View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13193_high_2 (Length: 570)

Name: NF13193_high_2
Description: NF13193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13193_high_2
NF13193_high_2
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (239-556)||(30368220-30368537)
chr1 (287-556)||(13100812-13101080)
chr1 (284-556)||(13070288-13070560)
chr1 (285-556)||(13204268-13204539)
chr1 (284-556)||(13007008-13007280)
chr1 (284-556)||(13094207-13094479)
chr1 (284-556)||(13129636-13129908)
chr1 (284-556)||(13161329-13161601)
chr1 (285-554)||(13244635-13244904)
chr1 (285-556)||(13065325-13065596)
chr1 (347-554)||(13271457-13271664)
chr1 (82-194)||(30368582-30368694)
chr1 (285-545)||(13085916-13086176)
chr1 (285-556)||(12963987-12964258)
chr1 (363-554)||(19279282-19279473)
chr1 (285-554)||(13080979-13081248)
chr1 (364-442)||(13010661-13010739)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (414-486)||(31380253-31380325)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 239 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 30368537 - 30368220
Alignment:
Q  239 cactagaccataagaatattcgaccaagacatagagagaaacaatgtcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggac 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  30368537 cactagaccataagaatattcgaccaagacatagagagcaacaatgtcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatgtttcattcaaaggac 30368438  T
Q  339 aacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaaga 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30368437 aacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaaga 30368338  T
Q  439 tctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggct 538  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30368337 tctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggct 30368238  T
Q  539 taaattccatgcaatctt 556  Q
    ||||||||||||||||||    
T  30368237 taaattccatgcaatctt 30368220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 287 - 556
Target Start/End: Original strand, 13100812 - 13101080
Alignment:
Q  287 aaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatgtg 386  Q
    |||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||  |||| |||| ||||  | | ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  13100812 aaatgcatcttttagtgactttgaccttcaagccatgtttcatgtgaagaacaaaagaaagcttcggggttatagggtgaccttccaccacctgtatgtg 13100911  T
Q  387 aaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttg 486  Q
    |||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13100912 aaacttcggtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttacccatacaacttctaggtcctg-attgaaagctatgaacttg 13101010  T
Q  487 gaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatctt 556  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13101011 taagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtctt 13101080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 284 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 13070560 - 13070288
Alignment:
Q  284 gtcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtat 383  Q
    ||||||||||||||||||| || || || || ||||||| ||||||  |||| ||||  |||  | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13070560 gtcaaatgcatcttttagtgactttaaccttgaagccatgtttcatgtgaagaacaaatgaaagctttggggttacagggtgaccttccaccacctgtat 13070461  T
Q  384 gtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaac 483  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  13070460 gtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctcggacctgtattgaaagctatgaac 13070361  T
Q  484 ttggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatctt 556  Q
    ||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13070360 ttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtctt 13070288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 285 - 556
Target Start/End: Original strand, 13204268 - 13204539
Alignment:
Q  285 tcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatg 384  Q
    |||||||||||||||||| || || || || || |||||||||||  |||| |||| ||||  | | ||||||||||||||||||||||| | || ||||    
T  13204268 tcaaatgcatcttttagtgactttaacctttaaaccatatttcatgtgaagaacaaaagaaatctttggggttacagggtgaccttccactatctttatg 13204367  T
Q  385 tgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaact 484  Q
    ||||| |||  |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13204368 tgaaaattctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaact 13204467  T
Q  485 tggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatctt 556  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13204468 tgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtctt 13204539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 284 - 556
Target Start/End: Original strand, 13007008 - 13007280
Alignment:
Q  284 gtcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtat 383  Q
    ||||||||||||||||||| || || || |||||||||| ||||||  |||| |||| ||||  | | ||||||| |||||||||| |||| |||| |||    
T  13007008 gtcaaatgcatcttttagtgactttaaccttcaagccatgtttcatgtgaagaacaaaagaaagcttcggggttatagggtgacctgccaccacctttat 13007107  T
Q  384 gtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaac 483  Q
    |||||||||   |||||| || ||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13007108 gtgaaactttggtaacaaagctgctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttgcccatacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaac 13007207  T
