View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13219_low_1 (Length: 791)

Name: NF13219_low_1
Description: NF13219
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13219_low_1
NF13219_low_1
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (476-780)||(36369170-36369474)
chr4 (14-317)||(36369476-36369779)
chr4 (241-780)||(36397528-36398061)
chr4 (194-780)||(36373789-36374377)
chr4 (241-778)||(36387751-36388282)
chr4 (398-780)||(36404461-36404845)
chr4 (244-779)||(36425942-36426474)
chr4 (464-779)||(36433799-36434114)
chr4 (458-780)||(36411775-36412097)
chr4 (458-780)||(36417106-36417428)
chr4 (241-360)||(36417530-36417649)
chr4 (32-162)||(36434499-36434631)
chr4 (249-360)||(36412199-36412310)
chr4 (245-343)||(36404894-36404992)
chr4 (32-113)||(36418041-36418122)
chr4 (32-113)||(36428021-36428102)
chr4 (32-113)||(36374915-36374996)
chr4 (60-125)||(36388616-36388681)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 285; Significance: 1e-159; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 476 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 36369474 - 36369170
Alignment:
Q  476 cctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttc 575  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369474 cctagttcaattgcattgacgcgtaaaaataaatcctggccttgatcgctaagtttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttc 36369375  T
Q  576 caccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgc 675  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369374 caccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgc 36369275  T
Q  676 cacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgaccca 775  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369274 cacagatgtatcgggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgaccca 36369175  T
Q  776 tctct 780  Q
    |||||    
T  36369174 tctct 36369170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 14 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 36369779 - 36369476
Alignment:
Q  14 caccaatctctccagacaaatcttggtttgattgatgcagcattttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaatcaatttacacattttga 113  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36369779 caccaatctctccagacgaatattggtttgattgatgcagcattttatctgaagttacagaaggaatgaggtaggattttaatcaatttacacattttga 36369680  T
Q  114 aggttaaatttccatttagctctcaaaaaatcttcgattataaattttgaaactaataggacacattttgcataacagactgcaa-aaaataatgaaata 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  36369679 aggttaaatttccatttagctctcaaaaaatcttcgattataaattttgaaactaataggacacattttgcataacagactgcaaaaaaataatgaatta 36369580  T
Q  213 taaagaacaagggatgtcatccctaaatatcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatag 312  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36369579 taaggaacaagggatgtcatccctaaatatcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattg-aactatag 36369481  T
Q  313 aaact 317  Q
    |||||    
T  36369480 aaact 36369476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 241 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 36398061 - 36397528
Alignment:
Q  241 atcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactaccagaaccgcagctaacctctt 340  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| || ||| || ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||| ||   |||| ||||||||    
T  36398061 atcacataccctttctttttttcttccacatgtaattcacacaagagaggagaatgacgattgcaactattgaaactaccataattacagccaacctctt 36397962  T
Q  341 tttaccaaggattcctttgcnnnnnnngtgagtattgactttggctgataagaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaat 440  Q
    |||| |||||| ||||||||       ||      ||   || |||||||||||| ||||||| || | ||||| ||||| ||| |||||  | ||||||    
T  36397961 tttatcaaggactcctttgctttttttgt------tgtaattagctgataagaagaaacaagtccagagaagtttaaactacacataagtggtgtcaaat 36397868  T
Q  441 ttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtc 540  Q
    ||||||  ||||| |  ||||| |||||||||||||| |||||||||  || ||| || ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||    
T  36397867 ttagaagaaaaaaaacagtaggagggaatatcttaccaagttcaactttatcgacgcgcaaatataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtc 36397768  T
Q  541 cattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctca 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36397767 cattaaatccccatgccatgccaaacatccactaccaccattcctcacatcggctactgcataggaagtacaggagcagtttctcaagcattctttctca 36397668  T
Q  641 cattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccg 740  Q
    ||||| ||||||||||||||| || | | ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |    
T  36397667 cattcatccaaactcaaaccatctatggtaactgccccagatatatcaggaactttcaagcttacaactttgataaacccttcgccattcccacagacag 36397568  T
