View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13240_high_9 (Length: 432)

Name: NF13240_high_9
Description: NF13240
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13240_high_9
NF13240_high_9
[»] chr3 (31 HSPs)
chr3 (4-416)||(24839666-24840079)
chr3 (3-416)||(19943733-19944144)
chr3 (6-416)||(19858085-19858496)
chr3 (9-409)||(19853532-19853918)
chr3 (206-411)||(20016096-20016301)
chr3 (3-407)||(26653174-26653578)
chr3 (28-416)||(26647017-26647406)
chr3 (221-416)||(19956097-19956292)
chr3 (206-416)||(20036498-20036708)
chr3 (221-416)||(19849003-19849198)
chr3 (97-409)||(19812300-19812613)
chr3 (208-416)||(20046136-20046341)
chr3 (221-416)||(19838406-19838601)
chr3 (221-409)||(19818577-19818762)
chr3 (179-363)||(19971677-19971862)
chr3 (235-416)||(19989535-19989716)
chr3 (3-160)||(20015889-20016046)
chr3 (6-159)||(19849264-19849423)
chr3 (6-160)||(19956357-19956511)
chr3 (206-411)||(19951142-19951344)
chr3 (6-159)||(20036294-20036447)
chr3 (7-160)||(19832142-19832295)
chr3 (94-160)||(19989795-19989861)
chr3 (344-416)||(30914656-30914728)
chr3 (7-154)||(17114992-17115139)
chr3 (6-160)||(19838666-19838820)
chr3 (134-231)||(26652015-26652116)
chr3 (6-160)||(19818827-19818987)
chr3 (3-160)||(19951394-19951551)
chr3 (5-158)||(20046395-20046548)
chr3 (105-157)||(30914919-30914971)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (17-416)||(22689378-22689760)
chr8 (3-191)||(11544312-11544500)
chr8 (206-331)||(22651788-22651913)
chr8 (270-409)||(22685642-22685778)
chr8 (105-323)||(11563918-11564146)
chr8 (336-416)||(22652113-22652193)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (6-416)||(9815050-9815461)
chr5 (206-416)||(26354822-26355032)
chr5 (7-160)||(26354619-26354772)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (221-411)||(1717232-1717419)
chr1 (112-160)||(1717484-1717532)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (221-410)||(6398280-6398468)
chr4 (340-416)||(6397767-6397843)
chr4 (206-304)||(6397634-6397732)
chr4 (88-157)||(6398537-6398606)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (221-373)||(12579995-12580143)
chr7 (345-395)||(12581426-12581476)
chr7 (342-395)||(12497243-12497296)
chr7 (342-395)||(12521108-12521161)
chr7 (24-157)||(12497482-12497614)
chr7 (24-157)||(12521347-12521479)
chr7 (340-372)||(12519821-12519853)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 416
Target Start/End: Original strand, 24839666 - 24840079
Alignment:
Q  4 ctgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtgg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24839666 ctgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctcgattattgcccaacttgggttgtgg 24839765  T
Q  104 ctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaatttatcaggaaatttt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24839766 ctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccagcataaagggaaatttatcaggaaatttt 24839865  T
Q  204 -tgaaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaa 302  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24839866 ttgaaatcaacaattgtgttcttaaacaaccttaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaa 24839965  T
Q  303 cagcaacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcact 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24839966 cagcaacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcact 24840065  T
Q  403 acctttatcgatga 416  Q
    ||||||||||||||    
T  24840066 acctttatcgatga 24840079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 3 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 19944144 - 19943733
Alignment:
Q  3 gctgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtg 102  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  19944144 gctgaatctaatgccaaccccacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctccattattgatcaactttggttgtg 19944045  T
Q  103 gctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaaggg-aaatttatcagga-aat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |    
T  19944044 gctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaaatttatcaggacatt 19943945  T
Q  201 ttttgaaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatg 300  Q
    |||| |||||||||| |   ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||    
T  19943944 ttttcaaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagccataggaatccctctagcaagatg 19943845  T
Q  301 aacagcaacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttca 400  Q
    |||||||| |||||||  ||||| |||||| | |  |||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  19943844 aacagcaataggaaac--agaacttttcaccacattgtatctatgaggaaaaac--aaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttca 19943749  T
Q  401 ctacctttatcgatga 416  Q
    ||||||||||||||||    
T  19943748 ctacctttatcgatga 19943733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 6 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 19858496 - 19858085
Alignment:
Q  6 gagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggct 105  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||| | | |||| ||  ||| ||||| ||||||||||||    
