View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1320A-Insertion-8 (Length: 683)

Name: NF1320A-Insertion-8
Description: NF1320A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1320A-Insertion-8
NF1320A-Insertion-8
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (8-683)||(9229487-9230163)
chr1 (40-546)||(9161725-9162231)
chr1 (40-617)||(9155813-9156391)
chr1 (40-546)||(9170551-9171057)
chr1 (40-543)||(9200118-9200621)
chr1 (40-652)||(9118114-9118727)
chr1 (40-647)||(9218634-9219242)
chr1 (40-495)||(1868284-1868739)
chr1 (43-495)||(1842675-1843127)
chr1 (255-546)||(1816115-1816406)
chr1 (40-545)||(1856639-1857141)
chr1 (448-546)||(9178941-9179039)
chr1 (40-179)||(1815903-1816042)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (275-378)||(40568360-40568463)
chr3 (260-378)||(40579418-40579536)
chr3 (260-378)||(40572961-40573079)
chr3 (275-384)||(40591260-40591369)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (260-378)||(2015258-2015376)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 683
Target Start/End: Original strand, 9229487 - 9230163
Alignment:
Q  8 ccttgtaccacagtggctatcgtagtatggttaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229487 ccttgtaccacagtggctatcatagtatgatcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgt 9229586  T
Q  108 tggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgtttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229587 tggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgtttt 9229686  T
Q  208 ccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctcc 307  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229687 ccatattgcattattttccttttcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctcc 9229786  T
Q  308 aaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229787 aaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacaaaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattt 9229886  T
Q  408 tggacttcttgattgcaacaatcctgttgtctgctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgtt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229887 tggacttcttgattgcaacaatcctgttgtctgctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgtt 9229986  T
Q  508 ggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaatttgagcagttcctgatgcg-cttctcttttagaaagttggcgtagcaaaatgaaaccgccattttgt 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229987 ggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaatttgagtagttcctgatgcgtcttctcttttagaaagttggcgtagcaaaatgaaaccgccattttgt 9230086  T
Q  607 ttaaagaatttctcttttagtttcaagagttttcttctttgatataacatgtacaacgatgaactagccacagatag 683  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9230087 ttaaagaatttctcttttagtttcaagagttttcttctttgatataacatgtacaacgaggaactagccacagatag 9230163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 40 - 546
Target Start/End: Original strand, 9161725 - 9162231
Alignment:
Q  40 aagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggt 139  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| |||    
T  9161725 aagtggaaccaacctcgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcatctaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataataggt 9161824  T
Q  140 aaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactag 239  Q
    |  |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| | || ||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| || ||  || ||     
T  9161825 attgatgcagatgaatgtaaatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgtgttttccatgttggattgtttgctttatctttagtat 9161924  T
Q  240 tgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttct 339  Q
    | || || ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| || |   ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9161925 tatgtatgaaatcgaaaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttct 9162024  T
Q  340 atgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtct 439  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| | |||  | ||||| ||||||||||| || ||||  || || ||  |||| |||    
T  9162025 atgatttatttgggacagaacaactacctcgttaatgaactgctcaatttgatttgcatctattattttggattttttgacagcgacgattttgttatct 9162124  T
Q  440 gctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgttggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaa 539  Q
    | ||  | ||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| |    
T  9162125 ggtaagactcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctgccgatgattaagctatcatcgtagtttttggtggctttctttagttcctcttctgtgaata 9162224  T
Q  540 tttgagc 546  Q
    |||||||    
T  9162225 tttgagc 9162231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 40 - 617
Target Start/End: Original strand, 9155813 - 9156391
Alignment:
Q  40 aagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggt 139  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  9155813 aagtggaactaacctcgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggt 9155912  T
Q  140 aaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactag 239  Q
    |  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||  || ||  || ||     
T  9155913 attgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgggttttccatgttggattgtttgttttatctttagtac 9156012  T
Q  240 tgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttct 339  Q
    | || || ||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||| |   ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9156013 tatgtatgaaatcaaaaagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttct 9156112  T
Q  340 atgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtct 439  Q
     |||||||||||||| || ||||| |||||||| || || ||||| | |||  | ||||| |||||||| || || || |  ||||| ||  |||||||     
T  9156113 gtgatttatttgggataggacaactacctcattaataaactgctcgatttgatttgcatctattatttttgatttttttacagcaacgattttgttgtcg 9156212  T
Q  440 gctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgttggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaa 539  Q
    | || || ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||  | || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||  |||| |    
T  9156213 ggtaaaactcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctgccaatgattaagttttcatcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttcagtgaata 9156312  T
Q  540 tttgagcagttcctgatgcg-cttctcttttagaaagttggcgtagcaaaatgaaaccgccattttgtttaaagaattt 617  Q
    ||| ||| | |   || | | |||||||| |||| |||||  ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  9156313 tttcagctgattgcgaggtgtcttctcttgtagatagttgttgtagcaaaatggaaccaccattttgttgaaagaattt 9156391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 40 - 546
Target Start/End: Original strand, 9170551 - 9171057
Alignment:
Q  40 aagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggt 139  Q
    ||||||||||||||||||||| || || || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||     
T  9170551 aagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattgga 9170650  T
Q  140 aaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactag 239  Q
    |  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | || |||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||  || ||  || |      
T  9170651 attgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttaagcgggttttccatgttggattatttgttttatctttagtgc 9170750  T
Q  240 tgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttct 339  Q
    | || || ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || || | | ||||||||| |||||| | |||||| || | ||||||||||||||| ||    
T  9170751 tttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacaccaatgaaggaacttctgtctctagacaacaccctaggagtttgacaacattcct 9170850  T
Q  340 atgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtct 439  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||  | || || ||||||||||| || || |  || || ||  |||||||     
T  9170851 atgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtcaattattttggatttttttacagcgacgattttgttgtca 9170950  T
Q  440 gctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgttggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaa 539  Q
    | || || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||| |    
T  9170951 ggtaaaactcctttgtaaactgtaccaaaacctcctctgccaatgattaagctttcatcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttctgtgaata 9171050  T
Q  540 tttgagc 546  Q
    |||||||    
T  9171051 tttgagc 9171057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 40 - 543
Target Start/End: Original strand, 9200118 - 9200621
Alignment:
Q  40 aagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggt 139  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||     
T  9200118 aagtggaaccaatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctgtggataattgga 9200217  T
Q  140 aaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactag 239  Q
    |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  || ||  || |      
T  9200218 attgatgcagctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgttttccatgttggattatttgttttatctttagtgc 9200317  T
Q  240 tgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttct 339  Q
    | || || ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || |||| | ||||||||| |||||| | |||||| || | ||||||||||||||| ||    
T  9200318 tttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacactaatgaaggaacttctgtctctagacaacagcctaggagtttgacaacattcct 9200417  T
Q  340 atgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtct 439  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||  | || || ||||||||||| || || |  || |||||  |||| ||     
T  9200418 atgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtcaattattttggatttttttacagcgacaattttgttatca 9200517  T
Q  440 gctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgttggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaa 539  Q
    | || || |||||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| || || || || || ||||| |||||||||||||| |||||| |||| |    
T  9200518 ggtaaaactcctttgtaaactgtaccaaaacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtattttttggtggctttcttaagttcctcttctgtgaata 9200617  T
Q  540 tttg 543  Q
    ||||    
T  9200618 tttg 9200621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 40 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 9118727 - 9118114
Alignment:
Q  40 aagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggt 139  Q
    ||||||||||||| | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||     
T  9118727 aagtggaaccaatttggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattgga 9118628  T
Q  140 aaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactag 239  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||||||| ||| |||| |||| ||| |||||||   || |   || ||     
T  9118627 aatgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtat 9118528  T
Q  240 tgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttct 339  Q
    | || || ||||||||||| ||||| | |||||  |||||||| || |   ||||||||| |||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||    
T  9118527 tttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcct 9118428  T
Q  340 atgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtct 439  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| | |||  | || || |||||| ||||||| ||||  || || || ||||| ||     
T  9118427 atgatttatttgggacagaataactacctcattaatgaattgctcgatttgatttgcgtctattattctggactttttgacagccacgattctgttatcg 9118328  T
Q  440 gctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgttggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaa 539  Q
    | || || ||||||| |||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || || ||| ||||||||||||| |||||||| | |||| |||| |    
T  9118327 ggtaaaactcctttgaaaattgtaccgaaacctcctcttccaatgattaagctttcgtcgtagctgttggtagcttttttaagttccttttctgtgaata 9118228  T
Q  540 tttgagcagttcctgatgcg-cttctcttttagaaagttggcgtagcaaaatgaaaccgccattttgtttaaagaatttctcttttagtttcaagagttt 638  Q
