View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13238_high_11 (Length: 453)

Name: NF13238_high_11
Description: NF13238
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13238_high_11
NF13238_high_11
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-436)||(29623260-29623694)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-398)||(10415819-10416216)
chr1 (5-398)||(10420710-10421103)
chr1 (1-209)||(10410128-10410336)
chr1 (229-396)||(10410332-10410501)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-375)||(35376090-35376464)
chr5 (1-398)||(35754475-35754872)
chr5 (5-398)||(35366521-35366914)
chr5 (1-365)||(35423359-35423723)
chr5 (1-294)||(35370007-35370304)
chr5 (135-335)||(35406316-35406516)
chr5 (1-108)||(35385963-35386070)
chr5 (1-133)||(35410599-35410731)
chr5 (40-241)||(35436831-35437032)
chr5 (102-194)||(35385212-35385304)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (5-305)||(30625825-30626125)
chr2 (5-305)||(30662776-30663076)
chr2 (5-305)||(30671456-30671756)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (23-219)||(13564470-13564666)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 436
Target Start/End: Original strand, 29623260 - 29623694
Alignment:
Q  1 aacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623260 aacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtt 29623359  T
Q  101 tcaagattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaag 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623360 tcaagattcaacacctttatggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaag 29623459  T
Q  201 aatatccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623460 aatatccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgag 29623559  T
Q  301 aaaatggacaattataaaagctatgaaagatatcaaaactccaccagttacaatgatgaggataattttctttttgagagataatttgtgtttcttggag 400  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623560 aaaatgggcaattataaaagctatgaaagatatc-aaactccaccagttacaatgatgaggataattttctttttgagagataatttgtgtttcttggag 29623658  T
Q  401 agcattgagcatgcaggaagcttcaattgaggtatc 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623659 agcattgagcatgcaggaagcttcaattgaggtatc 29623694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Original strand, 10415819 - 10416216
Alignment:
Q  1 aacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||  || |||||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  10415819 aacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattcctccatgaaactctttgctgctccacgtgtt 10415918  T
Q  101 tcaagattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||| | |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||| || ||||    
T  10415919 tcaagattcaacacctttacaacaataggtctttcaaagcttggaagagatcctttgtaaacagagccaaagcttcctgttcctaccaaattggaagaag 10416018  T
Q  201 aatatccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgag 300  Q
    || | |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  10416019 aaaaaccattggttgattcatgtagctctccataagtaaccctcaatttcccgtttcgcaaagatggtgaagatggtaagcttttggactttcttgtgag 10416118  T
Q  301 aaaatggacaattataaaagctatgaaagatatcaaaactccaccagttacaatgatgaggataattttctttttgagagataatttgtgtttcttgg 398  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||  |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||   |||||||||||||    
T  10416119 aaaatgaacaattataaaagctatgacagagatcacaaacccaccaattacactgatgaggataagtttcttttttagagatctcttgtgtttcttgg 10416216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 398
Target Start/End: Original strand, 10420710 - 10421103
Alignment:
Q  5 cttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||  | ||||||  |||||||||||||| |||||| ||||| ||    
T  10420710 cttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcggtgtttcatctttcctagagcttcgcgttctgctttgaaactctttgctcctccacatgttttaa 10420809  T
Q  105 gattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaagaata 204  Q
    ||||||| ||||||||  |||| ||| ||  ||||||  ||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||| | |||||| ||||||||| |    
T  10420810 gattcaatacctttacaacaatgggtttttcaaagttaagaagagatcctttgtaaacagaaccaaaacttcctgttccaaccaaattggatgaagaaaa 10420909  T
Q  205 tccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgagaaaa 304  Q
     |||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  ||||||    
T  10420910 cccattggttgcttcatgtagctctctataagtaatcatcaaattccctttttgcgaagatggtgaagaaggtaacattttggtctttcttgaaagaaaa 10421009  T
Q  305 tggacaattataaaagctatgaaagatatcaaaactccaccagttacaatgatgaggataattttctttttgagagataatttgtgtttcttgg 398  Q
    | || |||||||||| |||||||||| ||||||||  | ||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  10421010 tagaaaattataaaaactatgaaagagatcaaaaccacgccaattacactgataaggataagtttctttttgagtgatcttttgtgtttcttgg 10421103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 10410128 - 10410336
Alignment:
Q  1 aacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||  | | |||||||||| |||||||| |||||    