T  19858496 gagtctaatgccaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgccacctaaacaataaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggct 19858397  T
Q  106 gcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaatttatcaggaaatttttg 205  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||| | || ||||||     
T  19858396 ctaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaagcaagtaaaagggtgattatacattaacgtccaacaccaatggaaatttataacgacatttttt 19858297  T
Q  206 aaat-caacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaaca 304  Q
     ||| |||||| |   ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||| |||  || |    
T  19858296 caattcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcgatagtatttcctctagcaagaccaata 19858197  T
Q  305 gcaacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactac 404  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||   | ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19858196 gcaataggaaacaaagatcttttcacattaaagtatctattaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaatttcactac 19858097  T
Q  405 ctttatcgatga 416  Q
    ||||||||||||    
T  19858096 ctttatcgatga 19858085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 9 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 19853918 - 19853532
Alignment:
Q  9 tctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggcc---ttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggct 105  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |   | ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  19853918 tctaatgccaacctcacatggttaattttcaagggcgcttcaaccttatgccacctcaacaatacatggtctccattgttgatcaacttcggttgtggct 19853819  T
Q  106 gcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaatttatcaggaaatttttg 205  Q
    |||||||| |||| || ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||| | |||||| ||      ||  ||||||||           ||||    
T  19853818 gcaaatttatgaatctctcccacacccaagcttgtaccaagtaaaagggtgattgcagattaacatc------aagaggaaattt-----------tttg 19853736  T
Q  206 aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 305  Q
    |||||||||| | | ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||| ||| ||    
T  19853735 aaatcaacaatttttttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattacctctagcaagacgaatag 19853636  T
Q  306 caacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacc 405  Q
    ||| |||||||||||| | |||||| | | ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  19853635 caataggaaacaaagatcttttcacaataaagtatctatgaggaaaaacaaaaatagacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 19853536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 206 - 411
Target Start/End: Original strand, 20016096 - 20016301
Alignment:
Q  206 aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 305  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||| ||    
T  20016096 aaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatag 20016195  T
Q  306 caacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacc 405  Q
    |||  ||||||||| ||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  20016196 caatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 20016295  T
Q  406 tttatc 411  Q
    ||||||    
T  20016296 tttatc 20016301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 26653578 - 26653174
Alignment:
Q  3 gctgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtg 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| | |||| |||||||| |||||||||  |||||||  | ||||| |||||||||||||||    
T  26653578 gctgagtctaatgccaacctcacattgtaaattat-aagggcataaccttatgccacctcaacaatgaatggtcttcactattgatcaacttgggttgtg 26653480  T
Q  103 gctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaatttatcagga----- 197  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||      || |||||| |||||  |         
T  26653479 gttgcaaatttgtgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatcgtagattaacttcc------aaaggaaatctatcaccaccaac 26653386  T
Q  198 --aat-ttttg--aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctcta 292  Q
      ||| |||||  ||| |||||| ||| |||||||||||  | || ||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  26653385 ataatattttgacaaaccaacaattgttttcttaaacaaagtcaagtccttatatatactagctaaaacagctggtgccaaagcaataggatttcctcta 26653286  T
Q  293 gctagatgaacagcaacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgct 392  Q
    || ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||   | | | ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||| |    
T  26653285 gcaagatgaacagcaatagaaaacaaagaacttttcacta---attctatatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagctgcaaggaatgcatcatgtt 26653189  T
Q  393 caacttcactacctt 407  Q
    ||| |||||||||||    
T  26653188 caatttcactacctt 26653174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 28 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 26647406 - 26647017
Alignment:
Q  28 tgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggctgcaaatttttgaacctttccca 127  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||||||| || ||||| | | ||||||  |  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  26647406 tgtcaattttcaagatcttaaccttatgccacctaaacaacaaagggtctccttggttgatcaaattgggttgtggttgtaaatttttgaacctttccca 26647307  T
