View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13243_low_1 (Length: 990)

Name: NF13243_low_1
Description: NF13243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13243_low_1
NF13243_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (5-975)||(46847414-46848381)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 832; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 832; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 975
Target Start/End: Original strand, 46847414 - 46848381
Alignment:
Q  5 gaggagcagagacaagggaggtgagtgaggacatagacaaatgaactagtacaacgatgttgtcaatacaaaataaaagtgaaaaatggtttctcgtaag 104  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46847414 gaggagaagagacaagggaggtgagtgaggagatagacaaatgaactagtacaatgatgttgtcaatacaaaataaaagtgaaaaatggtttctcgtatg 46847513  T
Q  105 acaagggtgaagcacaagcacaaacaaccacactcagaaaataagagtaattacgaagagtaattaaaattaaggtatatacagtccccgcaaaatatta 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  46847514 acaagggtgaagcacaagcacaaacaaccacactcagaaaataagagtaattacgaagagtaattaaaattggggtatatacagtccccgcaaaatatta 46847613  T
Q  205 taaaaataaaacctatatttttaattgaaattctattatatctaatcgggttggctgaatttcaaattactaacccaacatttgacctattgattataat 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  46847614 taaaaataaaacctatatttttaattgaaattctattatatctaatcgggttggctgaatttcaaattactaacccaacatttaacctattgattataag 46847713  T
Q  305 ttgtctttaaaaaagtgttaacggattaatacaggaa-gaggatgcaaaaacttataactcgttgataatataatagtaaaacaaacactaaattgtcta 403  Q
    ||| |   |||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46847714 ttgacaaaaaaaaagtgttaccggattaatacatgaaagaagatgcaacaacttataactcgttgataatataatagtaaaataaacactaaattgtcta 46847813  T
Q  404 ctaagtgcaactcaagtggttgaatttatatattttgttgagttgaagaaagaggtctagagttcaatcacaaaactannnnnnnnnnngaagaggccaa 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||    
T  46847814 ctaagtgcaactcaagtggttgaatttatacattttgttgagttgaagaaagaggtctagagttcaatcacaaaactaattttctttt-gaagaggccaa 46847912  T
Q  504 tcacaaactaattaataacatatctattataaaaactaacaattaacatccacaattgaagaagaagaatgcagaacagaaaactcaaatcctactgtca 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46847913 tcacaaactaattaataacatatctattataaaaactaacaattaacatccacaattgaag---aagaatgcagaacagaaaactcaaatcctactgtca 46848009  T
Q  604 cgttgccaccacaaaaacgaagtccaatttgttgatcatattttagatctcttttccttatgatgtgtctaaatggttcaatagaataaacaaactcttt 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46848010 cgttgccaccacaaaaacgaagtccaatttgttgatcatattttagatctcttttccttatgatgtgtctaaatggttcaatagaataaaaaaactcttt 46848109  T
Q  704 tcttgccttctccaaatcataacaaggtagctcccacattgtttcttcataagaagaagatgaataagaaaaagagtgtttaccaacttttgtcttttca 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46848110 tcttgccttctccaaatcataacaaggtagctcccacattgtttcttcataagaagaagatgaataagaaaaagagtgtttaccaacttttgtcttttca 46848209  T
Q  804 cccacaagaggcataggatcaaaccaaaatgactcttttttgaacaaatttgaatcataagtttcacaagtatcaacatcataaattaatatgttcagtg 903  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46848210 cccacaagaggcataggatcaaaccaaaatgactcttttttggacaaatttgaatcataagtttcacaagtatcaacatcataaattaatatgttcagtg 46848309  T
Q  904 gaatccatgattccaaagctttacgactactttcattcatatattcaagaacatattcttcaaaatccttag 975  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46848310 gaatccatgattccaaagctttacgactactttcattcatatattcaagaacatattcttcaaaatccttag 46848381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University