View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13222_high_8 (Length: 391)

Name: NF13222_high_8
Description: NF13222
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13222_high_8
NF13222_high_8
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (16-375)||(35421431-35421790)
chr5 (16-375)||(35434776-35435135)
chr5 (73-373)||(35364680-35364980)
chr5 (73-291)||(35404401-35404619)
chr5 (30-146)||(35416966-35417082)
chr5 (110-296)||(35374263-35374449)
chr5 (85-295)||(35752649-35752859)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (73-375)||(10412035-10412337)
chr1 (73-374)||(10417759-10418060)
chr1 (110-373)||(10421679-10421940)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (98-375)||(13563209-13563485)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (85-357)||(30633125-30633397)
chr2 (85-357)||(30660854-30661126)
chr2 (149-357)||(30631084-30631292)
chr2 (85-357)||(30669534-30669806)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (98-358)||(1153059-1153320)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (233-295)||(29625269-29625331)
chr7 (76-184)||(29625372-29625480)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Original strand, 35421431 - 35421790
Alignment:
Q  16 tcatccccaattgttggtgtactatatgctgtcaacaacagttgctcttgctttgagtttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttcattgaaa 115  Q
    |||| |||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35421431 tcattcccaattgctgttgtacttcatgctgtcaacaacagttgctcttgctttgagtttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttctttgaaa 35421530  T
Q  116 gaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacaaga 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35421531 gaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacatga 35421630  T
Q  216 gagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacat 315  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35421631 gagtctctgtcttgcatttggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacat 35421730  T
Q  316 cgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggctgcaagttcttga 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35421731 cgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggttgcaagttcttga 35421790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Original strand, 35434776 - 35435135
Alignment:
Q  16 tcatccccaattgttggtgtactatatgctgtcaacaacagttgctcttgctttgagtttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttcattgaaa 115  Q
    |||| |||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35434776 tcattcccaattgctgttgtacttcatgctgtcaacaacagttgctcttgctttgagtttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttctttgaaa 35434875  T
Q  116 gaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacaaga 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35434876 gaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctctttatttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacatga 35434975  T
Q  216 gagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacat 315  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35434976 gagtctctgtcttgcatttggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacat 35435075  T
Q  316 cgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggctgcaagttcttga 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35435076 cgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggttgcaagttcttga 35435135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 73 - 373
Target Start/End: Original strand, 35364680 - 35364980
Alignment:
Q  73 tttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcat 172  Q
    ||||||||||  ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||| |  ||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  35364680 tttgagttcacagactgataaacttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacat 35364779  T
Q  173 ttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatcct 272  Q
    |||||||||||| | ||  ||||||| ||||| || |||| |||||||  | | ||||| ||||| |||||||  | |||||||||||| |||||||| |    
T  35364780 ttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcat 35364879  T
Q  273 taggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggctgcaagttct 372  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  35364880 tgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattct 35364979  T
Q  373 t 373  Q
    |    
T  35364980 t 35364980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 73 - 291
Target Start/End: Original strand, 35404401 - 35404619
Alignment:
Q  73 tttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcat 172  Q
    ||||||||||  ||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||| || | |||||||||||| | ||||| |||    
T  35404401 tttgagttcaaagactgataagctggctttgcttgcattgaaggaaaagcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcatggaataagtctctacat 35404500  T
Q  173 ttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatcct 272  Q
    || ||||||||| | ||  ||||||| ||||| |  |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||  | |||||| |||||||||||||| |    
T  35404501 ttttgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcatcacacgagagtctctgccttgcgtttggaaaatcaaacattgggtggcactcttggaccatcat 35404600  T
Q  273 taggaaatctaacctttct 291  Q
    | |||||||||||||||||    
T  35404601 tgggaaatctaacctttct 35404619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 146
Target Start/End: Original strand, 35416966 - 35417082
Alignment:
Q  30 tggtgtactatatgctgtcaacaa-cagttgctcttgctttgagtttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttcattgaaagaaaaacttacca 128  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  35416966 tggtgtacta-atgttgtcaacaaacagttgctcttgctttgaatttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttctttaaaagaaaagcttacca 35417064  T
Q  129 atggtatacctgatgctc 146  Q
    ||  ||||||||||||||    
T  35417065 atcatatacctgatgctc 35417082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 110 - 296
Target Start/End: Original strand, 35374263 - 35374449
Alignment:
Q  110 ttgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgcc 209  Q