Q  128 aacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaatttatcag--------gaaatttttg--aaatcaacaact 217  Q
     ||||||| |||||||| ||||||||||||||| | | |||| |||||       ||| || |||||         |||||||||   |||||||||| |    
T  26647306 cacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttccaaa------ggatatctatcaccaccatcagaaatttttttcaaatcaacaagt 26647213  T
Q  218 gtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaaca 317  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  26647212 gttttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaacagccggtgccaaagcaattggattccctctagcaagatgaacagcaataggaaaca 26647113  T
Q  318 aagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttatcgatga 416  Q
    || ||| |||||| |   | | |  |||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  26647112 aacaacttttcacca---aatttagatgaggaaaaacataaactgacaaccaagtagaaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatccatga 26647017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 221 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 19956292 - 19956097
Alignment:
Q  221 ttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaacaaag 320  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||     
T  19956292 ttctttaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggtgccaaagcaataggatttcctctagcaagatgaacaacaataggaaacaaat 19956193  T
Q  321 aacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttatcgatga 416  Q
    ||| ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  19956192 aacttttcacggaagaatatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaaagcttcatgttcaatttcactacctttatcaatga 19956097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 206 - 416
Target Start/End: Original strand, 20036498 - 20036708
Alignment:
Q  206 aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 305  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||| ||||  ||||    
T  20036498 aaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagatatacag 20036597  T
Q  306 caacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacc 405  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| | | ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  20036598 caataggaaacaaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 20036697  T
Q  406 tttatcgatga 416  Q
    |||||| ||||    
T  20036698 tttatcaatga 20036708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 221 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 19849198 - 19849003
Alignment:
Q  221 ttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaacaaag 320  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||| ||||  ||||||| |||||||||||    
T  19849198 ttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagatatacagcaataggaaacaaag 19849099  T
Q  321 aacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttatcgatga 416  Q
    ||| |||||| | | ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  19849098 aacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatcaatga 19849003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 97 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 19812613 - 19812300
Alignment:
Q  97 gttgtggctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaatttatca-- 194  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | | |||  |||||      ||||||| |||||      
T  19812613 gttgtggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaatctccaa------gggaaatctatcacc 19812520  T
Q  195 -------ggaaatttttg-aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattc 286  Q
           ||| |||||   |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |    
T  19812519 accaacaggatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatac 19812420  T
Q  287 cctctagctagatgaacagcaacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgctt 386  Q
    |||||||| ||| ||| ||| |  |||||||||||   |||||| | |   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19812419 cctctagcaagaagaatagcgatcggaaacaaagactttttcaccaaa---tatttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgctt 19812323  T
Q  387 catgctcaacttcactaccttta 409  Q
    |||| |||| |||||||||||||    
T  19812322 catgttcaatttcactaccttta 19812300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 208 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 20046341 - 20046136
Alignment:
Q  208 atcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagca 307  Q
    ||||| || |||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||| || ||||    
T  20046341 atcaataattgtgttcttaaataaacttaaatccttatatatgctacccaaaacagcaggtgccaaagcaattggatttcctctagcaagattaatagca 20046242  T
Q  308 acaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctt 407  Q
    | || ||||||| ||  |||||| | |   | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| || |||| |||||||||||    
T  20046241 atagaaaacaaacaatttttcaccata---tttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagtaaggaaggcttcgtgttcaatttcactacctt 20046145  T
Q  408 tatcgatga 416  Q
    |||||||||    
T  20046144 tatcgatga 20046136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 221 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 19838601 - 19838406
Alignment:
Q  221 ttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaacaaag 320  Q
    ||||| |||||  ||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||||| |||  |||||||||     
T  19838601 ttctttaacaaagttaaatcattatatatgctagctaaaacagctggtgccaaagcaatagaatttcctctagcaagatgaacaacaattggaaacaaaa 19838502  T
Q  321 aacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttatcgatga 416  Q
    | | ||||||   ||||| || || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  19838501 agcttttcacgcaagagtgttgattaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagctagaaaagcttcatgttcaatttcgctacctttatcgatga 19838406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 221 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 19818762 - 19818577
Alignment:
Q  221 ttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaacaaag 320  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |     
T  19818762 ttcttaaacaaacttaaatctttataaatgttagccaaaacagccggtgccaaagcaataggattccctctagcaagattaacagcaacaggaaacagat 19818663  T
Q  321 aacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactaccttta 409  Q
    ||  |||||| |   | |  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||  ||||||||    
T  19818662 aatttttcacca---aattcttatgaggaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaagaaaagcttcatgttcaatttcggtaccttta 19818577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 179 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 19971862 - 19971677
Alignment:
Q  179 aaagggaaatttatcaggaaatttttg-aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaa 277  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |   ||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |    
T  19971862 aaagggaaatttatcaggatattttttcaaatcaacaatttgtttcttaaacagagttcaatccttatataagctagccaaaacagttggtgccaaagca 19971763  T
Q  278 ataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattga 363  Q
    |||| ||| |||||| | | ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  19971762 atagtattgcctctaaccaaatgaatagcaataggaaacaaagaacttttcactataaagtatctatgagaaaaaacaaaaattga 19971677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 235 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 19989716 - 19989535
Alignment:
Q  235 taaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaacaaagaacatttcactaga 334  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || | ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||  ||||| | |    
T  19989716 taaatccttatacaaactagccaaaactgcaggtgctaatgcaataggatttcctctagcaagatgaatagcaacacgaaagaaagaactattcacaaca 19989617  T
Q  335 -gagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttatcgatga 416  Q
     || | ||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||    
T  19989616 cgact-tttataaggatgaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaagttcattacctttatcaatga 19989535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 3 - 160
Target Start/End: Original strand, 20015889 - 20016046
Alignment:
Q  3 gctgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtg 102  Q
    |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| || ||||||| | |||||  || |||| ||||| |||||||||    
T  20015889 gctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtg 20015988  T
Q  103 gctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 160  Q
    | || ||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||||||    
T  20015989 gttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 20016046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 6 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 19849423 - 19849264
Alignment:
Q  6 gagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggc- 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | | || | ||  ||| ||||| ||| |||||||     
T  19849423 gagtctaatgccaacctaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgccatctaaacaataaaggatccccatggttggtcaacatggtttgtggct 19849324  T
Q  105 -----tgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgatt 159  Q
         ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  19849323 gtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaaagggtgatt 19849264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 6 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 19956511 - 19956357
Alignment:
Q  6 gagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggct 105  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||| | |||||| |||||| |||||||| || ||||| | | |||  | ||  ||   |||| ||||||||||||    
T  19956511 gagtctaatgccatcctaacattgtcaactatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggttcctatggttcaacaacatgggttgtggct 19956412  T
Q  106 gcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 160  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19956411 gtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 19956357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 206 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 19951344 - 19951142
Alignment:
Q  206 aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 305  Q
    |||||||||| ||  || ||||||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  19951344 aaatcaacaattgcttttttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggagccaaagcaataggatttcctctagcaagatgaatag 19951245  T
