View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13215_low_5 (Length: 669)

Name: NF13215_low_5
Description: NF13215
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13215_low_5
NF13215_low_5
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (89-653)||(21123875-21124442)
chr7 (5-653)||(18659603-18660251)
chr7 (1-652)||(21131442-21132093)
chr7 (17-653)||(21112481-21113117)
chr7 (108-504)||(21097226-21097622)
chr7 (112-305)||(21106849-21107042)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (5-649)||(39130647-39131291)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (172-221)||(26700107-26700156)
chr3 (172-221)||(26735264-26735313)
chr3 (172-221)||(26693259-26693308)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 89 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 21124442 - 21123875
Alignment:
Q  89 aaacacggcatcagatactccattagagttgtatctcaaagaagatggtaatcttgtgttacgtgagcttcaaggaactaccattttgtggcaaagctat 188  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  21124442 aaacacagcatcagatgctccattagagttgtatctcaaagaagatggtaatcttgtgttacgtgagcttcaaagaactaccattttgggggaaagctat 21124343  T
Q  189 gatttcccaacaaatactctccttcctaatcaaccactcactagata---cacaaaacttgtttcttcaagaagccagagtaatcattcttctggcttct 285  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21124342 gatttcccaacaaattctctccttcctaatcaacctctcactagataatacacaaaacttatttcttcaagaagccagagtaatcattcttctggcttct 21124243  T
Q  286 ataagtgtttctttgatgataacaatatcattcgtctcgattatgatggtcctgatgtttcaagcacagattggccaccttctttgttactaagttggca 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21124242 ataagtgtttctttgatgataacaatgttattcgtctcgattatgatggccctgatgtttcaagcacatattggccaccttctttgttactaagttggca 21124143  T
Q  386 agttggaagatccaattacaacagtaccagaattgctttgttggattctcttggaaagttcatatcatctgataattacactttttccacttatgattat 485  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21124142 agttggaagatccaattacaatagtaccataattgctttgttggattctcttggaaagttcatatcatctgataattacactttttccacttatgattat 21124043  T
Q  486 ggtatggttatgcaaagaaaattaaccatggattatgatggtaatgttcgagtttatagtcgaaaaaacatgtcagaaaattggtatgtttcatggcaag 585  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21124042 ggtatggttatgcaaagaaaattaaccatggattatgatggtaatgttcgagtttatagtcgaaaaaacatgtcagaaaattggtatgtttcatggcaag 21123943  T
Q  586 taatatctgacacttgcatcattcatggagtttgtggtgcaaatagcacttgtagctatgatcctaaa 653  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21123942 tcatatctgacacttgcatcattcatggagtttgtggtgcaaatagcacttgcagctatgatcctaaa 21123875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 18660251 - 18659603
Alignment:
Q  5 aacaggtaagctctcaaagcttttcctcttaaaaacaggtaacatcctcttgcttgatgcgggtcaacactacactcggtcatcaaacacggcatcagat 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||    
T  18660251 aacaggtaagcactcaaagcttttcctcttaaacacaggtaacatcctcttgcttgatgcgggtcaacacaacacttggtcttcaaacacagcatcaaat 18660152  T
Q  105 actccattagagttgtatctcaaagaagatggtaatcttgtgttacgtgagcttcaaggaactaccattttgtggcaaagctatgatttcccaacaaata 204  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18660151 gcttcattagagttgtatctcaaagaagatggtaatcttgtattacgtgagcttcaaggaactaccatcttgtggcaaagctatgatttcccaacaaata 18660052  T
Q  205 ctctccttcctaatcaaccactcactagatacacaaaacttgtttcttcaagaagccagagtaatcattcttctggcttctataagtgtttctttgatga 304  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18660051 ctctccttcctaatcaacctctcactagatacataaaacttgtttcttcaaaaagccaaagtaatcattcttctggcttctataagtttttctttgatga 18659952  T