T  10410128 aacacttgaacaacaagttaggatcttaacaagattccggtgcttcatgtttcccagagctttgcattccaccacgaaactctttactgctccaggtgtt 10410227  T
Q  101 tcaagattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||| | ||||||||||| |||| ||||| ||||| | ||||   |||| |||||| |||||||    
T  10410228 tcaagattcaacacctttacaacaataggtctttcaaagtagagaagagatcctttgtaaacagaaccaaatcctcctctacctaccaaattggatgaag 10410327  T
Q  201 aatatccat 209  Q
    || ||||||    
T  10410328 aaaatccat 10410336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 229 - 396
Target Start/End: Original strand, 10410332 - 10410501
Alignment:
Q  229 tccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagg--gtaaccttttgggctttcttgtgagaaaatggacaattataaaagctatga 326  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||  |||| |||||||||| |  |||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10410332 tccataagtaaccctcaagctcccatttatcaaaaatggtgaagaagaggtaacctttttggatttctcgtgagaaaatgaacaattataaaagctatga 10410431  T
Q  327 aagatatcaaaactccaccagttacaatgatgaggataattttctttttgagagataatttgtgtttctt 396  Q
     ||| |||| ||| || ||  ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||   |||||||||||    
T  10410432 cagaaatcacaaccccgccgattacactgatgaggataagtttcttttttagagatctcttgtgtttctt 10410501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 35376464 - 35376090
Alignment:
Q  1 aacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35376464 aacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattccgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtt 35376365  T
Q  101 tcaagattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaag 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||| | ||| ||||||| |||| ||||| || ||||||||||  || | |||||| |||||||    
T  35376364 tcaagattcaacacctttacagcaataggtttttcaaagtagagaatagatcctttgtaaacagaaccgaagcttcctgtaccgaccaaattggatgaag 35376265  T
Q  201 aatatccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgag 300  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || | |||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  35376264 aaaatccattggttgcttcatgtagctctccataagtaaccctcaagctcccgtttatcaaagatggtgaagaagataaccttttgggctttctcgtgag 35376165  T
Q  301 aaaatggacaattataaaagctatgaaagatatcaaaactccaccagttacaatgatgaggataattttcttttt 375  Q
    ||| || || ||| |||||||||||| ||| |||| ||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  35376164 aaagtgaacgattgtaaaagctatgacagagatcacaaccccaccaattacactgatgaggataagtttcttttt 35376090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 35754872 - 35754475
Alignment:
Q  1 aacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |  || ||||| || |||||||| |||| |||||||||||||    
T  35754872 aacacttgaacaacaagttaaaatcttgacaagattccggtgcttcatctttcccaatgcattgcattccgctatgaaactttttgttgctccacgtgtt 35754773  T
Q  101 tcaagattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||| | |||||| | |||||    
T  35754772 tcaagattcaacacctttacaacaataggtctttcaaagttgagaagagatcctttataaacagatccaaagcttcctgttccaaccaaattggctgaag 35754673  T
Q  201 aatatccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgag 300  Q
    || ||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||  ||||    
T  35754672 aaaatccatcagttgcttcatatagctctccataagtaaccctcaacttctcatttcgcaaagatggtgaagaaggcaactttttggactttctcatgag 35754573  T
Q  301 aaaatggacaattataaaagctatgaaagatatcaaaactccaccagttacaatgatgaggataattttctttttgagagataatttgtgtttcttgg 398  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||| || ||||||||| ||||||  ||||||||| ||||    
T  35754572 aaaatgaacagttatagaagctatgaaagagatcaaaaccccaccaagtacaatgatgaggacaagtttcttttttagagatcttttgtgttttttgg 35754475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 5 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 35366914 - 35366521
Alignment:
Q  5 cttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35366914 cttgaacaacaagttaggatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcctagagcttcacattctgctttgaaactctttgctgctccacgtgttttaa 35366815  T
Q  105 gattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaagaata 204  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||| ||  ||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||| | |||||| ||||||||| |    
T  35366814 gattcaacacctttacaacaatgggtttttcaaagttgagaagagatcctttgtaaacagaaccaaaacttcctgttccaaccaaattggatgaagaaaa 35366715  T
Q  205 tccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgagaaaa 304  Q
     |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  ||||||    
T  35366714 gccatcggttgcttcatgtagctctctataagtaatcatcaaattccctttttgcaaagatggtgaagaaggtaacattttggtctttcttggaagaaaa 35366615  T
Q  305 tggacaattataaaagctatgaaagatatcaaaactccaccagttacaatgatgaggataattttctttttgagagataatttgtgtttcttgg 398  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||  | ||  ||||| |||  ||||||| |||||||||||| |||  ||||||||| ||||    
