View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13203_low_16 (Length: 360)

Name: NF13203_low_16
Description: NF13203
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13203_low_16
NF13203_low_16
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (19-346)||(38220424-38220751)
chr4 (19-264)||(38238416-38238661)
chr4 (19-346)||(38243271-38243599)
chr4 (19-282)||(38226869-38227132)
chr4 (23-282)||(38253599-38253858)
chr4 (19-281)||(38214447-38214709)
chr4 (39-282)||(38248484-38248727)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (19-264)||(17455117-17455362)
chr6 (83-279)||(17434002-17434198)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (185-237)||(21547011-21547063)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (173-239)||(11479291-11479357)
chr2 (133-213)||(11485520-11485600)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 19 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 38220751 - 38220424
Alignment:
Q  19 atatggaaggtcaataaggtcagattataaaggaggtttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaagattttgagggtccaaagaga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  38220751 atatggaaggtcaataaggtcagattataaaggaggtttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaaggttttgagcgtccaaagaga 38220652  T
Q  119 agcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaagatatatatacttgatgtcactgatactttgaaactat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38220651 agcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaagatatatatacttgatgttactgatactttgaaactat 38220552  T
Q  219 cagataattcaaaaggaatgaactcagaacatgattgaaaggtaaacaaattcatcaagaaacacgcagtcgatgcacaataaaagttagatcaagatca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38220551 cagataattcaaaaggaatgaactcagaacatgattgcaaggtaaacaaattcatcaagaaacacgcagtcgatgcacaataaatgttagatcaagatca 38220452  T
Q  319 gtcggttcacaaaatatacaaattttga 346  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38220451 gtcagttcacaaaatatacaaattttga 38220424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 38238661 - 38238416
Alignment:
Q  19 atatggaaggtcaataaggtcagattataaaggaggtttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaagattttgagggtccaaagaga 118  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38238661 atatggaaggtctattaggccagattataaaggaggtttgttatgttgttatgattctaaacagtgcaagttgaaggaaggttttgagggtccaaagaga 38238562  T
Q  119 agcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaagatatatatacttgatgtcactgatactttgaaactat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38238561 agcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgttaagatatatatacttgatgttactgatactttgaaactat 38238462  T
Q  219 cagataattcaaaaggaatgaactcagaacatgattgaaaggtaaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  38238461 cagataattcaaaaggaatgaactcagatcatgactgcaaggtaaa 38238416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 38243599 - 38243271
Alignment:
Q  19 atatggaaggtcaataaggtcagattataaaggaggtttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaagattttgagggtccaaagaga 118  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38243599 atatggaaggtctataaggccagattataaaggaggttggttatgttgttatgattgtacacagtgcaagttgaaggaaggttttgagggtccaaagaga 38243500  T
Q  119 agcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaagatatatatacttgatgtcactgatactttgaaactat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||| || |||| | |||||| ||    
T  38243499 agcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctcttaagatatatgtaattgatgttaccgatagtatgaaacaat 38243400  T
Q  219 cagataattcaaaaggaatgaactcagaacatgattgaaaggtaaacaaattcatcaagaaacacgcagtcgatgca-caataaaagttagatcaagatc 317  Q
    ||||||| |||||||||| |||||  || |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| || ||| |||||||| |    
T  38243399 cagataactcaaaaggaacgaactttgatcatgattgcaaggtaaatgaattcatcaagaaacacacagtcaatgcatcaatgaatgttggatcaagacc 38243300  T
Q  318 agtcggttcacaaaatatacaaattttga 346  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  38243299 agtcagttcacaaaatatacgaatattga 38243271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 38227132 - 38226869
Alignment:
Q  19 atatggaaggtcaataaggtcagattataaaggaggtttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaagattttgagggtccaaagaga 118  Q
    |||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38227132 atatggaaggtctattgggccagattataaaggaggtttgttatgttgttatgaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttttgagggtccaaagaga 38227033  T
Q  119 agcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaagatatatatacttgatgtcactgatactttgaaactat 218  Q
    || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  38227032 agtctctacctaagatacactgtaaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgttaagatatatatacttgatgttactgatactttgaaaccat 38226933  T
Q  219 cagataattcaaaaggaatgaactcagaacatgattgaaaggtaaacaaattcatcaagaaaca 282  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||    
T  38226932 cagatgattcaaaaggattgaactcaaaccatgattgcaaggtaaatgaattcattaagaaaca 38226869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 23 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 38253858 - 38253599
Alignment:
Q  23 ggaaggtcaataaggtcagattataaaggaggtttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaagattttgagggtccaaagagaagcc 122  Q
    ||||||||  ||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||   || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  38253858 ggaaggtctgtaaggcctgattataaaggaggtatgttatgttgttatgatcatacacggtgcaagttgaaggaaggttttgagggtccaaagagaaacc 38253759  T
