View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13251_low_1 (Length: 790)

Name: NF13251_low_1
Description: NF13251
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13251_low_1
NF13251_low_1
[»] scaffold0339 (6 HSPs)
scaffold0339 (1-774)||(1833-2603)
scaffold0339 (19-253)||(17150-17397)
scaffold0339 (670-774)||(16503-16607)
scaffold0339 (386-556)||(16862-17030)
scaffold0339 (566-674)||(16770-16878)
scaffold0339 (251-306)||(17050-17104)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-774)||(47272608-47273378)
[»] scaffold1472 (5 HSPs)
scaffold1472 (19-253)||(866-1113)
scaffold1472 (670-774)||(219-323)
scaffold1472 (386-556)||(578-746)
scaffold1472 (566-674)||(486-594)
scaffold1472 (251-306)||(766-820)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (15-62)||(21084548-21084595)


Alignment Details
Target: scaffold0339 (Bit Score: 740; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: scaffold0339
Description:

Target: scaffold0339; HSP #1
Raw Score: 740; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 774
Target Start/End: Original strand, 1833 - 2603
Alignment:
Q  1 tacatccaaagctcaaacttcatgatccgtgaaaaatgagcttgctggtctttcctagataaagctgtgatgggactgcctcaagacaccaaaatttgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1833 tacatccaaagctcaaacttcatgatccgtgaaaaatgagcttgctggtctttcctagataaagctgtgatgggactgcctcaagacaccaaaatttgat 1932  T
Q  101 agaaaggaaaataatggaattctctatatgtaagatgaaataaaatttcttgtagcttcttcactcaatgttcaaatccctttaagtttaccaaccagcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1933 agaaaggaaaataatggaattctctatatgtaagatgaaataaaatttcctgtagcttc---actcaatgttcaaatccctttaagtttaccaaccagcc 2029  T
Q  201 ctgtcaaagaggtccacttctcaattgcagaggttgaagacacaaaggcaattaagagttagtgtgtgtgcttgaagaaatcttagagcctacattttga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2030 ctgtcaaagaggtccacttctcaattgcagaggctgaagacacaaaggcaattaagagttagtgtgtgtgcttgaagaaatcttagagcctacattttga 2129  T
Q  301 ggaagatatcacatatgacatatctatattcctagcctagaattttgttggaaaatgctactatgcacaaatatgtgcgcgcgtgcacacacttaagaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2130 ggaagatatcacatatgacatatctatattcctagcctagaattttgttggaaaatgctagtatgcacaaatatgtgcgcgcgtgcacacacttaagaaa 2229  T
Q  401 gtttacatgaggataatatatttgcaaggttacatatatacaattttttattgtgtttggatttcattttaaattggtttaaaaatacatttgagtcaat 500  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2230 gtttatatgaggataatatatttgcaaggttacatatatacaattttttattgtgtttggatttcattttaaattggtttaaaaatacatttgagtcaat 2329  T
Q  501 ttaacatcttctgttgatcattttgacaaatgtgattttaaataaactttgtagtttttgctccaaaataaactttgtagttgatatgtataattgattt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330 ttaacatcttctgttgatcattttgacaaatgtgattttaaataaactttgtagtttttgctccaaaataaactttgtagttgatatgtataattgattt 2429  T
Q  601 ggttgaaattgagtttcaaatgaaattattatttttgcatattttataaaaacaagagaaagcctaaatttgaatgtgtccacctcagacttctcttcag 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2430 ggttgaaattgagtttcaaatgaaattattatttttgcatattttatataaacaagagaaagcctaaatttgaatgtgtccacctcagacttctcttcag 2529  T
Q  701 gacttgaactcagctgttaagaagcagaccaaatagagattaaagagtgtgtttcaagtttcaacgacgatagt 774  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2530 gacttgaactcagctgttaagaagcagaccaaatagagattaaagagtgtgtttcaagtttcaacgacgatagt 2603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0339; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 17397 - 17150
Alignment:
Q  19 ttcatgatccgtgaaaaatgagcttgctggtctttc------ctagataaagctgtgatgggactgcctc-aagacaccaaaatttgat-----agaaag 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||      ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |     || |      
T  17397 ttcatgatccgtgaaaaatgagcttgttggtctttctctttcctaaataaagctgtgatgggactgcccccaagacaccaaaatttggtgagccagcaga 17298  T
Q  107 gaaaat-aatggaattctctatatgtaagatgaaataaaatttcttgtagcttcttcactcaatgttcaaatccctttaagtttaccaaccagccctgtc 205  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17297 gaaaattaatggaattctctatatctaagatgaaataaaatttcttgtagcttcttcactcaaggttcaaattcctttaagtttaccaaccagccctgtc 17198  T
Q  206 aaagaggtccacttctcaattgcagaggttgaagacacaaaggcaatt 253  Q
    || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  17197 aacgaggtccacttctcaattgcagatgctgaagacacaaaggcaatt 17150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0339; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 670 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 16607 - 16503
Alignment:
Q  670 ttgaatgtgtccacctcagacttctcttcaggacttgaactcagctgttaagaagcagaccaaatagagattaaagagtgtgtttcaagtttcaacgacg 769  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16607 ttgaatgtgtccacctcagacttctcttcaggacttgaactcagctgttaagaagcagaccaaatagagattaaagagtgtgtttcaagtttcaacgacg 16508  T
Q  770 atagt 774  Q
    |||||    
T  16507 atagt 16503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0339; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 386 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 17030 - 16862
Alignment:
Q  386 cacacacttaagaaagtttacatgaggataatatatttgcaaggttacatatatacaattttttattgtgtttggatttcattttaaattggtttaaaaa 485  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||||||||    
T  17030 cacacacttaagaaagttta--tgaggataatatatttgcatggttacatatagactattttttagtgtgtttggcattcattataaaatggtttaaaaa 16933  T
Q  486 tacatttgagtcaatttaacatcttctgttgatcattttgacaaatgtgattttaaataaactttgtagtt 556  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  16932 tacgtttgagtcaattcaacatcttctgttgagcattttgacacgtgtgattttaaataaacttggtagtt 16862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0339; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 566 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 16878 - 16770
Alignment:
Q  566 aaataaactttgtagttgatatgtataattgatttggttgaaattgagtttcaaatgaaattattatttttgcatattttataaaaacaagagaaagcct 665  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16878 aaataaacttggtagttgatatgtataattgatttggttgaaattgagtttcaaatgaaattattatttttgcatattttatataaacaagagaaagcct 16779  T
Q  666 aaatttgaa 674  Q
    |||||||||    
T  16778 aaatttgaa 16770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0339; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 17104 - 17050
Alignment:
Q  251 attaagagttagtgtgtgtgcttgaagaaatcttagagcctacattttgaggaaga 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  17104 attaagagttagtgtgtgtgcttgaagaaatctcagag-ctatattttgaggaaga 17050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 740; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 740; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 774
Target Start/End: Original strand, 47272608 - 47273378
Alignment:
Q  1 tacatccaaagctcaaacttcatgatccgtgaaaaatgagcttgctggtctttcctagataaagctgtgatgggactgcctcaagacaccaaaatttgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47272608 tacatccaaagctcaaacttcatgatccgtgaaaaatgagcttgctggtctttcctagataaagctgtgatgggactgcctcaagacaccaaaatttgat 47272707  T
Q  101 agaaaggaaaataatggaattctctatatgtaagatgaaataaaatttcttgtagcttcttcactcaatgttcaaatccctttaagtttaccaaccagcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47272708 agaaaggaaaataatggaattctctatatgtaagatgaaataaaatttcctgtagcttc---actcaatgttcaaatccctttaagtttaccaaccagcc 47272804  T
Q  201 ctgtcaaagaggtccacttctcaattgcagaggttgaagacacaaaggcaattaagagttagtgtgtgtgcttgaagaaatcttagagcctacattttga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47272805 ctgtcaaagaggtccacttctcaattgcagaggctgaagacacaaaggcaattaagagttagtgtgtgtgcttgaagaaatcttagagcctacattttga 47272904  T
Q  301 ggaagatatcacatatgacatatctatattcctagcctagaattttgttggaaaatgctactatgcacaaatatgtgcgcgcgtgcacacacttaagaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47272905 ggaagatatcacatatgacatatctatattcctagcctagaattttgttggaaaatgctagtatgcacaaatatgtgcgcgcgtgcacacacttaagaaa 47273004  T
Q  401 gtttacatgaggataatatatttgcaaggttacatatatacaattttttattgtgtttggatttcattttaaattggtttaaaaatacatttgagtcaat 500  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47273005 gtttatatgaggataatatatttgcaaggttacatatatacaattttttattgtgtttggatttcattttaaattggtttaaaaatacatttgagtcaat 47273104  T
Q  501 ttaacatcttctgttgatcattttgacaaatgtgattttaaataaactttgtagtttttgctccaaaataaactttgtagttgatatgtataattgattt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47273105 ttaacatcttctgttgatcattttgacaaatgtgattttaaataaactttgtagtttttgctccaaaataaactttgtagttgatatgtataattgattt 47273204  T