Q  306 caacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacc 405  Q
    ||| ||| | | || |||   |||| |   | |  |||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||| || |||||||| |||| |||||||||    
T  19951244 caataggtagcgaataactcctcacca---atttattattaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtaacaaggaaggcttcatgttcaatttcactacc 19951148  T
Q  406 tttatc 411  Q
    ||||||    
T  19951147 tttatc 19951142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 6 - 159
Target Start/End: Original strand, 20036294 - 20036447
Alignment:
Q  6 gagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggct 105  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||| |||||| |||||||| || ||||| | | |||| | ||  ||   |||| |||||||||| |    
T  20036294 gagtctaatgccatcctaacattgtcaatcatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtccccatggttcaacaacatgggttgtggtt 20036393  T
Q  106 gcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgatt 159  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  20036394 gtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 20036447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 7 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 19832295 - 19832142
Alignment:
Q  7 agtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggt-ctcgattattgctcaacttgggttgtggct 105  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||| || ||||| | ||||| | |  || ||   |||| |||||||||| |    
T  19832295 agtctaatgccatcctaacattgtcaattaccaaggccttaaccttatgccacctaaacaaaa-atggttcccctttgttcaacaacatgggttgtggat 19832197  T
Q  106 gcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 160  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19832196 gtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 19832142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 94 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 19989861 - 19989795
Alignment:
Q  94 tgggttgtggctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 160  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19989861 tgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattg 19989795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 344 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 30914728 - 30914656
Alignment:
Q  344 tgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttatcgatga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||    
T  30914728 tgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagtaaggaatgcttcatgttcaatttcactaactttatcaatga 30914656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 17115139 - 17114992
Alignment:
Q  7 agtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggctg 106  Q
    |||||||||| | | | |||||||||||||||| ||||| |||  ||||||| || ||||||| | |||||| ||  ||| ||||| ||| |||||| ||    
T  17115139 agtctaatgctagcttaacattgtcaattttcacggcctgaaccctatgccacctaaacaataaagggtctccatggttgatcaacatggattgtggttg 17115040  T
Q  107 caaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaaggg 154  Q
     |||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||| |||||||||    
T  17115039 taaatttttgaacctctcccacatccaaatttgaaccaagtaaaaggg 17114992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 19838820 - 19838666
Alignment:
Q  6 gagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggct 105  Q
    |||||||| |||| ||| | |||||||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||| | | |||| |  |  ||   |||| | |||||||| |    
T  19838820 gagtctaaagccatcctaatattgtcaattatcaaggccttaactttatgccacctaaacaaaaaagggtccccctggttcaacaacattggttgtggtt 19838721  T
Q  106 gcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 160  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19838720 gtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 19838666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 26652116 - 26652015
Alignment:
Q  134 aacttgaaccaggtaaaagggtgattgta---cattaacgtccaacataaagggaaatttatcagga-aatttttgaaatcaacaactgtgttcttaaac 229  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| |||||||  |||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  26652116 aacttgaaccaagtaaaagggtgattgtagtacattaacctccaacaacaaggaaaatttatcaggacattttttcaaatcaacaagtgttttcttaaac 26652017  T
Q  230 aa 231  Q
    ||    
T  26652016 aa 26652015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 19818987 - 19818827
Alignment:
Q  6 gagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggc- 104  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| || ||||| | | |||||| ||  ||  ||||| ||| |||||||     
T  19818987 gagtctaatgccatcctaacattgtcaatttccaaggcctgaacatcatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcaacatggtttgtggca 19818888  T
Q  105 -----tgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 160  Q
         |||| |||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||  ||||||||||||||    
T  19818887 gtggttgcatatttttgaacctctcccacacccatatttgaaccaaataaaagggtgattg 19818827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 19951551 - 19951394
Alignment:
Q  3 gctgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtg 102  Q