    | ||||| | |   || | | |||||||| || | ||||   |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||| | ||||||    
T  9118227 tctgagctgattgagacgtgtcttctcttgtaaagagtttttgtagcaaaatgaaaccaccattttgttgaaagaatttttgttttagtttgatgagttt 9118128  T
Q  639 tcttctttgatata 652  Q
    |||| |||| ||||    
T  9118127 tcttttttggtata 9118114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 40 - 647
Target Start/End: Original strand, 9218634 - 9219242
Alignment:
Q  40 aagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggt 139  Q
    ||||||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||     
T  9218634 aagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattgga 9218733  T
Q  140 aaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactag 239  Q
    |  ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| | || ||||||||||||||||| |||||||||  || ||| ||||| || ||  ||| |     
T  9218734 attgatgcagctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaat 9218833  T
Q  240 tgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttct 339  Q
    | || || ||||| ||||| || || ||||||| ||||||||| || |   ||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||    
T  9218834 tttgtatgaaatcaaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcct 9218933  T
Q  340 atgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtct 439  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||  | || || |||||||||||||| ||||  || |||||  |||| ||     
T  9218934 atgatttatttgggacagaacaactacctcattaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttgacagcgacaattttgttatcg 9219033  T
Q  440 gctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgttggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaa 539  Q
    |  | |||||||||| |||| ||||| ||||||||||| || || ||||| || || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||  |||| |    
T  9219034 ggcaaaattcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttccgtgaata 9219133  T
Q  540 tttgagcagttcctgatgcg-cttctcttttagaaagttggcgtagcaaaatgaaaccgccattttgtttaaagaatttctcttttagtttcaagagttt 638  Q
    ||||||| | |   || | | |||||||| | || |||||  ||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||| |  |||||||| | ||||||    
T  9219134 tttgagctgattgcgaagtgtcttctcttgttgatagttgttgtagcaaaatagaaccaccattttgttgaaagaatttttgctttagtttgatgagttt 9219233  T
Q  639 tcttctttg 647  Q
     ||| ||||    
T  9219234 ccttttttg 9219242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 1868739 - 1868284
Alignment:
Q  40 aagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggt 139  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||   |   ||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |||    
T  1868739 aagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggt 1868640  T
Q  140 aaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactag 239  Q
    |  || ||| |||||||||||||||| |||||| | ||||  || || |||||| | | ||| ||||||||| || |||||||  |||| | | |    |    
T  1868639 attgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtg 1868540  T
Q  240 tgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttct 339  Q
    |||| || ||| |  ||||||| |||||| ||| |||||||||||| |  |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  1868539 tgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcct 1868440  T
Q  340 atgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtct 439  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || | |||| |   ||| |||||||| || || ||||| ||||| || || || ||     
T  1868439 atgatttatttgagagagaacaaccacctcattaatgaattgatcgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacgattcttttatca 1868340  T
Q  440 gctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctc 495  Q
     |||||| ||||||| |||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||||| ||||    
T  1868339 tctagaagtcctttgaaaacggtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctc 1868284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 43 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 1843127 - 1842675
Alignment:
Q  43 tggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaag 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||   |   ||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||      
T  1843127 tggaaccaatcttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggattattggtatt 1843028  T
Q  143 gatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgt 242  Q
    || ||| |||||||||||||||| |||| | | ||||  || || |||||| | | ||| ||||||||| || |||||||  |||| | | |    ||||    
T  1843027 gaggcatatgaatgtagatatgacaaagtttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgt 1842928  T
Q  243 gcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatg 342  Q
    | || ||| |  ||||||| |||||| ||| |||||||||||| |  |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  1842927 gtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatg 1842828  T
Q  343 atttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtctgct 442  Q
    ||||||||| || |||| ||  |||||||| |||||||| |  | |||| |   ||| |||||||| || || ||||| ||||| || || || ||  ||    
T  1842827 atttatttgagagagaataattacctcattaatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacgattcttttatcatct 1842728  T
Q  443 agaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctc 495  Q
    |||| |||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||||| ||||    
T  1842727 agaaatcctttgtaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctc 1842675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 255 - 546
Target Start/End: Original strand, 1816115 - 1816406
Alignment:
Q  255 aaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 354  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||| ||| || | |||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||    
T  1816115 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccccaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 1816214  T
