View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1322_high_20 (Length: 276)

Name: NF1322_high_20
Description: NF1322
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1322_high_20
NF1322_high_20
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (44-276)||(15011458-15011690)
chr1 (44-276)||(15002565-15002797)
chr1 (44-276)||(15037477-15037709)
chr1 (44-276)||(15032910-15033142)
chr1 (44-276)||(15017573-15017805)
chr1 (44-276)||(14532167-14532399)
chr1 (52-273)||(14468264-14468485)
chr1 (52-276)||(14483209-14483433)
chr1 (52-273)||(14504443-14504664)
chr1 (44-276)||(14522046-14522278)
chr1 (44-276)||(15041042-15041277)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (44-276)||(13246-13478)
scaffold0400 (52-273)||(6949-7170)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (44-276)||(13889-14121)
scaffold0365 (52-273)||(7593-7814)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (52-276)||(17027347-17027571)
chr8 (52-276)||(17557839-17558063)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (52-273)||(14606365-14606586)
chr7 (52-273)||(16025542-16025763)
chr7 (74-273)||(15676528-15676727)
chr7 (74-273)||(16173018-16173217)
chr7 (77-272)||(17825553-17825748)
chr7 (73-273)||(17848989-17849189)
chr7 (53-273)||(15664673-15664893)
chr7 (205-273)||(16103350-16103418)
[»] scaffold0289 (2 HSPs)
scaffold0289 (53-273)||(4999-5219)
scaffold0289 (53-273)||(13832-14052)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 15011690 - 15011458
Alignment:
Q  44 tgtagtctatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaaca 143  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||   ||    
T  15011690 tgtagtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagctttccgatttggca 15011591  T
Q  144 tttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 243  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011590 tttcttcattttgtaatgagtgaagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggcagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 15011491  T
Q  244 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011490 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 15011458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 15002797 - 15002565
Alignment:
Q  44 tgtagtctatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaaca 143  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||   ||    
T  15002797 tgtagtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagctttcctatttggca 15002698  T
Q  144 tttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 243  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002697 tttcttcattttgtaatgagtgaagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggcagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 15002598  T
Q  244 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002597 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 15002565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 15037709 - 15037477
Alignment:
Q  44 tgtagtctatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaaca 143  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  15037709 tgtagtcgatgtgaacaaaacccatataacttaacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagatttcagattagaca 15037610  T
Q  144 tttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 243  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15037609 tttcctcattttgtaatgaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgtgggcaactctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 15037510  T
Q  244 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15037509 atgcttgttgtcaaaatcttcagtggcttcgat 15037477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 15033142 - 15032910
Alignment:
Q  44 tgtagtctatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaaca 143  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  15033142 tgtagtcgatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagctttcagattaggca 15033043  T
Q  144 tttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 243  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  15033042 tttcttcattttgtaatgaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgtgggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaaggag 15032943  T
Q  244 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  15032942 atgcttgtcgtcaaaatcttcagtggcttcgat 15032910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 15017805 - 15017573
Alignment:
Q  44 tgtagtctatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaaca 143  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  15017805 tgtagtcgatgtaaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcatattagaca 15017706  T
Q  144 tttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 243  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  15017705 tttcttcattttgtaataaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgaaggcaactctgctttgtaaacacttgcatgtcctccaaccccaatgag 15017606  T
Q  244 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15017605 atgtttgttgtcaaaatcttccgtggcttcgat 15017573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Original strand, 14532167 - 14532399
Alignment:
Q  44 tgtagtctatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaaca 143  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  14532167 tgtagtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatattgcgatgtcgaatttctttcaaagcatggatctcatttgtgaatgctttcagattagaca 14532266  T
