View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13246_low_7 (Length: 332)

Name: NF13246_low_7
Description: NF13246
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13246_low_7
NF13246_low_7
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (5-331)||(23596208-23596534)
chr4 (12-328)||(23587363-23587679)
chr4 (174-323)||(54396650-54396799)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (5-329)||(8017036-8017360)
chr7 (94-322)||(39985874-39986102)
chr7 (171-313)||(8102904-8103046)
chr7 (174-318)||(10494166-10494310)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (90-313)||(17716401-17716624)
chr2 (90-313)||(17717662-17717885)
chr2 (172-318)||(12234921-12235067)
chr2 (222-313)||(17666529-17666620)
chr2 (258-308)||(5445627-5445677)
chr2 (174-318)||(16657309-16657453)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (174-318)||(4678350-4678494)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (141-320)||(11133224-11133403)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (231-307)||(42324553-42324629)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 5 - 331
Target Start/End: Original strand, 23596208 - 23596534
Alignment:
Q  5 gagtgagatgaaattgtggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaggcagaggagaagcaattttctgct 104  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23596208 gagtgacatgaaattgtggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaggcagaggagaagcaattttctgct 23596307  T
Q  105 gaagagatatcttccatggttcttatgaagatgaaggagatcgcagaggcttaccttggtacaacaattaagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatact 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23596308 gaagagatatcttccatggttcttatgaagatgaaggagatcgcagaggcttaccttggtacaacaattaagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatact 23596407  T
Q  205 tcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcctactgctgccgctattgctta 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23596408 tcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgctggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcccactgctgccgctattgctta 23596507  T
Q  305 tggtcttgataagaaagctacaagtac 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  23596508 tggtcttgataagaaagctacaagtac 23596534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 12 - 328
Target Start/End: Original strand, 23587363 - 23587679
Alignment:
Q  12 atgaaattgtggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaggcagaggagaagcaattttctgctgaagaga 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||    
T  23587363 atgaaattgtggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaagcggaagagaagcaattttccgctgaagaga 23587462  T
Q  112 tatcttccatggttcttatgaagatgaaggagatcgcagaggcttaccttggtacaacaattaagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatacttcaacga 211  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  23587463 tatcttctatggttcttatgaaaatgaaggagattgcagaggcttatcttggtacaacgattaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacga 23587562  T
Q  212 ttcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcctactgctgccgctattgcttatggtctt 311  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  23587563 ttcacaacgtcaagctacaaaagatgccggtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctaccgctgctgctattgcttatggtctt 23587662  T
Q  312 gataagaaagctacaag 328  Q
    |||||||||||||||||    
T  23587663 gataagaaagctacaag 23587679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 174 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 54396799 - 54396650
Alignment:
Q  174 aagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatacttcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaatta 273  Q
    |||||||| ||||| || || ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||  ||||| ||  | |||||| |||| ||||    
T  54396799 aagaatgctgttgttactgttcctgcttatttcaatgattctcaacgtcaagctacgaaagatgctggtgctatttcgggtttgaatgtgttgaggatta 54396700  T
Q  274 ttaacgagcctactgctgccgctattgcttatggtcttgataagaaagct 323  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||    
T  54396699 ttaatgagcctactgctgctgcaattgcttatggtttggataagaaagct 54396650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Original strand, 8017036 - 8017360
Alignment:
Q  5 gagtgagatgaaattgtggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaggcagaggagaagcaattttctgct 104  Q
    |||||| ||||| |||||||| || ||||| ||| |||| |||| ||| || |||||||| |  || ||||||||||  ||||| ||||||||| |||||    
T  8017036 gagtgacatgaagttgtggccttttaaggttattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactacaagggtgaggacaagcaatttgctgct 8017135  T