Q  355 cagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtctgctagaattcctttg 454  Q
     | |||| ||||||| || |||||||| || | |||| |  | || ||| |||||||||| ||||| || ||||| || || ||  | ||    ||||||    
T  1816215 gacaacatccacctcgttaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatagccacaattctattatcatcaagttcccctttg 1816314  T
Q  455 taaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgttggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaatttgagc 546  Q
     |||| ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||    
T  1816315 aaaactgtaccaaaacctcctctacctatgattaagctctcatcaaagttgttagtagctttccttagttcattttctttgaaaatgtgagc 1816406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 1857141 - 1856639
Alignment:
Q  40 aagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggt 139  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||   |  |||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |||    
T  1857141 aagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggt 1857042  T
Q  140 aaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactag 239  Q
       || ||| |||||||||||||||| | |||  | ||||  || || |||||| | | ||| || |||||  ||| || ||| | |||  |  |    |    
T  1857041 gttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttacctttt---g 1856945  T
Q  240 tgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttct 339  Q
    |||| || || ||  |||| ||||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||| ||| || | |||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  1856944 tgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacatttct 1856845  T
Q  340 atgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgttgtct 439  Q
     ||||||||||| || | |||| |||||||||| |||||||| || | |||| |    || ||| |||| ||||| ||||| |||||||| || || ||     
T  1856844 gtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatca 1856745  T
Q  440 gctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgttggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaa 539  Q
     | ||    ||||||||||| ||||| ||||||||| | || || ||||| ||||| ||| | ||||| || |||||| | ||||||| ||||| |||||    
T  1856744 tcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgattaagctctcatcaaatttgttagtggctttccttagttcattttcttcgaaaa 1856645  T
Q  540 tttgag 545  Q
    | ||||    
T  1856644 tgtgag 1856639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 448 - 546
Target Start/End: Original strand, 9178941 - 9179039
Alignment:
Q  448 tcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgttggtagctttcttaagttcatcttctttgaaaatttgagc 546  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  9178941 tcctttgtaaactgtaccaaaacctcctctgccaatgattaagctttcatcgtagtttttggtggctttcttaagttcctcttctgtgaatatttgagc 9179039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 179
Target Start/End: Original strand, 1815903 - 1816042
Alignment:
Q  40 aagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggt 139  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||||||| |||||||| || ||||   |  |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  1815903 aagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggt 1816002  T
Q  140 aaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgcta 179  Q
    |  || |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||    
T  1816003 attgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagcta 1816042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 40568463 - 40568360
Alignment:
Q  275 aattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcattta 374  Q
    ||||||||||| || || ||||||| |||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| |    
T  40568463 aattcataaacaagcaagggaacttctgtctctaaacaacaacccaagagctttaccacatttctatggttgatttgggaaagaacgaccacttcattga 40568364  T
Q  375 tgaa 378  Q
    ||||    
T  40568363 tgaa 40568360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 260 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 40579536 - 40579418
Alignment:
Q  260 gtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaa 359  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||| |  || || |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  40579536 gtaccattgggaataaattcgtaaacaagtaacggaacttctgtctctaaacaacaacccaaaatctttaccacatttctatgattgatttgggaaagaa 40579437  T
Q  360 caaccacctcatttatgaa 378  Q
      ||||| ||||| |||||    
T  40579436 tgaccacttcattgatgaa 40579418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 40573079 - 40572961
Alignment:
Q  260 gtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaa 359  Q
    |||||||||  |||||||||||| || | ||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||  || || ||||||||||| || |||||||| || |    
T  40573079 gtaccattgggaataaattcatacacaactaagggaacttctgtctctaaacaacagcccaagatctttaccacatttctatggttgatttgggaaagta 40572980  T
Q  360 caaccacctcatttatgaa 378  Q
    | ||||| ||||| |||||    
T  40572979 cgaccacttcattgatgaa 40572961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 40591369 - 40591260
Alignment:
Q  275 aattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcattta 374  Q
    ||||||||||| || || ||||||| |||||| |||||||| ||||| | | | || ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| |    
T  40591369 aattcataaacaagcaatggaacttctgtctctaaacaacaacccaaaattcttaccacatttctatggttgatttgagaaagaacgaccacttcattga 40591270  T
Q  375 tgaattgctc 384  Q
    ||||| ||||    
T  40591269 tgaatggctc 40591260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 260 - 378
Target Start/End: Original strand, 2015258 - 2015376
Alignment:
Q  260 gtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaa 359  Q
    |||||||||  ||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||| || || |    
T  2015258 gtaccattgggaatgaattcgtaaacaagtaaaggaacttctgtctctaaacaacaacccaagagctttaccacatttctatggttgatttgtgaaagca 2015357  T
Q  360 caaccacctcatttatgaa 378  Q
    ||| ||| ||||| |||||    
T  2015358 caatcacttcattgatgaa 2015376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University