View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF13187_high_10 (Length: 432)
Name: NF13187_high_10
Description: NF13187
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13187_high_10 |
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| [»] chr5 (1 HSPs) |
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| [»] chr6 (2 HSPs) |
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| [»] scaffold0046 (1 HSPs) |
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| [»] chr1 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 29318959 - 29318547
Alignment:
| Q |
15 |
catagggtctgaatggagtgactgcacttgcatgtgtatacttcatttgagagtcatgatcacaatctttactcagctcaattgttgttgnnnnnnnnnc |
114 |
Q |
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| T |
29318959 |
catagggtctgaatggagtgactgcacttgcatgtgtatacttcatttgagagtcatgatcacaatctttactcagctcaattgttgttgttttt----- |
29318865 |
T |
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| Q |
115 |
ttctttagttgtaattctttgtgcagcatgattcattgaaatgtacagccatttgaaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatat |
214 |
Q |
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| T |
29318864 |
ttctttggttgtaattctttgtgcaacatgattcattgaaatgtacagccatttaaaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatat |
29318765 |
T |
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| Q |
215 |
tgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgtgtttgggatgcacacaaaagcatactattatgatacaaatacatg |
314 |
Q |
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| T |
29318764 |
tgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgtgtttgggatgcaaacaaaagcatactattatgatacaaatacatg |
29318665 |
T |
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| Q |
315 |
tttgttgttagtgttttctttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagagcatacgtttagcaagggtttctctaaattttgattagaggtttat |
414 |
Q |
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| T |
29318664 |
tttgttgttagtgttttatttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagagcatacgtttagcaagggtttctctaaattgtgattagaggtttat |
29318565 |
T |
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| Q |
415 |
tatagatgatatacataa |
432 |
Q |
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| T |
29318564 |
tatagatgatatacataa |
29318547 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 432
Target Start/End: Original strand, 28468664 - 28469076
Alignment:
| Q |
15 |
catagggtctgaatggagtgactgcacttgcatgtgtatacttcatttgagagtcatgatcacaatctttactcagctcaattgttgttgnnnnnnnnnc |
114 |
Q |
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| T |
28468664 |
catagggtctgaatggagtgactgcacttgcatgtgtatacttcatttgagagtcatgatcacaatctttactcagctcaattgttgctgttttt----- |
28468758 |
T |
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| Q |
115 |
ttctttagttgtaattctttgtgcagcatgattcattgaaatgtacagccatttgaaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatat |
214 |
Q |
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| T |
28468759 |
ttctttggttgtaattctttgtgcagcatgattcattgaaatgtacagccatttgaaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatat |
28468858 |
T |
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| Q |
215 |
tgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgtgtttgggatgcacacaaaagcatactattatgatacaaatacatg |
314 |
Q |
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| T |
28468859 |
tgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacatgaattccacctgtgtttgggatgcacacaaaagcttactattatgatacaaatacatg |
28468958 |
T |
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| Q |
315 |
tttgttgttagtgttttctttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagagcatacgtttagcaagggtttctctaaattttgattagaggtttat |
414 |
Q |
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| T |
28468959 |
tttgttgttagtgttttctttattgttataactcagactgtgaacaattgtagagcatacgtttagcaagggtttctctaaattgtgattagaggtttat |
28469058 |
T |
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| Q |
415 |
tatagatgatatacataa |
432 |
Q |
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| T |
28469059 |
tatagatgatagacataa |
28469076 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 34735070 - 34734658
Alignment:
| Q |
15 |
catagggtctgaatggagtgactgcacttgcatgtgtatacttcatttgagagtcatgatcacaatctttactcagctcaattgttgttgnnnnnnnnnc |
114 |
Q |
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| T |
34735070 |
catagggtctgaatggagtgactgcacttgcatgtgtatacttcatttgagagtcatgatcacaatctttactcagctcaattgttgctgttttt----- |
34734976 |
T |
|
| Q |
115 |
ttctttagttgtaattctttgtgcagcatgattcattgaaatgtacagccatttgaaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatat |
214 |
Q |
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| T |
34734975 |
