View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1319_low_24 (Length: 373)

Name: NF1319_low_24
Description: NF1319
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1319_low_24
NF1319_low_24
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-365)||(21262419-21262783)
[»] scaffold0097 (1 HSPs)
scaffold0097 (2-365)||(20178-20541)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (2-365)||(22530041-22530404)
chr8 (2-365)||(25992650-25993013)
chr8 (80-365)||(22534804-22535089)
chr8 (2-62)||(22533252-22533312)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (2-365)||(13190470-13190833)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (2-365)||(20984252-20984615)
chr3 (2-365)||(49367118-49367482)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (2-365)||(33092162-33092525)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (2-365)||(20716340-20716703)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Original strand, 21262419 - 21262783
Alignment:
Q  1 cgggtagaacctagtggtgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaatatcccctccacctctatcaaagcatctagtact 100  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21262419 cgggcagaacctattgttgttaagtatctctggaggaacttgtgtaccatcaggttgtttcagaaatatcccctccacctctatcaaagcgtctagtact 21262518  T
Q  101 ctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgcta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21262519 ctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccataacgtctaaagaagaaagacatcacatgatttctcacattatgtcctaccatctgaagaaattttgcta 21262618  T
Q  201 cttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagttttgggactcatacgaattat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21262619 cttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataagatgcacaagtttaagaaagctttgggactcatacgaattat 21262718  T
Q  301 atcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctccctatgct 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21262719 atcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattacctcatttctaactctctccctatgct 21262783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Original strand, 20178 - 20541
Alignment:
Q  2 gggtagaacctagtggtgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaatatcccctccacctctatcaaagcatctagtactc 101  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||| |  | ||||  |||||||||||||||| |||||    
T  20178 gggtagaacctattgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatttgtcttccaattctatcaaagcatctaatactc 20277  T
Q  102 tatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctac 201  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  20278 tatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctac 20377  T
Q  202 ttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagttttgggactcatacgaattata 301  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20378 ttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattata 20477  T
Q  302 tcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctccctatgct 365  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| |||||||    
T  20478 tcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctctctatgct 20541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Original strand, 22530041 - 22530404
Alignment:
Q  2 gggtagaacctagtggtgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaatatcccctccacctctatcaaagcatctagtactc 101  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||| |  | ||||  |||||||||||||||| |||||    
T  22530041 gggtagaacctattgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatttgtcttccaattctatcaaagcatctaatactc 22530140  T
Q  102 tatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctac 201  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  22530141 tatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctac 22530240  T
Q  202 ttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagttttgggactcatacgaattata 301  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22530241 ttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattata 22530340  T
Q  302 tcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctccctatgct 365  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| |||||||    
T  22530341 tcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctctctatgct 22530404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Original strand, 25992650 - 25993013
Alignment:
Q  2 gggtagaacctagtggtgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaatatcccctccacctctatcaaagcatctagtactc 101  Q
    |||||||||||  || ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||| |  | ||||  |||||||||||||||| |||||    
T  25992650 gggtagaacctgttgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatttgtcttccaattctatcaaagcatctaatactc 25992749  T
Q  102 tatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctac 201  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  25992750 tatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctac 25992849  T
Q  202 ttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagttttgggactcatacgaattata 301  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25992850 ttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattata 25992949  T
Q  302 tcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctccctatgct 365  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| |||||||    
T  25992950 tcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctctctatgct 25993013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 80 - 365
Target Start/End: Original strand, 22534804 - 22535089
Alignment:
Q  80 tctatcaaagcatctagtactctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtccta 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| |    
T  22534804 tctatcaaagcatctaatactctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgacgttatgtccga 22534903  T
Q  180 ccatgtgaagaaattttgctacttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagt 279  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  22534904 ctgtgtgaagaaatttggctacttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagc 22535003  T
Q  280 tttgggactcatacgaattatatcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctccctatgct 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| |||||||    
T  22535004 tttgggactcatacgaattatatcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctctctatgct 22535089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 2 - 62
