View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13218_low_1 (Length: 1071)

Name: NF13218_low_1
Description: NF13218
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13218_low_1
NF13218_low_1
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (9-323)||(6199384-6199698)
chr7 (9-208)||(9067096-9067297)
chr7 (680-828)||(6199925-6200073)
chr7 (757-828)||(9067295-9067366)
chr7 (640-678)||(6199750-6199788)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (12-373)||(17535503-17535876)
chr8 (9-374)||(26907478-26907841)
chr8 (464-668)||(16082828-16083021)
chr8 (680-825)||(16079913-16080058)
chr8 (680-752)||(16082614-16082686)
[»] scaffold0208 (1 HSPs)
scaffold0208 (9-323)||(600-906)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (825-1054)||(38012411-38012639)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (683-828)||(15214683-15214828)
chr5 (603-678)||(15214970-15215041)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 9 - 323
Target Start/End: Original strand, 6199384 - 6199698
Alignment:
Q  9 acatcatcattggctattttatgttattaaagtgattagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6199384 acatcatcattggctattttatgttattaaagtgtttagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatatagagtg 6199483  T
Q  109 tgttattgtttgaacttgattatattgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataac 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6199484 tgttattgtttgaacttgattatattgtagataatatgccttacatgaattcctattatag--tataaatatatgctttatgtagatggctgatcataac 6199581  T
Q  209 taattactttaagaataatgtgtttcaatcttataaatacgaatgttgcatcc--tatggtcaatcgatcatggatttagctttacagcttttcaattta 306  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6199582 taactactttgagaataatgtgtttcaatcttataaatatgaatgttgcatcctatatggtcaatcgatcatggatttagctttacaacttttcaattta 6199681  T
Q  307 actagtaatatatgttg 323  Q
    |||||||||||||||||    
T  6199682 actagtaatatatgttg 6199698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 9 - 208
Target Start/End: Original strand, 9067096 - 9067297
Alignment:
Q  9 acatcatcattggctattttatgttattaaagtgattagctaatggatacat----atactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9067096 acatcatcattggctattttatgttattaaagtgattagctaatggatacatgcatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataa 9067195  T
Q  105 agtgtgttattgtttgaacttgattatattgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatca 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9067196 agtgtgttattgtttgaacttgattatattgtacataatatgccttacatgaattcctattatag--tataaatatatgctttatgtagatggctgatca 9067293  T
Q  205 taac 208  Q
    ||||    
T  9067294 taac 9067297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 680 - 828
Target Start/End: Original strand, 6199925 - 6200073
Alignment:
Q  680 tgaagtagtaaaaacatctatggaaggtattaatattgcacttggataaactgtgatacagattattgccttgatgaaacatagtcaatttatgaagaca 779  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6199925 tgaagtagtgaaaacatttatgggaggtattaatattgcacttggataaactttgatatagattattgccttggtgaaacatagtcaatttatgaagaca 6200024  T
Q  780 agtatatggattttaggccaaaaatgttttcctaaataggagtatacca 828  Q
    |||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6200025 agtatatgaattttaaaccaaaaatattttcctaaataggagtatacca 6200073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 757 - 828
Target Start/End: Original strand, 9067295 - 9067366
Alignment:
Q  757 aacatagtcaatttatgaagacaagtatatggattttaggccaaaaatgttttcctaaataggagtatacca 828  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9067295 aacatagtcaatttatcaagacaagtatatggattttaaactaaaaatattttcctaaataggagtatacca 9067366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 640 - 678
Target Start/End: Original strand, 6199750 - 6199788
Alignment:
Q  640 taagcttcaaaggcacctactgcaaatttagtatttttt 678  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6199750 taagcttcaaaggtacctactgcaaatttagtatttttt 6199788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 205; Significance: 1e-111; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 17535876 - 17535503
Alignment:
Q  12 tcatcattggctattttatgttattaaagtgattagctaatggatacatatactgtata-------ttcatgttatgatcataatcgataaataatataa 104  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17535876 tcatcattggctattttat---attaaagtgattagctaatggatacatatactgtatactcaatattcatgttatgatcataatcgataaataatataa 17535780  T
Q  105 agtgtgttattgtttgaacttgattatattgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatca 204  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17535779 agtgttttattgtttgaacttgattacaatgtagataatatgccttacatgaattcctattatagtata--aatatatgctttatgtagatggctggtca 17535682  T
Q  205 taactaattactttaagaataatgtgtttcaatcttataaatacgaatgttgcatcctatggtcaatcgatcatggatttagctttacagcttttcaatt 304  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| || | || ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17535681 taactaattactttgataataatgtgtttcattcttataattatgtatattgaatcctatggtcaatcgattatggatttagctttacaacttttcaatt 17535582  T
Q  305 taactagtaatatatgttg----------catgcttcgtgaacctagttgagtctgtcaattggagaggtgtttttgtg 373  Q
    |||||||||||||||||||          |||||||| |||||||| |||||| ||| | |||||||||||||| ||||    
T  17535581 taactagtaatatatgttgtggtttggctcatgcttcatgaacctaattgagtttgttagttggagaggtgtttgtgtg 17535503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 9 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 26907841 - 26907478
Alignment:
Q  9 acatcatcattggctattttatgttattaaagtgattagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtg 108  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26907841 acatcatcattggctatttt---ttattaaagtgattagctaatggatacgtatattgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtg 26907745  T
Q  109 tgttattgtttgaacttgattatattgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataac 208  Q