ttctttggttgtaattctttgtgcagcatgattcattgaaatgtacagccatttgaaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatat |
34734876 |
T |
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| Q |
215 |
tgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgtgtttgggatgcacacaaaagcatactattatgatacaaatacatg |
314 |
Q |
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| T |
34734875 |
tgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacatgaattccacctgtgtttgggatgcacacaaaagcttactattatgatacaaatacatg |
34734776 |
T |
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| Q |
315 |
tttgttgttagtgttttctttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagagcatacgtttagcaagggtttctctaaattttgattagaggtttat |
414 |
Q |
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| T |
34734775 |
tttgttgttagtgttttctttattgttataactcagactgtgaacaattgtagagcatacgtttagcaagggtttctctaaattgtgattagaggtttat |
34734676 |
T |
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| Q |
415 |
tatagatgatatacataa |
432 |
Q |
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| T |
34734675 |
tatagatgatagacataa |
34734658 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0046 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0046
Description:
Target: scaffold0046; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 76376 - 75963
Alignment:
| Q |
15 |
catagggtctgaatggagtgactgcacttgcatgtgtatacttcatttgagagtcatgatcacaatctttactcagctcaattgttgttgnnnnnnnnnc |
114 |
Q |
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| T |
76376 |
catagggtctgaatggagtgactgcacttgcatgtgtatacttcatttgagagtcatgatcacaatctttactcagctcaattgttgctgtttttt---- |
76281 |
T |
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| Q |
115 |
ttctttagttgtaattctttgtgcagcatgattcattgaaatgtacagccatttgaaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatat |
214 |
Q |
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| T |
76280 |
ttctttggttgtaattctttgtgcagcatgattcattgaaatgtacggccatttgaaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatat |
76181 |
T |
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| Q |
215 |
tgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgtgtttgggatgcacacaaaagcatactattatgatacaaatacatg |
314 |
Q |
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| T |
76180 |
tgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgtgtttgggatgcacacaaaagcttaccattatgatacaaatacatg |
76081 |
T |
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| Q |
315 |
tttgttgttagtgttttctttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagagcatacgtttagcaagggtttctctaaattttgattagaggtttat |
414 |
Q |
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| T |
76080 |
tttgttgttagtgttttctttattgttataactcagactgtgaacaattgtagagcatacgtttagcaagggtttctctaaattgtgattagaggtttat |
75981 |
T |
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| Q |
415 |
tatagatgatatacataa |
432 |
Q |
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| T |
75980 |
tatagatgatagacataa |
75963 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 24967055 - 24966642
Alignment:
| Q |
15 |
catagggtctgaatggagtgactgcacttgcatgtgtatacttcatttgagagtcatgatcacaatctttactcagctcaattgttgttgnnnnnnnnnc |
114 |
Q |
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| T |
24967055 |
catagggtctgaatggagtgactgcacttgcatgtgtatacttcatttgagagtcatgatcacaatctttactcagctcaattgttgctgtttttt---- |
24966960 |
T |
|
| Q |
115 |
ttctttagttgtaattctttgtgcagcatgattcattgaaatgtacagccatttgaaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatat |
214 |
Q |
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| T |
24966959 |
ttctttggttgtaattctttgtgcagcatgattcattgaaatgtacggccatttgaaattcagtttatctttcattgtatgaagtggattcaagcaatat |
24966860 |
T |
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| Q |
215 |
tgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgtgtttgggatgcacacaaaagcatactattatgatacaaatacatg |
314 |
Q |
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| T |
24966859 |
tgtcggtataaatagcctgaattaatatcagaaacataacgtgaattccacctgtgtttgggatgcacacaaaagcttaccattatgatacaaatacatg |
24966760 |
T |
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| Q |
315 |
tttgttgttagtgttttctttattgttataacttagtctgtgaacagttgtagagcatacgtttagcaagggtttctctaaattttgattagaggtttat |
414 |
Q |
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| T |
24966759 |
tttgttgttagtgttttctttattgttataactcagactgtgaacaattgtagagcatacgtttagcaagggtttctctaaattgtgattagaggtttat |
24966660 |
T |
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| Q |
415 |
tatagatgatatacataa |
432 |
Q |
| |
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| T |
24966659 |
tatagatgatagacataa |
24966642 |
T |
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Back To:
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