View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1320R-Insertion-2 (Length: 990)
Name: NF1320R-Insertion-2
Description: NF1320R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1320R-Insertion-2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 572 - 975
Target Start/End: Original strand, 5398740 - 5399147
Alignment:
| Q |
572 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
671 |
Q |
| |
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| T |
5398740 |
tgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
5398839 |
T |
|
| Q |
672 |
atctcaattcattgtgtcattatgctaaagttgcagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
771 |
Q |
| |
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|| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
5398840 |
atttcaattcattgtgtcattatgttatagttgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
5398938 |
T |
|
| Q |
772 |
atatacactatgtatgtaa-ttgtaatcag-tatcaataataatatagccaattctctatatggtatcagacttagccttagcctaacagcatctcacga |
869 |
Q |
| |
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| T |
5398939 |
atatatactatgtttgtaatttgtaatctgctatcaattataatatagccaattctctatatggtatcagacttagccttagcctaacagcatctcacga |
5399038 |
T |
|
| Q |
870 |
tccatacctccttcactatggcagccaccac-aacccaac-aaaacaagtcttcttattcatgcttccatcactcttaagctttctcgag-cagtcatcg |
966 |
Q |
| |
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|
|
| T |
5399039 |
tccatacctccttcactatggcagccaccacaaacccaacaaaaacaagtcttcttattcatgcttccatcactcttaagctttctcgagccagtcatcg |
5399138 |
T |
|
| Q |
967 |
tgcatggaa |
975 |
Q |
| |
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||| ||||| |
|
|
| T |
5399139 |
tgcctggaa |
5399147 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 572 - 830
Target Start/End: Original strand, 5403174 - 5403433
Alignment:
| Q |
572 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
671 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
5403174 |
tgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
5403273 |
T |
|
| Q |
672 |
atctcaattcattgtgtcattatgctaaagttgcagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
771 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5403274 |
atttcaattcattgtgtcattatgttatagttgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
5403372 |
T |
|
| Q |
772 |
atatacactatgtatgtaa-ttgtaatcag-tatcaataataatatagccaattctctata |
830 |
Q |
| |
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||||| ||||||| ||||| |||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5403373 |
atatatactatgtttgtaatttgtaatctgctatcaattataatatagccaattctctata |
5403433 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 423 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 4918271 - 4918123
Alignment:
| Q |
423 |
aattgaattaaagaggatgcaatgcttcttaagggatgctgagagaaagcaggatgaaggcggtgagactataaagaattggatatcagagatcagaaaa |
522 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4918271 |
aattgaactaaagaggatgcaatgtttcttaagggatgctgagagaaagcaggatgaaggtggtgagactataaagaattggatatcagagatcagaaaa |
4918172 |
T |
|
| Q |
523 |
ttaacttatgatgctgaggatgtgattgaaacttatgccatcaaagttt |
571 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4918171 |
ttagcttatgatgctgaggatgtgattgaaacttatgccatcaaagttt |
4918123 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 215 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 4919433 - 4919241
Alignment:
| Q |
215 |
gaggaagaacacgaatttaaggcgatttgattctttcatgcatcttctttaatctctttctatattccatatgaattttgtattataaagtcaacgctgg |
314 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
4919433 |
gaggaataacacgaatttaaggtgatttgattctttcatatattttctttaatctctttccatattccataaaaatttactattacaaagtcaacgctgg |
4919334 |
T |
|
| Q |
315 |
tatatgcttcttatggtggaatattgttttaactgatttttgtacttgaagatgtttcaaatttaatttcatgtgctcacttttacttttatc |
407 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
4919333 |
tatatgcttcttatggtggaatattgttttaactgatttttgtacttgatgatgtttcaaatttaattcaatgtgctcagttttacttttatc |
4919241 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 423 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 4930129 - 4929981
Alignment:
| Q |
423 |
aattgaattaaagaggatgcaatgcttcttaagggatgctgagagaaagcaggatgaaggcggtgagactataaagaattggatatcagagatcagaaaa |
522 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4930129 |
aattgaactaaagaggatgcaatgtttcttaagggatgctgagagaaagcaggatgaaggtggtgagactataaagaattggatatcagagatcagaaaa |
4930030 |
T |
|
| Q |
523 |
ttaacttatgatgctgaggatgtgattgaaacttatgccatcaaagttt |
571 |
Q |
| |
|
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4930029 |
ttagcttatgatgttgaggatgtgattgaaacttatgccatcaaagttt |
4929981 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 572 - 766
Target Start/End: Original strand, 39728796 - 39728989
Alignment:
| Q |
572 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
671 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
39728796 |
tgttagacattaatttacatatgtctctagatacatccattttaaagtcaacacatcaatttccatatcagtagtttattgcatcaaattacaaatattt |
39728895 |
T |
|
| Q |
672 |