    ||||| ||||| || || |||||| |||| ||  ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| | || |||||||| ||||| || |    
T  35374263 ttgaaggaaaagctcacaaatggtgtaccagactctcttccatcatggaatgagtctttacatttctgtgaatggcaaggagttacatgtggtcgtcgtc 35374362  T
Q  210 acaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaa 296  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    |||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||| ||||||    
T  35374363 acatgagagtctctgccttgcatttggaaaatcaaacactgggtggcactctcggaccatcattgggaaatctaacatttatcagaa 35374449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 85 - 295
Target Start/End: Original strand, 35752649 - 35752859
Alignment:
Q  85 gactgataaacatgctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgg 184  Q
    ||||||||| | |||||||||| | || || ||||| ||||| |||||| |||| ||| || | |||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||    
T  35752649 gactgataagcttgctttgcttgctttaaaggaaaagcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgtgtgg 35752748  T
Q  185 gagggtgttacatgcggtcgacgccacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaa 284  Q
     | ||  ||||||| ||||| || |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||  | |||||| |||||||||||||| || || ||| |||    
T  35752749 caagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtctcttccttgcatttggaaaatcaaacattgggtggcactcttggaccatctttgggtaatttaa 35752848  T
Q  285 cctttctcaga 295  Q
    | |||||||||    
T  35752849 catttctcaga 35752859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 73 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 10412337 - 10412035
Alignment:
Q  73 tttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcat 172  Q
    ||||||||||| || |||| | |||||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||| |||  ||| || | |||||||||||||| ||||| |||    
T  10412337 tttgagttcagcgattgatgagcatgctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtacaagattctttgccatcatggaatgagtctctacat 10412238  T
Q  173 ttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatcct 272  Q
    |||||||||||| |||| |||  ||||||||| || |||| |||||| |||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  10412237 ttctgtgaatggcagggagttgaatgcggtcgtcgacacatgagagtttctgtcttgcatttggaaaatcaaaacttgggtggtactcttggaccatcct 10412138  T
Q  273 taggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggctgcaagttct 372  Q
    | ||||||||||| |||||  |||  ||||| ||||| ||  || | ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |  ||||||||||    
T  10412137 tgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcgattgcaagttct 10412038  T
Q  373 tga 375  Q
    |||    
T  10412037 tga 10412035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 73 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 10418060 - 10417759
Alignment:
Q  73 tttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcat 172  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||| || | ||||||| |||||| ||||| |||    
T  10418060 tttgagtacagagactgataagcatgctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcatagaatgagtctctacat 10417961  T
Q  173 ttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatcct 272  Q
    |||||||| ||| | ||  ||| ||| ||||| || |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  10417960 ttctgtgattggcaagggattagatgtggtcgtcgtcacatgagagtctcttccttgcatttggaaaatcaaacattgggtggtactcttggaccatcct 10417861  T
Q  273 taggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggctgcaagttct 372  Q
    | ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||   ||  | || ||| | ||| ||||||||||| || |||||| ||||||| |  ||||||||||    
T  10417860 tgggaaatctaacatttctcagaatacttaaacttaaaaaagttgacttgtatggtaaaattccaaaacaaattggtcgtttgaagcgattgcaagttct 10417761  T
Q  373 tg 374  Q
    ||    
T  10417760 tg 10417759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 110 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 10421940 - 10421679
Alignment:
Q  110 ttgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgcc 209  Q
    ||||||||||  ||||| |||||| |||| ||| || | |||||||||||||| |||||  |||||||||| ||| ||||  ||||||| ||| | || |    
T  10421940 ttgaaagaaacgcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcatggaatgagtctctatatttctgtgagtggcaggggattacatgtggtagtcgtc 10421841  T
Q  210 acaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttc 309  Q
    ||| |||||||  | | ||||| || || |||||||  | |||||||||||  |||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||| | |||||    
T  10421840 acatgagagtcatttctttgcatttcgagaatcaaacattgggtggtactc--ggaccatcattgagaaatctaacatttcttagaaaactctacctttc 10421743  T
Q  310 caacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggctgcaagttctt 373  Q
     ||| | || ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  10421742 aaacgttgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaagttctt 10421679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 98 - 375
Target Start/End: Original strand, 13563209 - 13563485
Alignment:
Q  98 gctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgggagggtgttacat 197  Q
    ||||||||| | ||| | ||||| ||||| |||||  | || ||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  13563209 gctttgcttgctttgtaggaaaagcttacaaatggcgtgcccgattctctaccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcagggggttacat 13563308  T
Q  198 gcggtcgacgccacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaaa 297  Q
    | ||| | || |||| | |||||||||||||||| ||| | |||||||  ||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||     
T  13563309 gtggtggtcgtcacatgcgagtctctgccttgcatttgaagaatcaaacatggggtgctacttttggaccatccttgggaaatttaacctttcttagaat 13563408  T
Q  298 actcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggctgcaagttcttga 375  Q
     || ||||||   |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||| |||||||    
T  13563409 cctaaaacttaagaacatcgacttgca-gatgaaattccaaaagaagttggtcgtttgaagtgattgcaaattcttga 13563485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 89; Significance: 8e-43; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 85 - 357
Target Start/End: Original strand, 30633125 - 30633397
Alignment:
Q  85 gactgataaacatgctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgg 184  Q
    ||||||||| |  ||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||| || | |||  | | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  30633125 gactgataagctagctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtatcagattatttgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatgg 30633224  T
Q  185 gagggtgttacatgcggtcgacgccacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaa 284  Q
    || ||  ||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |  ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  30633225 gaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtctctgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaa 30633324  T
Q  285 cctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaa 357  Q
    | |||||  |||  ||||| ||||| ||  || | ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  30633325 catttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30633397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 85 - 357
Target Start/End: Original strand, 30660854 - 30661126
Alignment:
Q  85 gactgataaacatgctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgg 184  Q
    ||||||||| |  ||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||| || | |||  | | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  30660854 gactgataagctagctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtatcagattatttgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatgg 30660953  T
Q  185 gagggtgttacatgcggtcgacgccacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaa 284  Q
    || ||  ||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |  ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  30660954 gaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtctctgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaa 30661053  T
Q  285 cctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaa 357  Q
    | |||||  |||  ||||| ||||| ||  || | ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  30661054 catttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30661126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 149 - 357
Target Start/End: Original strand, 30631084 - 30631292
Alignment:
Q  149 ccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaatt 248  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |    
T  30631084 ccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatgggaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtctctgccttgcatttggaaaatcaaacat 30631183  T
Q  249 ggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttgg 348  Q
      ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||  |||  ||||| ||||| ||  || | ||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  30631184 ttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttgg 30631283  T
Q  349 tcttttgaa 357  Q
    |||||||||    
T  30631284 tcttttgaa 30631292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 85 - 357
Target Start/End: Original strand, 30669534 - 30669806
Alignment:
Q  85 gactgataaacatgctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgg 184  Q
    ||||||||| |  ||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||| ||||  ||  | | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  30669534 gactgataagctggctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtaccatattatttgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatgg 30669633  T
Q  185 gagggtgttacatgcggtcgacgccacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaa 284  Q
    || ||  ||||||| ||||| || |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||  |  ||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||    
T  30669634 gaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcactgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatttaa 30669733  T
Q  285 cctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaa 357  Q
    | |||||   ||| ||||  ||||| ||  || | ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  30669734 catttcttcaaaagctcagcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30669806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 98 - 358
Target Start/End: Original strand, 1153059 - 1153320
Alignment:
Q  98 gctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttctgtgaatgggagggtgttacat 197  Q
    ||||||||| | |||||  |||||||||| |||||  | |||||| |||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||| | || |||| ||    
T  1153059 gctttgcttgctttgaagaaaaaacttacaaatggcgtgcctgattctctgccgtcatggaatgagtctctacatttttgtaaatggcaaggggttaaat 1153158  T
Q  198 gcggtcgacgc-cacaagagagtctctgccttgcaattggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaa 296  Q
    | ||||   || |||| ||||||||||  |||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||| || | |||| ||||||||||| ||||| | ||    
T  1153159 gtggtcagtgctcacatgagagtctctatcttgcatttggagaatcaaacctggggtggtactcttgaacgagccttgggaaatctaacatttctaacaa 1153258  T
Q  297 aactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaag 358  Q
     |||||| ||||| || ||||  ||||| ||||||||||||||| ||| ||||  |||||||    
T  1153259 tactcaagctttcaaatatcggcttgcatggtgaaattccaaaacaagctggttgtttgaag 1153320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 29625331 - 29625269
Alignment:
Q  233 ttggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcaga 295  Q
    |||||||| ||||  | |||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  29625331 ttggaaaaccaaacattgggtggtactattgggccatcattgggaaatctaacctttctcaga 29625269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 29625480 - 29625372
Alignment:
Q  76 gagttcagtgactgataaacatgctttgctttcattgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcatttc 175  Q
    ||||||||  |||||||| |  ||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||  |  | ||| |||| |||||||||||||| ||| | ||||||    
T  29625480 gagttcagacactgataagctcgctttgcttgctttgaaggaaaagcttacgaatggggtgtcggattctctgccatcatggaatgagtctttacatttc 29625381  T
Q  176 tgtgaatgg 184  Q
    |||||||||    
T  29625380 tgtgaatgg 29625372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University