View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1320R-Insertion-12 (Length: 580)

Name: NF1320R-Insertion-12
Description: NF1320R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1320R-Insertion-12
NF1320R-Insertion-12
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (8-580)||(22933044-22933616)
chr7 (9-580)||(22921975-22922543)
chr7 (264-357)||(22858498-22858591)
chr7 (264-350)||(22815070-22815156)
chr7 (264-326)||(22880631-22880693)
chr7 (264-350)||(22889335-22889421)
chr7 (266-350)||(22885637-22885721)
chr7 (264-350)||(22831074-22831160)
chr7 (305-350)||(22840095-22840140)
chr7 (305-350)||(22893987-22894032)
chr7 (305-350)||(22809687-22809732)
chr7 (305-350)||(22898306-22898351)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (12-577)||(15628056-15628624)
chr5 (156-210)||(17394032-17394086)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (264-350)||(21150585-21150671)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 537; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 580
Target Start/End: Original strand, 22933044 - 22933616
Alignment:
Q  8 aataataagattaacaaatgattcaagcaaattaatgggccatgctttttactctcaaccttttcagctaaagaactcaacaactggtaaagctttttcc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22933044 aataataagattaacaaatgattcaagcaaattaatgggccatgctttttactctcaaccttttcagctaaagaactcaacaactggtaaagctttttcc 22933143  T
Q  108 ttttcatcaacctttgccattgctgttgttcctgagtatcctagagttggtggtcatggcatggctttcacaatagcccctacaaaggatctcaaagctt 207  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  22933144 ttttcatcaacctttgctattgctgttgttcctgagtatcctagagttggtggtcatggcatggctttcacaatagcacctactaaggatctcaatgctt 22933243  T
Q  208 tacctattcagtatcttggtcttttcaatgcaagcaatgtttttggtaatttctctaaccatatttttgctgttgagtttgacactgctcaagattttga 307  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  22933244 tacctattcaatatcttggtcttttcaatgcaagcaatgtttttggtaatttctctaaccatatttttgctgtcgagtttgacactgctcaagactttga 22933343  T
Q  308 gtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaatagtttgaggtcaaatgcttctgttcctgctggttattacactgataattcaaccaaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22933344 gtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaatagtttgaggtcaaatgcttctgttactgctggttattacactgataattcaaccaaa 22933443  T
Q  408 caagatcttaatattaaaagtgggaaaccaattcttgtttgggttgattatgattcttcattgaatcttattagtgttacactttctccaacttcaacta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22933444 caagatcttaatattaaaagtgggaaaccaattcttgtttgggttgattatgattcttcattgaatcttattagtgttacactttctccaacttcaatta 22933543  T
Q  508 aaccgaaaaaaccgatcttgtcctttcatgtggatctatctcctatttttcatgatactatgtatgttggttt 580  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22933544 aaccgaaaaaaccgatcttgtcctttcatgtggatctatctcctatttttcatgatactatgtatgttggttt 22933616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 9 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 22922543 - 22921975
Alignment:
Q  9 ataataagattaacaaatgattcaagcaaattaatgggccatgctttttactctcaaccttttcagctaaagaactcaacaactggtaaagctttttcct 108  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| | |||| |||| |||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||  ||| |||||||||| ||| || |    
T  22922543 ataataagattaacaaatgaaacaagtagattattgggtcatgctttttatcctcaaccatttcagataaagaacaaaactactggtaaagttttctctt 22922444  T
Q  109 tttcatcaacctttgccattgctgttgttcctgagtatcctagagttggtggtcatggcatggctttcacaatagcccctacaaaggatctcaaagcttt 208  Q
    | |||||| | |||||  |||||  ||||||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||| || |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  22922443 tctcatcatcttttgcacttgcttgtgttcctgaatatcctaaacttggtggccatggcatggcttttactatagtcccttcaaaagatctcaaagcttt 22922344  T
Q  209 acctattcagtatcttggtcttttcaatgcaagcaatgtttttggtaatttctctaaccatatttttgctgttgagtttgacactgctcaagattttgag 308  Q
    ||||| ||| |||||||||||| | ||| ||||  |||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22922343 acctagtcaatatcttggtcttctgaattcaagtgatgtt---ggtaatttctctaaccatctttttgctgttgagtttgacactgttcaagattttgag 22922247  T
Q  309 tttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaatagtttgaggtcaaatgcttctgttcctgctggttattacactgataattcaaccaaac 408  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || | ||||||||  || || ||||||||||||| | |||| ||   |     |    
T  22922246 tttggtgatattaatgataaccatgttggtatagatattaatagtatgcgttcaaatgcaactattactgctggttattatagtgatgatgatatggttc 22922147  T
Q  409 aagatcttaatattaaaagtgggaaaccaattcttgtttgggttgattatgattcttcattgaatcttattagtgttacactttctccaacttcaactaa 508  Q
    |  || ||| ||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| | |||    
T  22922146 ataatattagtattaaaggtggaaaaccaattttagtttgggttgattatgattcttcattggaacttattagtgttacactttcaccaacttctaataa 22922047  T
Q  509 accgaaaaaaccgatcttgtcctttcatgtggatctatctcctatttttcatgatactatgtatgttggttt 580  Q
     || |||||||| || ||| | |||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  22922046 gcctaaaaaacctattttgacttttcatatggatctatcacctctttttcttgatactatgtatgttggttt 22921975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 264 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 22858591 - 22858498
Alignment:
Q  264 aaccatatttttgctgttgagtttgacactgctcaagattttgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaatagtttga 357  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  22858591 aaccatgtgtttgctgttgagcttgacactattcaagatcttgagtttgatgatatcaataataaccatgctggtattgacatcaataatttga 22858498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 264 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 22815156 - 22815070
Alignment:
Q  264 aaccatatttttgctgttgagtttgacactgctcaagattttgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 350  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  22815156 aaccatgtttttggtgttgagcttgacactcgtcaagatttgcagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtatcgatatcaat 22815070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 264 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 22880693 - 22880631