Q  305 taacaatatcattcgtctcgattatgatggtcctgatgtttcaagcacagattggccaccttctttgttactaagttggcaagttggaagatccaattac 404  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||  |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  18659951 taacaatgttattcgtctcaattatgatggtcctgatgtttcaagtacatattggccacctgctttattgttaagctggcaagctggaagatccaattac 18659852  T
Q  405 aacagtaccagaattgctttgttggattctcttggaaagttcatatcatctgataattacactttttccacttatgattatggtatggttatgcaaagaa 504  Q
    || ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18659851 aatagtagtagaattgcattgttggattctcttggaaagttcatatcatctgataattacattttttccacttatgattatggtatggtcatgcaaagaa 18659752  T
Q  505 aattaaccatggattatgatggtaatgttcgagtttatagtcgaaaaaacatgtcagaaaattggtatgtttcatggcaagtaatatctgacacttgcat 604  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  18659751 aattaaccatggattctgatggtaatgttcgagtttacagtcgaaaaaacttgtcagcaaattggcatgtttcatggcaagtcatacctgacacttgcat 18659652  T
Q  605 cattcatggagtttgtggtgcaaatagcacttgtagctatgatcctaaa 653  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  18659651 cattcatggagtttgtggtgaaaatagcacttgcagctatgatcctaaa 18659603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 21132093 - 21131442
Alignment:
Q  1 ttctaacaggtaagctctcaaagcttttcctcttaaaaacaggtaacatcctcttgcttgatgcgggtcaacactacactcggtcatcaaacacggcatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  21132093 ttctaacaggtaagctctcaaagcttttcctcttaaacaatggtaacatcctcttgcttgatgcgggtcaacactacacttggtcttcaaacacggcatc 21131994  T
Q  101 agatactccattagagttgtatctcaaagaagatggtaatcttgtgttacgtgagcttcaaggaactaccattttgtggcaaagctatgatttcccaaca 200  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21131993 agatgctccgttagagttgtatctcaaagaagatggtaatcttgtgttacgtgagcttcaaggaagtaccattttgtggcaaagctatgatttcccaacc 21131894  T
Q  201 aatactctccttcctaatcaaccactcactagatacacaaaacttgtttcttcaagaagccagagtaatcattcttctggcttctataagtgtttctttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21131893 aatactctccttcctaatcaaccactcactagatacacaaaacttgtttcttcaagaagccagagtaatcattcttctggcttctataagtgtttctttg 21131794  T
Q  301 atgataacaatatcattcgtctcgattatgatggtcctgatgtttcaagcacagattggccaccttctttgttactaagttggcaagttggaagatccaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||  |||||||| ||| |||||| | |||    
T  21131793 atgataacaatatcattcgtctcgattatgatggtcctgatgtttcaagcacatattggccaccaccttggttgttaagttgggaagctggaaggttcaa 21131694  T
Q  401 ttacaacagtaccagaattgctttgttggattctcttggaaagttcatatcatctgataattacactttttccacttatgattatggtatggttatgcaa 500  Q
    |||||| ||||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  21131693 ttacaatagtagtagaattgctttcttagattctcttggaaagttcatttcatctgataattacactttttccacatatgattatggcatggttatgcaa 21131594  T
Q  501 agaaaattaaccatggattatgatggtaatgttcgagtttatagtcgaaaaaacatgtcagaaaattggtatgtttcatggcaagtaatatctgacactt 600  Q
    ||||  || | |||||||| ||| |||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||  |||  |||    
T  21131593 agaaggttgagcatggattctgacggtaatattcgtgtttacagtcgaaaaaacttgtcaaaaaattggtatgtttcatggcaagtcgtacatgatcctt 21131494  T
Q  601 gcatcattcatggagtttgtggtgcaaatagcacttgtagctatgatcctaa 652  Q
    ||| ||| |||||| ||||||| ||||| ||| |||| | ||||||||||||    
T  21131493 gcaccatacatggaatttgtggcgcaaacagctcttgcatctatgatcctaa 21131442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 21113117 - 21112481
Alignment:
Q  17 ctcaaagcttttcctcttaaaaacaggtaacatcctcttgcttgatgcgggtcaacactacactcggtcatcaaacacggcatcagatactccattagag 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21113117 ctcaaagcttttcctcttaaacacaggtaacatcatcttgctcgatgcgggtcaacataacacttggtcttcaaacacggcatcagatgctccattagag 21113018  T
Q  117 ttgtatctcaaagaagatggtaatcttgtgttacgtgagcttcaaggaactaccattttgtggcaaagctatgatttcccaacaaatactctccttccta 216  Q
