View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13254_high_7 (Length: 685)

Name: NF13254_high_7
Description: NF13254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13254_high_7
NF13254_high_7
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (19-684)||(15429145-15429811)
chr5 (19-594)||(15082933-15083505)
chr5 (19-493)||(15331261-15331735)
chr5 (386-667)||(15421638-15421918)
chr5 (19-505)||(16396741-16397227)
chr5 (106-529)||(15347050-15347473)
chr5 (18-430)||(15452986-15453398)
chr5 (21-529)||(16414042-16414550)
chr5 (39-515)||(16403323-16403799)
chr5 (102-511)||(15335698-15336104)
chr5 (39-505)||(15357343-15357809)
chr5 (21-443)||(17927726-17928148)
chr5 (476-517)||(29872302-29872343)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (39-534)||(8187145-8187640)
[»] scaffold0511 (1 HSPs)
scaffold0511 (21-164)||(9225-9368)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 684
Target Start/End: Original strand, 15429145 - 15429811
Alignment:
Q  19 aattgtttaaacaaaatgcttttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15429145 aattgtttaaacaaaatgcttttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcataggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctct 15429244  T
Q  119 tgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15429245 tgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggcgctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagaa 15429344  T
Q  219 aatgtcatgcctgcattgagattaagtt-acttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatcacagaata 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  15429345 aatgtcatgcctgcattgagattaagtttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatgaaagaata 15429444  T
Q  318 ggcaagcagctactaattcagctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaac 417  Q
     | |||||| ||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  15429445 agtaagcagttactaattcagctttggatggctaatgactttatttcttccaatgaaatgttggacgaggaagatatcgcgaatgatgtgtggaatgaaa 15429544  T
Q  418 tatattggagatccttttttcaagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatctcgctcagtcaat 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15429545 tatattggagatccttttttcaagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatctcgctcagtcaat 15429644  T
Q  518 ttcagaagaggtgtgtttctttacaaaaatcgatgacatgcctagtacattagaaagaatccgccatctctcatttgcagagaatattccagaaagtgca 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  15429645 ttcagaagaggtgtgtttctttacaaaaatcgatgacatgcctagtacattagaaagaatccgccatctctcatttgccgagaatattcctgaaagtgca 15429744  T
Q  618 gtttcaattttcatgcgtaacatcaaatcaccgaggacctgctacacaagttcctttgattctgctc 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  15429745 gtttcaattttcatgcgtaacatcaaatcaccgaggacctgctacacaagttcatttgattttgctc 15429811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 19 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 15083505 - 15082933
Alignment:
Q  19 aattgtttaaacaaaatgcttttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctct 118  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||   |||||  | |||| | |||||| | |||||||||| ||| ||| ||||||||||  |||||    
T  15083505 aattgtttaaacaaagagcttttggatcaaatgagg---aacggacaaagcttgcggtcatagtaaaggagatattaaagaagtgtgggggagcgcctct 15083409  T
Q  119 tgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagat 218  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  15083408 tgctgcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaacagaggaaaaagagtggcactatgtgaaggaaagcaaactatggagtttacaagatgaagat 15083309  T
Q  219 aatgtcatgcctgcattgagattaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatcacagaatag 318  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   | ||||     
T  15083308 tatgccatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgcttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgcaataataa 15083209  T
Q  319 gcaagcagctactaattcagctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaact 418  Q
    | |||||| | |||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| |    
T  15083208 ggaagcagtttctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaaatattggacgaagaagatatcgacaatgatgtgtggaatgaatt 15083109  T
Q  419 atattggagatccttttttcaagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatctcgctcagtcaatt 518  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  15083108 atattgtagatcattttttcaagatattgagacagatgtatttggcaaaattacaagtttcaagatgcacgatcttgttcacgatcttgctcaatcaatt 15083009  T
Q  519 tcagaagaggtgtgtttctttacaaaaatcgatgacatgcctagtacattagaaagaatccgccatctctcatttg 594  Q
    ||||| |||||||||| | |||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15083008 tcagatgaggtgtgttgcattacaagaaatgatgacatgcctagtacatttgaaagaatccgccatctctcatttg 15082933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 15331735 - 15331261
