View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13234_low_6 (Length: 525)

Name: NF13234_low_6
Description: NF13234
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13234_low_6
NF13234_low_6
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-488)||(8460663-8461148)
[»] chr3 (35 HSPs)
chr3 (311-509)||(24493179-24493375)
chr3 (2-488)||(19381991-19382475)
chr3 (2-488)||(19394247-19394731)
chr3 (2-447)||(19354813-19355256)
chr3 (2-488)||(18166254-18166738)
chr3 (2-488)||(16678308-16678789)
chr3 (2-460)||(18872324-18872780)
chr3 (3-462)||(19456396-19456852)
chr3 (3-489)||(17943053-17943537)
chr3 (1-447)||(19425787-19426231)
chr3 (2-447)||(25464148-25464594)
chr3 (2-455)||(19352490-19352941)
chr3 (2-444)||(19335110-19335550)
chr3 (2-488)||(19465451-19465934)
chr3 (2-455)||(18017120-18017571)
chr3 (3-435)||(14894861-14895291)
chr3 (2-455)||(18117066-18117505)
chr3 (3-488)||(17725954-17726438)
chr3 (3-488)||(19027183-19027667)
chr3 (3-212)||(19376721-19376931)
chr3 (2-212)||(19462290-19462501)
chr3 (2-455)||(19438056-19438495)
chr3 (1-489)||(19415281-19415767)
chr3 (2-454)||(18109540-18109978)
chr3 (2-212)||(18147928-18148139)
chr3 (2-454)||(17950933-17951371)
chr3 (4-212)||(19400829-19401038)
chr3 (308-488)||(19401128-19401308)
chr3 (306-489)||(18148218-18148401)
chr3 (306-489)||(19462580-19462763)
chr3 (304-491)||(24496645-24496822)
chr3 (287-484)||(19377000-19377197)
chr3 (88-212)||(18104693-18104817)
chr3 (306-489)||(18104896-18105079)
chr3 (2-72)||(18104444-18104514)
[»] scaffold0274 (3 HSPs)
scaffold0274 (2-460)||(21683-22140)
scaffold0274 (2-212)||(2258-2472)
scaffold0274 (308-460)||(2016-2168)
[»] scaffold0271 (1 HSPs)
scaffold0271 (2-460)||(11599-12055)
[»] scaffold0640 (2 HSPs)
scaffold0640 (1-212)||(6503-6715)
scaffold0640 (304-460)||(6801-6957)
[»] scaffold0648 (1 HSPs)
scaffold0648 (2-460)||(2545-3003)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-462)||(2709017-2709476)
chr4 (2-484)||(15536631-15537111)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (3-489)||(13665365-13665851)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (3-52)||(1482502-1482551)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 183; Significance: 9e-99; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 488
Target Start/End: Original strand, 8460663 - 8461148
Alignment:
Q  1 tgattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggtta 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || || || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||        
T  8460663 tgattggaggcatgaaatatatggaatcactcgacctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggt 8460762  T
Q  100 tttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgc 199  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| ||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||    
T  8460763 tttgaatttatcttgcaataattttgacggaaaaatcccaattggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggaaatcctaaactgtgc 8460862  T
Q  200 ggagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcat 299  Q
    |||||||||||||    |||| | | | |||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||| ||  ||||||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  8460863 ggagctcctcttagtagttgtaccacgaaagaagaaaatcctaaaactgcaatgccgtctacagagaatgaa---gatgatgactctataagagaatcat 8460959  T
Q  300 actgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttat 399  Q
      | ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||  | ||||| || |||||    
T  8460960 tgtatcttggcatgggagttggatttgcagtgggtttttgggggatttgtggttctttgtttcttattaggaaatggaggcatgcatactatcgatttat 8461059  T
Q  400 cgatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagt 488  Q
     |||||| ||||||||| | |||||| || ||||||||| ||||||| ||| |||| |||||| |||| || ||||||  |||||||||    
T  8461060 tgatggaatgggtgacaagctctatggaattttgatggtaaagttaattagatttcgcagaaattgagctcctgctagcaaaggttagt 8461148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 168; Significance: 8e-90; HSPs: 35)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 311 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 24493375 - 24493179
Alignment:
Q  311 atgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcgatggagtgg 410  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24493375 atgggagttgggtttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacgcgtactaccggtttatcgatggagtgg 24493276  T
Q  411 gtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagttccggacagagccaatattac 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  24493275 gtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagtt--atagctttcacagaaaatgagttcctgctagttaaggttagttccaaacagagccaatattac 24493179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 488
Target Start/End: Original strand, 19381991 - 19382475
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||| |         
T  19381991 gattggaggcatgataaatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcaaagcatggctctcttaaactttttggaggtg 19382090  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| | ||||| || ||||  || |||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||| ||||||    
T  19382091 ttgaatttatcttgcaataattttgatggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactatgcg 19382190  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    ||||||||||||    |||| | ||   ||||| ||||| ||||||| ||  |||||||| ||  ||||||||||||||    | ||||| ||| || |     
T  19382191 gagctcctcttaataattgtaccataacagaagaaaatcctaaaactgcactgccatctacagagaatgaagatgatgaa---tctataatagagtcgtt 19382287  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||  |||||||||    
T  19382288 gtatctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttgggggatttgtggttctttatttcttattaggaaatggaggcatgcatactttcggtttatc 19382387  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagt 488  Q
     ||||||| ||||||| | ||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| |  ||| |||||||||||||    
T  19382388 tatggagtaggtgacaagctctatgttattttgacggtaaagttaaatagctttcgcagaaattgagctgctgccagttaaggttagt 19382475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 2 - 488
Target Start/End: Original strand, 19394247 - 19394731
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| || | ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||||    
T  19394247 gattggaggcatgaaaaatttggaatctctcgatctttccaataataagttttatggtgaaattcctcaaagcatggctctcttaaactttttgggttat 19394346  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    |||||  |||||| |||||||||| ||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||| |    
T  19394347 ttgaatctatcttacaacaattttgacggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttatattgggaatcctaaactatgtg 19394446  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    ||||||| ||||    |||| |    ||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| ||  ||||||   ||||| |||| ||||| ||||||||     
T  19394447 gagctccacttagtaattgtaccgcagaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatctacagagaatgaa---gatgaagactctataaaagaatcatt 19394543  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||  | | ||  ||| ||||     
T  19394544 gtatctagggatgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattaggaaatggaggcatgcatgctttcgggttata 19394643  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagt 488  Q