Q  123 tctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaagatatatatacttgatgtcactgatactttgaaactatcaga 222  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  38253758 tctacttaagatacacagtgaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgttaagatatatataattgatgttactgatactttgaaaccatcaga 38253659  T
Q  223 taattcaaaaggaatgaactcagaacatgattgaaaggtaaacaaattcatcaagaaaca 282  Q
    | ||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| ||||||||    
T  38253658 tgattcaaaagaattgaactcagaccatgattgcaaggtaagtaaattcattaagaaaca 38253599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 38214709 - 38214447
Alignment:
Q  19 atatggaaggtcaataaggtcagattataaaggaggtttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaagattttgagggtccaaagaga 118  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | || |||||| || |||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  38214709 atatggaaggtctattaggtcagattatgaaggaggtttgttatgttgttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggccaaagaga 38214610  T
Q  119 agcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaagatatatatacttgatgtcactgatactttgaaactat 218  Q
    || |||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  38214609 agtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgattgggatgattttattgtgcctgtgaagatatatataattgatgttactgatagtttgaaaccat 38214510  T
Q  219 cagataattcaaaaggaatgaactcagaacatgattgaaaggtaaacaaattcatcaagaaac 281  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  38214509 cagatgattcaaaaggattgaactcggatcatgattgcaaggtaaatgaattcatcaagaaac 38214447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 39 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 38248727 - 38248484
Alignment:
Q  39 cagattataaaggaggtttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaagattttgagggtccaaagagaagcctctacttaagatacac 138  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||| || || || ||||||||||| |||||||||| |||    
T  38248727 cagattataaaggaggtttgttatgttgttatgattctacacggtgcaagttgaaggaaggtttcgaaggacctaagagaagcctttacttaagatgcac 38248628  T
Q  139 tgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaagatatatatacttgatgtcactgatactttgaaactatcagataattcaaaaggaatg 238  Q
     || || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38248627 agtaaagtgggttgattgggatgattttatagtgcccgttaagatatatataattgatgtcactggtagtttgaaactatcagatgattcaaaaggaatg 38248528  T
Q  239 aactcagaacatgattgaaaggtaaacaaattcatcaagaaaca 282  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||   |||||||||||||||    
T  38248527 aaatcagatcatgattgcaaggtaaatgcattcatcaagaaaca 38248484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 17455362 - 17455117
Alignment:
Q  19 atatggaaggtcaataaggtcagattataaaggaggtttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaagattttgagggtccaaagaga 118  Q
    |||||||||| |  ||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||   || ||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||    
T  17455362 atatggaaggcctttaatgtctgattataaaggaggtttgtcatgttgttatgataatacacaatgcaagttgaaggaaggttttaagggaccaaagaga 17455263  T
Q  119 agcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaagatatatatacttgatgtcactgatactttgaaactat 218  Q
    || || ||  | | |||||   | |||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||| ||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  17455262 agtctttatctgaaatacaaaatcaaatgggttgattgggatgaatttatagttcctcttaagacatacataattgatgttactgatagtttgaaactat 17455163  T
Q  219 cagataattcaaaaggaatgaactcagaacatgattgaaaggtaaa 264  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  17455162 cagatgattcaaaaggaatgaactcagatcatgattgtaaggtaaa 17455117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 83 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 17434198 - 17434002
Alignment:
Q  83 tgcaagttgaaggaagattttgagggtccaaagagaagcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaaga 182  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||  | | |||||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  17434198 tgcaagttgaaggtaggttttgagggaccaaagagaagtctctatctgaaatacaaaatcaaatggattgattgggatgattttatagtgcctgttaagg 17434099  T
Q  183 tatatatacttgatgtcactgatactttgaaactatcagataattcaaaaggaatgaactcagaacatgattgaaaggtaaacaaattcatcaagaa 279  Q
     ||| ||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||  | |||||||||||    
T  17434098 catacataattgatgttactgatagtttaaaactatcaaatgattcaaaaggaacgaactcagatcatgattgtaaggtaaatgatttcatcaagaa 17434002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 237
Target Start/End: Original strand, 21547011 - 21547063
Alignment:
Q  185 tatatacttgatgtcactgatactttgaaactatcagataattcaaaaggaat 237  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  21547011 tatatatttgatgtgactgatactttgaagctatcagataagtctaaaggaat 21547063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 239
Target Start/End: Original strand, 11479291 - 11479357
Alignment:
Q  173 cctgctaagatatatatacttgatgtcactgatactttgaaactatcagataattcaaaaggaatga 239  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||  | |||||||| || ||||||||||    
T  11479291 cctgttaagatttatatatttgatgtgactgatactttgaagatttcagataagtccaaaggaatga 11479357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 133 - 213
Target Start/End: Original strand, 11485520 - 11485600
Alignment:
Q  133 atacactgttaaatgggttgattgggatgattttatagtgcctgctaagatatatatacttgatgtcactgatactttgaa 213  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||  | ||||| ||||||   ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  11485520 atacaccgttaagtgggttaattgggaaaagtttatggtgcctctcaagatttatatatttgatgtgactgatactttgaa 11485600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University