atctcaattcattgtgtcattatgctaaagttgcagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatg |
766 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39728896 |
atttcaattcattgtgtcattatgttatagctgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaatcttaatttatcattatttcattattattacatg |
39728989 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 435 - 564
Target Start/End: Original strand, 4887208 - 4887337
Alignment:
| Q |
435 |
gaggatgcaatgcttcttaagggatgctgagagaaagcaggatgaaggcggtgagactataaagaattggatatcagagatcagaaaattaacttatgat |
534 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| || |||| ||| |
|
|
| T |
4887208 |
gaggatgaaatgcttcttaagagaagctgatagaaagcaggatgaaggtggtgagactataaagaatttgatatcagaaattagaaaactagcttacgat |
4887307 |
T |
|
| Q |
535 |
gctgaggatgtgattgaaacttatgccatc |
564 |
Q |
| |
|
| |||||| ||||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
4887308 |
gtcgaggatctgattgagaattatgccatc |
4887337 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 571 - 975
Target Start/End: Original strand, 3539737 - 3540144
Alignment:
| Q |
571 |
ttgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatatt |
670 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3539737 |
ttgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatatt |
3539836 |
T |
|
| Q |
671 |
catctcaattcattgtgtcattatgctaaagttgcagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttg |
770 |
Q |
| |
|
||| | ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
3539837 |
catttgaattcattgtgtcattatgttatagttgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattatatggttg |
3539935 |
T |
|
| Q |
771 |
tatatacactatgtatgtaa-ttgtaatcagtatcaataataatatagccaattctctatatggtatcagacttagccttagcctaacagcatctcacga |
869 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3539936 |
tatatatactatgtatgtaatttgtaattagaatcaataataatatagccaattctctatatggtatcagacttagccttagcctaacagcatctcacga |
3540035 |
T |
|
| Q |
870 |
tccatacctccttcactatggcagccaccac-aacccaac-aaaacaagtcttcttattcatgcttccatcactcttaagctttctcgag-cagtcatcg |
966 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
3540036 |
tccatacatccttcactatggcagccaccacaaacccaacaaaaacaagtcttcttattcatgcttccatcactattaagctttctcgagccagtcatcg |
3540135 |
T |
|
| Q |
967 |
tgcatggaa |
975 |
Q |
| |
|
||| ||||| |
|
|
| T |
3540136 |
tgcctggaa |
3540144 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 572 - 830
Target Start/End: Original strand, 3544161 - 3544419
Alignment:
| Q |
572 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
671 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3544161 |
tgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
3544260 |
T |
|
| Q |
672 |
atctcaattcattgtgtcattatgctaaagttgcagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
771 |
Q |
| |
|
|| | ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
3544261 |
atttgaattcattgtgtcattatgttatagttgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattatatggttgt |
3544359 |
T |
|
| Q |
772 |
atatacactatgtatgtaa-ttgtaatcagtatcaataataatatagccaattctctata |
830 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3544360 |
atatatactatgtatgtaatttgtaattagaatcaataataatatagccaattctctata |
3544419 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 572 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 34695603 - 34695345
Alignment:
| Q |
572 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
671 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34695603 |
tgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacaacaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
34695504 |
T |
|
| Q |
672 |
atctcaattcattgtgtcattatgctaaagttgcagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
771 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34695503 |
atttcaattcattgtgtcattatgttatagatgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
34695405 |
T |
|
| Q |
772 |
atatacactatgtatgtaa-ttgtaatcagtatcaataataatatagccaattctctata |
830 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34695404 |
atatatactatgtttgtaatttgtaatctgtatcaataataatatagccaattctctata |
34695345 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 200; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 572 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 6517155 - 6516897
Alignment:
| Q |
572 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
671 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6517155 |
tgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacaccaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
6517056 |
T |
|
| Q |
672 |
atctcaattcattgtgtcattatgctaaagttgcagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
771 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6517055 |
atttcaattcattgtgtcattatgttatagctgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
6516957 |
T |
|
| Q |
772 |
atatacactatgtatgtaa-ttgtaatcagtatcaataataatatagccaattctctata |
830 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6516956 |
atatatactatgtttgtaatttgtaatctgtatcaattataatatagccaattctctata |
6516897 |
T |
|
Back To:
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