View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13208_low_8 (Length: 666)

Name: NF13208_low_8
Description: NF13208
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13208_low_8
NF13208_low_8
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-659)||(7120820-7121462)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 598; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 598; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 7121462 - 7120820
Alignment:
Q  17 gtttactgaatgcaacttcacatgnnnnnnntactgaattgtatactacagtaccgctcaaaggatttgtccaacatgattccatatttgatgttaagca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7121462 gtttactgaatgcaacttcacatgaaaaaaacactgaattgtataccacagtaccgctcaaaggatttgtccaacatgattccatatttgatgttaagca 7121363  T
Q  117 atatgccattgcatatggtccagtttttagaattagtagttggacttcttcattctaatgatatgatgatgcagcagtgcatcatttgtgctcatagtta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7121362 atatgccattgcatatggtccagtttttagaattagtagttggacttcttcattctaatgatatgatgatgcagcagtgcatcatttgtgctcatagtta 7121263  T
Q  217 ccttggtttccatttatgtagagataaaatgatcttatatctctgcttactagacatggtgtcatttttgcaatttatttatcatgttgtgtactacaga 316  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7121262 ccttggtttctatttatgtagagataaaatgatcttatatctctgcttactagacatggtgtcatttttgcaatttatttatcatgttgtgtactacaga 7121163  T
Q  317 tgatgaagaaaagcaacttctgtttctcaggtacagtgatgcagttgacttacttaaatggctgcaaaatgtttacacttgtgatgtaaaaagaggatat 416  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7121162 tgatgaagaaaagcaacttctatttctcaggtacagtgatgcagttgacttacttaaatggctgcaaaatgtttacacttgtgatgtaaaaagaggatat 7121063  T
Q  417 tggacactgagattatccgttgacctggagcatctgggttacattgatgagagccttcaagtggctgaaaatggattgctggatccatgggtacgagctg 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7121062 tggacactgagattatccgttgacctggagcatctgggttacattgatgagagccttcaagtggctgaaaatggattgctggatccatgggtacgagctg 7120963  T
Q  517 gttctagaatggcattgcaaagacgggttcttcgcttaggaaaaccaccaagacggtggaaagttcctagtttttctaggtctgtactgaggaagatccc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  7120962 gttctagaatggcattgcaaagacgggttcttcgcttaggaaaaccaccaagacggtggaaagttcctagtttttctaggtctgtactgcgtaagatccc 7120863  T
Q  617 tgaggtaattgctttattgttttattatgattcttcgtctctg 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7120862 tgaggtaattgctttattgttttattatgattcttcgtctctg 7120820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University