Q  144 tttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 243  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  14532267 tttcttcattttgtaatgagtgaagtttcttcacagcaacaacttgacctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgccctccaaccccaatgag 14532366  T
Q  244 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14532367 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 14532399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 52 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 14468485 - 14468264
Alignment:
Q  52 atgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 151  Q
    |||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||| |||  || |||||||||||  |||||||  ||    
T  14468485 atgtgaacaataaccgcataacttcacaatgtttcgatgtcggatttctgttaaagcttggatctcacttgcaaatgctttcagattggacatttctcca 14468386  T
Q  152 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14468385 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 14468286  T
Q  252 tgtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  14468285 tgtcaaactcttctgtggcttc 14468264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 52 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 14483433 - 14483209
Alignment:
Q  52 atgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||  || |||||| |||  ||||||||||||||  |||||||  ||    
T  14483433 atgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgtcggatttctgctaaaggttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctcca 14483334  T
Q  152 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14483333 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 14483234  T
Q  252 tgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    |||||||||||| ||||||||||||    
T  14483233 tgtcaaaatcttttgtggcttcgat 14483209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 52 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 14504664 - 14504443
Alignment:
Q  52 atgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| |  |||||| |||  |||||||||| |||  |||||||  ||    
T  14504664 atgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgtcggctttctgttaaagcttttatctcacttgcaaaagctttcaaattggacatttctcca 14504565  T
Q  152 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  14504564 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccgatgagatgtttgt 14504465  T
Q  252 tgtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  14504464 tgtcaaactcttctgtggcttc 14504443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Original strand, 14522046 - 14522278
Alignment:
Q  44 tgtagtctatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaaca 143  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||  ||  |||||||| |||||| | |    
T  14522046 tgtagtcgatgtgaacaaaacccatataactttacaatgttgcgatgtcggatttctgtcaaagcactaatctcacctgcaaaagcttttagattagata 14522145  T
Q  144 tttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 243  Q
      ||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  14522146 catctccatttggtagtgaatggagtttcttcacagctaccacttgacctgttggcaactctgctttgtaaacacttccatgtactccaaccccgatgag 14522245  T
Q  244 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14522246 attcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 14522278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 15041277 - 15041042
Alignment:
Q  44 tgtagtctatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaaca 143  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||| | |||  |||||||| |||||| | |    
T  15041277 tgtagtcgatgtgaacaaaacccatataactttacaatgttgcgatgtcggatttctgtctaagcactaatctaacttgcaaaagcttttagattagata 15041178  T
Q  144 tttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 243  Q
      ||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  15041177 catctccatttggtagtgaatggagtttcttcacagctaccacttgaccagtaggcaactctgctttgtaatcacttccatgtactccaaccccaatgag 15041078  T
Q  244 at---gcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    ||    |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  15041077 attgatcttgctgtcaaaatcttcagtggcttcgat 15041042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 13478 - 13246
Alignment:
Q  44 tgtagtctatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaaca 143  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||| |||    
T  13478 tgtagtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcattattgaatgctttcatattagaca 13379  T
Q  144 tttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 243  Q
    |||| |||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13378 tttcttcatgttctaataaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgaaggcaactctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 13279  T
Q  244 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13278 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 13246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 52 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 7170 - 6949
Alignment:
Q  52 atgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| || |||||| ||| |||||||||||||||  || | ||  ||    
T  7170 atgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgccggatttcagttaaagcttggatctcacttgcgaaagctttcagattggacgtctctcca 7071  T
Q  152 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  7070 ttttgtaatgaatggagtttcttcaccgctacaacttgtcctgtggggaactctgctttgtaaacacttccgtgtcctcctatcccaatgagatgcttgt 6971  T
Q  252 tgtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
    ||||||| ||||| || |||||    