T  35366614 tggaaaattataaaaactatgaaagagatcaaaaccacgccgattacactgacaaggataagtttctttttgagtgatcttttgtgttttttgg 35366521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 35423723 - 35423359
Alignment:
Q  1 aacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||| ||  || |||||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  35423723 aacacttgaacagcaagttaggattttcacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattccaccatgaaactctttgctgctccacgtgtt 35423624  T
Q  101 tcaagattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaag 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||| | ||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||  || | |||||| |||||||    
T  35423623 tcaagattcaacacctttacagcaataggtttttcaaagtagagaagagatcctttgtaaacagaaccgaagcttcctgtaccgaccaaattggatgaag 35423524  T
Q  201 aatatccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgag 300  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || | |||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  35423523 aaaatccattggttgcttcatgtagctctccataagtaaccctcaagctcccgtttatcaaagatggtgaagaagataaccttttgggctttctcgtgag 35423424  T
Q  301 aaaatggacaattataaaagctatgaaagatatcaaaactccaccagttacaatgatgaggataa 365  Q
    ||| || |||||| |||||||||||| ||| |||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  35423423 aaagtgaacaattgtaaaagctatgacagagatcacaaccccaccaattacactgatgaggataa 35423359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 35370304 - 35370007
Alignment:
Q  1 aacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagattt--acattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtg 98  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||| ||  ||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35370304 aacacttgagcaacacgttaggattttgacaagattacggtgcctcatctttcctaaagcattgcatattccgcaatgaaactctttgctgctccacgtg 35370205  T
Q  99 tttcaagattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatga 198  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||||  |||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||  || | |||||| |||||    
T  35370204 tttcaagattcaacacctttaacacaataggtctttcaaagtttggaagagatcctttgtaaacagagccaaagcttcatgtaccaaccaaattggatga 35370105  T
Q  199 agaatatccattggttgcttcatgtaggtctcc--ataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttct 294  Q
    |||| | ||| |||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||  || | |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35370104 agaaaacccaatggttgcttcatgtagctctccatataggtaaccctcaagctcccgtttatcaaagatggtgaagaaggtaaccttttgggctttct 35370007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 135 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 35406516 - 35406316
Alignment:
Q  135 gaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaagaatatccattggttgcttcatgtaggtctccata 234  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||| || |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35406516 gaaagttaggaagagatcctttgtaaacagagccaaagcttcctgttcctaccaaattggaagaagaaaaaccattggttgcttcatgtagctctccata 35406417  T
Q  235 agtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgagaaaatggacaattataaaagctatgaaagatatc 334  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||    
T  35406416 agtaaccctcaatttctcatttcgcaaagatggtgaagatggtaaccttttggactttctcgtgagaaaatgaacaattataaaagttatgacagagatc 35406317  T
Q  335 a 335  Q
    |    
T  35406316 a 35406316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 35386070 - 35385963
Alignment:
Q  1 aacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35386070 aacacttgaacaacaggttaggaccttgacaagattctggtgcttcatctttcccagagcattgcattctgccatgaaactctttgctgctccacgtgtt 35385971  T
Q  101 tcaagatt 108  Q
    ||||||||    
T  35385970 tcaagatt 35385963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 35410731 - 35410599
Alignment:
Q  1 aacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||| || ||  || ||||| || ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  35410731 aacacttgaacaacacgttaggattttgacaagattacggtgcctcatctttcttaaagcattgcattccgccatgaaactctttgttgcttcacgtgtt 35410632  T
Q  101 tcaagattcaacacctttacggcaataggtctt 133  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  35410631 tcaagattcaacacctttacaacaataggtctt 35410599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 35437032 - 35436831
Alignment:
Q  40 gtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaagattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaag 139  Q
    ||||||||||||| | ||   ||||||||| || |  |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |  |||     
T  35437032 gtgtttcatcttttccagtactttacattcagccacaaaactctttgatgccccacgtgtttcaagtttcaacacctttactacaataggtccttcaaat 35436933  T
Q  140 ttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaagaatatccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaa 239  Q
    ||  ||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||  |||||||||    
T  35436932 ttaagaagagatcctttgtatacagaaccaaaacttcctgcgcctaccaagttggatgaagaaaatccgttggttgcttcatgtaaatcctcataagtaa 35436833  T
