View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13250_high_1 (Length: 940)
Name: NF13250_high_1
Description: NF13250
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13250_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 42903226 - 42902655
Alignment:
| Q |
14 |
attatactttgttgatatacgagcgaattcataagtgtatgtttgtctaccaacaactttgttatccaaattgtttctgaactaggtgtttatagacaca |
113 |
Q |
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| T |
42903226 |
attatactttgttgatgtacgagcgaattcataagtgtatgcttgtctaccaacaactttgttatccaaattgtttatgaactaggtgtttatagacaca |
42903127 |
T |
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| Q |
114 |
aatatcatttcttatcaatacagtagtcaaattgttcaannnnnnnaatcgatgattgttgagaacatgttttagtgttccttgacaacattttgccact |
213 |
Q |
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| T |
42903126 |
aatatcatttcttaccaatacagtagtcaaaatgttcaatttttttaatcgatgattgttgagaacatgttttagtgttccttgacaacattttgccact |
42903027 |
T |
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| Q |
214 |
tcttttaagaactttatctggtggaatcaaaattgaacagcaaaacaccatataagaaatgccaacggttataactcttttaacattaccctttgcaagg |
313 |
Q |
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| T |
42903026 |
tcttttaagaactttatctggtggaatcaaaattgaacaacaaaacaccatataagaaatgccaacggttataagtcttttaacattaccctttgcaagg |
42902927 |
T |
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| Q |
314 |
agattgctaaacatcagtgagttgcctacaagctagatttgttcaaccattgacaatactatagcaaattagtagcacttaccgaacaaaacaaacttat |
413 |
Q |
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| T |
42902926 |
agaatgctaaatatcggtgagttgcctacaagcgagatttgttcaaccattgacaatactatagcaaatcaatagcacttaccgaacaaaacaaacttat |
42902827 |
T |
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| Q |
414 |
ggttgtgcaagaactgcatttgtgtttaacatgcaagaaaaaattaatataaagctacaaaaatatataatataatcaagcgtacctgagagtctgaata |
513 |
Q |
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| T |
42902826 |
ggttgtgcaataactgcatttgtttttaacatgcaagaaaaaattaatataaagctacaaaaatatataatataatcaagcgtacctgagagtctgaata |
42902727 |
T |
|
| Q |
514 |
caacacgcgggacaaatgatttgatcatggttgaccttaatttcgtcatctattgcgtcacaaacgattagt |
585 |
Q |
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|
| T |
42902726 |
caacacgcgggacaaatgatttgatcatggttggccttaatttcgtcatctattgcgtcacaaacgattagt |
42902655 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 582 - 922
Target Start/End: Complemental strand, 42902598 - 42902247
Alignment:
| Q |
582 |
tagtaattggattttcattgaaactataatgaagttatatgtttggttatgaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatatcctatgatccatgagtat |
681 |
Q |
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| T |
42902598 |
tagtaattggattttcattgaaattataatgaagttatatgtttggttatgaggttttttctttctttctttttttgcatatcctacgatccatgagtat |
42902499 |
T |
|
| Q |
682 |
acatatgtaatcaagtgtgattattgtagtttaaataaataattacttattttaaactcatttaattggtaatacttttagaataatggaatgtggttac |
781 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
42902498 |
acatatgtaatcaagtgtgattattgtagtttaaataaataattacttatgcaaaactcatttaattggtaatacttttagaataatggaatgtggttac |
42902399 |
T |
|
| Q |
782 |
ctcgagttttgtaattcattccaacaatacaatacaacgtatcaatcaatcatatactattgtattacataaactgttt-----------taaatggtga |
870 |
Q |
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| T |
42902398 |
ctcgagttttgtaattcattccaacaatacaatacaacgtatcaatcaatcatatactattgtattatataaactgttttgctctatccataaatggtga |
42902299 |
T |
|
| Q |
871 |
tatttagaagtgtgtattccactccaatattgacattaaaaaagttagatta |
922 |
Q |
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|
|
| T |
42902298 |
tatttagaagtgtgtattccactccaatattgacattaaaaaatttagatta |
42902247 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 42905763 - 42905500
Alignment:
| Q |
17 |
atactttgttgatatacgagcgaattcataagtgtatgtttgtctaccaacaactttgttatccaaattgtttctgaactaggtgtttatagacacaaat |
116 |
Q |
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| T |
42905763 |
atactttgttgatatgcgagcgaattcataagtgtatgcttgtctacccacaactttgttatccaaattgtttttgaactaggtgtttatggacacaaat |
42905664 |
T |
|
| Q |
117 |
atcatttcttatcaatacagtagtcaaattgttcaannnnnnnaatcgatgattgttgagaacatgttttagtgttccttgacaacattttgccacttct |
216 |
Q |
| |
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| T |
42905663 |
atcatttcttaccaatacagtagtcaaaatgttcaatttttttaatcgatgattgttgaaaacatgttttagtgttccttgacaacattttgccacttct |
42905564 |
T |
|
| Q |
217 |
tttaagaactttatctggtggaatcaaaattgaacagcaaaacaccatataagaaatgccaacg |
280 |
Q |
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| T |
42905563 |
tttgagaactttatctggtggaatcaaaattgaacatcaaaacaccatataaaaaatgccaacg |
42905500 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 291 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 42905459 - 42905208
Alignment:
| Q |
291 |
ttttaacattaccctttgcaaggagattgctaaacatcagtgagttgcctacaagctagatttgttcaaccattgacaatactatagcaaattagtagca |
390 |
Q |
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| T |
42905459 |
ttttaacattaccctttgcaaggagaatgcaaaacatcggtgagttgcctacaagttagatttgttcaaccattgactatattatagtaaatcagtagaa |
42905360 |
T |
|
| Q |
391 |
cttaccgaacaaaacaaacttatggttgtgcaagaactgcatttgtgtttaacatgcaagaaaaaattaatataaagctacaaaaatatataatataatc |
490 |
Q |
| |
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| T |
42905359 |
cttactgaacaaaacaaacttatggtcgtgcaataactgcatttgttttcaacatgcaagaaaaaattaatataaagctacaaaagtatataatataatc |
42905260 |
T |
|
| Q |
491 |
aagcgtacctgagagtctgaatacaacacgcgggacaaatgatttgatcatg |
542 |
Q |
| |
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| T |
42905259 |
aagcgtacctgagcgtctgagtacaacacacgggagaaatgatttgatcatg |
42905208 |
T |
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