T  6970 tgtcaaactcttcagttgcttc 6949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 14121 - 13889
Alignment:
Q  44 tgtagtctatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaaca 143  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||| |||    
T  14121 tgtagtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcattattgaatgctttcatattagaca 14022  T
Q  144 tttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 243  Q
    |||| |||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14021 tttcttcatgttctaataaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgaaggcaactctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgag 13922  T
Q  244 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13921 atgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 13889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 52 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 7814 - 7593
Alignment:
Q  52 atgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| || |||||| ||| |||||||||||||||  || | ||  ||    
T  7814 atgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgccggatttcagttaaagcttggatctcacttgcgaaagctttcagattggacgtctctcca 7715  T
Q  152 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  7714 ttttgtaatgaatggagtttcttcaccgctacaacttgtcctgtggggaactctgctttgtaaacacttccgtgtcctcctatcccaatgagatgcttgt 7615  T
Q  252 tgtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
    ||||||| ||||| || |||||    
T  7614 tgtcaaactcttcagttgcttc 7593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 17027571 - 17027347
Alignment:
Q  52 atgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||  ||||||| | |||||| |||||||| ||||| |  |||||| |||  |||||||||| |||  || ||||  ||    
T  17027571 atgtgaacaatacccgtataacttagcaatgtttctatgtcggatttctgttaaagctttgatctcacttgcaaaagctttcaaattggacgtttctcca 17027472  T
Q  152 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 251  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |  ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  17027471 cgttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgtccaataggcaactctgcttggtaaacacttccatgacctccaaccccaatgagatacttgt 17027372  T
Q  252 tgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||    
T  17027371 tgtcaaactcttcggtggcttcgat 17027347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 17558063 - 17557839
Alignment:
Q  52 atgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||  ||||||| | |||||| |||||||| ||||| |  |||||| |||  |||||||||| |||  || ||||  ||    
T  17558063 atgtgaacaatacccgtataacttagcaatgtttctatgtcggatttctgttaaagctttgatctcacttgcaaaagctttcaaattggacgtttctcca 17557964  T
Q  152 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 251  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |  ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  17557963 cgttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgtccaataggcaactctgcttggtaaacacttccatgacctccaaccccaatgagatacttgt 17557864  T
Q  252 tgtcaaaatcttctgtggcttcgat 276  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||    
T  17557863 tgtcaaactcttcggtggcttcgat 17557839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 52 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 14606586 - 14606365
Alignment:
Q  52 atgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 151  Q
    |||||| ||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||| | ||| |||||     ||||  ||    
T  14606586 atgtgagcaaaatccatacaacttcacaatattacgatgtcgaatttcggtcagagcttggatctcatttgtgaatgattttagatttggattttctcca 14606487  T
Q  152 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 251  Q
    |||  || ||||||||| || |||||||| || |||||||||||  | |  | ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| || |    
T  14606486 tttgctactgaatggagctttttcacagcaactacttgacctgtgtgcaactttgctttgtagacacttccatgccctccaactccaatgagatgttttt 14606387  T
Q  252 tgtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
      ||||||||||||||||||||    
T  14606386 catcaaaatcttctgtggcttc 14606365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 52 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16025763 - 16025542
Alignment:
Q  52 atgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 151  Q
    |||||| ||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||| | ||| |||||     ||||  ||    
T  16025763 atgtgagcaaaatccatacaacttcacaatattacgatgtcgaatttcggtcagagcttggatctcatttgtgaatgattttagatttggattttctcca 16025664  T
Q  152 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 251  Q
    |||  || ||||||||| || |||||||| || |||||||||||  | |  | ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| || |    
T  16025663 tttgctactgaatggagctttttcacagcaactacttgacctgtgtgcaactttgctttgtagacacttccatgccctccaactccaatgagatgttttt 16025564  T
Q  252 tgtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
      ||||||||||||||||||||    
T  16025563 catcaaaatcttctgtggcttc 16025542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 74 - 273
Target Start/End: Original strand, 15676528 - 15676727
Alignment:
Q  74 ttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtttct 173  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||   || |||| |||  |||| ||||||  || |||||||| ||| |    
T  15676528 ttcacaatgttacgatgctgaatttctgtcagagcttgaatctcatttgcgaaacagtttagatcaaaattttcctcatttgttactgaatggaattttt 15676627  T
Q  174 tcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
    | ||||| || |||||||||| | | |  |||||||||||||| ||||| ||  |||| || ||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||    