Q  741 atacacctttcttccttacacaccctcccgacccatctct 780  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36397567 atgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctct 36397528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 194 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 36374377 - 36373789
Alignment:
Q  194 tgcaaaaaataatgaaatataaagaacaagggatgtcatccctaaat----atcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaag 289  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  |||| | |||| ||||     |||||||||| |||||| ||| || |||| ||||| ||| | | || ||    
T  36374377 tgcaaataataatgaaatataaagaacagaggatattatccttaaaattgaatcacataccgtttcttgttttcttccacctgcaaaacacaaaggagag 36374278  T
Q  290 gaggaggacaattgcaactatagaaactaccagaaccgcagctaacctctttttaccaaggattcctttgcnnnnnnngtgagtattgactttggctgat 389  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| | |||||||  ||||  | |||||||| ||| |||| ||||||||       |||  ||||| |||||||||||    
T  36374277 gaggaggacaatcgcaactgtagaagcaaccagaattgcagaaatcctcttttgacctaggactcctttgcttcttttgtggttattggctttggctgat 36374178  T
Q  390 aagaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacg-aaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactg 488  Q
    |||||| || |||| |||  || |||||  | |||| |||| || ||||| | |||| | ||||| |  ||  |||| |||| |||||||||||||||||    
T  36374177 aagaagaaaaaagtccaaggaatttcaat-tccaccaaagtgatgtcaaactaagaaaggaaaaaaaaagt--ggggaaataccttacctagttcaactg 36374081  T
Q  489 cattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcac 588  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36374080 catcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaacagccacttccaccattactcac 36373981  T
Q  589 atcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgccacagatgtatca 688  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  36373980 atcagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccacctttagtaactgccacagatatatca 36373881  T
Q  689 ggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgacccatctct 780  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36373880 ggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccctcctgacccatctct 36373789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 241 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 36388282 - 36387751
Alignment:
Q  241 atcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactaccagaaccgcagctaacctctt 340  Q
    ||||||||||||  ||||||| || ||||||| | | || ||| || ||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||  ||||| ||||||||    
T  36388282 atcacataccctccctttttttcttccacatgtagttcacacaggagaggaggaggacaattgcaattatagaagctacaagaattgcagccaacctctt 36388183  T
Q  341 tttaccaaggattcctttgcnnnnnnngtgagtattgactttggctgataagaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaat 440  Q
    |||| |||| | |||||| |       || |||| |     |||||||||||||| |  ||||  ||||||||||||||| ||||| | |    |||| |    
T  36388182 tttatcaagaactccttttcgttttctgt-agtaat-----tggctgataagaagaagaaagtataaataagttcaaactacaccttaatggcgtcaact 36388089  T
Q  441 ttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtc 540  Q
    || ||| ||||||||   |||| | | |||||||||||||||||| |  || ||| |||| |||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||    
T  36388088 ttggaaagaaaaacacaataggagtgtatatcttacctagttcaattttatcgacgcgtagaaataaatcttggccttgatcattaagtttttgaatgtc 36387989  T
Q  541 cattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctca 640  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  36387988 tattaaatccccatgccatgccaaacatccacttccaccattcctcacatcagcaattgaataggcagtacaagaacagttttgcaagcattctttctca 36387889  T
Q  641 cattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccg 740  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |    
T  36387888 cattcttccaaactcaaaccacttttagcaactgccacagatgtatcaggaactttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacag 36387789  T
Q  741 atacacctttcttccttacacaccctcccgacccatct 778  Q
    |    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36387788 acgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatct 36387751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 398 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 36404845 - 36404461
Alignment:
Q  398 acaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactc 497  Q
    |||||| |||||||||| |||||  || |||||  | |||||||||||| |||||| |  ||||| ||| ||||||||||||||||||||  || ||| |    
T  36404845 acaagtccaaataagtttaaactatacataagtgctgtcaaatttagaa-gaaaaaaacagtaggaggggatatcttacctagttcaactttatcgacgc 36404747  T
Q  498 gtaaaaataaatcttggccttgatcgcta---actttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagc 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||   | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  36404746 gtaaaaataaatcttggccttgatcactactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccactaccaccattcctcacatcagc 36404647  T