    |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21113017 ttgtatcttagagaagatgggaatcttgtgttacgtgagcttcaaggacctaccatcttgtggcaaagctatgatttcccgacaaatactctccttccta 21112918  T
Q  217 atcaaccactcactagatacacaaaacttgtttcttcaagaagccagagtaatcattcttctggcttctataagtgtttctttgatgataacaatatcat 316  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| | ||    
T  21112917 atcaacctctcactagatatacaaaccttgtttcttcaagaagccatagtaatcattcttctggcttttataagttgttctttgatgataacaatgttat 21112818  T
Q  317 tcgtctcgattatgatggtcctgatgtttcaagcacagattggccaccttctttgttactaagttggcaagttggaagatccaattacaacagtaccaga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||| |||    
T  21112817 tcgtctcgattatgatggtcctgatatttcaagcacatattggccaccatcttttttgttaagttggcaagctggaaggaccaattacaatagtactaga 21112718  T
Q  417 attgctttgttggattctcttggaaagttcatatcatctgataattacactttttccacttatgattatggtatggttatgcaaagaaaattaaccatgg 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  21112717 attgctttgttggattctcttggaaagttcatatcatctgataattactttttttccacatatgattatggtatggttatgcaaagaagattaaccttgg 21112618  T
Q  517 attatgatggtaatgttcgagtttatagtcgaaaaaacatgtcagaaaattggtatgtttcatggcaagtaatatctgacacttgcatcattcatggagt 616  Q
    ||| |||||||||| |||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||| |    
T  21112617 attctgatggtaatattcgagtttacagccgaaaaaacttgttagaaaattggtatgtttcatggcaagtcatatctgacacctgcatcatagatggaat 21112518  T
Q  617 ttgtggtgcaaatagcacttgtagctatgatcctaaa 653  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21112517 ttgtggtgcaaatagcgcttgtagctatgatcctaaa 21112481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 108 - 504
Target Start/End: Original strand, 21097226 - 21097622
Alignment:
Q  108 ccattagagttgtatctcaaagaagatggtaatcttgtgttacgtgagcttcaaggaactaccattttgtggcaaagctatgatttcccaacaaatactc 207  Q
    |||||||| ||| |||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  | |||||||||||| || | ||| |  |||||| ||||||    
T  21097226 ccattagaattgcatctcaaaaatgatggaaatcttgtgttgcgtgagcttcaaggaatcaacattttgtggcagagttttgactctccaacagatactc 21097325  T
Q  208 tccttcctaatcaaccactcactagatacacaaaacttgtttcttcaagaagccagagtaatcattcttctggcttctataagtgtttctttgatgataa 307  Q
    |||||||   |||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |    
T  21097326 tccttccaggtcaacctcttacaagatatacaaagcttgtatcttcaataagtgagagtaatcattcttctggcttctatatgttcttctttgatgatga 21097425  T
Q  308 caatatcattcgtctcgattatgatggtcctgatgtttcaagcacagattggccaccttctttgttactaagttggcaagttggaagatccaattacaac 407  Q
     || ||  |  ||||  |||| || ||||  |||||||| ||| |  ||||||||  | ||| | | ||||||||| | ||||| ||||| |||| |||     
T  21097426 aaacattctcggtcttcattacgacggtcgcgatgtttctagctcttattggccaagtccttggctgctaagttgggatgttggcagatctaatttcaat 21097525  T
Q  408 agtaccagaattgctttgttggattctcttggaaagttcatatcatctgataattacactttttccacttatgattatggtatggttatgcaaagaa 504  Q
    |||| ||||| |||  ||||||||||| |||| |  |||   ||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |  ||| |||||||||    
T  21097526 agtagcagaaatgcagtgttggattcttttggtagtttccattcatcagataatttcactttttcaacttctgattatggaactgttctgcaaagaa 21097622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 112 - 305
Target Start/End: Original strand, 21106849 - 21107042
Alignment:
Q  112 tagagttgtatctcaaagaagatggtaatcttgtgttacgtgagcttcaaggaactaccattttgtggcaaagctatgatttcccaacaaatactctcct 211  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||| || | ||| |  |||||| ||||||||||    
T  21106849 tagagttgcatctcaaagatgatggaaatcttgtgttgcgtgagcttcaaggaatcacaattttgtggcagagttttgactctccaacagatactctcct 21106948  T