     ||||||| ||||||| | ||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| || ||| | |||||||||||    
T  19394644 tatggagtaggtgacaagctctatgttattttgacggtaaagttaaatagctttcgcagaaattgaggtcctgccaattaaggttagt 19394731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 2 - 447
Target Start/End: Original strand, 19354813 - 19355256
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| | | ||||| |||||||||||||    
T  19354813 gattggaggcatgaaaaatatggaatctcttgacctctctagtaataagttttatggtgacattcctcagagcatgtctctcttaacctttttaggttat 19354912  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||| ||| ||||||    
T  19354913 ttgaatttatcttacaacaattttgacggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttacgttggaaatcctaaactatgcg 19355012  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    |||||||||| |    |||| | | | |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| |  |||||||   ||||| |||| ||| | ||||||||     
T  19355013 gagctcctctcaataattgtaccaagaaagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctacaaaaaatgaa---gatgacgactctatcaaagaatcatt 19355109  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||| ||  || |||| ||||| ||||| |||||||||||  | ||||  |||||| |     
T  19355110 gtatctaggcatgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatttgccgttctttgtttctaattagaaaatggaggcatgcatactttcggtttgtt 19355209  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaa 447  Q
    ||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  19355210 gatagagtgcgtgacaagatctatgttactttgatcgtaaagttaaa 19355256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 2 - 488
Target Start/End: Original strand, 18166254 - 18166738
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  | | ||||| |||||||||||||    
T  18166254 gattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgacctctctagtaataagttttatggtgaaattcctcagagcatctctctcttaacctttttaggttat 18166353  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||||| ||| || ||| ||||||  || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||||  ||||| ||| |||| |    
T  18166354 ttgaatttatcttacaataactttgacggaataatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttatattgagaatcctaaactatgtg 18166453  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    ||||||||||||    |||| | |   |||||  ||||  ||||||| ||||||| |||| |   ||||||   |||||||||| |||||||||||  |     
T  18166454 gagctcctcttagtaattgtaccacaaaagaaaaaaattctaaaactgcaacgccgtctacaaagaatgaa---gatgatgactctataagagaatggtt 18166550  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     |  |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||  | ||||  ||||||||     
T  18166551 gtacctaggcatgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattagaaaatggagacatgcatactttcggtttatt 18166650  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagt 488  Q
    ||| |||| ||||||| | ||||||| |||||||  || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  18166651 gatagagttggtgacaagctctatgttactttgaacgtaaagttaaatagctttctcagaaactgagttcatgctggttaaggttagt 18166738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 488
Target Start/End: Original strand, 16678308 - 16678789
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |   | | | |||||||||||| ||||||    
T  16678308 gattggtggcatgaaaaatatggaatctctcgacttctctaataataagttttctggtgaaattcctcagagtgcgtctctcttaaactttttgggttat 16678407  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| || ||||||||||||||| ||||||| || || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16678408 ttgaatttgtcttgcaacaattttgacggaaaaatcccgataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 16678507  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    |||||||||| |     ||| | |    | ||| ||||| |||||  ||||| ||||||| || || ||||||| ||||| ||  | ||| ||||||||     
T  16678508 gagctcctctcaaaaactgtacca---caaaagaaaatcctaaaaacacaacaccatctacagaaagtgaagataatgat-ac--tctaaaagaatcatt 16678601  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | ||| ||| |||||||||| ||||  |||||||| |||   || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||     
T  16678602 gtatctgggcttgggagttggttttgcggtaggtttctggggtatttgtggttctttgtttcttattaggaaatggaggcacacatactatcaatttatt 16678701  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagt 488  Q
    ||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||| |  |||| |||||||||    
T  16678702 gatggagtgggcgacaagctgtatgtaactttgatggtaaagttaaataactttcacagaagttgagttcctaatagtgaaggttagt 16678789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 18872780 - 18872324
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |  ||| ||||| | ||||||    
T  18872780 gattagaggcatgaacaatatggaatctctcgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctctgttacactttatgggttat 18872681  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||| | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||| ||||||    
T  18872680 ttgaatttatcttacaacagttttgaaggaaaaattccaattggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttgcattgggaatcctaaactatgcg 18872581  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    ||| |||||| |    |||| | |   |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| |   ||||||||| ||| |   | |||||||||||||      
T  18872580 gagatcctctcaataattgtaccacaaaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatctacaaagaatgaagattatgct---tctataagagaatcaat 18872484  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||  | ||||   |||||||     
T  18872483 gtatcttggcatgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattaggaaatggaggcatgcatacttttggtttata 18872384  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacaga 460  Q
     ||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  18872383 tatggagtaggtgacaagctctatgttactttgatgataaagttaaatagctttcgcaga 18872324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 3 - 462
Target Start/End: Original strand, 19456396 - 19456852
Alignment:
Q  3 attggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttatt 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||  | || |  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||||| |||||| |||||||    
T  19456396 attggaggtatgaaaaatatggaatctctcgaattttccaaaaataagttttgtggtgaaattccacagagcatgtctctcttaacctttttgggttatt 19456495  T
Q  102 tgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcgg 201  Q
    |||| ||||| | ||| |||||| || |||| || || || |  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19456496 tgaatttatcatacaataattttgacagaaaaatcccgatagcaacgcaacttcaaagttttaacgcatcgagctacattggaaatccaaaattatgcgg 19456595  T
Q  202 agctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcatac 301  Q
    |||||||||||    |||| | | |||||||| ||||| ||| ||| |||| ||||| | ||  | ||||   |||||||||| |||||||||||||       
T  19456596 agctcctcttaataattgtaccaaggaagaagaaaatcctaagactgcaac-ccatccacagagattgaa---gatgatgactctataagagaatcaatg 19456691  T
Q  302 tgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcg 401  Q
    | ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||  | ||||   || ||||      
T  19456692 tttctcggcttgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattaggaaatggaggcatgcatacttttgggttatat 19456791  T
Q  402 atggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaa 462  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  19456792 atggagtgggtaacagggtctatgtaactttgatggtaaagttaaatagctttcgcagaaa 19456852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 3 - 489