    |        ||||| ||||||| | || ||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||  |||  ||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  26907744 t--------ttgaatttgattacaatgaagataatatgcctaacatgaattcctattattgtata--aatggatgctttatctaggtggttgatcataac 26907655  T
Q  209 taattactttaagaataatgtgtttcaatcttataaatacgaatgttgcatcctatggtcaatcgatcatggatttagctttacagcttttcaatttaac 308  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| || | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26907654 taattactttgataataatgtgtttcaatcttgtaattatgtatattgcatcctatggtcaatcgattatggatttagctttacagcttttcaatttaac 26907555  T
Q  309 tagtaatatatgttg-----------catgcttcgtgaacctagttgagtctgtcaattggagaggtgtttttgtgc 374  Q
    |||||||||||||||           ||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  26907554 tagtaatatatgttgtggtttggcctcatgcttcgtgaacctaattgagtttgttagttggagaggtgtttttgtgc 26907478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 464 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 16083021 - 16082828
Alignment:
Q  464 cggtacctactgtctccatgaacaggcgtcagcagtcagcacaagcctcacaagtcacaatgaagctcgcaggttacagcgttgcttgttctttccagta 563  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||  ||||| ||    
T  16083021 cggtacctactgtctccgtgaacaggcgtcagca-------caagcctcacaagtcacaatgaagctcgcaagttatagtgttgctcgttaattccatta 16082929  T
Q  564 attagattgccatcaataaaggtatgctcactttcatttttgttgttgatcccataacatttatggaagacttaagtaagcttcaaaggcacctactgca 663  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||||    
T  16082928 attagattgccatcaataaaggtatgctcactttcattattgttgttgatcccataacatttatggaagact----taagcttcaaaggtacctactgca 16082833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 680 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 16080058 - 16079913
Alignment:
Q  680 tgaagtagtaaaaacatctatggaaggtattaatattgcacttggataaactgtgatacagattattgccttgatgaaacatagtcaatttatgaagaca 779  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16080058 tgaagtagtgaaaacatttatgggaggtattaatattgcacttggataaactttgatatagattattgccttggtgaaacatagtcaatttatgaagaca 16079959  T
Q  780 agtatatggattttaggccaaaaatgttttcctaaataggagtata 825  Q
    || ||||||||||||  ||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  16079958 agcatatggattttaaaccaaatatattttcgtaaataggagtata 16079913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 680 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 16082686 - 16082614
Alignment:
Q  680 tgaagtagtaaaaacatctatggaaggtattaatattgcacttggataaactgtgatacagattattgccttg 752  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  16082686 tgaagtagtgaaaacatttatgggaggtattaatattgcacttggataaactttgatatagattattgccttg 16082614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208 (Bit Score: 195; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0208
Description:

Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 9 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 906 - 600
Alignment:
Q  9 acatcatcattggctattttatgttattaaagtgattagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtg 108  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  906 acatcatcattggctatttt---ttattaaagtgattagctaatggatacatatattgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatata--gtg 812  T
Q  109 tgttattgtttgaacttgattatattgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataac 208  Q
    | |||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  811 ttttattgtttgaacttgattacagtgta-ataatatgccttacatgaattcctattattgtata--aatgtatgctttatgtagatggctgatcataac 715  T
Q  209 taattactttaagaataatgtgtttcaatcttataaatacgaatgttgcatcctatggtcaatcgatcatggatttagctttacagcttttcaatttaac 308  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||| |||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  714 taattactttgataataatgtgtttcaatcttataattatgtatattgcatcctgtggtcaatcgagtacagatttagctttacagcttttcaatttaac 615  T
Q  309 tagtaatatatgttg 323  Q
    |||||||||||||||    
T  614 tagtaatatatgttg 600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 825 - 1054
Target Start/End: Complemental strand, 38012639 - 38012411
Alignment:
Q  825 accaatagtcaggaactagtaagctataagtggcttgtttgtgggaaaccagacgggtaatgttttacagacaattattaagatctaaatttgatacttt 924  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38012639 accaatagtcaggaactagtaagctataagtggcatgtttgtgggaaaccatacgggtaatgttttacagacaattattaagatctaaatttgatacttt 38012540  T
Q  925 aatctggttgggaagataggaaacaccaacctctatcttagagacggatctcatataaaagaattttctttttagaattttatagttaaagtcaattaaa 1024  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38012539 aatctggttgggaatataggaaacaccaacctctatcttagagattgatcttatataaaagaattttctttttagaattttatagttaaagtc-attaaa 38012441  T
Q  1025 ggatgtgccaacataacattgagtgataat 1054  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38012440 ggatgtgccaacatatcattgagtgataat 38012411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 2e-52; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 683 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 15214828 - 15214683
Alignment:
Q  683 agtagtaaaaacatctatggaaggtattaatattgcacttggataaactgtgatacagattattgccttgatgaaacatagtcaatttatgaagacaagt 782  Q
    |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15214828 agtagtgaaaacatttatgggaggtattaatattgcacttggataaactttgatatagattattgccttggtgaaacatagtcaatttatgaagacaagt 15214729  T
Q  783 atatggattttaggccaaaaatgttttcctaaataggagtatacca 828  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  15214728 atatggattttaaaccaaaaatgttttcctaagtgggagtatacca 15214683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 603 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 15215041 - 15214970
Alignment:
Q  603 ttgttgttgatcccataacatttatggaagacttaagtaagcttcaaaggcacctactgcaaatttagtatttttt 678  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15215041 ttgttgttgatcccataacatttatggaagaattaag----cttcaaaggtacctactgcaaatttagtatttttt 15214970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University