View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13220_low_1 (Length: 621)

Name: NF13220_low_1
Description: NF13220
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13220_low_1
NF13220_low_1
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (7-605)||(39455302-39455901)
chr5 (7-605)||(39451675-39452273)
chr5 (10-541)||(39476251-39476782)
chr5 (7-554)||(39483989-39484538)
chr5 (7-554)||(39463457-39464004)
chr5 (7-546)||(39457195-39457734)
chr5 (7-586)||(39460941-39461526)
chr5 (7-554)||(39487191-39487738)
chr5 (7-550)||(39472760-39473303)
chr5 (18-541)||(43311441-43311964)
chr5 (279-546)||(39469932-39470198)
chr5 (7-135)||(39452878-39453006)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 39455901 - 39455302
Alignment:
Q  7 ctccatccttatccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39455901 ctccatccttatccaatacactccttattcctctctcaatcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccaccctataatctagcgc 39455802  T
Q  107 aatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39455801 aatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatg 39455702  T
Q  207 ccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtgtgtggagcccaaccaatcacccttccaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39455701 ccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtttgtggagcccaaccaatcacccttccaa 39455602  T
Q  307 tctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcg-ccctttggtgctggtt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||    
T  39455601 tctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccctggcgccccttcggtacaggtt 39455502  T
Q  406 tacggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcagag 505  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||| ||    
T  39455501 tacggagagaccatatgaagtgggacttactattctcaatagcacatgcgatctccttaacctgatcctcatcaaaacaacctttgcttccgaagcaaag 39455402  T
Q  506 gaaaactacagaagaaagaggttgatcatcaagccagttgatgatatcagaaccaacaacgtccttggttttgggctcaggacttaatataggtcctacc 605  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39455401 gaaaacgacggaggaaagaggttgatcatcaagccacttgatgatatcagaaccaacaatgtccttggttttgggctcaggacttaatataggtcctacc 39455302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 39452273 - 39451675
Alignment:
Q  7 ctccatccttatccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgc 106  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||| |||||||||||||| |||||  || |||||| ||||||||||| |||    
T  39452273 ctccatccttatccaacacactccttattcctttctcaatcttgtcagcagtcaaaagatagttaggaccactgttaaactccaccctataatctaacgc 39452174  T
Q  107 aatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatg 206  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39452173 aatctccacggaaatcttcaactcacacaccaattcaaaagcattaacctgttgctcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaaatatatg 39452074  T
Q  207 ccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtgtgtggagcccaaccaatcacccttccaa 306  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39452073 ctctcgagtgtggaattccagccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctggatgtgctagtatttgggcttgtggggcccaaccaatcacccttccaa 39451974  T
Q  307 tctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcgccctttggtgctggttt 406  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39451973 tctcttccgttcgatctaagaatccttctggtaaaaccgaacacagatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcgccctttggtgctggttt 39451874  T
Q  407 acggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcagagg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39451873 acggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctggtcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcagagg 39451774  T
Q  507 aaaactacagaagaaagaggttgatcatcaagccagttgatgatatcagaaccaacaacgtccttggttttgggctcaggacttaatataggtcctacc 605  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39451773 aaaacaacagaagaaagaggttgatcatcaagccagttgatgatatcagaaccaacaacgtccttggttttgggctcaggacttaatataggtcctacc 39451675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 10 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 39476782 - 39476251
Alignment:
Q  10 catccttatccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgcaat 109  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | || || | ||||| |||||||||||||| || |||  |||||| ||||||||| |  || ||    
