View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13208_low_18 (Length: 351)

Name: NF13208_low_18
Description: NF13208
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13208_low_18
NF13208_low_18
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (18-336)||(37824248-37824566)
chr5 (18-336)||(37400301-37400619)
chr5 (18-336)||(37711977-37712295)
chr5 (18-336)||(37640225-37640543)
chr5 (18-336)||(37703021-37703339)
chr5 (18-304)||(37697172-37697458)
chr5 (24-305)||(37594708-37594989)
chr5 (18-336)||(37533453-37533771)
chr5 (26-336)||(37436060-37436370)
chr5 (121-336)||(37392484-37392699)
chr5 (32-297)||(37381838-37382103)
chr5 (80-332)||(37412827-37413059)
chr5 (110-302)||(37429119-37429311)
chr5 (250-298)||(37343272-37343320)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-304)||(16842365-16842651)
chr4 (250-305)||(24217461-24217516)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (35-336)||(14553463-14553764)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (250-289)||(23496081-23496120)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 37824566 - 37824248
Alignment:
Q  18 attgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgac 117  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  37824566 attgtgatcttgcagagaataactttagcggtagcatcccaaatgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctctaacaacctaac 37824467  T
Q  118 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37824466 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttcttatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 37824367  T
Q  218 cattcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagcgttattcctca 317  Q
    | ||||||||||||| ||||||| || | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||    
T  37824366 cgttcaaaattgagtattgtggatttaagctttaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgggcctca 37824267  T
Q  318 gtgacaaccacctcacagg 336  Q
    | |||||||||||||||||    
T  37824266 gcgacaaccacctcacagg 37824248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Original strand, 37400301 - 37400619
Alignment:
Q  18 attgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgac 117  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  37400301 attgtgatcttggatttaataactttagtagtagcatcccaattgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctctaacaacctaac 37400400  T
Q  118 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400401 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctcatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 37400500  T
Q  218 cattcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagcgttattcctca 317  Q
    | |||||||||||| | ||||   |||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||    
T  37400501 cgttcaaaattgagctatgtgtttttgggtgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctca 37400600  T
Q  318 gtgacaaccacctcacagg 336  Q
    |  ||||| | ||||||||    
T  37400601 gcaacaacaatctcacagg 37400619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 37712295 - 37711977
Alignment:
Q  18 attgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgac 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  37712295 attgttatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaaatgtttatggaaatttaatcaaattgaaatatttagcactttcctctaacaacctaac 37712196  T
Q  118 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37712195 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctcatttatatttagcagataacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 37712096  T
Q  218 cattcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagcgttattcctca 317  Q
    | |||||||||||| | ||||   ||| |   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||   |||||    
T  37712095 cgttcaaaattgagctatgtgtttttggatgataacatgttaaatggaacaattccacagtggtgttattctttgccttcattgttagagttgggcctca 37711996  T
Q  318 gtgacaaccacctcacagg 336  Q
    | |||||||||||||||||    
T  37711995 gcgacaaccacctcacagg 37711977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 37640543 - 37640225
Alignment:
Q  18 attgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgac 117  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| || ||||||||| ||    
T  37640543 attgtgatcttggatttaataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttatcactttactttaacaacctaac 37640444  T
Q  118 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37640443 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctcatttatatttagcatataacaaactagttggcccaattccaattgaaatcgcaaaa 37640344  T
Q  218 cattcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagcgttattcctca 317  Q
    | ||| |||||||| | |||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||    
T  37640343 cgttccaaattgagatatgtgggtttggatgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctca 37640244  T
Q  318 gtgacaaccacctcacagg 336  Q
    |||||||| | ||||||||    
T  37640243 gtgacaacaatctcacagg 37640225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 37703339 - 37703021
Alignment:
Q  18 attgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgac 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||    
T  37703339 attgtaatcttgcatataataactttagcggaggcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttatcactttcctctaacaagctaac 37703240  T
Q  118 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37703239 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcacctttttattttaggtttatcatttaacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaa 37703140  T
