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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13201_low_3 (Length: 852)

Name: NF13201_low_3
Description: NF13201
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13201_low_3
NF13201_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (15-834)||(2173836-2174695)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 834
Target Start/End: Original strand, 2173836 - 2174695
Alignment:
Q  15 cacagattattgccgtatgaaaacaagatgaaatgtttgacaaactcaacgttctggcatctagttgctaatatttttgtcnnnnnnnnnngctagctgc 114  Q
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T  2173836 cacagattattgccgtatgaaaacaagatgaaatgtttgacaaactcaacgttctggcatctagttgctaatatttttgtcaaaaaaaa--gctagctgc 2173933  T
Q  115 taatattgaagtcaacactgagtggaaatctgataagcatatggcctagctgggccagctcagtgttcttattaacacagatacacatccattaattatt 214  Q
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T  2173934 taatattgaagtcaacactgagtggaaatctgataagcatatggcctagctgggccagctcagtgttcttattaatacaaatacacatccattaattatt 2174033  T
Q  215 acctaaatatatgcctaagtatgaggaaaataatgaagatatata--------------gattcggctatttcaatggactaattttctagattatattg 300  Q
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T  2174034 acctaaatatatgcctaagtatgaggaaaataatgaagatatatatatatatatatatagattcggctatttcaatggactaattttctagattatattg 2174133  T
Q  301 atgcatgatcatctctatttcaactcaata-------------------cacgttaaacgatattgtgatacatagtagtatagataagacaaacataca 381  Q
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T  2174134 atgcatgatcatctctatttcaactcaatagcttattacatacgtactacacgttaaacgatattgtgatacatagtagtattgataaggcaaacataca 2174233  T
Q  382 cgtccttgaaataaataataaaacaatcaattcacagtttaaaagtctatgaagcccaattattatttctc----------tctctcttgaacttcactc 471  Q
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T  2174234 cgtccttgaaataaataataaaacaatcaattcacagtttaaaagtctatgaagcccaattattatttctctctctctctctctctcttaaacttcactc 2174333  T
Q  472 atattattgattggtattttgtaagctttgaacaatataacattctattataagtgaaacagtgataaacatgaatccaagtaattttggtctctaaata 571  Q
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T  2174334 atattattgattggtattttgtaagctttgaacaatataacattctattaaaagtgaaacagtgataaacatgaatccaagtaattttggtctctaaata 2174433  T
Q  572 tttgaaacaatctcattctagccatgcatatttcaaaatcatcaaaatgtttgagtgtatcttctatttccaattttataaataatggacaatcagaaga 671  Q
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T  2174434 tttgaaacaatctcattctagccatgcatatttcaaaatcatcaaaatgtttgagtgtatcttctatttccaattttataaataatggacaatcagaaga 2174533  T
Q  672 tgtatcataaaaagcacattcgagaactaataactaactaacggaaaacacattcagaaatggttttagaattttgatattcaaggaatcaataattgtt 771  Q
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T  2174534 tgtatcataaaaagcacattcgagaactaataactaacttacggaaaacacattcagaaatagttttagaa-tttgatattcaaggaataaataattgtt 2174632  T
Q  772 ttcacatttttcattgtcatacctgaagagtgagacctggacaagggtactaggccaccacat 834  Q
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T  2174633 ttcacattttttattgtcatacctgaagagtgagacctggacaagggtactaggccaccacat 2174695  T

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