Q  105 gaagagatatcttccatggttcttatgaagatgaaggagatcgcagaggcttaccttggtacaacaattaagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatact 204  Q
    || || || || || ||||| || || ||||||   ||||| || || |||||||| ||| ||||  | |||||||||||||| || || || || ||||    
T  8017136 gaggaaatttcgtctatggtactcataaagatgcgtgagattgctgaagcttacctcggttcaactgtgaagaatgccgttgttacagttccagcttact 8017235  T
Q  205 tcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcctactgctgccgctattgctta 304  Q
    |||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||    
T  8017236 tcaatgattcgcagcgtcaagccacaaaggatgccggtgtcattgcaggactcaatgttttgagaattatcaacgagccaacagctgcagctattgcgta 8017335  T
Q  305 tggtcttgataagaaagctacaagt 329  Q
     || ||||| || || |||||||||    
T  8017336 cggacttgacaaaaaggctacaagt 8017360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 94 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 39986102 - 39985874
Alignment:
Q  94 aattttctgctgaagagatatcttccatggttcttatgaagatgaaggagatcgcagaggcttaccttggtacaacaattaagaatgccgttgtaaccgt 193  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||   ||||| || || || ||||||||| |  | ||||||||||| ||||| || ||    
T  39986102 aatttgctgccgaagagatctcttccatggtgctaatgaagatgcgtgagattgccgaagcgtaccttggttctgccattaagaatgctgttgttactgt 39986003  T
Q  194 gcctgcatacttcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcctactgctgcc 293  Q
     ||||| ||||| || || || || ||||||||||| |||||||| || || ||| | || || ||||| ||| ||||||| || ||||| ||||||||     
T  39986002 ccctgcttactttaatgactcccagcgtcaagctaccaaggatgctggagttattgccggtcttaatgtcatgcgaattatcaatgagcccactgctgct 39985903  T
Q  294 gctattgcttatggtcttgataagaaagc 322  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  39985902 gccattgcttatggtcttgacaagaaagc 39985874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 171 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 8103046 - 8102904
Alignment:
Q  171 attaagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatacttcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaa 270  Q
    |||||||||||||| || || || ||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| ||  ||||  | |||||  ||||||    
T  8103046 attaagaatgccgtcgtcactgtccctgcttacttcaatgattctcagcgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttaaatgttttgagaa 8102947  T
Q  271 ttattaacgagcctactgctgccgctattgcttatggtcttga 313  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  8102946 ttattaatgagccaactgctgctgctattgcctacggtcttga 8102904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 174 - 318
Target Start/End: Original strand, 10494166 - 10494310
Alignment:
Q  174 aagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatacttcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaatta 273  Q
    |||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||  | |||||||  ||||| ||||  ||| |||| || ||||| ||  | || |    
T  10494166 aagaatgctgttgttactgtgccggcttacttcaacgattctcaacgaaaggctactattgatgctggtgctattgctggccttaatgtcattcggataa 10494265  T
Q  274 ttaacgagcctactgctgccgctattgcttatggtcttgataaga 318  Q
    | || || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  10494266 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgacaaga 10494310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 90 - 313
Target Start/End: Original strand, 17716401 - 17716624
Alignment:
Q  90 aagcaattttctgctgaagagatatcttccatggttcttatgaagatgaaggagatcgcagaggcttaccttggtacaacaattaagaatgccgttgtaa 189  Q
    ||||||||| | || |||||||| ||||||||||| || | |||||||   ||| | || ||||| ||||||||  |  | ||||||||||||||||| |    
T  17716401 aagcaatttgccgcagaagagatctcttccatggtactcacgaagatgcgtgaggttgctgaggcctaccttggctctgccattaagaatgccgttgtta 17716500  T
Q  190 ccgtgcctgcatacttcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcctactgc 289  Q
    | || ||||| ||||| ||   ||| ||  | |||||||||||| |||| ||||  ||| |||| || ||| | |||||||||||||| ||||| |||||    
T  17716501 ctgtccctgcttactttaatttttctcagagacaagctactaagcatgctggtgctattgctggtcttaatttcatgagaattattaatgagcccactgc 17716600  T
Q  290 tgccgctattgcttatggtcttga 313  Q
    ||| || |||||||||||| ||||    
T  17716601 tgcagccattgcttatggttttga 17716624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 313
Target Start/End: Original strand, 17717662 - 17717885
Alignment:
Q  90 aagcaattttctgctgaagagatatcttccatggttcttatgaagatgaaggagatcgcagaggcttaccttggtacaacaattaagaatgccgttgtaa 189  Q
    ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||   |||||||   ||||| |||||||| ||| ||||| | || |||| |||||||||||| |    
T  17717662 aagcaatttgctgcagaagagatctcttccatggtactctggaagatgcgtgagattgcagaggcctactttggttctaccattaggaatgccgttgtta 17717761  T
Q  190 ccgtgcctgcatacttcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcctactgc 289  Q
    | || ||||| ||||| || ||||| ||    |||| |||||||||||||| | |  || |||| || ||||| |||  ||||||  | ||||| |||||    
T  17717762 ctgtccctgcttactttaatgattctcagatacaagttactaaggatgccgctctttttgctggtcttaatgtcatggaaattatcgatgagcccactgc 17717861  T
Q  290 tgccgctattgcttatggtcttga 313  Q
    ||| || |||||||||||| ||||    
T  17717862 tgcagccattgcttatggttttga 17717885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 172 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 12235067 - 12234921
Alignment:
Q  172 ttaagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatacttcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaat 271  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||  |||| ||||  ||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||  |    
T  12235067 ttaagaatgcagttgttaccgtgcctgcttatttcaatgattctcaacgaaaagcaactatagatgctggtgtcattgctggcctcaatgttatgagggt 12234968  T
Q  272 tattaacgagcctactgctgccgctattgcttatggtcttgataaga 318  Q
     || ||||| || |  || |||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  12234967 aatgaacgaacccatggcagccgctgttgcatatggtcttgacaaga 12234921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 222 - 313
Target Start/End: Original strand, 17666529 - 17666620
Alignment:
Q  222 caagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcctactgctgccgctattgcttatggtcttga 313  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||  || ||||||| || ||||| ||| |||| || |||||||||||| ||||    
T  17666529 caagctactaaggatgccggtcttatttctggtcttaatgtcctgggaattatcaatgagcccactcctgcagccattgcttatggttttga 17666620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 258 - 308
Target Start/End: Original strand, 5445627 - 5445677
Alignment:
Q  258 aatgtgatgagaattattaacgagcctactgctgccgctattgcttatggt 308  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  5445627 aatgtgatgaggatcatcaacgagcctactgcagctgctattgcttatggt 5445677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 174 - 318
Target Start/End: Original strand, 16657309 - 16657453
Alignment:
Q  174 aagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatacttcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaatta 273  Q
    |||||||| ||||| || ||||| || |||||||| ||||| || ||  |||| || |  ||||| |||| |||  |||| || ||||| ||  ||||||    
T  16657309 aagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccatcgctggccttaatgtcattcgaatta 16657408  T
Q  274 ttaacgagcctactgctgccgctattgcttatggtcttgataaga 318  Q
    | || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||    
T  16657409 tcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtcttgacaaga 16657453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 174 - 318
Target Start/End: Original strand, 4678350 - 4678494
Alignment:
Q  174 aagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatacttcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaatta 273  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| |  ||||| |||| |||| ||||||| ||||| ||   ||| |    
T  4678350 aagaatgtcgttgttactgtgcctgcatacttcaatgattctcaacgaaaagctaccatagatgctggtgccattgctggacttaatgtcattcaaataa 4678449  T
Q  274 ttaacgagcctactgctgccgctattgcttatggtcttgataaga 318  Q
    | ||||| ||||||| ||| |||||||| |||||| |||| ||||    
T  4678450 tcaacgaacctactgttgcagctattgcatatggttttgacaaga 4678494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 11133403 - 11133224
Alignment:
Q  141 gagatcgcagaggcttaccttggtacaacaattaagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatacttcaacgattcacaacgtcaagctactaaggatgccg 240  Q
    ||||| ||||| | |||||||||  ||||| | ||| ||| |||| |||| || ||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||  ||||| |    
T  11133403 gagattgcagaagtttaccttggatcaacagtgaaggatgtcgttataactgttcctgcttactttaatgactcgcaacgccaagctactagagatgcag 11133304  T
Q  241 gtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcctactgctgccgctattgcttatggtcttgataagaaa 320  Q
    |||| ||| | || ||||| || ||| |||| || ||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| ||||||    
T  11133303 gtgttattgcaggtctcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaa 11133224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 231 - 307
Target Start/End: Original strand, 42324553 - 42324629
Alignment:
Q  231 aaggatgccggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcctactgctgccgctattgcttatgg 307  Q
    |||||||||||||||||| ||||  | ||||||   ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||    
T  42324553 aaggatgccggtgtcattgctggtttgaatgtggctagaatcattaacgaacctaccgctgctgccattgcttatgg 42324629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University