Q  218 cattcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagcgttattcctca 317  Q
    | |||||||||||| | |||||  ||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||     
T  37703139 cgttcaaaattgagctatgtgggtttgagggataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagggttggtcctcg 37703040  T
Q  318 gtgacaaccacctcacagg 336  Q
    | |||||||||||||||||    
T  37703039 gcgacaaccacctcacagg 37703021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 37697458 - 37697172
Alignment:
Q  18 attgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgac 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  37697458 attgtaatcttgcaaataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctctaacaacctaac 37697359  T
Q  118 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37697358 aggccaagttccatcatcactttttcatctaccccacctttctcatttaggtttatcatttaacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaa 37697259  T
Q  218 cattcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgtta 304  Q
    | ||| |||||||||| ||||   ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697258 cgttccaaattgagttatgtgtttttggatgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgtta 37697172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 24 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 37594989 - 37594708
Alignment:
Q  24 atcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgacaggcca 123  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  37594989 atcttacagataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctttaacaacctaacaggcca 37594890  T
Q  124 agttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacattca 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37594889 agttccatcatcactttttcatctacctcacctttctattttaggtttatcatataacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttca 37594790  T
Q  224 aaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttag 305  Q
    |||||||| | |||||  ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37594789 aaattgagctatgtgggtttgagggataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttag 37594708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 37533771 - 37533453
Alignment:
Q  18 attgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgac 117  Q
    ||||| |||||| ||  ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||    
T  37533771 attgtgatcttggattgaataactttagtgctagcatcccaaatgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttatcactttcctctaacaacctaac 37533672  T
Q  118 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37533671 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcacctttctattttaggtttatcatataacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaa 37533572  T
Q  218 cattcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagcgttattcctca 317  Q
    | |||||||||||| | |||||  ||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  37533571 cgttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttacacctca 37533472  T
Q  318 gtgacaaccacctcacagg 336  Q
    |  ||||||||||||||||    
T  37533471 gcaacaaccacctcacagg 37533453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 26 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 37436370 - 37436060
Alignment:
Q  26 cttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgacaggccaag 125  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  37436370 cttggatataataactttagcggtagcattccaaatgtttatcaaaatttaaccaaattggaatatttatcactttcctccaacagcctaacaggccaag 37436271  T
Q  126 ttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacattcaaa 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||    
T  37436270 ttccatcatcactttttcatctaccccacctttctcatttagatttatcatttaacaaactagttggcccaattccaattgaaattacaaaacgtttaaa 37436171  T
Q  226 attgagttttgt-ggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagcgttattcctcagtgacaa 324  Q
    |||||| | ||| ||  | ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||  | ||||    
T  37436170 attgagctatgtgggtctagaata-taacatgttaaatggaacaattccacagtggtgttattatttgccttcattgttagagttgtacctccattacaa 37436072  T
Q  325 ccacctcacagg 336  Q
    ||| ||||||||    
T  37436071 ccatctcacagg 37436060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 121 - 336
Target Start/End: Original strand, 37392484 - 37392699
Alignment:
Q  121 ccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||      
T  37392484 ccaagttccatcatcactttttcatctacccaacctttcttttttagatttatcatctaacaaactagttggcccaattccagttcaaatcacaaaacgc 37392583  T
Q  221 tcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagcgttattcctcagtg 320  Q
    |||||||||||  ||||| | ||      ||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||  ||| |||   ||||| ||    
T  37392584 tcaaaattgagcattgtgaatttaggttctaacatgtttaatggtacaattccgcagtggtgttattctttgccttcattaatagagttggacctcaatg 37392683  T
Q  321 acaaccacctcacagg 336  Q
    ||||||| ||||||||    
T  37392684 acaaccatctcacagg 37392699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 32 - 297
Target Start/End: Original strand, 37381838 - 37382103
Alignment:
Q  32 tataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgacaggccaagttccat 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| |||||||||| | | |||  ||| || || |  |||| ||||||||    
T  37381838 tataataactttagcggtagcatcccaaatgtttttgaaaatttaatcaaattagaatatttaggattctccggtaataatctaagtggcctagttccat 37381937  T