Target Start/End: Original strand, 17943053 - 17943537
Alignment:
Q  3 attggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttatt 101  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||| ||    |    
T  17943053 attggaggcatgacaaatatggaatctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaattttttgggggtgt 17943152  T
Q  102 tgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcgg 201  Q
    |||| ||||||||||| |||||| | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| ||    
T  17943153 tgaatttatcttgcaataattttgatggaaaaatcccaattggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactatgtgg 17943252  T
Q  202 agctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcatac 301  Q
    |||||||||||    |||| | | | |||||| ||||| ||||||| ||| ||| || | ||  ||||||   |||||||||| ||||| |||||||       
T  17943253 agctcctcttaataattgtaccacgaaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccgtccacagagaatgaa---gatgatgactctataaaagaatcactg 17943349  T
Q  302 tgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcg 401  Q
    |  || |||||||| |||||||||| || ||||||||||  ||| |||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||  | | ||  |||||||| |    
T  17943350 taccttggcatgggggttggatttgcagcaggtttttgggggatttgtggttctttgttttttattagaaaatggaggcatgcatgctttcggtttattg 17943449  T
Q  402 atggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagtt 489  Q
    || ||||||| ||||   ||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||| |  || |||||||||||||||    
T  17943450 atagagtgggcgacaaactctatgttactttgatcgtaaagttaaatagctttcgcagaaactgagctgctgttagttaaggttagtt 17943537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Original strand, 19425787 - 19426231
Alignment:
Q  1 tgattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggtta 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||||| |||||| ||||     
T  19425787 tgattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctgtcttaacctttttgggttt 19425886  T
Q  100 tttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgc 199  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||  || || |||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||    
T  19425887 tttgaatttatcttgcaataatttaaacggaaaaatcccaactggaacacaacttcaaagaattaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactatgc 19425986  T
Q  200 ggagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcat 299  Q
    ||||||||||| |    |||| | ||| |||||| ||||| ||||||| |||| ||||||| |   ||||||   |||||||||| ||| | ||||||||    
T  19425987 ggagctcctctcaataattgtaccatgaaagaagaaaatcctaaaactgcaacaccatctacaaagaatgaa---gatgatgactctatcaaagaatcat 19426083  T
Q  300 actgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttat 399  Q
      | |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| || |||||||| ||||||| |||  | ||||  |||||| |    
T  19426084 tgtatctagggatgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgttccttattagaaaatggaagcatgcatactttcggtttgt 19426183  T
Q  400 cgatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaa 447  Q
     ||| ||||| |||| | ||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  19426184 tgatagagtgcgtgataagatctatgttactttgatcgtaaagttaaa 19426231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 447
Target Start/End: Original strand, 25464148 - 25464594
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||| ||||||||| |||||||||  || |||  | ||||||||||||  |||||    
T  25464148 gattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgatctttctaataacaagctttgtggtggaattcctcaaagcctggttctcttaaactttttgagttat 25464247  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| | ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25464248 ttgaatttatcttacaacaattttgatggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 25464347  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    ||  ||||||||     ||| | |   |||||| ||||| ||||| | |||| || |||  |   | ||||||| | ||||||| ||||| ||||||||     
T  25464348 gacttcctcttaaagagtgtaccacaaaagaagaaaatcctaaaaatgcaacaccgtctgcaaagagtgaagataacgatgactctataaaagaatcatt 25464447  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | ||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||  ||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||  | ||||  ||||||||     
T  25464448 gtatctaggcttgggagttggatttgcaataggtttctgggggatttgtggttctttgttttttattaggaaatggaggcatgcatactttcggtttatt 25464547  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaa 447  Q
     |||||||| ||||||   ||||||| |||||||| || ||||||||    
T  25464548 aatggagtgagtgacaaactctatgttactttgatcgtaaagttaaa 25464594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 455
Target Start/End: Original strand, 19352490 - 19352941
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||  |||||| | | ||||||||||||    |    
T  19352490 gattggaggcatgaaaaatgtggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattccgcagaccatggctcgcctaaactttttagaggtt 19352589  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    || || ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||  || || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| | | |||| |    
T  19352590 ttaaatttatcttgcaataatttcaatggaaaaatcccaactggaacacaacttcaaagttttaatgcatcaagttacattgggaatcctagactatgtg 19352689  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    ||||||||||||    |||| | ||| |||||| ||||| ||| ||| |||||||||| | ||  ||||||   | ||||||||  |||| ||||||||     
T  19352690 gagctcctcttaataattgtaccatgaaagaagaaaatcctaagactgcaacgccatcaacagagaatgaa---ggtgatgactccataaaagaatcatt 19352786  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | ||||||||||||||||||||||| || |||||| |||  ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||  | || |  ||||||||     
T  19352787 gtatctaggcatgggagttggatttgcagcaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattagaaaatggaggcatgcatattttcggtttata 19352886  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttc 455  Q
     ||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  19352887 tatggagtgggtaacaggctttatgtaactttaatggtaaagttaaatagctttc 19352941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 444
Target Start/End: Original strand, 19335110 - 19335550
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |   ||||| |||||| ||||||    
T  19335110 gattggaggcatgataaatatggaatctctcgatctctctaataataagttttatggtgaaattcctcggagcatgtctgtcttaacctttttgggttat 19335209  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||| | ||||| || ||||  || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| | ||||    
T  19335210 ttgaatttatcttacaacagttttgaaggaaaaatcccaactggaacacaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactgtgcg 19335309  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    |||||||||| |    |||| | ||| |||||| ||||| ||||||| ||| |||||| | ||  ||||||   ||||| |||| | ||||||||||||     
T  19335310 gagctcctctcaataattgtaccatgaaagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatcaacagataatgaa---gatgacgactctttaagagaatcatt 19335406  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | |||||| ||| |||||||||||| || |||||| |||  ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||  | ||||  |||||| |     