Q  484 ttggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatctt 556  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13007208 ttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtctt 13007280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 284 - 556
Target Start/End: Original strand, 13094207 - 13094479
Alignment:
Q  284 gtcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtat 383  Q
    ||||||||| ||||||||  || |  || |||||||||| |||||| ||||| |  ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13094207 gtcaaatgcttcttttagagacttcaaccttcaagccatgtttcatgcgaagaaacacagaaagccttggggttacagggtgaccttccaccacctgtat 13094306  T
Q  384 gtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaac 483  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  13094307 gtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaatatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctatgaac 13094406  T
Q  484 ttggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatctt 556  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13094407 ttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtctt 13094479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 284 - 556
Target Start/End: Original strand, 13129636 - 13129908
Alignment:
Q  284 gtcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtat 383  Q
    ||||||||| ||||||||  || |  || |||||||||| |||||| ||||| |  ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13129636 gtcaaatgcttcttttagagacttcaaccttcaagccatgtttcatgcgaagaagcacagaaagccttggggttacagggtgaccttccaccacctgtat 13129735  T
Q  384 gtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaac 483  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  13129736 gtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctacgaac 13129835  T
Q  484 ttggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatctt 556  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13129836 ttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtctt 13129908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 284 - 556
Target Start/End: Original strand, 13161329 - 13161601
Alignment:
Q  284 gtcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtat 383  Q
    ||||||||| ||||||||  || |  || |||||||||| |||||| ||||| |  ||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  13161329 gtcaaatgcttcttttagagacttcaaccttcaagccatgtttcatgcgaagaaacacagaaagccttggggttacaaggtgaccttccaccacctgtat 13161428  T
Q  384 gtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaac 483  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  13161429 gtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagatatgaac 13161528  T
Q  484 ttggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatctt 556  Q
    ||| |||| ||||||| |||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13161529 ttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtctt 13161601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 285 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 13244904 - 13244635
Alignment:
Q  285 tcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatg 384  Q
    |||||||||||||||| | || | ||| || ||||| | |||||| |||| ||||| |||||  ||  | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13244904 tcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctgtatg 13244805  T
Q  385 tgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaact 484  Q
     |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  13244804 cgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaact 13244705  T
Q  485 tggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatc 554  Q
    || |||| ||||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13244704 tgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatc 13244635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 285 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 13065596 - 13065325
Alignment:
Q  285 tcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatg 384  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||| ||||||||  |||  || ||||  ||| || |||||||| ||||| ||||| |  ||||||    
T  13065596 tcaaatgcatcttttagtgactatgaccttcaagccatgtttcattccgagggtaatagaaagccttggagttacaggatgaccatccactaaatgtatg 13065497  T
Q  385 tgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaact 484  Q
      |||||||||||  |  || || ||| |||||||||||| ||||||  | | ||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  13065496 caaaacttccatagtatagccgcggcagccatcttcatttcaacgaaggtgatatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagctatgaact 13065397  T
Q  485 tggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatctt 556  Q
    || |||| ||||||| |||||| ||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13065396 tgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtctt 13065325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 347 - 554
Target Start/End: Original strand, 13271457 - 13271664
Alignment:
Q  347 ccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacc 446  Q
    ||||||| || ||||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |  | |||||||||||| ||||||||||  || |||| |||||| ||    
T  13271457 ccctaggagtaacagactgaccttccaccacatgtatgtgaaacttccataatacagaagctgcaaccattttcatttgaataaagctaatatctttccc 13271556  T
Q  447 catacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattcc 546  Q