Q  595 aactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgccacagatgtatcaggaact 694  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||  ||||| |||||| ||||    
T  36404646 aactgcataggcagtacaagagcaatttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatggcaactgctccagatatatcagcaact 36404547  T
Q  695 ttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgacccatctct 780  Q
    ||||  || |||||||| | |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404546 ttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctct 36404461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 244 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 36426474 - 36425942
Alignment:
Q  244 acataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactaccagaaccgcagctaacctcttttt 343  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| ||| || |||  | ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||    
T  36426474 acataccctttctctttttcttccacatgtaattcacacagaagaggaggatgacaattgcaactatagaagctacaagaattgcagctaacctcttttt 36426375  T
Q  344 accaaggattcctttgcnnnnnnngtgagtattgactttggctgataagaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaattta 443  Q
     ||||||| ||||||||       ||  ||| | |  |  |  | ||||||| ||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||  | |||||||||    
T  36426374 gccaaggactcctttgctttttttgtc-gtagttagct--gacgctaagaagaaacaagtccaaagaagtttaaactacacataagtggtgtcaaattta 36426278  T
Q  444 gaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccat 543  Q
    | | ||||||    | ||| ||||| ||||||||||||||||||  |  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||    
T  36426277 gcaagaaaaaaccagcaggagggaaaatcttacctagttcaactttagcgacgcgtaaaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccat 36426178  T
Q  544 taaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacat 643  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36426177 taaatccccatgccatgccaaacatccacttccaccattcttcacgtcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacat 36426078  T
Q  644 tcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgata 743  Q
    || |||||| |||||||| || | ||||| |||  ||| || ||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||     
T  36426077 tcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactttgataaacccttctccatttccacaaacagatg 36425978  T
Q  744 cacctttcttccttacacaccctcccgacccatctc 779  Q
    |||||||||| |||||||| || || ||||||||||    
T  36425977 cacctttctttcttacacatccacctgacccatctc 36425942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 464 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 36434114 - 36433799
Alignment:
Q  464 gggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgcca 563  Q
    |||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  36434114 gggaatttcttacctagttcaactttatcgacacgtaaaaataaatcttggccttgatcgcttactttttgaatgtccattaaatcaccatgccatgcca 36434015  T
Q  564 aacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacc 663  Q
    |||| || ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36434014 aacacccgcttccaccattgctcacattatcaactgcataggctgtacaagaacagtttctgaagcattctttttcacattcttccaaactcaaaccacc 36433915  T
Q  664 tttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacac 763  Q
    ||| |||   ||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||    
T  36433914 tttggcatttgccatcgatgtatcaggaactttcaagctgacaattttgataaacccttctccattcccacaaacagatgaaccgttcttccttacacac 36433815  T
Q  764 cctcccgacccatctc 779  Q
    ||||| ||||||||||    
T  36433814 cctcctgacccatctc 36433799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 458 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 36412097 - 36411775
Alignment:
Q  458 gtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgcc 557  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||   | ||| || ||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  36412097 gtaggagggaatatcttaccaagttcaactttctcgacgcgcaaaaataaatcttggccctgattactaagtttttgaatgtccattaaattcccatgcc 36411998  T
Q  558 atgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaa 657  Q
    | | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  36411997 acgtcaaacatccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcattacaagaacagtttctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaa 36411898  T
Q  658 accacctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttcctt 757  Q
    |||| || | ||||| ||| ||||| |||||||||||||||  || | |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | || |||    
T  36411897 accatctatggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttctt 36411798  T
Q  758 acacaccctcccgacccatctct 780  Q
    ||||| |||||| ||||||||||    
T  36411797 acacatcctcccaacccatctct 36411775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 458 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 36417428 - 36417106
Alignment:
Q  458 gtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgcc 557  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||   | ||| || ||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  36417428 gtaggagggaatatcttaccaagttcaactttctcgacgcgcaaaaataaatcttggccctgattactaagtttttgaatgtccattaaattcccatgcc 36417329  T
Q  558 atgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaa 657  Q
    | | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  36417328 acgtcaaacatccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcattacaagaacagtttctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaa 36417229  T
Q  658 accacctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttcctt 757  Q
    |||| || | ||||| ||| ||||| |||||||||||||||  || | |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | || |||    
T  36417228 accatctatggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttctt 36417129  T
Q  758 acacaccctcccgacccatctct 780  Q
    ||||| |||||| ||||||||||    
T  36417128 acacatcctcccaacccatctct 36417106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 241 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 36417649 - 36417530
Alignment:
Q  241 atcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactaccagaaccgcagctaacctctt 340  Q
    |||||||||||||||| |||| || ||||||| ||| || |||  | ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||    
T  36417649 atcacataccctttctctttttcttccacatgtaattcacacagaagaggaggatgacaattgcaactatagaagctacaagaattgcagctaacctctt 36417550  T
Q  341 tttaccaaggattcctttgc 360  Q
    |||| |||||| ||||||||    
T  36417549 tttatcaaggactcctttgc 36417530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 32 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 36434631 - 36434499
Alignment:
Q  32 aatcttggtttgattgatgcagcattttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaatcaatttacacattttgaaggttaaatttccattta 131  Q
    ||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |  |||||  |||     
T  36434631 aatcttggtttaattgccgcaccattttatctgaagttacaaatggcatgaggtaagatttcaatcaacttaaacattttgaagggtgtatttctttttg 36434532  T
Q  132 gctctcaaaa--aatcttcgattataaattttg 162  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||| ||||||    
T  36434531 gctctcaaaaagaatcttagattatacattttg 36434499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 249 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 36412310 - 36412199
Alignment:
Q  249 ccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactaccagaaccgcagctaacctctttttaccaa 348  Q
    |||||||| |||| || ||||||| ||| || |||  | ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||| |||    
T  36412310 ccctttctctttttcttccacatgtaattcacacagaagaggaggatgacaattgcaactatagaagctacaagaattgcagctaacctctttttatcaa 36412211  T
Q  349 ggattcctttgc 360  Q
    ||| ||||||||    
T  36412210 ggactcctttgc 36412199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 36404992 - 36404894
Alignment:
Q  245 cataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactaccagaaccgcagctaacctcttttt 343  Q
    |||||||||| |||||| || ||||||| |||  | ||| || ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||  ||||| |||||||||||    
T  36404992 cataccctttgtttttttcttccacatgtaatttacacaggagaggaggatgacaattgcaacaatagaagctaccagaattgcagccaacctcttttt 36404894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 36418122 - 36418041
Alignment:
Q  32 aatcttggtttgattgatgcagcattttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaatcaatttacacattttga 113  Q
    |||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  36418122 aatcttggtttggttgcggcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaacttaaacattttga 36418041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 36428102 - 36428021
Alignment:
Q  32 aatcttggtttgattgatgcagcattttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaatcaatttacacattttga 113  Q
    |||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  36428102 aatcttggtttggttgcggcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaacttaaacattttga 36428021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 36374996 - 36374915
Alignment:
Q  32 aatcttggtttgattgatgcagcattttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaatcaatttacacattttga 113  Q
    ||||||||||  ||||  ||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||| || || |||||||    
T  36374996 aatcttggttaaattgccgcatcattttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaacttgcaaattttga 36374915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 36388681 - 36388616
Alignment:
Q  60 atctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaatcaatttacacattttgaaggttaaatttc 125  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||| || |||||    
T  36388681 atctgaagttacaaatggcatgaggtaagatttcaatcaactaacacattttaaagggtatatttc 36388616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University