |||||||||||  ||| |||||||| |||||||||    | |||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  21623550 tgaaccagggcagatgaatattaagcttgatcaacggaatcttgtgatgattgatgtggttttgttggagaatcaactgccttatgaagtactcaagcta 21623649  T
Q  119 ttgtggaaagataacaacaagagtgaattgataa 152  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  21623650 ttgtggaaagataacaacgagaatgaattgataa 21623683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 161
Target Start/End: Original strand, 21705011 - 21705136
Alignment:
Q  36 atattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaa 135  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||| |  |    
T  21705011 atattaaggttgatcaactggctcttgtgagggaggatgtgcttttgttggagaatcaactgccttatgaagtactcaagcttttgtggaaagatgaaga 21705110  T
Q  136 caagagtgaattgataaaaagcatga 161  Q
      |||||| ||| |||||||||||||    
T  21705111 tgagagtggattaataaaaagcatga 21705136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 38 - 161
Target Start/End: Original strand, 21764420 - 21764540
Alignment:
Q  38 attaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaaca 137  Q
    |||||||||| |||||| | | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||   || |||     
T  21764420 attaaggttggtcaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaacttccttacgaagtactcaagctattgtggaaa---aataacg 21764516  T
Q  138 agagtgaattgataaaaagcatga 161  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  21764517 agagtgaattgataaaatgcatga 21764540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 60 - 153
Target Start/End: Original strand, 21745924 - 21746017
Alignment:
Q  60 ttgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaa 153  Q
    |||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21745924 ttgtgatgatcgatgtacttttgttggagaatcaactgccttatgaagtactctagctattgtgaaaagataacaacgagagtgaattgataaa 21746017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 171
Target Start/End: Original strand, 21647104 - 21647256
Alignment:
Q  19 tgaaccagggcctatggatattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagcta 118  Q
    |||||||||||  ||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||   ||||||| | |||    
T  21647104 tgaaccagggcagatgaatattaaggttgataaactggttcttgtgatgatggatgtgcttttgttggagaatcaactcccttacatagtactcaaacta 21647203  T
Q  119 ttgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttcct 171  Q
    || | ||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||  ||||||||    
T  21647204 ttattgaaagataacaatgagaatgaattgataaataccatgaaaaatttcct 21647256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 63 - 144
Target Start/End: Original strand, 21652461 - 21652542
Alignment:
Q  63 tgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtga 144  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||| |||||||    
T  21652461 tgatgatggatgtgcttttgttggaaaatcaacttccttatcaagtactcaagcttttgtggaaagacgacaacgagagtga 21652542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 106 - 161
Target Start/End: Original strand, 21656895 - 21656950
Alignment:
Q  106 agtactcgagctattgtggaaagataacaacaagagtgaattgataaaaagcatga 161  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21656895 agtactcaagctattgtggaaagatgacaacaagagtgaattgataaaaagcatga 21656950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 280 - 393
Target Start/End: Original strand, 21664695 - 21664808
Alignment:
Q  280 tgtatcaataccaaatgaatcacattcgaagacacccactcatcttcttgatcttcagcacaaaatcatcgccacggcatctaaacccaaggtaaaatag 379  Q
    ||||||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |  ||  | |||||||||||||||| ||||     
T  21664695 tgtatcaatactaaatgagtcacagctggagacacccactcatcttcttgatcttctgcgtaaaatcaccctcattggatctaaacccaaggtacaataa 21664794  T
Q  380 aatctattaacaat 393  Q
    |||||| |||||||    
T  21664795 aatctactaacaat 21664808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 289 - 349
Target Start/End: Original strand, 21652766 - 21652826
Alignment:
Q  289 accaaatgaatcacattcgaagacacccactcatcttcttgatcttcagcacaaaatcatc 349  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  21652766 accaaatgagtcacagtcaaagacacccactcatcttcttgatcttctgcataaaatcatc 21652826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 265 - 381