T  19335407 gtatctagggatgagagttggatttgcagcaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattagaaaatggaggcatgcttactttcggtttgtt 19335506  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagtt 444  Q
     || |||||||||||| ||||||||| |||||||| || |||||    
T  19335507 tatagagtgggtgacaagatctatgttactttgatcgtaaagtt 19335550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 488
Target Start/End: Original strand, 19465451 - 19465934
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||| |         
T  19465451 gattggaggcatgattaatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctct-aaactttttggaggtg 19465549  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| | ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| ||||| ||| ||||||    
T  19465550 ttgaatttatcttgcaataattttgatggaaaaattccaataggaactcaacttcaaagttttaatgtatcaagttatattgggaatcctaaactatgcg 19465649  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    ||||||||||||    |||| | ||   ||||| ||||| ||||||| ||  |||||||| ||  ||||| ||||||||    |  |||| ||||||||     
T  19465650 gagctcctcttaataattgtaccataacagaagaaaatcctaaaactgcactgccatctacagagaatgaggatgatgaa---tcgataaaagaatcatt 19465746  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | |||| | | |||||||||||||| || |||||| |||  ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||  | ||||  ||||||||     
T  19465747 gtatctaaggacgggagttggatttgcagcaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattaggaaatggaggcatgcatactttcggtttata 19465846  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagt 488  Q
     ||||| | ||||||| | ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| || | | |||||||||||||    
T  19465847 tatggaataggtgacaagctctatgttactttgacggtaaagttaaatagctttcgcagaaattgagctcctaccagttaaggttagt 19465934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 455
Target Start/End: Original strand, 18017120 - 18017571
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||        
T  18017120 gattggaggcatgaaaaaaatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttgggggtg 18017219  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| | ||||| || ||||  || |||||||||||||||  | ||||||| || || ||||| ||||| ||| | ||||    
T  18017220 ttgaatttatcttgcaataattttgatggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaagtcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcg 18017319  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    | ||||||||||    |||| | ||   ||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| ||  |||   || |||||||| | ||||| ||||||||     
T  18017320 gggctcctcttaataattgtaccataacagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctacagagaat---gaggatgatgaatctataaaagaatcatt 18017416  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | |||||||||||||||||| |||| || |||||| |||  ||| |||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||  | || |  ||||||||     
T  18017417 gtatctaggcatgggagttggctttgcagcaggtttctgggggatttgtggttctttgtttctcattagaaaatggaggcatgcatattttcggtttata 18017516  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttc 455  Q
     ||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18017517 tatggagtgggtaacagactttatgtaactttgatggtaaagttaaatagctttc 18017571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 14895291 - 14894861
Alignment:
Q  3 attggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttatt 101  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| | | |||||  ||||| |||||||    
T  14895291 attggacgcatgaagaatatggaatctcttgacctctctagtaataagttttatggtgaaattccgcagagcatgtctctcttaacatttttgggttatt 14895192  T
Q  102 tgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcgg 201  Q
    |||| ||||||| |||||||||| ||||||| || ||||  || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  14895191 tgaatttatcttacaacaattttgacggaaaaattccaacaggaactcaacttcaaagttttaatgaatcgagctacattggaaatcctaaactatgcgg 14895092  T
Q  202 agctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcatac 301  Q
    ||||||| | |    |||| | |  ||||||| ||||| ||| |||  || ||| | || |   | ||||   || || |||| |||||||||||||       
T  14895091 agctcctgtaaccaattgtaccacagaagaagaaaatcctaacactgaaaagccttttacacagattgaa---gacgaggactctataagagaatcaatg 14894995  T
Q  302 tgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcg 401  Q
    | ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||| | |||| |||| ||||||||||| |||||||||||  | ||||  |||||||| |    
T  14894994 tatcttggcatgggaattggatttgcagtaggtttttgggggatttctggttctttgtttcttattagaaaatggaggcatgcatactttcggtttattg 14894895  T
Q  402 atggagtgggtgacaggatctatgtaactttgat 435  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||    
T  14894894 atggagtaggtgacaagctctatgttactttgat 14894861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 455
Target Start/End: Original strand, 18117066 - 18117505
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | | |||||  ||||| ||||||    
T  18117066 gattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgatttttctaataataagctttgtggtgaaattcctcagagcatgtctctcttaacttttttgggttat 18117165  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||| | ||| |||||| ||||||| || ||||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18117166 ttgaatttatcatacaataattttgacggaaaaatcccaatagcaacgcaacttcaaagttttaatgcatcaagctacattggcaatccaaaattatgcg 18117265  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    | ||||||||||     ||| | | |||||||| ||||| |  || |||          ||||  ||||||   |||||||| | ||||||||| ||||     
T  18117266 gcgctcctcttaataactgtaccacggaagaagaaaatcctggaaatac----------agag--aatgaa---gatgatgaatctataagagagtcatt 18117350  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||  |     
T  18117351 gtatctaggcatgggagtgggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctatgtttcttattaggaaatggaggcatgcgtactttcggttagtt 18117450  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttc 455  Q
    ||| |||||||||||    ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  18117451 gatagagtgggtgactatctctatgttactttgatcgtaaagttaaatagctttc 18117505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 17726438 - 17725954
Alignment:
Q  3 attggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttatt 101  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||| |  ||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |    ||| ||||||| |||||||    
T  17726438 attggaggcatgaaaaatttggaatctctcgacctctccaacaataatttttctggtgaaattcctcagagcatgtcttcgttacactttttgggttatt 17726339  T
Q  102 tgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcgg 201  Q
    |||| ||||||| |||||| ||| | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||   |  |||||||    
T  17726338 tgaatttatcttacaacaagtttgatggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttatattgggaatcattatctatgcgg 17726239  T
Q  202 agctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcatac 301  Q
    |||||||||||    |||| | || ||||||| ||||| ||||| | ||| |   |||| |   ||||||||||||||   || ||| | ||||||||      
T  17726238 agctcctcttaataattgtaccatagaagaagaaaatcctaaaaattcaaagttgtctacaaagaatgaagatgatga---ctctatcaaagaatcattg 17726142  T
Q  302 tgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcg 401  Q
    | |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||  | ||||   ||||||| |    
T  17726141 tatctagggatgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattagaaaatggaggcatgcatacttttggtttattg 17726042  T