Target Start/End: Original strand, 22533252 - 22533312
Alignment:
Q  2 gggtagaacctagtggtgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttca 62  Q
    ||||| |||||| || ||||| ||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||    
T  22533252 gggtacaacctattgttgttacgtatctctgaaggcacttgtgttccatcaggttgtttca 22533312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Original strand, 13190470 - 13190833
Alignment:
Q  2 gggtagaacctagtggtgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaatatcccctccacctctatcaaagcatctagtactc 101  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||| |  | ||||  |||||||||||||||| |||||    
T  13190470 gggtagaacctattgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatttgtcttccaattctatcaaagcatctaatactc 13190569  T
Q  102 tatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctac 201  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  13190570 tatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgacattatgtccgactgtgtgaagaaatttggctac 13190669  T
Q  202 ttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagttttgggactcatacgaattata 301  Q
    ||||||||| ||||| || |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13190670 ttgttcctcgatagatgctcttcatgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattata 13190769  T
Q  302 tcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctccctatgct 365  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| |||||||    
T  13190770 tcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctctctatgct 13190833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 20984615 - 20984252
Alignment:
Q  2 gggtagaacctagtggtgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaatatcccctccacctctatcaaagcatctagtactc 101  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||| |  | ||||  |||||||||||||||| |||||    
T  20984615 gggtagaacctattgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatttgtcttccaattctatcaaagcatctaatactc 20984516  T
Q  102 tatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctac 201  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  20984515 tatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctac 20984416  T
Q  202 ttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagttttgggactcatacgaattata 301  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20984415 ttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattata 20984316  T
Q  302 tcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctccctatgct 365  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| |||||||    
T  20984315 tcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctctctatgct 20984252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Original strand, 49367118 - 49367482
Alignment:
Q  2 gggtagaacct-agtggtgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaatatcccctccacctctatcaaagcatctagtact 100  Q
    ||||||||||| | || ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||| |  | ||||  |||||||||| ||||| ||||    
T  49367118 gggtagaaccttattgttgttacgtatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatttgtcttccaattctatcaaagtatctaatact 49367217  T
Q  101 ctatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgcta 200  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||| ||||    
T  49367218 ctatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggcta 49367317  T
Q  201 cttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagttttgggactcatacgaattat 300  Q
    |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  49367318 cttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacaaattat 49367417  T
Q  301 atcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctccctatgct 365  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| |||||||    
T  49367418 atcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctctctatgct 49367482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 33092525 - 33092162
Alignment:
Q  2 gggtagaacctagtggtgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaatatcccctccacctctatcaaagcatctagtactc 101  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||| |||| |  | ||||  |||||||||||||||| |||||    
T  33092525 gggtagaacctattgttgttacgtatctttggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaatttgtcttccaattctatcaaagcatctaatactc 33092426  T
Q  102 tatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctac 201  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  33092425 tatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctac 33092326  T
Q  202 ttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagttttgggactcatacgaattata 301  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33092325 ttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattata 33092226  T
Q  302 tcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctccctatgct 365  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| |||||||    
T  33092225 tcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctctctatgct 33092162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Original strand, 20716340 - 20716703
Alignment:
Q  2 gggtagaacctagtggtgttaagtatctctggaggaatttgtgtaccatcaggttgtttcagaaatatcccctccacctctatcaaagcatctagtactc 101  Q
    |||||||||||| || |||||  |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||| ||  | ||||  |||||||||||||||| |||||    
T  20716340 gggtagaacctattgttgttacatatctctggaggcacttgtgttccatcaggttgtttcaaaaaaatttcttccaattctatcaaagcatctaatactc 20716439  T
Q  102 tatgaaaatgacgactaaccgtttcaccagaacgtctaaagaagaaagacatcacacgatttctcacattatgtcctaccatgtgaagaaattttgctac 201  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  20716440 tatgaaaatgacgactaattgtttcacctgagcgtctaaagaagaaggacaacacacgatttctgacgttatgtccgactgtgtgaagaaatttggctac 20716539  T
Q  202 ttgttcctcaatagacgcccttcgtgtatgtgtaagtccaccgcgatctcgtaataaggtgcacaagtttaagaaagttttgggactcatacgaattata 301  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20716540 ttgttcctcgatagatgctcttcgtgtatgtgtaagcccaccgtgatctcgtaataaggtgcacaagtttacgaaagctttgggactcatacgaattata 20716639  T
Q  302 tcataacatcgatcacttcctataatatgtttcattagctcatttctaactctctccctatgct 365  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| |||||||    
T  20716640 tcataacatcggtcactacctattatatgtttcattagttcgttcctaactttctctctatgct 20716703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University