    |||| ||||||||| ||||| |||| ||  ||| |||||| |||||| |||||||| || ||||| | | |||||| ||  ||  ||  | |||||||||    
T  19951551 gctgcgtctaatgctaacctaacatcgtggattctcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcggcatgggttgtg 19951452  T
Q  103 gctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 160  Q
    | || |||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19951451 gttgtaaatttttaaacctctcccaaatccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 19951394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 20046548 - 20046395
Alignment:
Q  5 tgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggc 104  Q
    |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || | ||| |||||||| || ||||||| | |||| |    |||| ||||| ||||||||||     
T  20046548 tgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcgtgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcgctgggattgatcaacatgggttgtggt 20046449  T
Q  105 tgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgat 158  Q
     | || |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  20046448 ggtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgat 20046395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 105 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 30914971 - 30914919
Alignment:
Q  105 tgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtga 157  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||| || |||||||||    
T  30914971 tgcaaattttttaacctctcccaaacccaaatttgtaccaagtcaaagggtga 30914919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 416
Target Start/End: Original strand, 22689378 - 22689760
Alignment:
Q  17 caacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggctgcaaatttttg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||   ||||||  |||| ||||||||||||  | ||||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||    
T  22689378 caacctcacattgtcaattttcaaagcattaaccaaatgccacttcaataatacatggtcttcactattgatcaacatgggccgtggttgcaaatttttg 22689477  T
Q  117 aacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaatttatcaggaaatttttgaaatcaacaac 216  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| | |||||     ||| ||           ||||||||||||||||     
T  22689478 aacctctcccacacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgcagattaacat-caaca-----ggacat-----------tttttgaaatcaacaat 22689560  T
Q  217 tgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaac 316  Q
    |   ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||| || || || ||||    
T  22689561 ttgtttcttaaacaaactcaaatccttatatatgctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattgcctctagccagatgaatagaaatagtaaac 22689660  T
Q  317 aaagaacatttcactagaga-gtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttatcgatg 415  Q
    ||||||| ||| ||  || |  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||    
T  22689661 aaagaacttttgac-cgacatatttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaaattcattaccattatcgatg 22689759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 3 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 11544500 - 11544312
Alignment:
Q  3 gctgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtg 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||   |||||| |||| || ||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||    
T  11544500 gctgaatctaatgccaacctcacattatcaattttcaagggtttaaccaaatgccacctcatcagtacatggtctccattgttgatcaacttgggttttg 11544401  T
Q  103 gctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaattta 191  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| |||||| | || |||||||||    
T  11544400 gttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaatgggtgattgcacatcaacctccaacttcaatggaaattta 11544312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 206 - 331
Target Start/End: Original strand, 22651788 - 22651913
Alignment:
Q  206 aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 305  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  22651788 aaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatacatgctagccaaaacagctggtgcaaaagcaataggatttcctctagcaagatgaacag 22651887  T
Q  306 caacaggaaacaaagaacatttcact 331  Q
    ||| |||||||||| ||| |||||||    
T  22651888 caataggaaacaaacaacttttcact 22651913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 270 - 409
Target Start/End: Original strand, 22685642 - 22685778
Alignment:
Q  270 ccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaacca 369  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||  |||||| | |     ||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  22685642 ccaaagcaataggattccctctagcaagatgaatagcaatcggaaacatagaagttttcaccaaaat---tttatgaggaaaaacaaaaagtgacaacca 22685738  T
Q  370 agtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactaccttta 409  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22685739 agcagcaagaaatgcttcatgctcaatttcactaccttta 22685778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 105 - 323
Target Start/End: Original strand, 11563918 - 11564146
Alignment:
Q  105 tgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaatttatca--------gg 196  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| | | || ||||||||| ||         |    