Q  402 atggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagc-tttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagt 488  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||| ||||| || || |||||||||||| |||  ||||||  |||||| || ||||||||||||||    
T  17726041 atggagtaggtgacaagctctatgttactttaattgtaaagttaaatagctttttgcagaaatagagttcttgttagttaaggttagt 17725954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 19027667 - 19027183
Alignment:
Q  3 attggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttatt 101  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||| |  ||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |    ||| ||||||| |||||||    
T  19027667 attggaggcatgaaaaatttggaatctctcgacctctccaacaataatttttctggtgaaattcctcagagcatgtcttcgttacactttttgggttatt 19027568  T
Q  102 tgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcgg 201  Q
    |||| ||||||| |||||| ||| | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||   |  |||||||    
T  19027567 tgaatttatcttacaacaagtttgatggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttatattgggaatcattatctatgcgg 19027468  T
Q  202 agctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcatac 301  Q
    |||||||||||    |||| | || ||||||| ||||| ||||| | ||| |   |||| |   ||||||||||||||   || ||| | ||||||||      
T  19027467 agctcctcttaataattgtaccatagaagaagaaaatcctaaaaattcaaagttgtctacaaagaatgaagatgatga---ctctatcaaagaatcattg 19027371  T
Q  302 tgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcg 401  Q
    | |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||  | ||||   ||||||| |    
T  19027370 tatctagggatgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattagaaaatggaggcatgcatacttttggtttattg 19027271  T
Q  402 atggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagc-tttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagt 488  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||| ||||| || || |||||||||||| |||  ||||||  |||||| || ||||||||||||||    
T  19027270 atggagtaggtgacaagctctatgttactttaattgtaaagttaaatagctttttgcagaaatagagttcttgttagttaaggttagt 19027183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 3 - 212
Target Start/End: Original strand, 19376721 - 19376931
Alignment:
Q  3 attggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcaggc-atggcccacttaaactttttaggttatt 101  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| |   ||||| |||||| |||||||    
T  19376721 attggatgcatgaagaatatggaatctcttgacctctctagtaataagttttatggtgaaattcctcagaccatgtctatcttaacctttttgggttatt 19376820  T
Q  102 tgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcgg 201  Q
    ||||  |||||| |||||||||| | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||    
T  19376821 tgaatctatcttacaacaattttgatggaaaaattccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactatgcgg 19376920  T
Q  202 agctcctctta 212  Q
    |||||||||||    
T  19376921 agctcctctta 19376931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 212
Target Start/End: Original strand, 19462290 - 19462501
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||| | | |||||  ||||| ||||||    
T  19462290 gattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgatttttctaataataagctttgtggtgaaattcctcggagcatgtctctcttaacttttttgggttat 19462389  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||| | ||| |||||| ||||||| || ||||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19462390 ttgaatttatcatacaataattttgacggaaaaatcccaatagcaacgcaacttcaaagttttaatgcatcaagctacattggcaatccaaaattatgcg 19462489  T
Q  201 gagctcctctta 212  Q
    | ||||||||||    
T  19462490 gtgctcctctta 19462501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 2 - 455
Target Start/End: Original strand, 19438056 - 19438495
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctca-ggcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| | | ||||| |||||| | ||||    
T  19438056 gattagaggcatgaaaaatatggaatctctcgatctatctaataacaagttttttggtgaaattcctcaaggcatgtctctcttaacctttttggattat 19438155  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||| |  || |||||| ||||||  || || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  19438156 ttgaatttatcatataataattttgacggaagaatcccgatcggaacgcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatcctaaattatgtg 19438255  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    ||| ||||||||    |||| | | |||||||| ||||| |||||          ||  ||||  ||||||   |||||||| | ||||||||| || |     
T  19438256 gagttcctcttaataattgtaccacggaagaagaaaatcctaaaa----------atgcagag--aatgaa---gatgatgaatctataagagagtcgtt 19438340  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||  |     
T  19438341 gtatctaggcatgggagttggatttgcagtaggtttttgggggatttgtggttctatgtttcttattaggaaatggaggcatgcgtactttcggttagtt 19438440  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttc 455  Q
    |||  |||| |||||    | ||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  19438441 gatacagtgtgtgactatctttatgttactttgatagtaaagttaaatagctttc 19438495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 489
Target Start/End: Original strand, 19415281 - 19415767
Alignment:
Q  1 tgattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggtta 99  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| |  ||||||||||||||| ||||| |   ||||| |||||| | |||    
T  19415281 tgattggtgacatgaaaaatatggaatctctagacctctcaaataataagttctacggtgaaattcctcagagcatgtctttcttaacctttttggatta 19415380  T
Q  100 tttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgc 199  Q
    ||| || ||||||| ||||| |||| ||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||  || ||||| ||| |||||    
T  19415381 tttaaatttatcttacaacagttttgacggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaacgcatcaagttacaacgggaatcctaaactatgc 19415480  T
Q  200 ggagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcat 299  Q
    |||||||||||||    |||| | ||  |||||| ||||| || |||| |||||||||| | |   ||||||||| |||||   | ||| | ||| ||||    
T  19415481 ggagctcctcttaataattgtaccatcaaagaagaaaatcctacaactgcaacgccatcaacaaagaatgaagattatgat---tctatgaaagattcat 19415577  T
Q  300 actgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttat 399  Q
      | |||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| || | ||||||||||| ||||| |||||  | |||| |||||||||    
T  19415578 tgtatctaggaatgggagtgggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctatttttcttattagaaaatgcaggcatgcatacttccggtttat 19415677  T
Q  400 cgatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagtt 489  Q
     ||| ||||||  | ||   ||||||| |||||| | || |||||||||||||||| |||||| |||| |   | |||||||||||||||    
T  19415678 tgatagagtggccggcaatctctatgttactttggtcgtaaagttaaatagctttcgcagaaactgagctgcagttagttaaggttagtt 19415767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 2 - 454
Target Start/End: Original strand, 18109540 - 18109978
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcaggc-atggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||  ||| | | ||| | |||||| ||||||    
T  18109540 gattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattccccagggtatgtctctcttgacctttttgggttat 18109639  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||| |  || |||||| | ||||| || ||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18109640 ttgaatttatcatataataattttgatggaaaaatcccagtcggtacacaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgtg 18109739  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    || |||||||||    |||| | | |||||||| ||||  ||||| |||           |||  |||   || |||||||| | ||||| ||||||||     