T  15676628 taacagcaactacttgacctgaatgcaaatctgctttgtaaacttttccttgcgctcctactccaatgagatgcttgtcatcaaactcttatgtggcttc 15676727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 74 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16173217 - 16173018
Alignment:
Q  74 ttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtttct 173  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||  || | |   |||| ||||||   | || |||||| || |    
T  16173217 ttcacaatattacgatgtcgaatttcagtcaaagcttggatctcatttgtgaaagattttggactgagattttcctcatttgaaactggatggagctttt 16173118  T
Q  174 tcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
    ||||||| || |||||||||||  |||  ||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||| ||||  ||||  |||||||||| |||||||||    
T  16173117 tcacagcaactacttgacctgtgtgtaactctgctttgtaaacacttccttgccctccaactccaataagatatttgtcatcaaaatcttgtgtggcttc 16173018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 272
Target Start/End: Original strand, 17825553 - 17825748
Alignment:
Q  77 acaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttca 176  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  || || |||||| ||||||||| ||| || ||  |  |||| |||| |  || ||||||||| || || |    
T  17825553 acaatgttacgatgtcgaatttctgtcagtgcttggatctcacttgtgaaagattttaggtttgaattttcttcatatactattgaatggagctttttaa 17825652  T
Q  177 cagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggctt 272  Q
    |||| || |||||||||||   || |||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||| || |  |||||||| ||||||||||    
T  17825653 cagcaactacttgacctgtgtctaattctgctttgtaaacacttccatgccctccaactccgatgagatgtttatcatcaaaatcgtctgtggctt 17825748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 17849189 - 17848989
Alignment:
Q  73 cttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtttc 172  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||| ||| ||  |  |   ||| |||| |  || ||||||||||||     
T  17849189 cttcacaatgttacgatgtcgaatttctatcaaagcttggatctcacttgtgaaagattttaggctggaatcttcttcatctattactgaatggagtttt 17849090  T
Q  173 ttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggctt 272  Q
    |||||||| || |||||||||||    |   | |||||||||||| |||| || ||||| || || |||||||| || |  |||||||||||||||||||    
T  17849089 ttcacagccactacttgacctgtgtccaacacggctttgtaaacacttccctgccctcctactccgatgagatgtttatcatcaaaatcttctgtggctt 17848990  T
Q  273 c 273  Q
    |    
T  17848989 c 17848989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 53 - 273
Target Start/End: Original strand, 15664673 - 15664893
Alignment:
Q  53 tgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcat 152  Q
    ||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| | | || ||||||||||  |||  ||| |||| | |  | ||  |||    
T  15664673 tgtgaacaaaatccatatagcttcacaatgttacgatgccgaatttctgtcagaacttggatctcatttgcaaaacattttagatcagaattctccgcat 15664772  T
Q  153 tttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgtt 252  Q
    |   || |||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || |  | ||||||||||||| |||| ||  ||||  | ||||||||||||||||     
T  15664773 tcgttactgaatggagttttttaacagcaactacttgacctgtgggcaactttgctttgtaaacacttccttgcgctcctgctccaatgagatgcttgtc 15664872  T
Q  253 gtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
     ||||| ||||| || |||||    
T  15664873 atcaaactcttccgttgcttc 15664893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 205 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16103418 - 16103350
Alignment:
Q  205 tgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || ||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||||||||||||    
T  16103418 tgctttgtagacacttccatgccccccaacaccaattagatgtttctcatcaaaatcttctgtggcttc 16103350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 53 - 273
Target Start/End: Original strand, 4999 - 5219
Alignment:
Q  53 tgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcat 152  Q
    ||||||||| | || |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  |||  ||| |||| | |  ||||  |||    
T  4999 tgtgaacaatatccatatagcttcacaatgttacaatgtcgaatttctgtcaaagctttgatctcatttgcaaaacattttagatcagaattttccgcat 5098  T
Q  153 tttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgtt 252  Q
    ||  || |||||||||||| || ||||| || ||||||||||  || |  ||||||||||||||| |||| ||  |||| |  ||||||||||||||||     
T  5099 ttgttattgaatggagttttttaacagcaactacttgacctgagggcaactctgctttgtaaacacttccttgcgctcctagtccaatgagatgcttgtc 5198  T
Q  253 gtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
     ||||| ||||||||||||||    
T  5199 atcaaactcttctgtggcttc 5219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 53 - 273
Target Start/End: Original strand, 13832 - 14052
Alignment:
Q  53 tgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcat 152  Q
    ||||||||| | || |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  |||  ||| |||| | |  ||||  |||    
T  13832 tgtgaacaatatccatatagcttcacaatgttacaatgtcgaatttctgtcaaagctttgatctcatttgcaaaacattttagatcagaattttccgcat 13931  T
Q  153 tttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgtt 252  Q
    ||  || |||||||||||| || ||||| || ||||||||||  || |  ||||||||||||||| |||| ||  |||| |  ||||||||||||||||     
T  13932 ttgttattgaatggagttttttaacagcaactacttgacctgagggcaactctgctttgtaaacacttccttgcgctcctagtccaatgagatgcttgtc 14031  T
Q  253 gtcaaaatcttctgtggcttc 273  Q
     ||||| ||||||||||||||    
T  14032 atcaaactcttctgtggcttc 14052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University