View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1320_low_3 (Length: 651)
Name: NF1320_low_3
Description: NF1320
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1320_low_3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 640
Target Start/End: Original strand, 43294021 - 43294622
Alignment:
| Q |
30 |
actaggcccttgagttgctcaacctatcggaacctatctttttaatagggttttttctcacataattcatttttgcagcaatattgcaaggggcctgtaa |
129 |
Q |
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| T |
43294021 |
actaggcccctgagttgctcaacctatcggaacctatctttttaatagggttttttctcacataattcatttttgcagcaatattgcaaggggcctgtaa |
43294120 |
T |
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| Q |
130 |
agcaattatctcttgcattattatgcccatgcaggaagaggtttctaccagacatataatataaccttgaaaggctagtaaataaaaacattcttttgca |
229 |
Q |
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| T |
43294121 |
agcaattatctcttacattattatgcccatgcaggaagaggtttctaccagacatataatataaccttgaaaggctagtaaataaaaacattcttttgca |
43294220 |
T |
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| Q |
230 |
ctctgaaaatcatt------------atatccacattcaaattacaaaagtaacggtgctgcaaacataaacttaacacctatgtcatgtctctgagatg |
317 |
Q |
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| T |
43294221 |
ctctgaaaatcattgcgcttggagttatatccacattcaaattacaaaagtaa-----------------acttaacacctatgtcatgtctctgagatg |
43294303 |
T |
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| Q |
318 |
ttatcattttggtttggttcctttgattaaaattttttgttgattgatgagagttattcccacaatataaacttaacacctatattcttatccttactac |
417 |
Q |
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| T |
43294304 |
ttatcattttggtttggttcctttgattaaatttttttgttgattgatgagagttattcccacaatataaacttaacacctatattcttatccttactac |
43294403 |
T |
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| Q |
418 |
tcactcactagtcactataactcaagtataagttgcatgcgagttgcgacactaggcaagtaatgatttgatacgaagaataatatattatatggtgaaa |
517 |
Q |
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| T |
43294404 |
tc----actagtcactataactcaagtataagttgcatgcgagttgcgacactaggcaagtaatgatttgatacgaagaataatatattatatggtgaaa |
43294499 |
T |
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| Q |
518 |
gtggtaaagatatagaaactaagatagaaagggaataagaatgtgtaatagttatatatattggacactgataaagtaaacgaagtcgattttcagcata |
617 |
Q |
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| T |
43294500 |
gtggtaaagatatagaaactaagatagaaagggaataagaatgtgtaatagttatatatattggacactgataaagtaaacgaagtcgattttcagcata |
43294599 |
T |
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| Q |
618 |
cagattaaagaacttacatatta |
640 |
Q |
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| T |
43294600 |
cagattaaagaacttacatatta |
43294622 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 474; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 44026940 - 44026330
Alignment:
| Q |
30 |
actaggcccttgagttgctcaacctatcggaacctatctttttaatagggttttttctcacataattcatttttgcagcaatattgcaaggggcctgtaa |
129 |
Q |
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| T |
44026940 |
actaggcccctgagttgctcaacctatcggaacctatctttttaatagggttttttctcacataattcatttttgcagcaatattgcaaggggcctgtaa |
44026841 |
T |
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| Q |
130 |
agcaattatctcttgcattattatgcccatgcaggaagaggtttctaccagacatataatataaccttgaaaggctagtaaataaaaacattcttttgca |
229 |
Q |
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| T |
44026840 |
agcaattatctcttacattattatgcccatgcaggaagaggtttctaccagacatataatataaccttgaaaggctagtaaataaaaacattcttttgca |
44026741 |
T |
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| Q |
230 |
ctctgaaaatcatt------------atatccacattcaaattacaaaagtaacggtgctgcaaacataaacttaacacctatgtcatgtctctgagatg |
317 |
Q |
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| T |
44026740 |
ctctgaaaatcattgcgcttggagttatatccacattcaaattacaaaagtaa-----------------acttaacacctatgtcatgtctctgagatg |
44026658 |
T |
|
| Q |
318 |
ttatcattttggtttggttcctttgattaaaat---------tttttgttgattgatgagagttattcccacaatataaacttaacacctatattcttat |
408 |
Q |
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| T |
44026657 |
ttatcattttggtttggttcctttgattaaaatcaatttttttttttgttgattgatgagagttattcccacaatataaacttaacacctatattcttat |
44026558 |
T |
|
| Q |
409 |
ccttactactcactcactagtcactataactcaagtataagttgcatgcgagttgcgacactaggcaagtaatgatttgatacgaagaataatatattat |
508 |
Q |
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| T |
44026557 |
ccttactactcact----agtcactataactcaagtataagttgcatgcgagttgcgacactaggcaagtaatgatttgatacgaagaatattatattat |
44026462 |
T |
|
| Q |
509 |
atggtgaaagtggtaaagatatagaaactaagatagaaagggaataagaatgtgtaatagttatatatattggacactgataaagtaaacgaagtcgatt |
608 |
Q |
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| T |
44026461 |
atggtgaaagtggtaaagatatagaaactaagatagaaagggaataagaatgtgtaatagttatatatattggacactgataaagtaaacgaagtcgatt |
44026362 |
T |
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| Q |
609 |
ttcagcatacagattaaagaacttacatatta |
640 |
Q |
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| T |
44026361 |
ttcagcatacagattaaagaacttacatatta |
44026330 |
T |
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