T  18109740 gatctcctcttaataattgtaccacggaagaagaaaattctaaaattac----------tgag--aat---gaggatgatgaatctataaaagaatcatt 18109824  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     |  || || |||||||| ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||  | ||||  || |||||     
T  18109825 gtaccttggtatgggagtgggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttgttatcaggaaatggaggcatgcatactttcgttttata 18109924  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagcttt 454  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  18109925 tatggagtgggtaacaggctctatgtaacattgatggtaaagttgaatagcttt 18109978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 212
Target Start/End: Original strand, 18147928 - 18148139
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcagg-catggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| | | ||||| ||||||  |||||    
T  18147928 gattggaggcatgaaaaatatgaaatctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcagggcatgtctctcttaacctttttgagttat 18148027  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||| |  || |||||| ||||||  || || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18148028 ttgaatttatcatataataattttgacggaagaatcccgatcggaacacaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatcctaaactatgcg 18148127  T
Q  201 gagctcctctta 212  Q
    ||||||| ||||    
T  18148128 gagctcccctta 18148139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 454
Target Start/End: Original strand, 17950933 - 17951371
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctca-ggcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| || ||| | | ||| | ||||||  |||||    
T  17950933 gattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcatggtatgtctctcttgacctttttgagttat 17951032  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||| |  || |||||| | ||||| || ||  | || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |    
T  17951033 ttgaatttatcatataataattttgatggaaaaatcccggtcggtacacaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatcttaaattatgtg 17951132  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    || |||||||||    |||| | | |||||||| ||||| ||||| | ||          |||  ||||| ||||||||    | | ||| ||||||||     
T  17951133 gatctcctcttaataattgttccacggaagaagaaaatcctaaaaatgca----------gag--aatgaggatgatgaa---tctctaaaagaatcatt 17951217  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     |  || || |||||||| ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| ||||||||| | |||||||||||  | ||||  ||||||||     
T  17951218 gtaccttggtatgggagtgggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattcgaaaatggaggcatgcatactttcggtttata 17951317  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagcttt 454  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17951318 tatggagtgggtaacaggctctatgtaactttgaaggtaaagttaaatagcttt 17951371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 4 - 212
Target Start/End: Original strand, 19400829 - 19401038
Alignment:
Q  4 ttggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttattt 102  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||    |||    
T  19400829 ttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtttt 19400928  T
Q  103 gaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcgga 202  Q
    ||| ||||||||||| |||||| ||||||  || ||||| ||  ||||| |||||| |||| || |||| |||| |||||| |||||||| |||||||||    
T  19400929 gaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagcttcattggaaatccaaagttatgcgga 19401028  T
Q  203 gctcctctta 212  Q
    ||||||||||    
T  19401029 gctcctctta 19401038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 308 - 488
Target Start/End: Original strand, 19401128 - 19401308
Alignment:
Q  308 ggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcgatggag 407  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||  | || |  ||||| ||  ||||||    
T  19401128 ggcatgggagtgggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttctcattagaaaatggaggcatgcatattttcggttcatatatggag 19401227  T
Q  408 tgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagt 488  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||| |  ||||||| |||||||||    
T  19401228 tgggtaacaggctctatgtaactttgatggtaaagttaaatagctttcatagaagttgagcttttgctagtaaaggttagt 19401308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 306 - 489
Target Start/End: Original strand, 18148218 - 18148401
Alignment:
Q  306 taggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcgatgg 405  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||  | ||| |    
T  18148218 taggcatgggagtgggatttgcagtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattaggaaatggaggcatgcgtactttcggttagttgatag 18148317  T
Q  406 agtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagtt 489  Q
    ||||||||||    ||||||| ||| |||| || |||||||||||||||| | |||  |||| || ||||||||||||||||||    
T  18148318 agtgggtgactatctctatgttactgtgatcgtaaagttaaatagctttcgccgaagctgagctcctgctagttaaggttagtt 18148401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 306 - 489
Target Start/End: Original strand, 19462580 - 19462763
Alignment:
Q  306 taggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcgatgg 405  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||   || |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||  |||||  | ||| |    
T  19462580 taggcatgggagtgggatttgcagtaggtttctggggcatttgtggttctttgtttcttattcggaaatggaggcatgcgtactttcggttagttgatag 19462679  T
Q  406 agtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagtt 489  Q
    ||||||||||    ||||||| |||||||  || |||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  19462680 agtgggtgactttctctatgttactttgaccgtaaagttaaatagctttcgcagaaactgagctcctgctagttaaggttagtt 19462763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 304 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 24496822 - 24496645
Alignment:
Q  304 tctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcgat 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| || ||||| | |||||||||     
T  24496822 tctaggcatgggagttggatttggaataggtttctggttgatctgtggtcctttgtttcgtattaggaaatgg-ggcatacatactatcagtttatcga- 24496725  T
Q  404 ggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagttcc 491  Q
            ||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||  ||| |||| || |||| |||||||||||||||    
T  24496724 --------tgacaagctctatgtaactttgatggtaaatttaaataattttcactaaaattgagctcctgctggttaaggttagttcc 24496645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 287 - 484
Target Start/End: Original strand, 19377000 - 19377197
Alignment:
Q  287 ataagagaatcatactgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgt 386  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||  | |    
T  19377000 ataagagaatcattgtatctaggcatgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatttgcggttctttgtttcttattaggaaatggaggcatgcat 19377099  T
Q  387 actaccggtttatcgatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggt 484  Q
    |||  | ||||||  || |||| |||||||   ||||||| |||||||| || |||||||| || ||||| ||||| | || || ||| |||||||||    