T  11563918 tgcaaatttttgaacctctcccaaagccaaactttaaccaagtaaatgggtgattgtacattaacctccaccttcaatggaaatttagcaccttctgttg 11564017  T
Q  197 aaatttttg--aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagc 294  Q
     | ||||||  ||  |||||| ||| | ||||||||| |  |||||||||||||||| ||||| ||| |  ||||| |||| |||||| || ||||||||    
T  11564018 tagtttttgtcaatccaacaattgtctccttaaacaaacgcaaatccttatataagcaagccagaaccgacggtgctaaagcaataggttttcctctagc 11564117  T
Q  295 tagatgaacagcaacaggaaacaaagaac 323  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11564118 aagatgaacagcaataggaaacaaagaac 11564146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 336 - 416
Target Start/End: Original strand, 22652113 - 22652193
Alignment:
Q  336 agtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttatcgatga 416  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  22652113 agtatctatgagcaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatcgatga 22652193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 6 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 9815461 - 9815050
Alignment:
Q  6 gagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggct 105  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| ||| ||||| || || ||||||| | ||||||  | |||| ||||| |||||| |||||    
T  9815461 gagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctccgtgattgatcaacatgggttctggct 9815362  T
Q  106 gcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattgtacattaacgtccaacataaagggaaatttatcag--------ga 197  Q
    | ||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| | | |||| ||     |||||| | || |||||         ||    
T  9815361 gtaaattttggaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttc-----taaagg-atatctatcaccaccaacaga 9815268  T
Q  198 aatttttga--aatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagct 295  Q
     | ||||||  ||| ||| | ||| ||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||     
T  9815267 taattttgacaaattaactattgttttcttaaacaaacttaaatcgttataaatactagctaaaacagctggtgccaaagcaatagaatttcctctagca 9815168  T
Q  296 agatgaacagcaacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaa 395  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| | ||   |||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||    
T  9815167 agatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaccaaag---atttatgagttaaaacaaagattgacaaccacgtagcaatgaacgcttcatgctcaa 9815071  T
Q  396 cttcactacctttatcgatga 416  Q
     |||||||||||| |||||||    
T  9815070 tttcactacctttgtcgatga 9815050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 206 - 416
Target Start/End: Original strand, 26354822 - 26355032
Alignment:
Q  206 aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 305  Q
    ||||||||||  || ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||| ||    
T  26354822 aaatcaacaatggttttcttaaacacgcttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaatagaatttcctctagcaagatgaatag 26354921  T
Q  306 caacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacc 405  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| |    | ||||   ||| |||||||||||||| ||||||| | |||  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  26354922 caataggaaacaaagaacttttcaccaacatgcattttctaggaaaaacaaaaattgataaccaagcaacaatgaatgcttcatgttcaacttcactacc 26355021  T
Q  406 tttatcgatga 416  Q
    |||||| ||||    
T  26355022 tttatccatga 26355032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 160
Target Start/End: Original strand, 26354619 - 26354772
Alignment:
Q  7 agtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggctg 106  Q
    |||||||| ||| | | |||||||||||||||||||| |  ||  |||||||||| ||||||| | |||||| |   ||| ||||| ||||||| || ||    
T  26354619 agtctaattccagcttaacattgtcaattttcaaggcttgtaccctatgccatctaaacaataaagggtctccacggttgatcaacatgggttgcggttg 26354718  T
Q  107 caaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 160  Q
     || ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||    
T  26354719 taattttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaacggtgattg 26354772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 221 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 1717419 - 1717232
Alignment:
Q  221 ttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaacaaag 320  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  1717419 ttcttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaataggatttcctctagcaagatgaacagcaataggaaacaaag 1717320  T
Q  321 aacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttatc 411  Q
    |   |||||| | ||    ||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  1717319 attttttcaccaaag---ctttatgaggaaaaacataaaccgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatc 1717232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 112 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 1717532 - 1717484
Alignment:
Q  112 ttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 160  Q
    ||||||||||| || | ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  1717532 ttttgaaccttcccaacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattg 1717484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 221 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 6398468 - 6398280
