View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13228_low_1 (Length: 729)

Name: NF13228_low_1
Description: NF13228
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13228_low_1
NF13228_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-713)||(171821-172533)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 713
Target Start/End: Original strand, 171821 - 172533
Alignment:
Q  1 gaggaagctgctctttctggccctgatcgtgttttcacatcaagaaaaattgaattgagaaaacaaaattcttattggcacggtagtactgcacaattgt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  171821 gaggaagctgctcttcctggccctgatcgtgttttcacatcaagaaaaattgaattgagaaaacaaaattcttattggcacggtagtactgcacaattgt 171920  T
Q  101 caagattttctaattcagttgcaattcgaggtgattcacgaattgatatgagtggagactgtagtttgaactcacagtggttagaggatcagtttgatac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  171921 caagattttctaattcagttgcaattcgaggtgattcacaacttgatatgagtggagactgtagtttgaactcacagtggttagaggatcagtttgatat 172020  T
Q  201 gagatatagtcatttggatgatggtgagtccaatcaattactggatggaaccaaacattcacgcaagaaagacttccatctgttcagaaaggatcgtgcc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172021 gagatatagtcatttggatgatggtgagtccaatcaattactggatggaaccaaacattcacgcaagaaagacttccatctgttcagaaaggatcgtgcc 172120  T
Q  301 atggtaaagaaattacttacaaacactaatttgtgcaattgttctattattttggagtcagaactacatgcaactctctgatattatggaagaggatgaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172121 atggtaaagaaattacttacaaacactaatttgtgcaattgttctattattttggagtcagaactacatgcaactctctgatattatggaagaggatgaa 172220  T
Q  401 cttgatagaagttgagactatggtctgattgtgactatggaactctctaataatgacttgcttttatttgttgtttgttgcagggttgtgctcccaaaaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172221 cttgatagaagttgagactatggtctgattgtgactatggaactctctaataatgacttgcttttatttgttgtttgttgcagggttgtgctcccaaaaa 172320  T
Q  501 tggccacatgctcaactattctggaccacttctgcctcgagaggataaccttgaagagatccttaaggagcatgaaagacaaatccaacaagctgtgcgc 600  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172321 tggccacattctcaactattctggaccacttctgcctcgagaggataaccttgaagagatccttaaggagcatgaaagacaaatccaacaagctgtgcgc 172420  T
Q  601 aaagctcgtctggttaaggaaaataaaaaggccgacagtgagaatggccaaactgagtcactatttcacttttaccaagtgagaagtggcaggtgacatt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172421 aaagctcgtctggttaaggaaaataaaaaggccgacagtgagaatggccaaactgagtcactatttcacttttaccaagtgagaagtggcaggtgacatt 172520  T
Q  701 tcaaagggttttg 713  Q
    |||||||||||||    
T  172521 tcaaagggttttg 172533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University