T  19377100 actttcagtttattaatagagtaggtgacaaactctatgttactttgatcgtaaagttaaacaggtttcaaagaaattaagctcctgccagttaaggt 19377197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 88 - 212
Target Start/End: Original strand, 18104693 - 18104817
Alignment:
Q  88 ctttttaggttatttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaat 187  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |  || |||||| ||||||  || || |  || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18104693 ctttttgggttatttgaatttatcatataataattttgacggaagaatcccgaccggaacacaacttcaaagttttaatgcatcaagctacattggcaat 18104792  T
Q  188 ccaaaattatgcggagctcctctta 212  Q
    || ||| ||||||||||||||||||    
T  18104793 cctaaactatgcggagctcctctta 18104817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 306 - 489
Target Start/End: Original strand, 18104896 - 18105079
Alignment:
Q  306 taggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcgatgg 405  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| || | |  ||| |  ||| || | |||||||||||||||||||||||  | ||||  |||||  |  || |    
T  18104896 taggcatgggagtgggatttgcagtaggattcttggggattttcggttctatgtttcttattaggaaatggaggcatgcatactttcggttagttaatag 18104995  T
Q  406 agtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagtt 489  Q
    ||||||||||    ||||||| |||||||| || |||||||||||||||| | |||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  18104996 agtgggtgactatctctatgttactttgatcgtaaagttaaatagctttcgccgaaactgagctcctgctagttaaggttagtt 18105079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 72
Target Start/End: Original strand, 18104444 - 18104514
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcagg 72  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  18104444 gattggaagcatgaaaaatatggaatctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcagg 18104514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 3)
Name: scaffold0274
Description:

Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 2 - 460
Target Start/End: Original strand, 21683 - 22140
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  21683 gattggaggcatgaaaaatatggagtctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaactttttgggttat 21782  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatatacc-aatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  21783 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaactataccaaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgc 21882  T
Q  200 ggagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcat 299  Q
    ||| |||||||||     | | | |  ||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| || ||  ||||||   |||||||||| |  || ||| ||||    
T  21883 ggaactcctcttaaaaactataccacagaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatatacagagaatgaa---gatgatgactctgcaaaagagtcat 21979  T
Q  300 actgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttat 399  Q
      | ||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||  ||| | |||| |||| ||||| ||||  |||||||||||  | ||||| ||||||||    
T  21980 tgtatcttggcatgggggttggatttgcagttggtttctgggggatttttggttctttgtttctcattacaaaatggaggcatgcatactatcggtttat 22079  T
Q  400 cgatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacaga 460  Q
     ||| |||||||||||| | ||||||| |||| ||| || |||||||| | |||| |||||    
T  22080 tgatagagtgggtgacaagctctatgttacttcgattgtaaagttaaacaactttgacaga 22140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 2472 - 2258
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttagg-tta 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||| || || |||    
T  2472 gattggaggcatgaaaaatatggagtctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaacttcttgggttta 2373  T
Q  100 tttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatatacc-aatggggactcaacttcaaag-ttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattat 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||    
T  2372 tttgaacttatcttgcaacaattttaacggaactataccaaatggggactcaacttcaaagtttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattat 2273  T
Q  198 gcggagctcctctta 212  Q
    ||||| |||||||||    
T  2272 gcggaactcctctta 2258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 2168 - 2016
Alignment:
Q  308 ggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcgatggag 407  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| ||||| |||  ||| |  ||| |||| ||||| ||||  |||||||||||  | ||||| |||||||| ||| |||    
T  2168 ggcatggggattggatttgcagttggtttctgggggattttcggttctttgtttctcattacaaaatggaggcatgcatactatcggtttattgatagag 2069  T
Q  408 tgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacaga 460  Q
    ||||||||| | ||||||| |||| ||| || |||||||| | |||| |||||    
T  2068 tgggtgacaagctctatgttacttcgattgtaaagttaaacaactttgacaga 2016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0271 (Bit Score: 162; Significance: 3e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0271
Description:

Target: scaffold0271; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 2 - 460
Target Start/End: Original strand, 11599 - 12055
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| || ||||||    
T  11599 gattggaggcatgaaaaatatggagtctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctcacttaaacttcttgggttat 11698  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||     
T  11699 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaactataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgca 11798  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    || |||||||||     ||| | |   |||||| ||||| ||||||| ||| ||||| || ||  ||||||   |||||||||| |  || ||| ||||     
T  11799 gaactcctcttaaaagctgtaccacaaaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatatacagagaatgaa---gatgatgactctgcaaaagagtcatt 11895  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | ||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||| |||  ||| |  ||| |||| ||||| ||||  |||||||||||  | ||||| ||||||||     
T  11896 gtatcttggcatggggattggatttgcagttggtttctgggggattttcggttctttgtttctcattacaaaatggaggcatgcatactatcggtttatt 11995  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacaga 460  Q
    ||| |||||||||||| | ||||||| |||| ||| || |||||||| | |||| |||||    
T  11996 gatagagtgggtgacaagctctatgttacttcgattgtaaagttaaacaactttgacaga 12055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 2)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 6503 - 6715
Alignment:
Q  1 tgattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggtta 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| || |||||    
T  6503 tgattggaggcatgaaaaatatggagtctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctcacttaaacttcttgggtta 6602  T
Q  100 tttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgc 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  6603 tttgaacttatcttgcaacaattttaacggaactataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgc 6702  T
Q  200 ggagctcctctta 212  Q
    ||| |||||||||    
T  6703 ggaactcctctta 6715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 304 - 460
Target Start/End: Original strand, 6801 - 6957
Alignment:
Q  304 tctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatcgat 403  Q
    ||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||| |||  ||| |  ||| |||| ||||| ||||  |||||||||||  | ||||| |||||||| |||    
T  6801 tcttggcatggggattggatttgcagttggtttctgggggattttcggttctttgtttctcattacaaaatggaggcatgcatactatcggtttattgat 6900  T
