View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1318_low_2 (Length: 761)
Name: NF1318_low_2
Description: NF1318
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1318_low_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 648; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 648; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 96 - 751
Target Start/End: Original strand, 3638011 - 3638666
Alignment:
| Q |
96 |
gaatgaagcaccactgataaaattccaattacttgcttcagctttggaacattgatgactgcaactttagaatgggaaggtatacctgcatatgttattg |
195 |
Q |
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| T |
3638011 |
gaatgaagcatcactgataaaattccaattacttgcttcagctttggaacattgatgactgcaactttagaatgggaaggtatacctgcatatgttattg |
3638110 |
T |
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| Q |
196 |
gaatagcacgaggaataagcgctgtaattggaatagctgcaacagttttatatcctgttctacaatatcagatttcagctattagaactggactctggtc |
295 |
Q |
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| T |
3638111 |
gaatagcacgaggaataagcgctgtaattggaatagctgcaacagttttatatcctgttctacaatatcagatttcagctattagaactggactctggtc |
3638210 |
T |
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| Q |
296 |
tatttggtctcaggtacaaactcacaaatgatctggatcgcaatatcgaagttttagatgtctctgcgatttatacatgtttatgtgtgatttggatgca |
395 |
Q |
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| T |
3638211 |
tatttggtctcaggtacaaactcacaaatgatctggatcgcaacatcgaagttttagatgtctctgcgatttatacatgtttatgtgtgatttggatgca |
3638310 |
T |
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| Q |
396 |
gtggacttgcctcctcccatgtttagctgcattatggatccaaaatggcattttaacatcatatatattgatgggaagcgtcgcaatatctcggcttgga |
495 |
Q |
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| T |
3638311 |
gtggacttgcctcctcccatgtttagctgcattatggatccaaaatggcattttaacatcatatatattgatgggaagcgtcgcaatatctcggcttgga |
3638410 |
T |
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| Q |
496 |
ctgtggatgtttgacttatctgtacttcaacaaatgcaggcaagaaataatggctcatatttttccatattgtttcgtatgtgatatctagatttaaatt |
595 |
Q |
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| T |
3638411 |
ctgtggatgtttgacttatctgtacttcaacaaatgcaggcaagaaataatggctcatatttttccatattgtttcgtatgtgatatctagatttaaatt |
3638510 |
T |
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| Q |
596 |
tttatgatgaaccaaagttcctttgttcataatcatcttggcctgattgtttctatttcacttttcttgtacagaaccttgttcccgagtcggatcgtat |
695 |
Q |
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| T |
3638511 |
tttatgatgaaccaaagttcctttgttcataatcatcttggcctgattgtttctatttcacttttcttgtacagaaccttgttcccgagtcggatcgtat |
3638610 |
T |
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| Q |
696 |
gattgttggaggtgttcagaattcacttcagtcctttatggatctattggcctatg |
751 |
Q |
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| T |
3638611 |
gattgttggaggtgttcagaattcacttcagtcctttatggatctattggcctatg |
3638666 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 367 - 751
Target Start/End: Original strand, 3647301 - 3647687
Alignment:
| Q |
367 |
tatacatgtttatgtgtgatttggatgcagtggacttgcctcctcccatgtttagctgcattatggatccaaaatggcattttaacatcatatatattga |
466 |
Q |
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| T |
3647301 |
tatacatgtttatgtatgatttggatgcagtggacttgccttctaccttgtctagctgcaatatggatctataatggcattttatcctcgtatattttga |
3647400 |
T |
|
| Q |
467 |
tgggaagcgtcgcaatatctcggcttggactgtggatgtttgacttatctgtacttcaacaaatgcaggcaagaaataatggctcatattt-ttccatat |
565 |
Q |
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| T |
3647401 |
tggggagcgttgcaatatctcggcttggactgtggatgtttgacttgtctgtacttcaacaaatgcaggcaagaaataa-gtttcatatttattccaaat |
3647499 |
T |
|
| Q |
566 |
tgtttcgtatgtgatatctagatttaaatttttatgatgaaccaaagttcc--tttgttcataatcatcttggcctgattgtttctatttcacttttctt |
663 |
Q |
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| T |
3647500 |
tgtttcaaatgtgaaatctagctttaaatgtttatgatgaaccaatgttcctttttcttcataatcatcttggcctgattatttttatttcaattttctt |
3647599 |
T |
|
| Q |
664 |
gtacagaaccttgttcccgagtcggatcgtatgattgttggaggtgttcagaattcacttcagtcctttatggatctattggcctatg |
751 |
Q |
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| T |
3647600 |
gaatagaaccttgttcctgaatcggatcgtttgattgttggaggtgttcagagttcacttcagtcctttatggatttattggcctatg |
3647687 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 107 - 327
Target Start/End: Original strand, 3646889 - 3647109
Alignment:
| Q |
107 |
cactgataaaattccaattacttgcttcagctttggaacattgatgactgcaactttagaatgggaaggtatacctgcatatgttattggaatagcacga |
206 |
Q |
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| T |
3646889 |
cactgataaagtttcaattacttgtttcagctttggaactttgatgacagctactttagaatgggaaggtatacctgcatatgttattggaatagcacga |
3646988 |
T |
|
| Q |
207 |
ggaataagcgctgtaattggaatagctgcaacagttttatatcctgttctacaatatcagatttcagctattagaactggactctggtctatttggtctc |
306 |
Q |
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| T |
3646989 |
ggaataagcgctgcaatcggaatagctgcaacagttttatatcctgttctagagtatcatatgtcagctattagaactggactttggtctatctggtctc |
3647088 |
T |
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| Q |
307 |
aggtacaaactcacaaatgat |
327 |
Q |
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| T |
3647089 |
aggtacaaacctacaaatgat |
3647109 |
T |
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