View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13190_low_4 (Length: 715)
Name: NF13190_low_4
Description: NF13190
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13190_low_4 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 612; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 612; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 8031832 - 8031155
Alignment:
| Q |
12 |
atcatcataagacatccttatttagttcaacacttactgagatgaactttgaagatttttcggtgtttcactaataaatatagttgcattcaataacttc |
111 |
Q |
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| T |
8031832 |
atcatcataagacatccttatttagttcaacacttactgagatgaactttgaagatttttcggtgtttcgctaataaatatagttgcattcaataacttc |
8031733 |
T |
|
| Q |
112 |
tattatttcaaattattaatactttctac-gtgtccgtcttgtggccaatatatgtatatgtgtccgtgtttcataaacagtactaactaataactaaaa |
210 |
Q |
| |
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|
| T |
8031732 |
tattatttcaaattattattactttctacagtgtccgtcttgtggccaatatatgtatatgtgtccgtgtttcataaacagtactaactaataactaaaa |
8031633 |
T |
|
| Q |
211 |
atgtcaacatattataatttaaaacataccatggtgcaacctttacacggtgcatcgggtccatcgcattgaacccaagttaaatcactgccggtgtcga |
310 |
Q |
| |
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| T |
8031632 |
atgtcaacatattataatttaaaacataccatggtgcaacctttacacggtgcatcgggtccatcgcattgaacccaagttaaatcactgccggtgtcga |
8031533 |
T |
|
| Q |
311 |
tgtcaagctcgtaaggtttgggaggattgccaatgttgatggacacggtgtataacctacatcagaggagcatacatacatacatataaattataactca |
410 |
Q |
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| T |
8031532 |
tgtcaagctcgtaaggtttgggaggattgccaatgttgatggacacggtgtataacctacatcagaggagcatgcatacatacatataaattataactca |
8031433 |
T |
|
| Q |
411 |
ataaactattgtaatctataatttataaactagaataaaaaattcaaaaagtcaatgttaggtcacccattgaaaatgatataatttgatacatgcgtag |
510 |
Q |
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| T |
8031432 |
ataaactattgtaatctataatttataaactagaataaaaaattcaaaaagtcaatgttaggtcacccattgaaaatgatataatttgatacatgcgaag |
8031333 |
T |
|
| Q |
511 |
atgattatgaaatatcagtattaactggttgcattaatactgatattgtcatattgatattagaagnnnnnnntgtccctgaattatattgcaaaaacaa |
610 |
Q |
| |
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| T |
8031332 |
atgattatgaaatatcagtattaactggttgcattaatactgat--------attgatattagaagaaaaaaatgtccctgaattatattgcaaaaacaa |
8031241 |
T |
|
| Q |
611 |
ttattgatgaagaaaagagaggaattgtgatattaacatacccatctggatatacatttcccttaattgtgtaaacaagagaagaa |
696 |
Q |
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| T |
8031240 |
ttattgatgaagaaaagagaggaattgtgatattaacatacccatctggatatacatttcccttaattgtgtaaacaagagaagaa |
8031155 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 194 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 8021662 - 8021435
Alignment:
| Q |
194 |
ctaactaataactaaaaatgtcaacatattataatttaaaacataccatggtgcaacctttacacggtgcatcgggtccatcgcattgaacccaagttaa |
293 |
Q |
| |
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| T |
8021662 |
ctaactagtaactaaaaatgtcaatatattgtaatttaaaacataccaaagtgcaacctttacacggtgcatcgggtccatcacattgaacccaagttaa |
8021563 |
T |
|
| Q |
294 |
atcactgccggtgtcgatgtcaagctcgtaaggtttgggaggattgccaatgttgatggacacggtgtataacctacatc-agaggagcatacatacata |
392 |
Q |
| |
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| T |
8021562 |
atcactgccggtgtcaatgtcaagctcgtaaggattgggaggattgccaatgttgatggacacggtgtatatcctacatcaagaggagcatacgtacata |
8021463 |
T |
|
| Q |
393 |
catataaattataactcaataaactatt |
420 |
Q |
| |
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|
|
| T |
8021462 |
catataaattataactcaataaactatt |
8021435 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 584 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 8021209 - 8021097
Alignment:
| Q |
584 |
tgtccctgaattatattgcaaaaacaattattgatgaagaaaagagaggaattgtgatattaacatacccatctggatatacatttcccttaattgtgta |
683 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
8021209 |
tgtccctgaattatatggcaaaaacaattattgatgaagaaaagaaaggatttgtgatattaacgtacccatctggatatacatttcccttaattgtgta |
8021110 |
T |
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| Q |
684 |
aacaagagaagaa |
696 |
Q |
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||||||||||||| |
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| T |
8021109 |
aacaagagaagaa |
8021097 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 404 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 8021423 - 8021301
Alignment:
| Q |
404 |
taactcaataaactattgtaatctataatttataaa----ctagaataaaaaattcaaaaagtcaatgttagg-tcacccattgaaaatgatataatttg |
498 |
Q |
| |
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||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
8021423 |
taactcaataacctattgtaatctataatttataaataaactagaagaaaaaactcaaaaagtcaatgttagggtcacccattgaaaatgatataatttg |
8021324 |
T |
|
| Q |
499 |
atacatgcgtagatgattatgaa |
521 |
Q |
| |
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|||||| || ||||||||||||| |
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|
| T |
8021323 |
atacatacgaagatgattatgaa |
8021301 |
T |
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