View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13204_low_3 (Length: 680)

Name: NF13204_low_3
Description: NF13204
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13204_low_3
NF13204_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-664)||(37006578-37007223)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 622; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 37007223 - 37006578
Alignment:
Q  19 attgcatcattaccaactccagcttcttgcctaacaaggttagcataattcagattacatattataaaaattgttgtttatcatctaaacatcttatatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37007223 attgcatcattaccaactccagtttcttgcctaacaaggttagcataattcagattacatattataaaaattgttgtttatcatctaaacatcttatatg 37007124  T
Q  119 catgtgacaatgttgctctagcaggaactcagtatgtggatcccaacaactctatttgtgatctacaacgtatcgaatctaatagagcacgtaaagtcag 218  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37007123 tatgtgacaatgttgctctaacaggaactcagtatgtggatcccaacaactctatttgtgatctacaacgtatcgaatctaatagagcacgtaaagtcag 37007024  T
Q  219 gattatcaatcagaacatggtggaacaaccaaagaatgggaagaataacaaccatgaattcttgttttttgggattcttaactatcatacttaagaactt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37007023 gattatcaatcagaacatggtggaacaaccaaagaatgggaagaataacaaccatgaattcttgttttttgggattcttaactatcatacttaagaactt 37006924  T
Q  319 gagaatatcagacaccaattttgaaataacaaagaaagaacaagtaccttctaatgaaagtaccaatgaaaatgctggtaggttcatttttaacgagtca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37006923 gagaatatcagacaccaattttgaaataacaaagaaagaacaagtaccttctaatgaaagtaccaatgaaaatgccggtaggttcatttttaacgagtca 37006824  T
Q  419 cttatttttctaccgggcactacaattttgcttgttcaactcatagcaatttttacgagttggttgggatggaaaccactagtaaagagtggtgctgatg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37006823 cttatttttctaccgggcactacaattttgcttgttcaactcatagcaatttttacgagttggttgggatggaaaccactaataaagagtggtgctgatg 37006724  T
Q  519 gatatggagcaggagaggttttttgtagtgcatatgtgattttatgctacttgccatttttgaaaggattgtttgggaaaggaaaatatgggataccctt 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37006723 gatatggagcaggagaggttttttgtagtgcatatgtggttttatgctacttgccatttttgaaaggattgtttgggaaaggaaaatatgggataccctt 37006624  T
Q  619 gtctacaatatgcaaatcaatggtgctagctttactatttgttcat 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37006623 gtctacaatatgcaaatcaatggtgctagctttactatttgttcat 37006578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University