Q  601 ggttgaaattgagtttcaaatgaaattattatttttgcatattttataaaaacaagagaaagcctaaatttgaatgtgtccacctcagacttctcttcag 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47273205 ggttgaaattgagtttcaaatgaaattattatttttgcatattttatataaacaagagaaagcctaaatttgaatgtgtccacctcagacttctcttcag 47273304  T
Q  701 gacttgaactcagctgttaagaagcagaccaaatagagattaaagagtgtgtttcaagtttcaacgacgatagt 774  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47273305 gacttgaactcagctgttaagaagcagaccaaatagagattaaagagtgtgtttcaagtttcaacgacgatagt 47273378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1472 (Bit Score: 137; Significance: 4e-71; HSPs: 5)
Name: scaffold1472
Description:

Target: scaffold1472; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 1113 - 866
Alignment:
Q  19 ttcatgatccgtgaaaaatgagcttgctggtctttc------ctagataaagctgtgatgggactgcctc-aagacaccaaaatttgat-----agaaag 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||      ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |     || |      
T  1113 ttcatgatccgtgaaaaatgagcttgttggtctttctctttcctaaataaagctgtgatgggactgcccccaagacaccaaaatttggtgagccagcaga 1014  T
Q  107 gaaaat-aatggaattctctatatgtaagatgaaataaaatttcttgtagcttcttcactcaatgttcaaatccctttaagtttaccaaccagccctgtc 205  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1013 gaaaattaatggaattctctatatctaagatgaaataaaatttcttgtagcttcttcactcaaggttcaaattcctttaagtttaccaaccagccctgtc 914  T
Q  206 aaagaggtccacttctcaattgcagaggttgaagacacaaaggcaatt 253  Q
    || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  913 aacgaggtccacttctcaattgcagatgctgaagacacaaaggcaatt 866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1472; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 670 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 323 - 219
Alignment:
Q  670 ttgaatgtgtccacctcagacttctcttcaggacttgaactcagctgttaagaagcagaccaaatagagattaaagagtgtgtttcaagtttcaacgacg 769  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  323 ttgaatgtgtccacctcagacttctcttcaggacttgaactcagctgttaagaagcagaccaaatagagattaaagagtgtgtttcaagtttcaacgacg 224  T
Q  770 atagt 774  Q
    |||||    
T  223 atagt 219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1472; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 386 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 746 - 578
Alignment:
Q  386 cacacacttaagaaagtttacatgaggataatatatttgcaaggttacatatatacaattttttattgtgtttggatttcattttaaattggtttaaaaa 485  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||||||||    
T  746 cacacacttaagaaagttta--tgaggataatatatttgcatggttacatatagactattttttagtgtgtttggcattcattataaaatggtttaaaaa 649  T
Q  486 tacatttgagtcaatttaacatcttctgttgatcattttgacaaatgtgattttaaataaactttgtagtt 556  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  648 tacgtttgagtcaattcaacatcttctgttgagcattttgacacgtgtgattttaaataaacttggtagtt 578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1472; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 566 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 594 - 486
Alignment:
Q  566 aaataaactttgtagttgatatgtataattgatttggttgaaattgagtttcaaatgaaattattatttttgcatattttataaaaacaagagaaagcct 665  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  594 aaataaacttggtagttgatatgtataattgatttggttgaaattgagtttcaaatgaaattattatttttgcatattttatataaacaagagaaagcct 495  T
Q  666 aaatttgaa 674  Q
    |||||||||    
T  494 aaatttgaa 486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1472; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 820 - 766
Alignment:
Q  251 attaagagttagtgtgtgtgcttgaagaaatcttagagcctacattttgaggaaga 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  820 attaagagttagtgtgtgtgcttgaagaaatctcagag-ctatattttgaggaaga 766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 21084595 - 21084548
Alignment:
Q  15 aaacttcatgatccgtgaaaaatgagcttgctggtctttcctagataa 62  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  21084595 aaacttcatgagccatgaaaagtgagcttgttggtctttcctagataa 21084548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University