View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13244_low_1 (Length: 966)

Name: NF13244_low_1
Description: NF13244
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13244_low_1
NF13244_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (32-949)||(55336544-55337457)
chr4 (570-870)||(55331185-55331485)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 830; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 830; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 949
Target Start/End: Complemental strand, 55337457 - 55336544
Alignment:
Q  32 taatttcacatgacatgaactcattagcttcattttttaatactaaaaacatgttattttattgtgtgtatacaaatattcctacatttggtccataggt 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55337457 taatttcacatgacatgaactcattagcttcattttttaatactaaaaacatgttattttattgtgtgtatacaaatattcctacatttggtccataggt 55337358  T
Q  132 atctaagaacctatttgtttaatacctcccataactctt-gtcttaaaaaattgaataaaactataacattacaagttgcactcatcctccctgtcacaa 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55337357 atctaagaacctatttgtttaatacctcccataactctttgtactaaaaaattgaataaaactataacattacaagttgcactcatcctccctgtcacaa 55337258  T
Q  231 tagtatagtatatatataaacctttcctcactaacactaaacacaaagcaaaacataattaacatacgtacaatcatttcattttcatggcttccatgca 330  Q
    |||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55337257 tagtata-----tatataaacctttcctcactaacactaaacacaaatcaaaacataattaacatacgtacaatcatttcattttcatggcttccatgca 55337163  T
Q  331 cacctcaacttcttctttttctttcttgtcttcaaaaagaggaaatgtgaatgcctcaatccatttcccaagacccaattctttacttcctaagaatagg 430  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55337162 cacctcaacttcttctttttctttcttgtcttcaaaaagaggtaatgtgaatgcctcaatccatttcccaagacccaattctttacttcctaagaatagg 55337063  T
Q  431 atacccactgcaaagctggttgaagggttaaccttcaaagactcagttccttcattattgcttgnnnnnnntgtcatcaataggacacataatttacacc 530  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55337062 atacccactgcaaagctggttgaagggttaaccttcaaagactcagttccttcattattgcttgaaaaaaatgtcatcaataggacacataatttacacc 55336963  T
Q  531 atgatttatccaattctacaatcaataactccaacaccgtgcaactctatgctatcttagattctgtatctgacagaattgaaatgcacaaaaacatctg 630  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  55336962 atgatttatccaattcttcaatcaataactccaacaccgtgcaactctatgctatcttagattctgtatctgacagaattgaaatgcacaaaaacatcgg 55336863  T
Q  631 cgaacagcgtcaaaattggaacaacctacttctaaacaacattaacatgattacactcactgctacaacattaactggtattgcagccgcaactggtgct 730  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  55336862 cgaacagcgtcaaaattggaacaacctacttctaaacaacattaacatgattacactcactgctacaacattaacttgtattgcagccgcaactggtgct 55336763  T
Q  731 gatggtgcacaactgttggctctgaaactatcatccactcttctgttttcagcagcaacttgtatgttgcttatcatgaacaagattcagccttcgcagc 830  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55336762 gatggtgcacaactgttggctctgaaactatcatccactcttctgttttcagcagcaactggtatgttgcttatcatgaacaagattcagccttcgcagc 55336663  T
Q  831 tcgctgaggaacagcgcagtgctacaagattgttcaaacaactatggactcaaatccaaaccaaaatcaatcttggtaatcttattacggaggaagatgt 930  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  55336662 tcgctgaggaacagcgcaatgctacaagattgttcaaacaactatggactcaaatccaaaccaaaatcaatcttggtaatcttattactgaggaagatgt 55336563  T
Q  931 ggaatcttcattggagaaa 949  Q
    |||||||||||||||||||    
T  55336562 ggaatcttcattggagaaa 55336544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 570 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 55331485 - 55331185
Alignment:
Q  570 tgcaactctatgctatcttagattctgtatctgacagaattgaaatgcacaaaaacatctgcgaacagcgtcaaaattggaacaacctacttctaaacaa 669  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| || || ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  55331485 tgcaactctatgcaattttagattctgtatccgacagaatcgaaatgcacaacaacctcagccaacagcgacagaattggaacaacctacttctaaacaa 55331386  T
Q  670 cattaacatgattacactcactgctacaacattaactggtattgcagccgcaactggtgctgatggtgcacaactgttggctctgaaactatcatccact 769  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||  || |||| |||||||  |||  | | ||| |||||||| ||||||||||||||     
T  55331385 catcaacatgatcacacttactgctacaacattaaccggtgttgtggctgcaagtggtgctattggcaccccacttttggctcttaaactatcatccaca 55331286  T
Q  770 cttctgttttcagcagcaacttgtatgttgcttatcatgaacaagattcagccttcgcagctcgctgaggaacagcgcagtgctacaagattgttcaaac 869  Q
    ||| | ||||| ||||| ||  ||||  | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||  | |  ||||||||||| |||||||    
T  55331285 cttttattttctgcagctacaagtatacttcttattatgaacaaaattcagccttcgcaactcgcggaagaacaaagaaacgctacaagattattcaaac 55331186  T
Q  870 a 870  Q
    |    
T  55331185 a 55331185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University