T  39476782 catccttatccaacacactccttattcctcgctcaattttatcggcagttacaagatagttaggcctaccacttaactccaccctataatccaatgcgat 39476683  T
Q  110 ctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatgccc 209  Q
     |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| || |||||||| ||||||| |    
T  39476682 atccacacctatcttcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgttcagcaaagagtggccatgcggcaattggtacaccaaaatatatgctc 39476583  T
Q  210 tcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtgtgtggagcccaaccaatcacccttccaatct 309  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||| | ||||| ||||  | |||||||||||    
T  39476582 tcgagtgttgaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcctgttgggcccatccaactatccttccaatct 39476483  T
Q  310 ctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcgccctttggtgctggtttacg 409  Q
    | || || | ||||||||||||||| ||||||| |  || ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||| | |||||||| ||  ||||||||    
T  39476482 cagcagttctatctaagaatccttcaggtaaaaccagacccaaatcataaagagggtaatccgagggtgcagccatagtgccctttgctggaggtttacg 39476383  T
Q  410 gagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcagaggaaa 509  Q
     |||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  39476382 cagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacagcatgtgcgatctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccgaagcagaggaaa 39476283  T
Q  510 actacagaagaaagaggttgatcatcaagcca 541  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  39476282 actacggaggaaggaggttgatcatcaagcca 39476251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 7 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 39484538 - 39483989
Alignment:
Q  7 ctccatccttatccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgc 106  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| | | ||| ||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||| |  ||    
T  39484538 ctccatccttatacaacacactccttattactctctcaatcttgtcggcacttacaagatagttagactcaccactaaactccatcctataatccaatgc 39484439  T
Q  107 aatctccacag--caatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtata 204  Q
    ||||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| ||||    
T  39484438 aatctccacacacctatctgcagctcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgttcaacaaagagtggccatgcggcaataggcacaccaaaatata 39484339  T
Q  205 tgccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtgtgtggagcccaaccaatcacccttcc 304  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||| | ||||| | ||| | ||||||    
T  39484338 tgctctcgagtgttgaattccaaccataatgtgaaacaaatcctcctatggctgggtgggctagtatttgggcttgttgggcccatctaattatccttcc 39484239  T
Q  305 aatctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcgccctttggtgctggt 404  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||  |   |||    
T  39484238 aatctcggcagttcgatctaagaatccttcaggtaaaaccggacccaaatcataaagagagtaatcagagggtgcagccatggtgccctttactagaggt 39484139  T
Q  405 ttacggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcaga 504  Q
    ||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||    
T  39484138 ttacgcagagaccacacgaagcgtgccccactattctcaacaacatgtgcgatctccttaacctgatcttcatcaaaataacccctactcccaaagcaga 39484039  T
Q  505 ggaaaactacagaagaaagaggttgatcatcaagccagttgatgatatca 554  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||| || |||||| || || ||||||    
T  39484038 ggaaaactacggaggaaggaggttgattatgaagccacttcattatatca 39483989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 7 - 554
Target Start/End: Original strand, 39463457 - 39464004
Alignment:
Q  7 ctccatccttatccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgc 106  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| || | ||||| ||||||||||||| | | |  | ||||||  || ||||| |  |     
T  39463457 ctccatccttatctaacacactccttattcctctctcaatcttatcagcagttacaagatagttaggctcgccaagaaactccactctgtaatccaatga 39463556  T
Q  107 aatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatg 206  Q
    ||||||||| || ||||| | ||||||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||| |||||| || ||||  || |||||||| ||||||    