     | ||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  13271557 aagacagcttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaactcc 13271656  T
Q  547 atgcaatc 554  Q
    | ||||||    
T  13271657 aagcaatc 13271664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 82 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 30368694 - 30368582
Alignment:
Q  82 tatctctgatgtattatttagcttggagaggtcatctcctataactttaaaatnnnnnnntatatatcaaccgttcaccctaaatcagtttattacattg 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30368694 tatctctgatgtattatttagcttggagaggtcatctcctataacttaaaaataaaaaaatatatatcaaccgttcaccctaaatcagtttattacattg 30368595  T
Q  182 aaacatgcttttt 194  Q
    |||||||||||||    
T  30368594 aaacatgcttttt 30368582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 285 - 545
Target Start/End: Original strand, 13085916 - 13086176
Alignment:
Q  285 tcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatg 384  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||| || || |||| || ||| || || |||| |||| | || || |||||||  ||||||||||| || ||||||    
T  13085916 tcaaattcatcttttactaactttgactttgaatccatgttccatgcggagaacaatagaaactcttggagttacagaatgaccttccacaacttgtatg 13086015  T
Q  385 tgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaact 484  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |  |||| |||||| || | |||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||    
T  13086016 tgaaacttccataacatagcagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattaaatgctatgaact 13086115  T
Q  485 tggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattc 545  Q
    || ||||||||||||  | ||| |||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  13086116 tgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattc 13086176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 285 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 12964258 - 12963987
Alignment:
Q  285 tcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatg 384  Q
    |||||||||||||| | | || ||||| ||||| |||| |||||| ||||| || | || | |||| || || |||  |||||||||||| || | ||||    
T  12964258 tcaaatgcatctttgactgactttgaccttcaaaccatgtttcatacgaagaaccatagcaacccttggagtaacaaagtgaccttccaccacttctatg 12964159  T
Q  385 tgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaact 484  Q
    ||||||||||| ||||    ||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||||| || |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  12964158 tgaaacttccacaacacattagcagcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaact 12964059  T
Q  485 tggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatctt 556  Q
    |  ||||||| || | |||||| | |||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  12964058 tataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatctt 12963987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 363 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 19279473 - 19279282
Alignment:
Q  363 gtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggt 462  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||| || | ||| ||||| ||     
T  19279473 gtgaccttccacgacctgtatgcgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 19279374  T
Q  463 cctgtattgaaagctatgaacttggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatc 554  Q
    |||| ||| || |||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||| || |||| |||||||||||||  |||||| | ||||||    
T  19279373 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatc 19279282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 285 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 13081248 - 13080979
Alignment:
Q  285 tcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatatttcattcgaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatg 384  Q
    ||||||||||||||||  ||  ||||| || ||||||| || ||| ||||||| || |||| |||||||  |||  | |||||||||||| ||||| |||    
T  13081248 tcaaatgcatcttttacgaattttgaccttaaagccatgttccatgcgaaggagaatagaaaccctaggaattattgagtgaccttccaccacctgaatg 13081149  T
Q  385 tgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaact 484  Q
    ||||||||  |||| |  |||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||| || | ||| ||||| || |||| ||| || ||||||||||    
T  13081148 tgaaacttaaataaaactgcagctgcaaccattttcatttgaagaaaactaatatctttcccaagacagcttcttggacctgcattaaacgctatgaact 13081049  T
Q  485 tggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatc 554  Q
    |  |||| || || | |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  13081048 tataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatc 13080979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 364 - 442
Target Start/End: Original strand, 13010661 - 13010739
Alignment:
Q  364 tgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctt 442  Q
    ||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  13010661 tgaccttccaccacttgtatgcgaaatttccataacaaatcagctgcgaccatcttcattagaatgaaactaagatctt 13010739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 49; Significance: 9e-19; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 414 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 31380325 - 31380253
Alignment:
Q  414 catcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttg 486  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  31380325 catcttaatttgaatgaaactaagatctttaccaatacaacttccgggtcctgtattgaaagatatgaacttg 31380253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University