View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13252_low_1 (Length: 765)

Name: NF13252_low_1
Description: NF13252
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13252_low_1
NF13252_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-751)||(42686413-42687154)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 751
Target Start/End: Original strand, 42686413 - 42687154
Alignment:
Q  16 aaaataacacaaatgttttgagtacattattctattt-----gattctatatttactgtaacgcttggcaggtggaggatttgtggtgactcctgttaac 110  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42686413 aaaataacacagatgttttgagtacattattctatttgatttgattctatatttactgtaacgcttggcaggtggaggatttgtggtgactcctgttaac 42686512  T
Q  111 aaaggaactcagtcagttgtgagacatatgcttactattgactggaagttatggaaactatatttgggagcttcatctactagatccataaccattcgta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42686513 aaaggaactcagtcagttgtgagacatatgcttactattgactggaagttatggaaactatatttgggagcttcatctactagatccataaccattcgta 42686612  T
Q  211 tgctcgagcgaattgcaggtatctacctatctgttctaacaaaagtcttctctctgttgacatgtgacacaatttcacacttatctttaacggcattcgg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42686613 tgctcgagcgaattgcaggtatctacctatctgttctaacaaaagtcttctctctgttgacatgtgacacaatttcgcacttatctttaacggcattcgg 42686712  T
Q  311 tgttaacatgtgggatgtaactattagtaagtaactaatagtaaaagccccgtgcaagtaaatgtatagaacgttcttgcatgcaatctttactattact 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42686713 tgttaacatgtgggatgtaactattagtaagtaactaatagtaaaagccccgtgcaagtaaatgtatagaacgttcttgcatgcaatctttactattact 42686812  T
Q  411 tacttttcgatgaagttacttctatgtagtttactcgcataattttatacatatatgaatgtgatactatagatgagtttttacaatgatcctttcnnnn 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  42686813 tacttttcgatgaagttacttctatgtagtttactcgcataattttatacatatatgaatgtgatactatagatgagtttttacaatgatcctttctttt 42686912  T
Q  511 nnng-tagcactaagagagttgtatagaacaaaagtaggaaactactcagaacctattacaatgacaaaggatattgtattgcctgttactgttactgta 609  Q
       | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42686913 tttgttagcactaagagagttgtatagaacaaaagtaggaaactactcagaacctattacaatgacaaaggatattgtattgcctgttactgttactgta 42687012  T
Q  610 aagaaggatgttaagattgaagttgcaaatgagaataagagcaaaattgaggaacttgttgaggtgaaagatcaagtggacgacaaagaaattcccggtc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42687013 aagaaggatgttaagattgaagttgcaaatgagaataagagcaaaattgaggaacttgttgaggtgaaagatcaagtggacgacaaagaaattcccggtc 42687112  T
Q  710 gcatcagtttaatgggattaactgattctgatgagttctttg 751  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42687113 gcatcagtttaatgggattaactgattctgatgagttctttg 42687154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University