T  39463557 aatctccaccgccatctttaactcacacaccagttcaaaagcatttgtctgttgttcagcaaagatcggccaagtggcaagtggaacaccaaaatatatg 39463656  T
Q  207 ccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtgtgtggagcccaaccaatcacccttccaa 306  Q
    | ||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39463657 ctctccagtgtcgaattccagccacaatgtgagacaaatcctcccgtggccgggtgggctagtatttgggcctgtggagcccaaccaatcacccttccaa 39463756  T
Q  307 tctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcgccctttggtgctggttt 406  Q
    ||||| | || |||| ||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||| ||||||||| || |||  |||||||||||||||||  |||||    
T  39463757 tctctacagtccgatataagaatccttcgggtaaaacggaacctaaatcagaaagagggtaatcagatggcgcaatcatggcgccctttggtgggggttt 39463856  T
Q  407 acggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcagagg 506  Q
    ||| |||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  39463857 acgtagagaccaaacaaagcgagccccactattctcaatagcaagtgcaatctccttaacctgatcttcatcgaaagaacctctgctcccgaagcagagg 39463956  T
Q  507 aaaactacagaagaaagaggttgatcatcaagccagttgatgatatca 554  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39463957 aaaactactgaggaaggaggttgatcatcaagccacttgatgatatca 39464004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 7 - 546
Target Start/End: Original strand, 39457195 - 39457734
Alignment:
Q  7 ctccatccttatccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgc 106  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| | | | | || |||| | |||||||||||  ||    
T  39457195 ctccatccttatccaacacactctttattcctctctcaatcttgtcggcagttaaaagatagttagactcgccattaaactctaacctataatctaatgc 39457294  T
Q  107 aatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatg 206  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||| |   ||| || ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||| ||||||    
T  39457295 aatctccacagccatcttcagctcacataccaattgaaatgcatttgtctgctgatcagcaaagagcggccacgtggcaacaggcacaccaaaatatatg 39457394  T
Q  207 ccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtgtgtggagcccaaccaatcacccttccaa 306  Q
      |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  39457395 ttctcgagtgtggaattccagccacaatgagaaacaaatcctcccgtggctgggtgggctagtatgtgcgtctgtggggcccatccaataacccttccaa 39457494  T
Q  307 tctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcgccctttggtgctggttt 406  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || |||  ||||| | |||| |||| ||||||    
T  39457495 tctctgctgtcctatctaagaatccttctggtaaaaccgaactcaaatcagaaagagtgtaatcagatggcgcattcatggtgtccttcggtggtggttt 39457594  T
Q  407 acggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcagagg 506  Q
    ||| |||||||| || ||  || ||||| ||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  39457595 acgtagagaccacacaaatcggaccccagtattctctacagcaagggcgatctccttaacctgatcctcatcgaaaaaccccctgctcccgaagcagagg 39457694  T
Q  507 aaaactacagaagaaagaggttgatcatcaagccagttga 546  Q
    |||||| | || ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  39457695 aaaacttccgaggaaggaggttgatcatcaagccacttga 39457734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 7 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 39461526 - 39460941
Alignment:
Q  7 ctccatccttatccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgc 106  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||| ||| | |  ||||||  |||||||||| | |    
T  39461526 ctccatccttttccaacacattccttattcctctctcaatcttgtcagcagttacaagatagttaggctcaccattgaactccactctataatctaacac 39461427  T
Q  107 aatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatg 206  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||| | ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||    
T  39461426 aatctccacagccatcttcagctcatgcaccaactgaaaagcattagtctgttgttcagcaaagagcggccacgtggcaatgggcacaccaaaatacatg 39461327  T
Q  207 ccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtgtgtggagcccaaccaatcacccttccaa 306  Q
    | ||||||| | |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| | |||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||    
T  39461326 ctctcgagtattgaattccagccacaatgggaaacgaatcctcccgtggctgggtgggccaatatttgagtctgcggagcccatccaatgacccttccaa 39461227  T
Q  307 tctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcg---ccctttggtgctgg 403  Q