Q  132 catcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacattcaaaattgag 231  Q
    ||||||| ||| ||||  || | |||||| || || ||||| ||  ||| ||| |||| || || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||       
T  37381938 catcactgtttaatctgactgagctttctcatctagatttaacaaataataaattagtaggtcctattccaactgaaatcactaaacattcaaaattata 37382037  T
Q  232 ttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttc 297  Q
    | || | | ||||   | ||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||| ||||    
T  37382038 tcttctagcattggctaataatatgttaaatggagcaattccaccctggtgttattccttgacttc 37382103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 80 - 332
Target Start/End: Original strand, 37412827 - 37413059
Alignment:
Q  80 aaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatcta 179  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||| |||| |||||| | || |||||| |||| |||||| ||||| ||||||||| ||    
T  37412827 aaattagaatatttagatatttcctctaacaacattacaggtcaaattccctcatcattgttccatctagctcaactttcttatttagatttatcattta 37412926  T
Q  180 acaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacattcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattg 279  Q
    | ||| |||||||||||||                    || ||||||||||| ||||||| || || | ||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  37412927 ataaattagttggcccaat--------------------atccaaaattgagtattgtggatttaaataataaaatgttaaatggaacaaatcctcattg 37413006  T
Q  280 gtgttattctttgccttcgttgttagcgttattcctcagtgacaaccacctca 332  Q
    |||||||| ||||  ||| || |||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  37413007 gtgttattatttgttttctttattagagttgtacctcagtgacaaccacctca 37413059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 110 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 37429311 - 37429119
Alignment:
Q  110 aacctgacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaa 209  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||   ||| ||||||| | ||| ||| ||| |||||||||||| ||| |||    
T  37429311 aacctaacaggccaagttccatcatcattgtttcatctaactcagctttctatgttagatttatcgtttaataaattagatggcccaattccgattcaaa 37429212  T
Q  210 tcacaaaacattcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgt 302  Q
    |||| |||  ||| || || | ||||||    ||  |   |||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  37429211 tcaccaaattttccaagttaaattttgttcttttacaatctaacaacttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgt 37429119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 250 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 37343320 - 37343272
Alignment:
Q  250 taacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcg 298  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| | |||||||||||    
T  37343320 taacatgttaaatggaaaaattctaaattggtgttttactttgccttcg 37343272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Original strand, 16842365 - 16842651
Alignment:
Q  18 attgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgac 117  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||||||||||  || ||    
T  16842365 attgtgatcttgtatttaataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaac 16842464  T
Q  118 aggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842465 aggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctaatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaa 16842564  T
Q  218 cattcaaaattgagttttgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgtta 304  Q
      |||||||||||| | |||||  ||||     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842565 acttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgtta 16842651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 305
Target Start/End: Original strand, 24217461 - 24217516
Alignment:
Q  250 taacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttag 305  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24217461 taacatgttaaatggaacaattccgcaatggtgttattccttgccttcgttgttag 24217516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 35 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 14553764 - 14553463
Alignment:
Q  35 aataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttagaactttcctctaacaacctgacaggccaagttccatcat 134  Q
    |||||||| ||| | |||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  14553764 aataacttaagctggagcatcccagatgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcat 14553665  T
Q  135 cactttttcatctacctcatctttctgatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacattcaaaattgagttt 234  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  14553664 cactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagcta 14553565  T
Q  235 tgtggaattgaacagtaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagcgttattcctcagtgacaaccacctcaca 334  Q
    |||||| || |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  14553564 tgtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcaca 14553465  T
Q  335 gg 336  Q
    ||    
T  14553464 gg 14553463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 250 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 23496120 - 23496081
Alignment:
Q  250 taacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattct 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  23496120 taacatgttaaatggaacaattccacgttggtgtttttct 23496081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University