Alignment:
Q  221 ttcttaaacaaccttaaatccttatataa--gctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaacaa 318  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||   |||||| |||||||| |||||||||   || ||||| |||||||| |||| |||||||| || ||||||    
T  6398468 ttcttaaataaagttaaatccttatatatatgctagctaaaacagctggtgccaaaccgattggatttcctctagcgagattaacagcaatagaaaacaa 6398369  T
Q  319 agaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttat 410  Q
    | ||| |||||| |  |    ||||  ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  6398368 acaacttttcaccattgt---tttactaggaaaaacaaaaattaacaaccaattagcaaggaaggcttcatgttcaatttcactacctttat 6398280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 340 - 416
Target Start/End: Original strand, 6397767 - 6397843
Alignment:
Q  340 tttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacctttatcgatga 416  Q
    |||| |||| ||| || ||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  6397767 tttaggaggaaaagcacaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaatttcactacctttatcgatga 6397843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 206 - 304
Target Start/End: Original strand, 6397634 - 6397732
Alignment:
Q  206 aaatcaacaactgtgttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaaca 304  Q
    ||||||| || ||| |||||||| ||   |||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||| ||| |||||  ||||||| |||| ||||    
T  6397634 aaatcaataattgttttcttaaataaagataaatccttatatatgatagccaaaacagatggtgccaaagcaattggattttctctagcaagattaaca 6397732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 6398606 - 6398537
Alignment:
Q  88 tcaacttgggttgtggctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtga 157  Q
    ||||| || ||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  6398606 tcaacatgagttgtggttgcaagtttgtgaacctctcccacacctaaacttgaaccacgtaaaaaggtga 6398537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 221 - 373
Target Start/End: Original strand, 12579995 - 12580143
Alignment:
Q  221 ttcttaaacaaccttaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacagcaacaggaaacaaag 320  Q
    |||||||| ||  |||||||||||| || |||||||||||||   |   |||||||||| ||||| | |||||| |||| |||| |||||| |||||||     
T  12579995 ttcttaaataatgttaaatccttatttatgctagccaaaacaattgccaccaaagaaattggatttcttctagcaagattaacaccaacagaaaacaaac 12580094  T
Q  321 aacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagta 373  Q
    ||| | |||| |     | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12580095 aacttgtcaccat----tttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagta 12580143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 12581476 - 12581426
Alignment:
Q  345 gagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaa 395  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  12581476 gaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaaggaaggcttcatgttcaa 12581426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 342 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 12497296 - 12497243
Alignment:
Q  342 tatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaa 395  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||    
T  12497296 tatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaa 12497243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 342 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 12521161 - 12521108
Alignment:
Q  342 tatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaa 395  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||    
T  12521161 tatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaa 12521108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 12497614 - 12497482
Alignment:
Q  24 acattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggctgcaaatttttgaaccttt 123  Q
    |||||| ||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||| ||| |||   |  ||| ||||| || ||||||| ||||| |||  || ||| |    
T  12497614 acattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcctct 12497515  T
Q  124 cccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtga 157  Q
    ||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  12497514 ccc-aacccaaacatgaaccaagtaaaaaggtga 12497482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 12521479 - 12521347
Alignment:
Q  24 acattgtcaattttcaaggccttaacattatgccatctcaacaatacatggtctcgattattgctcaacttgggttgtggctgcaaatttttgaaccttt 123  Q
    |||||| ||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||| ||| |||   |  ||| ||||| || ||||||| ||||| |||  || ||| |    
T  12521479 acattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcctct 12521380  T
Q  124 cccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtga 157  Q
    ||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  12521379 ccc-aacccaaacatgaaccaagtaaaaaggtga 12521347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 340 - 372
Target Start/End: Original strand, 12519821 - 12519853
Alignment:
Q  340 tttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagt 372  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12519821 tttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagt 12519853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University