View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13245_high_23 (Length: 364)

Name: NF13245_high_23
Description: NF13245
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13245_high_23
NF13245_high_23
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-347)||(2748688-2749034)
chr3 (2-347)||(2855910-2856258)
chr3 (2-347)||(5412597-5412924)
chr3 (15-347)||(2797051-2797386)
chr3 (2-347)||(2768759-2769107)
chr3 (1-347)||(2758904-2759253)
chr3 (17-343)||(2806955-2807290)
chr3 (15-347)||(2790048-2790392)
chr3 (2-347)||(2838700-2839048)
chr3 (1-347)||(2818247-2818596)
chr3 (299-347)||(2755734-2755782)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (10-343)||(6260-6596)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 2749034 - 2748688
Alignment:
1 gttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctat 100  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
2749034 gttcttcttttgggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctctcctat 2748935  T
101 gctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2748934 gctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatt 2748835  T
201 tcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagcc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
2748834 tcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccgcatctaggaggattggccctatgcattagcc 2748735  T
301 gaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2748734 gaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2748688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 2 - 347
Target Start/End: Original strand, 2855910 - 2856258
Alignment:
2 ttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatg 101  Q
    |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||    
2855910 ttcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctccactg 2856009  T
102 ctaatgct---gcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaa 198  Q
    |   | ||   |||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||    
2856010 cggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaa 2856109  T
199 tttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattag 298  Q
    | || ||||| || | |||| |||||||||||||||||||| | |||| || ||||  |||||||||||||| || | ||||||||| |||||| || |     
2856110 tctctgatgcaattttatgatggggaatcaaagttttgattcggcttgtaaccttgttgactaaagatccacgtccatgaggattggccctatgtatcaa 2856209  T
299 ccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2856210 ccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2856258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 5412924 - 5412597
Alignment:
2 ttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| || || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||   ||    
5412924 ttcttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcgaggatctcgccatcttccattttctgtctctctactg 5412825  T
102 ctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaattt 201  Q
    ||  |||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
5412824 ctgttgctgcttgaa------------------atttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatct 5412743  T
202 cagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccg 301  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||||| |||||||||||  |||| | ||||||||  |||||||||||||||    
5412742 cagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgatcaagcttgcaatcttgcagactaaagatctgcatccaagaggattgaccctatgcattagccg 5412643  T
302 aaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 347  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5412642 atggtattcgtcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 5412597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 15 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 2797386 - 2797051
Alignment:
15 ccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttc--tctctctccta-tgctaatgctgc 111  Q
    ||||||| ||| |||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||  ||||||| ||  || |  ||||||    
2797386 ccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacaccatcttctattatccgtctctctactgctgttgttgctgc 2797287  T
112 ttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctat 211  Q
    |||| | |||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| |||||||||||    
2797286 ttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgttcttaatctcagatgctat 2797187  T
212 atgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccgaaggtattca 311  Q
     || ||| ||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||| || ||||||||| ||| |||||||||||    
2797186 ctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttgcagactaaagatccgcatcccggaggataggccctatgcatcagctgaaggtattca 2797087  T
312 tcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2797086 tcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2797051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 2769107 - 2768759
Alignment:
2 ttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcc--ta 99  Q
    ||||||| |||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||  ||    
2769107 ttcttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagggaagacatccgaggatcacgccatcttccactttctgactctccacta 2769008  T
100 -tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaa 198  Q
     || |  ||||| |||| | |||| |||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
2769007 ctgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaa 2768908  T
199 tttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattag 298  Q
    | ||  |||| || | |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||  || ||||||||| | ||| ||| |||||| ||||||  | |     
2768907 tctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgattaggcttgcaatcttgaagattaaagatccgcgtctgggacgattggccctatgggtcaa 2768808  T
299 ccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2768807 ccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2768759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 2759253 - 2758904
Alignment:
1 gttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcc--t 98  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  |    
2759253 gttcttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctttctcttcggt 2759154  T
99 a-tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctga 197  Q
    | || |  ||||| |||| | |||| |||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||  |  || ||||| |||    
2759153 agtgttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcacgcttctttccttgattccgtgaattgtcagcttgatgtcttga 2759054  T
198 atttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcatta 297  Q
    || || ||||| || |  |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||  || || |||||| |  | ||||||||||| | |||| || |    
2759053 atctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattgggcttgtaatcttgttgaatacagatccgctaccaggaggattggccgtatggatca 2758954  T
