View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1320_low_22 (Length: 446)

Name: NF1320_low_22
Description: NF1320
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1320_low_22
NF1320_low_22
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (32-439)||(49206822-49207229)
chr3 (30-439)||(49201865-49202274)
chr3 (30-439)||(49211406-49211803)
chr3 (30-439)||(49186885-49187294)
chr3 (32-439)||(49190590-49190985)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (30-438)||(51823582-51823990)
chr1 (30-439)||(31526701-31527101)
chr1 (30-439)||(32593300-32593697)
chr1 (140-439)||(37030141-37030440)
chr1 (32-108)||(37030057-37030133)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (33-439)||(26755869-26756272)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (30-65)||(52267390-52267425)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 404; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 439
Target Start/End: Original strand, 49206822 - 49207229
Alignment:
Q  32 aacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcccc 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49206822 aacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcccc 49206921  T
Q  132 cattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49206922 cattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatt 49207021  T
Q  232 tatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcccc 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207022 tatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcccc 49207121  T
Q  332 tctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgcct 431  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207122 tctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgcct 49207221  T
Q  432 tcatctca 439  Q
    || |||||    
T  49207222 tcttctca 49207229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 439
Target Start/End: Original strand, 49201865 - 49202274
Alignment:
Q  30 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcc 129  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  49201865 gcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttttttc 49201964  T
Q  130 cccattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccacca 229  Q
     |||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49201965 accaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccacca 49202064  T
Q  230 tttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcc 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  49202065 tttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattcagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcc 49202164  T
Q  330 cctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgc 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||  | ||||| || ||||||||||||||    
T  49202165 cctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcaagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgcttctgcctctgc 49202264  T
Q  430 cttcatctca 439  Q
    |||| |||||    
T  49202265 cttcttctca 49202274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 30 - 439
Target Start/End: Original strand, 49211406 - 49211803
Alignment:
Q  30 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcc 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||||||      ||    
T  49211406 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtacacaccagcaacttctttcatc------gcaccttca------cc 49211493  T
Q  130 cccattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccacca 229  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49211494 cccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcagcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccacca 49211593  T
Q  230 tttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  49211594 tttatcatcaagtaatcccttactgctgtatagttgtttccaagtgcattcagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcc 49211693  T
Q  330 cctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgc 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49211694 cctctgcctcttttttctttgcgtacagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgtgcttctgcctctgc 49211793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 30 - 439
Target Start/End: Original strand, 49186885 - 49187294
Alignment:
Q  30 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcc 129  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49186885 gcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccatcagttattcc 49186984  T
Q  130 cccattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccacca 229  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  49186985 cccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtattgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgtcacca 49187084  T
Q  230 tttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcc 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||| |    
T  49187085 tttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcttgtccaagtgtcacaattc 49187184  T
Q  330 cctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgc 429  Q
    |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||| | ||||||| | ||||| || ||||||||||||||    
T  49187185 cctctgcctcctttttctttgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttgcatctgccgacgctttctgtgcttctgcctctgc 49187284  T
Q  430 cttcatctca 439  Q
    |||| |||||    
T  49187285 cttcttctca 49187294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 32 - 439
Target Start/End: Original strand, 49190590 - 49190985
Alignment:
Q  32 aacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcccc 131  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||      ||||    
T  49190590 aacattcccgtttgctcatgaacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatc------gcaccttca------cccc 49190677  T
Q  132 cattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatt 231  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49190678 cactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatt 49190777  T
Q  232 tatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcccc 331  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  49190778 tatcatcaagaaatcccttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccc 49190877  T
Q  332 tctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgcct 431  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  49190878 tctgcctcctttttctttgcatatagctctgcttcagctgcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgcct 49190977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 30 - 438
Target Start/End: Original strand, 51823582 - 51823990
Alignment:
Q  30 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| | ||||||    
T  51823582 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttgaacagaggtggcagcatcttgtagacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcggctattcc 51823681  T
Q  130 cccattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccacca 229  Q
     ||   ||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51823682 gcctccattgtcccctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccacca 51823781  T
Q  230 tttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcc 329  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  51823782 tttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcatttccaagtgtcacaatcc 51823881  T
Q  330 cctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgc 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  51823882 cctctgcctcttttttctttgcgtatagatctgcttcagctgcttgcttgcacgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgcttctgcctctgc 51823981  T
Q  430 cttcatctc 438  Q
    |||| ||||    
T  51823982 cttcttctc 51823990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 30 - 439
Target Start/End: Original strand, 31526701 - 31527101
Alignment:
Q  30 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcc 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||       ||    
T  31526701 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcg------cc 31526794  T
Q  130 cccattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccacca 229  Q
     ||||| |   |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31526795 tccattgt---cacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtaccgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccacca 31526891  T
Q  230 tttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcc 329  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31526892 tttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcattcccaagtgtcacaatcc 31526991  T
Q  330 cctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgc 429  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  31526992 cctctgcctcttttttctttgcatatagctccgcttcggctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgacaatgctttctgtgcttctgcctctgc 31527091  T
Q  430 cttcatctca 439  Q
    |||| |||||    
T  31527092 cttcttctca 31527101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 30 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 32593697 - 32593300
Alignment:
Q  30 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcc 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| ||||||||    
T  32593697 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcagcatcttgtaaacaccagcaacctctttcatgcccatagaaccttccgttattcc 32593598  T
Q  130 cccattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccacca 229  Q
     ||             |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32593597 gcct------------ccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccatgtactgcctcagcattgatcttagccatctcttgaaacatgccacca 32593510  T
Q  230 tttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcc 329  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32593509 tttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcattcccaagtgtcacaatcc 32593410  T
Q  330 cctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgc 429  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  32593409 cttctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgcttctgcctctgc 32593310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 140 - 439
Target Start/End: Original strand, 37030141 - 37030440
Alignment:
Q  140 tcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatca 239  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030141 tcacccccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtcctcgtattgcctcggcgttaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatca 37030240  T
Q  240 agtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcccctctgcctc 339  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||| |  |||| ||||| ||| |||||||||||    
T  37030241 agtaatccctcacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattaagaagtttacttacatacaccccttgagcttgtccaactgtcacaattccctctgcctc 37030340  T
Q  340 ttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgccttcatctca 439  Q
     ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||| | ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| |||||    
T  37030341 ctttttctttgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttgcatctgccgatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctca 37030440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 32 - 108
Target Start/End: Original strand, 37030057 - 37030133
Alignment:
Q  32 aacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacc 108  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030057 aacattcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacc 37030133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 33 - 439
Target Start/End: Original strand, 26755869 - 26756272
Alignment:
Q  33 acatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattccccc 132  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| || | ||    
T  26755869 acatgcctgtttgctcatggactgtcttaaacagaggtggcaacatcttgtacacaccagcaacttctttcatacctatgccaccgtcagttttttcgcc 26755968  T
Q  133 attattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 232  Q
    |   ||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  26755969 accgttat---caccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccgcgtatagcctcagcattaatcttcgcaatatctcgaaacatgccaccattt 26756065  T
Q  233 atcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcccct 332  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |    ||||||||| |||||||| ||||||||| || | |||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  26756066 atcatcaagtagtcccttacagctgtataatcacctccaagtgcgttgagaagggtacttacacacaccccttgaccattcccaagtgtcacgatcccct 26756165  T
Q  333 ctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgcctt 432  Q
    | ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||| | || |||||||||| | || ||||||||||||| |||    
T  26756166 ccgcctccttcttctttgcatatagctctgcttcggctgcttgtttacgagcataaaatgttgcatttgccaatgctatctgtgcttctgcctctgtctt 26756265  T
Q  433 catctca 439  Q
    | |||||    
T  26756266 cttctca 26756272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 52267425 - 52267390
Alignment:
Q  30 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaaca 65  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52267425 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaaca 52267390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University