Q  404 ggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacaga 460  Q
     |||||||||||| | ||||||| |||| ||| || |||||||| | |||| |||||    
T  6901 agagtgggtgacaagctctatgttacttcgattgtaaagttaaacaactttgacaga 6957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0648 (Bit Score: 160; Significance: 5e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0648
Description:

Target: scaffold0648; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 2 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 3003 - 2545
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  3003 gattggaggcatgaaaaatatggagtctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaactttttgggttat 2904  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatatacc-aatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  2903 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaactataccaaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgc 2804  T
Q  200 ggagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcat 299  Q
    ||| |||||||||     | | | |  ||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| || ||  ||||||   |||||||||| |  || ||| ||||    
T  2803 ggaactcctcttaaaaactataccacagaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatatacagagaatgaa---gatgatgactctgcaaaagagtcat 2707  T
Q  300 actgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttg-atgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggttta 398  Q
      | ||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||  | || | |||| |||| ||||| ||||  |||||||||||  | ||||| |||||||    
T  2706 tgtatcttggcatgggggttggatttgcagttggtttctgggggtatttttggttctttgtttctcattacaaaatggaggcatgcatactatcggttta 2607  T
Q  399 tcgatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacaga 460  Q
    | ||| |||||||||||| | ||||||| |||| ||| || |||||||| | |||| |||||    
T  2606 ttgatagagtgggtgacaagctctatgttacttcgattgtaaagttaaacaactttgacaga 2545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 2709476 - 2709017
Alignment:
Q  1 tgattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggtta 99  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||   | ||| || |||||        
T  2709476 tgattggagacatgaaaaacatggaatctctcgatctctctaacaataaattttttggtgaaattcctcagagcatggctatcataacctatttagaggt 2709377  T
Q  100 tttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgc 199  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  2709376 tttaaatttatcttgcaataattttaatggaaaaatcccaatagggactcaacttcagagttttaatgcttcgagctacattgggaacccacaattatgc 2709277  T
Q  200 ggagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcat 299  Q
    |||||||||||||     ||| ||   ||||||| ||||| |||||   ||| ||||||||||| ||| ||||| || ||    | ||||||||||||||    
T  2709276 ggagctcctcttaaaaactgtactgcagaagaagaaaatcataaaaaggcaatgccatctagaggaaaagaagacgacgaa---tctataagagaatcat 2709180  T
Q  300 actgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttat 399  Q
      | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  2709179 tgtatctaggcatgggagttggatttgcagtaggtttttgggggatttgtggtcctttgtttcttattaggaaatggaggaacacatactatcggtttat 2709080  T
Q  400 cgatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaa 462  Q
     |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||| | |||||| |||||    
T  2709079 tgatggagtaggtgacaagctctatgtaactttgatgataaagttaaacaactttcatagaaa 2709017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 484
Target Start/End: Original strand, 15536631 - 15537111
Alignment:
Q  2 gattggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcagg-catggcccacttaaactttttaggttat 100  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||   ||||     ||||| |||||| ||||||    
T  15536631 gattggcggcatgataaacatggaatctctcgatctctctaataataagttttatggtgaaattcctcaaaacatgtttgtcttaacctttttgggttat 15536730  T
Q  101 ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcg 200  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| | || |    
T  15536731 ttgaatttatcttgcaataatttcaatggaaaaatcccaattggaacacaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgagaatcctaaactgtgtg 15536830  T
Q  201 gagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcata 300  Q
    |||||||||| |    |||| | | | |||||| |||||  |||||  |||| ||||| | ||  ||||||||||||||   || ||  | ||||||||     
T  15536831 gagctcctctcaataattgtaccaagaaagaagaaaatcccaaaaccgcaacaccatccacagagaatgaagatgatga---ctctaacaaagaatcatt 15536927  T
Q  301 ctgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttatc 400  Q
     | |||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||  ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||  | ||||  |||||||      
T  15536928 gtatctagggatgggagttggatttgcggtaggtttctgggggatttgtggttctttgtttcttattagaaaatggaggcatgcatactttcggtttact 15537027  T
Q  401 gatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggt 484  Q
    |||  ||| ||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||| |  ||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  15537028 gataaagtaggtgacaagatctatgttactttgatcgtaaagttaaacatgtttcacagaaattgagctcctgctagttaaggt 15537111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 81; Significance: 7e-38; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 13665851 - 13665365
Alignment:
Q  3 attggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcag-gcatggcccacttaaactttttaggttat- 100  Q
    ||||||| |||||||  |||||| ||| | ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |   ||||| |||||| |  |||     
T  13665851 attggagacatgaaacttatggaatctttggacttctctaataataagttttttggtgaaattcctcggagcatgtctatcttaacctttttggaatata 13665752  T
Q  101 -ttgaacttatcttgcaacaattttaacggaaatataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgc 199  Q
     ||||| ||||||  |||||||||| ||||||| || || || || |||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||| | ||     
T  13665751 tttgaatttatctcacaacaattttgacggaaaaatccctataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgt 13665652  T
Q  200 ggagctcctcttatgttttgtgctatggaagaaggaaatcgtaaaactacaacgccatctagagtaaatgaagatgatgatgactatataagagaatcat 299  Q
    |||||||||||||    |||| | ||| |||||| ||||| || |||| |||| ||||||| |   ||||||||||| ||   || ||||| ||||||||    
T  13665651 ggagctcctcttaataattgtaccatgaaagaagaaaatcctagaactgcaacaccatctacaaagaatgaagatgacga---ctctataaaagaatcat 13665555  T
Q  300 actgtctaggcatgggagttggatttggagtaggtttttggttgatgtgtggtcctttatttcttattaggaaatggaggcacacgtactaccggtttat 399  Q
         || |||||||| |||||||||| || |||||| |||  ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||  | | ||  |||||| |    
T  13665554 tgaaccttggcatgggggttggatttgcagcaggtttctgggggatatgtggttctttgtttcttattagaaaatggaggcatgcatgctttcggttttt 13665455  T
Q  400 cgatggagtgggtgacaggatctatgtaactttgatggtgaagttaaatagctttcacagaaaatgagttcatgctagttaaggttagtt 489  Q
     ||| ||||||| ||||   ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||| |  || |||||||||||||||    
T  13665454 tgatagagtgggcgacaatctctatattactttgatggtaaagttaaatagctttcgcaggaactgagctgctgttagttaaggttagtt 13665365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 1482551 - 1482502
Alignment:
Q  3 attggaggcatgaaaaatatggagtctcttgatctctctagtaataagtt 52  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  1482551 attggacgcatgaagaatatggaatctcttgacctctctagtaataagtt 1482502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University