    || |||| || ||||||||||| ||||||||||||| | | | ||| |||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||   ||||| |||   ||    
T  39461226 tccctgctgtccgatctaagaacccttcgggtaaaaccaagcccaattcagtaagagagtaatcagagggtgcaaccatggcgacacccttcggtttggg 39461127  T
Q  404 tttacggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcag 503  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||  |||||||||||    
T  39461126 tttacgaagagaccatatgaaatggacgccactatcctcaatggcatgtgcgatctccttaatctgatcctcatcgaaggtacccctagtcccaaagcag 39461027  T
Q  504 aggaaaactacagaagaaagaggttgatcatcaagccagttgatgatatca---gaaccaacaacgtccttggttttgggctcagg 586  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||     |||||||||||||||||||    
T  39461026 aggaaaactacggaggaaagaggttgatcatcaagccacttgatgatatcatctgaaccaactgttcccttggttttgggctcagg 39460941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 7 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 39487738 - 39487191
Alignment:
Q  7 ctccatccttatccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgc 106  Q
    |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||   | || || ||| | ||||||| |  ||    
T  39487738 ctccatccttatccaacaaattccttattcctctctcaatcttatccgcagttacaagatagttaggcccttcattaaaccccaccttataatccaaagc 39487639  T
Q  107 aatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatg 206  Q
    ||| |||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||| ||||| |  ||||| ||||||||||| ||||||    
T  39487638 aatttccacacctattttcagttcacacaccaattcaaaagcattagcctgttgctcagcatagagtggccacgcggcaataggcacaccaaaatatatg 39487539  T
Q  207 ccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtgtgtggagcccaaccaatcacccttccaa 306  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||| | ||||| ||||| ||||||||||    
T  39487538 ctctcgagtgttgaattccaaccacaatgcgaaacaaatcctccagtggctggatgagctagtatttgggcctgttgggcccatccaattacccttccaa 39487439  T
Q  307 tctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcgccctttggtgctggttt 406  Q
    || |||  || ||||||||||||||||| ||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||   ||||| ||||  |||||    
T  39487438 tccctgttgttcgatctaagaatccttcaggtaaaaccgattccaaatcagaaagagggtaatcagagggtgaaaccatgattcccttcggtgagggttt 39487339  T
Q  407 acggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcagagg 506  Q
    ||| |||||||| || ||  |||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  39487338 acgcagagaccacacaaaacgggctccacaattctcaatagcatgtgcaatctctttaacctgatcctcatcgaaagagcccctgctcccgaagcagagg 39487239  T
Q  507 aaaactacagaagaaagaggttgatcatcaagccagttgatgatatca 554  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39487238 aaaactaccgaggaaggaggttgatcatcaagccacttgatgatatca 39487191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 7 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 39473303 - 39472760
Alignment:
Q  7 ctccatccttatccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgc 106  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || | ||||| ||||||||||||| ||| | || |||||  ||||||||| | ||     
T  39473303 ctccatccttatccaacacactccttattcctctctcaatcttatcggcagttacaagatagttaggcgcaccattaaactccgccctataatccaacga 39473204  T
Q  107 aatctccacagcaatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatg 206  Q
    ||| || ||  | || |||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| | || |||||||  || || ||||||||||| || |||    
T  39473203 aatttcaactcctattttcaactcacacaccaattcaaaagcattagtctgttgttctgcataaagtggccatgcggctataggcacaccaaaataaatg 39473104  T
Q  207 ccctcgagtgtggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtgtgtggagcccaaccaatcacccttccaa 306  Q
    | |||||||   ||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||   ||||| ||||| ||||  ||||||||||    
T  39473103 ctctcgagtactgaattccaaccacaatgcgaagcaaatcctccaatggctgggtgggctagtatttggacttgtggggcccatccaacaacccttccaa 39473004  T
Q  307 tctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcgccctttggtgctggttt 406  Q
    ||||||| || || ||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||| ||||||||| || |  ||||||| |||||  ||||  |||||    
T  39473003 tctctgctgtccgctctaaaaatccttcgggtaaacttgaacccaaatcaaaaagagggtaatcagagggcgaggccatggtgccctccggtggaggttt 39472904  T
Q  407 acggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcagagg 506  Q