298 gccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 347  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||    
2758953 gccgaaggtattcgtcaattatatcttcaatgcgaaacgatgcttctctc 2758904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 17 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 2807290 - 2806955
Alignment:
17 ttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaa 116  Q
    ||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||  ||| ||||||     
2807290 ttcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctctagtgctgttgcggcttgat 2807191  T
117 gttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgat 216  Q
    | |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |  ||||||||  | || | ||||||||||||||    
2807190 gatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgattccgcgaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgat 2807091  T
217 gacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatcca---catctaggagga------ttggtcctatgcattagccgaaggta 307  Q
    |||||||||||||||||||||   | ||||||||||||  || | ||||||||   |||| |||||||      || | | ||||||| |||||| ||||    
2807090 gacggggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaagatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggta 2806991  T
308 ttcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttc 343  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
2806990 ttcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttc 2806955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 15 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 2790392 - 2790048
Alignment:
15 ccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttc--tctctctccta-tgctaatgctgc 111  Q
    ||||||| ||| |||| | | ||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| ||||| ||| ||| ||  ||||||| ||  || |  ||||||    
2790392 ccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctctactgctgttgctgctgc 2790293  T
112 ttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctat 211  Q
    |||| | |||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  | ||| |||||||||||    
2790292 ttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgctat 2790193  T
212 atgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagat---ccacatctaggaggattg------gtcctatgcattagccga 302  Q
     |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||   |  |||| || |||||||      | ||||||||| ||||||    
2790192 ctgatgatggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttgcagaataaagattgacggcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccga 2790093  T
303 aggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 347  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
2790092 aggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2790048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 347
Target Start/End: Original strand, 2838700 - 2839048
Alignment:
2 ttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctccta-- 99  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||  ||||||        
2838700 ttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccagga 2838799  T
100 ----tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcct 195  Q
        || |  |||||||||| | |||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || |||  |  || ||||| |    
2838800 ctgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtctt 2838899  T
196 gaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcat 295  Q
    |||| || ||||| || |  ||||||||||||||||||||||||  ||||| | || |||    ||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||    
2838900 gaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttggagtcatgca---taaagatctgcatccaggaggattggccctatgcat 2838996  T
296 tagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 347  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2838997 tagtcgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2839048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 2818596 - 2818247
Alignment:
1 gttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctat 100  Q
    |||||||| | || ||||||| ||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | |||  ||||||       
2818596 gttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttcttcaatgaaaagagaagacagtcgaggatcacgccatcctcctgtgtctgactctccaca 2818497  T
101 gctaatgct---gcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctga 197  Q
     |   ||||   ||  || | |||| |||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||    
2818496 tccgttgctttggcacgaggatccttgttcatgcgaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctga 2818397  T
198 atttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcatta 297  Q
    || || ||||| || | || ||||||| ||||||| || |||   |||| ||||||||  || |||||||  ||||  |||| |||||||||||| || |    
2818396 atctctgatgcaatttcataacggggagtcaaagtcttcattaatcttggaatcttgcataccaaagatctgcatcctggagaattggtcctatggatca 2818297  T
298 gccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 347  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
2818296 aaagaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcatctctc 2818247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 299 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 2755782 - 2755734
Alignment:
299 ccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2755782 ccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2755734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 143; Significance: 5e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 10 - 343
Target Start/End: Original strand, 6260 - 6596
Alignment:
10 ttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgct 109  Q
    |||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||  ||||    
6260 ttgggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatcgaggatcacgccatcttccattttctgcctctcctgtgctgctgct 6359  T
110 g---cttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagat 206  Q
    |   ||||| | |||  |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  || ||||||||||| ||||||    
6360 gacacttgatgatccaggttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcacttctgtccttgattccacgaattgacagctttatgtcctgaatctcagat 6459  T
207 gctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccgaaggt 306  Q
    ||||| |||||  | | |||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||| ||||| |||| |||||| |||| |||||| || ||||||||||    
6460 gctatctgatgctgagaaatcaaagttttgattaggcttacaatcttgcagactaatgatccgcatccaggagggttggccctatggatcagccgaaggt 6559  T
307 attcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttc 343  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
6560 attcatcaataacatcttcaatgcgaaatgatgcttc 6596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University