Q  212 tcctaatcaaccactcactagatacacaaaacttgtttcttcaagaagccagagtaatcattcttctggcttctataagtgtttctttgatgat 305  Q
    |||   |||||| || || ||||| ||||| |||||  ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||  | ||||||||||    
T  21106949 tccaggtcaacctcttacaagatatacaaagcttgtagcttcaagaagtgagagtaatcattctactggcttctacaagttctactttgatgat 21107042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 649
Target Start/End: Original strand, 39130647 - 39131291
Alignment:
Q  5 aacaggtaagctctcaaagcttttcctcttaaaaacaggtaacatcctcttgcttgatgcgggtcaacactacactcggtcatcaaacacggcatcagat 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || ||| | |||| |||||||| | |||| |     
T  39130647 aacaggtaagctctcaaagctttccctcttaaacacaggtaatatccttttgcttgatgccggtcaaaacaacatttggtcttcaaacacagaatcaaac 39130746  T
Q  105 actccattagagttgtatctcaaagaagatggtaatcttgtgttacgtgagcttcaaggaactaccattttgtggcaaagctatgatttcccaacaaata 204  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39130747 actccactagagttgtatctaaaagaagatggcaatcttgtgttacgtgagcttcaaggtactacgatcttgtggcaaagctatgattttccaacaaata 39130846  T
Q  205 ctctccttcctaatcaaccactcactagatacacaaaacttgtttcttcaagaagccagagtaatcattcttctggcttctataagtgtttctttgatga 304  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||    
T  39130847 ctctccttcctaatcaacctctcactagatacacaaaacttggttcctcaagaagtcagagtaatcattcttctggcttctataagttgttttttgatga 39130946  T
Q  305 taacaatatcattcgtctcgattatgatggtcctgatgtttcaagcacagattggccaccttctttgttactaagttggcaagttggaagatccaattac 404  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | | |||  |||||||||||| |||||| | ||||||     
T  39130947 taacaatattattcgtctagaatatgatggtcctgatgtttcaagcacatattggccaccaccatggttgttaagttggcaagctggaaggttcaattat 39131046  T
Q  405 aacagtaccagaattgctttgttggattctcttggaaagttcatatcatctgataattacactttttccacttatgattatggtatggttatgcaaagaa 504  Q
    || ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  39131047 aatagtagtagaattgctttgttggattctcatggaaagtttatttcatctgataattacattttttccacatatgattacggtacggttatgcaaagaa 39131146  T
Q  505 aattaaccatggattatgatggtaatgttcgagtttatagtcgaaaaaacatgtcagaaaattggtatgtttcatggcaagtaatatctgacacttgcat 604  Q
     |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||||     
T  39131147 gattaaccatggattctgatggtaatattcgtgtttacagtcgaaaaagtttgttagaaaattggtatgtttcatggcaagtcatatatgatacatgcac 39131246  T
Q  605 cattcatggagtttgtggtgcaaatagcacttgtagctatgatcc 649  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  39131247 cattcatggaatttgtggtgaaaatagcacttgtagctatcatcc 39131291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 172 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 26700156 - 26700107
Alignment:
Q  172 ttttgtggcaaagctatgatttcccaacaaatactctccttcctaatcaa 221  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  26700156 ttttgtggcaaagttttgatttcccaacagatactctccttcctgatcaa 26700107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 172 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 26735313 - 26735264
Alignment:
Q  172 ttttgtggcaaagctatgatttcccaacaaatactctccttcctaatcaa 221  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  26735313 ttttgtggcaaagttttgatttcccaacagatactctccttcctgatcaa 26735264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 221
Target Start/End: Original strand, 26693259 - 26693308
Alignment:
Q  172 ttttgtggcaaagctatgatttcccaacaaatactctccttcctaatcaa 221  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||||||||| |||||    
T  26693259 ttttgtggcaaagctttgattttccaacagataccctccttcctgatcaa 26693308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University