View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13189_high_1 (Length: 826)

Name: NF13189_high_1
Description: NF13189
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13189_high_1
NF13189_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (54-810)||(519947-520685)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 520685 - 519947
Alignment:
Q  54 atgctggcacctaattaatatcagaatggagtaataaatttgtcagcagatacatag-----------------gaacatgtcattaattacttttggca 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||    
T  520685 atgctggcacctaattaatatcagaatggagtaataaatttgtcagcagatacatagtaacatagagaacataggaacatgtcattaattacttttggca 520586  T
Q  137 gttcatgtgactattttacattattgcttcttgagctgcttgcttatgtgaaatagaaaccaatttcaacactatccattattctatcatgccaagtagt 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |   |||||||||||||||||||||    
T  520585 gttcatgtgactattttacattattgcttcttgagctgcttgcttatgtgaaatagaaaccaatttcaacaataac---tattctatcatgccaagtagt 520489  T
Q  237 taattagggatgaataattgtttaaacaaaaggctcctttaattttagagaaatgagtttgtattgtatgtttttgtttacctttccaaaacgatagata 336  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  520488 taattagggatgaataattgcttaaacaaaaggctccttt-----tagagaaatgagtttgtat-----gtttttgtttacctttccaaaacggtagata 520399  T
Q  337 gaacgctcaaccaagaagcaaacaaagaccatgacagtaacaacggaggcaactgaatatgtaggtgtctcagctagagaacgagcttgctccacaacat 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  520398 gaacgctcaaccaagaagcaaacaaagaccatgacagtaacaacggaggcaactgaatatgtaggtgtctcagctagagaacgaccttgctccacagcat 520299  T
Q  437 gttccattataatatttcttcttattcttacatcaacagaacacagtctttagttcattaaaatgaagagcagatagatgggatccaggaaggaaaaaga 536  Q
    ||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  520298 gttccattataatatttctt------cttacatcaacagaacacagtctttagttcattaaaatgaagagc----agatgggatccaggaaggaaaaaga 520209  T
Q  537 gaagttcaatctgagagtgttttgttttatatgattaa-ttaatttagttgaaaggtgcagtgcatgtgtgtggagagaggacattaattaaaatattga 635  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  520208 gaagctcaatctgagagtgttttgttttatatgattaatttaatttagttgaaag-----gtgcatatatgtggagagaggacattaattaaaatattga 520114  T
Q  636 atatgcaagtatagatcctactcacttttgatttgatcatatatttattaattaatgaaactcttttgtttatagttattgtcaaagttacgtgcaatgc 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  520113 atatgcaagtatagatcctactcacttttgatttgatcata----tattaattaatgaaactcttttgtttatagttattgtcaaagttacgtgcaatgc 520018  T
Q  736 attggtgctgtctgtgacacacacatggtaccatccatgcacatggagagtttttcattctccaaggttcttgtt 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  520017 attggtgctgtctgtgacacacacatggta----ccatgcacatggagagtttttcattctccaaggttgttgtt 519947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University