    ||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||   ||| |||| | ||||||||||||| |||||| ||||| | || || |||||||||    
T  39472903 acgaagagaccatatgaaccgggccccactattctcaatagcgcatgcaatctgcgtaacctgatcctcgtcgaaagaacccatacttccgaagcagagg 39472804  T
Q  507 aaaactacagaagaaagaggttgatcatcaagccagttgatgat 550  Q
    |||||||| || ||   |||||||||||||||||| ||||||||    
T  39472803 aaaactactgaggatgcaggttgatcatcaagccacttgatgat 39472760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 541
Target Start/End: Original strand, 43311441 - 43311964
Alignment:
Q  18 tccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgcaatctccacag 117  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||| |||| ||||||||| | | |||||  |   ||||||||||||||||| |  ||||||||||||     
T  43311441 tccaacacactccttattcctttctcgatcttgtctgaagctaaaagataatcacgcccaacatcgtactccatcctataatccactgcaatctccacac 43311540  T
Q  118 caatcttcagctcacacaccaattcaaaagcagtaacctgttgttcagcaaagagcggccatgttgcaatgggcacaccaaagtatatgccctcgagtgt 217  Q
    | |||||||||||| |||| | || ||||||| |    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||| |||||| ||    
T  43311541 ccatcttcagctcagacacaagttgaaaagcattggtttgttgatcagcaaagagtggccatgtggcaataggcacaccataatatatgctctcgagagt 43311640  T
Q  218 ggaattccaaccacaatgtgaaacaaatcctcctgtggctggatgggctagtatttgggtgtgtggagcccaaccaatcacccttccaatctctgccgta 317  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||| ||||   || |||||||| ||||| ||||||||| ||   || ||     
T  43311641 cgaattccaaccacaatgtgaaacaaagcctcctgttgctggatgagcgagtacttggacctgaggagcccatccaatgacccttccagtcctagctgtt 43311740  T
Q  318 cgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtgcagccatggcgccctttggtgctggtttacggagagacc 417  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||  |    |||||||||||||| ||||||||| |   || ||||||  ||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  43311741 cgatctaagaacccttcaggtaaaactgcgaccaaatcagaaagagagtaatcagatgtctcacccatggttcccttcggtgggggttttcgcagagacc 43311840  T
Q  418 atacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatcgaaacaacccctgctcccaaagcagaggaaaactacaga 517  Q
    | | |||| | ||| |||| |||||||||||||  || |||||| |||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||  ||||||| ||    
T  43311841 acaggaagcgagcctcacttttctcaatagcatacgcaatctccctaatttgatcctcatcgaaagaacccttgctcccaaagcaaagataaactacgga 43311940  T
Q  518 agaaagaggttgatcatcaagcca 541  Q
     ||||||||||| ||||| |||||    
T  43311941 cgaaagaggttggtcatcgagcca 43311964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 279 - 546
Target Start/End: Original strand, 39469932 - 39470198
Alignment:
Q  279 tgtggagcccaaccaatcacccttccaatctctgccgtacgatctaagaatccttcgggtaaaatcgaacacaaatcagaaagagtgtaatcagaaggtg 378  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | || | ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| || |    
T  39469932 tgtggagcccatccaataacccttccaatctcttctgtcctatctaagaatccttctggtaaaaccgaactcaaatcagaaagagggtaatcagatggcg 39470031  T
Q  379 cagccatggcgccctttggtgctggtttacggagagaccatacgaagtgggccccactattctcaatagcatgtgcgatctccttaacctgatcctcatc 478  Q
    || |||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||| || |   || ||||| ||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  39470032 caaccatggtgcccttaggtggtggtttacgtagagaccacacaatacggaccccagtattctctacagcaagtgcgatccccttaacctgatcctcatc 39470131  T
Q  479 gaaacaacccctgctcccaaagcagaggaaaactacagaagaaagaggttgatcatcaagccagttga 546  Q
    |||| || |||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  39470132 gaaa-aaaccctgctcccgaagcagaggaaaactaccgaggaaggaggctgatcatcaagccacttga 39470198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 135
Target Start/End: Original strand, 39452878 - 39453006
Alignment:
Q  7 ctccatccttatccaatacactccttattcctctctcactcttgtccgaagttaaaagatagttaggcccactactatactccatcctataatctagcgc 106  Q
    |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||| | ||| | || |||||| ||| ||||||| ||     
T  39452878 ctccatccttatacaacacactctttattcctctctcaattttgtccgcagttaaaagagagttagactcaccaataaactccaacctctaatctaacgt 39452977  T
Q  107 aatctccacagcaatcttcagctcacaca 135  Q
    |||||||||  | ||||||| ||||||||    
T  39452978 aatctccacgaccatcttcaactcacaca 39453006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University