Alignment:
Q  264 aaccatatttttgctgttgagtttgacactgctcaagattttgagtttgatgatattaatgat 326  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22880693 aaccatgtttttgctgttgagtttgacactgttcaagattttgagtttgacgatatcaatgat 22880631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 264 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 22889421 - 22889335
Alignment:
Q  264 aaccatatttttgctgttgagtttgacactgctcaagattttgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 350  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||||||    
T  22889421 aaccatgtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaacgataaccatgttggaattgatatcaat 22889335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 266 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 22885721 - 22885637
Alignment:
Q  266 ccatatttttgctgttgagtttgacactgctcaagattttgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 350  Q
    |||| |||||| | ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  22885721 ccatgtttttggtattgagcttgacactgatcaaaattttgagtttgatgaaatcaatgataaccatattggtattgatatcaat 22885637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 264 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 22831160 - 22831074
Alignment:
Q  264 aaccatatttttgctgttgagtttgacactgctcaagattttgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 350  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||  | || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||    
T  22831160 aaccatgtttttggtgttgagcttgacactcgtaaaaattttgagtttgatgatatcaatgataatcatgttggaattgatatcaat 22831074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 305 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 22840140 - 22840095
Alignment:
Q  305 tgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 350  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  22840140 tgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaat 22840095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 305 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 22894032 - 22893987
Alignment:
Q  305 tgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 350  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  22894032 tgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaat 22893987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 305 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 22809732 - 22809687
Alignment:
Q  305 tgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 350  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  22809732 tgagtttgatgatatcaatgataaccatattggtattgatatcaat 22809687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 305 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 22898351 - 22898306
Alignment:
Q  305 tgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 350  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  22898351 tgagtttaatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaat 22898306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 12 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 15628624 - 15628056
Alignment:
Q  12 ataagattaacaaatgattcaagcaaattaatgggccatgctttttactctcaaccttttcagctaaagaactcaacaactggtaaagctttttcctttt 111  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||   |||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||  || ||||    
T  15628624 ataagattaacaaatcacacaaacaatgaaatgggccatgctttttactcattaccttttcagctaaggaactcgacaactcgtaaagcttactcatttt 15628525  T
Q  112 catcaacctttgccattgctgttgttcctgagtatcctagagttggtggtcatggcatggctttcacaatagcccctacaaaggatctcaaagctttacc 211  Q
    | ||| | |||||  |||||||||| |||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||| ||  ||    
T  15628524 cttcatcttttgctcttgctgttgtccctgagtatcctaatataggtggtcatggcatggctttcacaatagcaactactaaggatctcgaaggttcgcc 15628425  T
Q  212 tattcagtatcttggtcttttcaatgcaagcaatgtttttggtaatttctctaaccatatttttgctgttgagtttgacactgctcaagattttgagttt 311  Q
    | ||||||||||||||||||||||| | || ||||||   |||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||||||    ||| |||| ||||    
T  15628424 tcttcagtatcttggtcttttcaattcgagtaatgtt---ggtaatttttcgaaccatctttttgctgttgaatttgacactgtcttagactttgggttt 15628328  T
Q  312 gatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaatagtttgaggtcaaatgcttctgttcctgctggttattacactgataat---tcaaccaaac 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || || || | |||| ||||||| ||||| | |||||||   ||||||||||    
T  15628327 gatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaatggtttgaaatccaaagcatatgttactgctggctattatattgataatgattcaaccaaac 15628228  T
Q  409 aaga---tcttaatattaaaagtgggaaaccaattcttgtttgggttgattatgattcttcattgaatcttattagtgttacactttctccaacttcaac 505  Q
    || |   |||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15628227 aacaacatcttgatatcaaaagtgggaaaccaattctagcttgggttgattatgattcttcaataaatcttgttagtgttacactttctccaacttcaac 15628128  T
Q  506 taaaccgaaaaaaccgatcttgtcctttcatgtggatctatctcctatttttcatgatactatgtatgttgg 577  Q
     ||||| |||||||| |  ||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15628127 aaaaccaaaaaaaccaactttgtcctttcataccgatctatcgcctatttttcatgatactatgtatgttgg 15628056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 210
Target Start/End: Original strand, 17394032 - 17394086
Alignment:
Q  156 ggtggtcatggcatggctttcacaatagcccctacaaaggatctcaaagctttac 210  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  17394032 ggtggtcatggtatgactttcactatagcaactacaaaggatctcaaagctttac 17394086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 264 - 350
Target Start/End: Original strand, 21150585 - 21150671
Alignment:
Q  264 aaccatatttttgctgttgagtttgacactgctcaagattttgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 350  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  21150585 aaccatgtttttggtgttgagcttgacactgttcaagattttgagtttgatgatatcaataataaccatgttggtattgatatcaat 21150671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University