Target Start/End: Original strand, 21788811 - 21788927
Alignment:
Q  265 agaaggacaacacaatgtatcaataccaaatgaatcacattcgaagacacccactcatcttcttgatcttcagcacaaaatcatcgccacggcatctaaa 364  Q
    ||||||| |||| | |||||||||| ||||||| || || |   ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||  |||||||     
T  21788811 agaaggagaacatagtgtatcaataacaaatgagtcccagttagagacacccactcatcttcttgatcttcagcgtaaaatcatcctcactacatctaat 21788910  T
Q  365 cccaaggtaaaatagaa 381  Q
     |||||||| |||||||    
T  21788911 tccaaggtacaatagaa 21788927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 280 - 382
Target Start/End: Original strand, 21705210 - 21705312
Alignment:
Q  280 tgtatcaataccaaatgaatcacattcgaagacacccactcatcttcttgatcttcagcacaaaatcatcgccacggcatctaaacccaaggtaaaatag 379  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||  | |||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||  |||  |||||||  |||||||| | |||    
T  21705210 tgtatcaataccaaatgagtcacagtcagaaacacccacacatcttcttgatcttcaacgtaaaatcatcctcaccacatctaattccaaggtacattag 21705309  T
Q  380 aat 382  Q
    |||    
T  21705310 aat 21705312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 268 - 335
Target Start/End: Original strand, 21746084 - 21746154
Alignment:
Q  268 aggacaacacaatgtatcaataccaaatgaatcacattcgaagac---acccactcatcttcttgatcttc 335  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||   |||||||||||||||||||||||    
T  21746084 aggagaacataatgtatcaataacaaatgagtcacattcagagacaatacccactcatcttcttgatcttc 21746154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 286 - 349
Target Start/End: Original strand, 21764629 - 21764692
Alignment:
Q  286 aataccaaatgaatcacattcgaagacacccactcatcttcttgatcttcagcacaaaatcatc 349  Q
    |||| ||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  21764629 aataacaaatgagtcacagtcagagacacccactcatcttctagatcttcagcataaagtcatc 21764692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 313 - 349
Target Start/End: Original strand, 21992767 - 21992803
Alignment:
Q  313 acccactcatcttcttgatcttcagcacaaaatcatc 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  21992767 acccactcatcttcttgatcttcagcgcaacatcatc 21992803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 66; Significance: 8e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 36 - 169
Target Start/End: Original strand, 25747 - 25880
Alignment:
Q  36 atattaaggttgatcaactagctattgtgatggtggatgtgcttttgttagagaatcaacttccttatcaagtactcgagctattgtggaaagataacaa 135  Q
    |||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |  | ||    
T  25747 atattaaggttgatcaactttttcttgtgatggtggatgtggttttgttggaaaatcaacttccttatgaagtactcaagctattgtggaaaaacgagaa 25846  T
Q  136 caagagtgaattgataaaaagcatgacgaatttc 169  Q
      |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  25847 tgagagtgaattgatacaaagcatgacggatttc 25880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 582 - 664
Target Start/End: Original strand, 8369732 - 8369813
Alignment:
Q  582 cctttcttatgtcatggatttaggaaaacagtttattcttatatctattaatattttaatctaactagtttacatataaaata 664  Q
    |||||||| |||||||||||||| | | |||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  8369732 cctttcttttgtcatggatttagaatatcagtttattcttatat-ttttaatctcttaatctaactaatttacatataaaata 8369813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 586 - 661
Target Start/End: Original strand, 8397941 - 8398016
Alignment:
Q  586 tcttatgtcatggatttaggaaaacagtttattcttatatctattaatattttaatctaactagtttacatataaa 661  Q
    |||||||| |||||||||| | |  ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  8397941 tcttatgttatggatttagaacagtagtttattcttctctcttttaatatattaatctaactaatttacatgtaaa 8398016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 663 - 692
Target Start/End: Original strand, 22191044 - 22191073
Alignment:
Q  663 taggctaaactacacttttcgtcccctatg 692  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22191044 taggctaaactacacttttcgtcccctatg 22191073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University