View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13209_high_6 (Length: 521)
Name: NF13209_high_6
Description: NF13209
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13209_high_6 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Original strand, 1529890 - 1530396
Alignment:
| Q |
1 |
tattgatacttatgttcatctcaaggttgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagnnnnnnnnnnaatgattatttgaaaacccctttt |
100 |
Q |
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| T |
1529890 |
tattgatacttatgttcatctcaaggtcgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagttttttttttaatgattatttgaaaacccctttt |
1529989 |
T |
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| Q |
101 |
gatctatgtgctaaaaattgagnnnnnnnngttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttaatgat |
200 |
Q |
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| T |
1529990 |
gatctatgtgctaaaaattgagttttttttgttgggtttgttgaaatctgaatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttaatgat |
1530089 |
T |
|
| Q |
201 |
tgttgnnnnnnnaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattctattgagtggtgaaatggtgattgattattga |
300 |
Q |
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| T |
1530090 |
tgttgtttttttaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattctattgagtggtgaaatggtgattgattattga |
1530189 |
T |
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| Q |
301 |
gatgttagttatttttagctgtatataatttgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaa |
400 |
Q |
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| T |
1530190 |
gatgttagttatttttagctgtatataatttgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaa |
1530289 |
T |
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| Q |
401 |
tagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatttttgca |
500 |
Q |
| |
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| T |
1530290 |
tagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatttttgca |
1530389 |
T |
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| Q |
501 |
gaataat |
507 |
Q |
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| T |
1530390 |
gaataat |
1530396 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 22476828 - 22476322
Alignment:
| Q |
1 |
tattgatacttatgttcatctcaaggttgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagnnnnnnnnnna--atgattatttgaaaacccctt |
98 |
Q |
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| T |
22476828 |
tattgatacttatgttcatctcaaggtcgatttgtgcattgtatctcttctactttttttaatcagtttttttttttttatgattatttgaaaacccctt |
22476729 |
T |
|
| Q |
99 |
ttgatctatgtgctaaaaattgagnnnnnnnngttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttaatg |
198 |
Q |
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| T |
22476728 |
ttgatctatgtgctaaaaattaagttttttttgtttggtttgttgaaatctggattgtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttaatg |
22476629 |
T |
|
| Q |
199 |
attgttgnnnnnnnaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattct-attgagtggtgaaatggtgattgattat |
297 |
Q |
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| T |
22476628 |
attgttgtttttttaatttatcagagtgatccttggttctgggtatgcttgatgataatttgctggattcttattgagtggtgaaatggtgattggttat |
22476529 |
T |
|
| Q |
298 |
tgagatgttagttatttttagctgtatataatttgtgtttttt-ggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttgga |
396 |
Q |
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| T |
22476528 |
tgagatgttagttatttttagttgtatataatttttgtttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttgga |
22476429 |
T |
|
| Q |
397 |
ggaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatttt |
496 |
Q |
| |
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|
| T |
22476428 |
ggaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatttt |
22476329 |
T |
|
| Q |
497 |
tgcagaa |
503 |
Q |
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||||||| |
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| T |
22476328 |
tgcagaa |
22476322 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Original strand, 26841665 - 26842174
Alignment:
| Q |
1 |
tattgatacttatgttcatctcaaggttgatttgtgcattgtatctcttcttctttttttaatcagnnnnnnnnnnaatgattatttgaaaacccctttt |
100 |
Q |
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|
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| T |
26841665 |
tattgatacttatgttcatctcaaggtcgatttgtgaattgtatctcttatt-tttttttaatcagttttttttt--atgattatttgaaaacccctttt |
26841761 |
T |
|
| Q |
101 |
gatctatgtgctaaaaattgagnnnnnnnn--gttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttaatg |
198 |
Q |
| |
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| T |
26841762 |
gatctatgtgctaaaaattgagtatttcttttgttcgttttgttgaaatctggattgtagtttgaatttgataaatattgctatttaaacatgtttgatg |
26841861 |
T |
|
| Q |
199 |
attgttgnnnnnnnaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattct-attgagtggtgaaatggtgattgattat |
297 |
Q |
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| T |
26841862 |
attgttgtttttttaatttatcagagtgatccttggttctgggtatgcttgatgataatttgctagattcttattgagtggtgaaatggtgattgattat |
26841961 |
T |
|
| Q |
298 |
tgagatgttagttatttttagctgtatataatttgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttggag |
397 |
Q |
| |
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| T |
26841962 |
tgagatgttagttatttttagttgtatataatctgtgttttttggaaattggtatttgattgatatgtactggtttgaaaagtagtgttttttgttggag |
26842061 |
T |
|
| Q |
398 |
gaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcacta---ttcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatt |
494 |
Q |
| |
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| T |
26842062 |
gaatagattgtttgattaattgtgaattagttaggatggatttgcagaataatatgcactattcttcttatatttatgttcatttcaatttggcctaatt |
26842161 |
T |
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| Q |
495 |
tttgcagaataat |
507 |
Q |
| |
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||||||||||||| |
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| T |
26842162 |
tttgcagaataat |
26842174 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 81 - 455
Target Start/End: Original strand, 29099045 - 29099432
Alignment:
| Q |
81 |
attatttgaaaaccccttttgatctatgtgctaaaaattgagnnnnnnnngttgggtttgttgaaatctggatagtagtttgaatttgataaatattgct |
180 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |
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| T |
29099045 |
attatttggaaaccccttttgatctatgtgctaaaaattgaatttttttaat-gggtttgtttaaatctgcattgtagtttgaatttgataaagattgct |
29099143 |
T |
|
| Q |
181 |
atttaaacatgtttaatgattgttgnnnnnnna--------atttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctggattc-tat |
271 |
Q |
| |
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| T |
29099144 |
atttaaatatgtttaatgattgtttttttttatttttttttatttatcagagtgattcttgcttctggttatgcttgatgatggtttgctggattcatat |
29099243 |
T |
|
| Q |
272 |
tgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttatttttagctgtatataattt-----gtgttttttggaatttggtatttgattgatatgta |
366 |
Q |
| |
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| T |
29099244 |
tgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttacttttagctgtatataatataatctgtgttttttggaatttggtatttgattgatatgta |
29099343 |
T |
|
| Q |
367 |
ctggtttgaaaagtagtgttttttgttggaggaatagattgtttgattaattatgaattagttaggatggatttgcagaataatatgca |
455 |
Q |
| |
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| T |
29099344 |
ctggtttgaaaagtagtgttttttgtctgtggaagagattgcttgattaattaggaattagttaggatggatttgcagaataatatgca |
29099432 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 164 - 329
Target Start/End: Original strand, 21923016 - 21923182
Alignment:
| Q |
164 |
atttgataaatattgctatttaaacatgtttaatgattgttgnnnnnnnaatttatcagagtgatccttggttctgagtatgcttgatgataatttgctg |
263 |
Q |
| |
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|
| T |
21923016 |
atttgataaatactgctatttaaacatgtttaatgattgttgttttttttatttatcagagtgatccttggttctggttatgcttgatgataatttgttg |
21923115 |
T |
|
| Q |
264 |
gattct-attgagtggtgaaatggtgattgattattgagatgttagttatttttagctgtatataat |
329 |
Q |
| |
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| T |
21923116 |
gattcttattgagtggtgaaatggtgattaattattgagatgttagttatttttagctgtatataat |
21923182 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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