Q  240 cc 241  Q
    ||    
T  35436832 cc 35436831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 35385304 - 35385212
Alignment:
Q  102 caagattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattag 194  Q
    |||||||||| |||||||  |||||||| |||  ||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  35385304 caagattcaagacctttatagcaatagggctttcaaagttgagaagagatcctttataaacagatccaaagcttcctgctccaaccaaattag 35385212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 5 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 30626125 - 30625825
Alignment:
Q  5 cttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaa 104  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| | || ||| ||||| ||  ||||||||||||  |||||||||| || ||    
T  30626125 cttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcccaaagctttgcattcagctgtgaaactctttgtagctccacgtgcttgaa 30626026  T
Q  105 gattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaagaata 204  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||  |||||   | ||||||||| |||| |||||  ||||||||||||  |||| |||||| ||||||||| |    
T  30626025 gattcaacacctttacaacaataggtctttcaaagtaaaggagagatcctttgtaaacagaggcaaagcttcctgtccctaccaaatttgatgaagaaaa 30625926  T
Q  205 tccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgagaaaa 304  Q
     |||||||| || |||||||  || |||||||||||||| || ||| |||||| | |||||||| |||  |||| |||||||| |||||| | |||||||    
T  30625925 cccattggtggcctcatgtatctcaccataagtaaccctgaagttcccatttttctaagatggtaaagtaggtagccttttggactttctcgcgagaaaa 30625826  T
Q  305 t 305  Q
    |    
T  30625825 t 30625825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 5 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 30663076 - 30662776
Alignment:
Q  5 cttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaa 104  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| | || ||| ||||| ||  ||||||||||||  |||||||||| || ||    
T  30663076 cttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcccaaagctttgcattcagctgtgaaactctttgtagctccacgtgcttgaa 30662977  T
Q  105 gattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaagaata 204  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||  |||||   | ||||||||| |||| || ||  ||||||||||||  |||| |||||| ||||||||| |    
T  30662976 gattcaacacctttacaacaataggtctttcaaagtaaaggagagatcctttgtaaacggaggcaaagcttcctgtccctaccaaattggatgaagaaaa 30662877  T
Q  205 tccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgagaaaa 304  Q
     |||||||| || |||||||  || |||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||| |||  |||| |||||||| |||||| | |||||||    
T  30662876 cccattggtggcctcatgtatctcaccataagtaaccctgaagttcccatttttcaaagatggtaaagtaggtagccttttggactttctcgcgagaaaa 30662777  T
Q  305 t 305  Q
    |    
T  30662776 t 30662776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 5 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 30671756 - 30671456
Alignment:
Q  5 cttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaa 104  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| | || ||| ||||| ||  ||||||||||||  |||||||||| || ||    
T  30671756 cttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcccaaagctttgcattcagctgtgaaactctttgtagctccacgtgcttgaa 30671657  T
Q  105 gattcaacacctttacggcaataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaagaata 204  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||  |||||   | ||||||||| |||| |||||  ||||||||||||  |||| |||||| ||||||||| |    
T  30671656 gattcaacacctttacaacaataggtctttcaaagtaaaggagagatcctttgtaaacagaggcaaagcttcctgtccctaccaaatttgatgaagaaaa 30671557  T
Q  205 tccattggttgcttcatgtaggtctccataagtaaccctcaaattctcattttgcaaagatggtgaagagggtaaccttttgggctttcttgtgagaaaa 304  Q
     |||||||| || |||||||  || |||||||||||||| || ||| |||||| | |||||||| |||  |||| |||||||| |||||| | |||||||    
T  30671556 cccattggtggcctcatgtatctcaccataagtaaccctgaagttcccatttttcgaagatggtaaagtaggtagccttttggactttctcgcgagaaaa 30671457  T
Q  305 t 305  Q
    |    
T  30671456 t 30671456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 23 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 13564666 - 13564470
Alignment:
Q  23 atcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaagattcaacacctttacgg 122  Q
    ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||  | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||      
T  13564666 atcttaacacgatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccgtaaaactcttcgctgctcaacgtgtttcaagattcaacacttttacaa 13564567  T
Q  123 caataggtcttcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaagaatatccattggttgcttc 219  Q
    |||||||||||  ||| | || || ||||||| |||| ||||| |||||||||  ||  |||| || ||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  13564566 caataggtctttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcagattggatgaagaaaatccgttggttgcttc 13564470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University