Alignment:
Q  19 aattgtttaaacaaaatgcttttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctct 118  Q
    ||||||||||||||   ||||||||  |||||||||||||||  || ||||| ||||| || || || |||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  15331735 aattgtttaaacaacgagcttttgggccaaatgaggtagaacaagatgagcttgtggtaatagggaaagagatactaaagaagtgtggcggagtacctct 15331636  T
Q  119 tgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagat 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  15331635 tgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaggtaaatgagtggcactatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagat 15331536  T
Q  219 aatgtcatgcctgcattgagattaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatcacagaatag 318  Q
     ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||  ||||||| | ||||||     
T  15331535 tatgtcatgcctaccttgagattaagttacttgaatttgccagtaaaattgagacaatgctttgccttctgtgctctatttatcaaagatgaaagaataa 15331436  T
Q  319 gcaagcagctactaattcagctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaact 418  Q
    | ||| || | |||||| |||||||||| |||||| | ||  |||| || |||  ||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||||||| |    
T  15331435 gtaagaagtttctaattgagctttggatggctaatggcttggtttcatctaatgaaatgttggacgaggaagatattggcaatggggtgtggaatgaatt 15331336  T
Q  419 atattggagatccttttttcaagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatct 493  Q
    ||| | |||||| ||||| |||||| |||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  15331335 atacttgagatcatttttccaagatattgagacagatatatttggcaaaattacaagtttcaagatgcatgatct 15331261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 386 - 667
Target Start/End: Original strand, 15421638 - 15421918
Alignment:
Q  386 ggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaactatattggagatccttttttcaagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatg 485  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15421638 ggaagatatcg-taatgaggtgtggaatgaactgtattggagatcattttttcaagattttgagagagatgtatttggtgaaattataagtttcaagatg 15421736  T
Q  486 cacgatcttgttcatgatctcgctcagtcaatttcagaagaggtgtgtttctttacaaaaatcgatgacatgcctagtacattagaaagaatccgccatc 585  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15421737 cacgatcttgttcatgatctcgctcggtcaatttcagaagaggtgtgttgcattatgaaaatcaatgacaggcctagtacattagaaagaatacgccatc 15421836  T
Q  586 tctcatttgcagagaatattccagaaagtgcagtttcaattttcatgcgtaacatcaaatcaccgaggacctgctacacaag 667  Q
    ||||| ||| |  ||||||||||| ||||  |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  15421837 tctcaattgaaatgaatattccagcaagtttagtttcaatttggatgcgtaacatcaaatcatcgaggaccttctacacaag 15421918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 16397227 - 16396741
Alignment:
Q  19 aattgtttaaacaaaatgcttttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctct 118  Q
    ||||||||||||||   || |||||| ||||||||||| |||   ||||||| ||| || | || ||||||||| ||| ||| ||||||||| | |||||    
T  16397227 aattgtttaaacaacgagcctttggaccaaatgaggtacaacaaaaagagcttgtgatcgtagggaaggagataataaagaagtgtgggggattccctct 16397128  T
Q  119 tgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagat 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |    
T  16397127 tgcagcaatagcactaggaagtctcttgcggtttaaaagagaagaaaaggaatggctatatgtcaaggaaagcaagctatggaatttacaaggtgaagct 16397028  T
Q  219 aatgtcatgcctgcattgagattaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatcacagaatag 318  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| | || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |  |||     
T  16397027 tatgtcatgcctgccttgagattaagttacttgcatttgccagtaaaattaaggcaatgcttttccttctgtgcattatttcccaaagatgaaattataa 16396928  T
Q  319 gcaagcagctactaattcagctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaact 418  Q
    ||||||||||  ||||| | ||||||| ||||||  | || ||||| ||||||  ||||||||| |  || || || | ||| || |||||||||||| |    
T  16396927 gcaagcagcttttaattgatctttggacagctaacggcttcatttcttccaatcaaatgttggaagcagatgacattggtaacgaggtgtggaatgaatt 16396828  T
Q  419 atattggagatccttttttcaagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatct 505  Q
    ||||||||| || |||||  || ||   ||||  |  | ||||||| |||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16396827 atattggaggtcatttttcgaaaatacagagaatgtgggatttggccaaattacaatattcaagatgcatgatcttgttcatgatct 16396741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 106 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 15347473 - 15347050
Alignment:
Q  106 ggggagtacctcttgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaattt 205  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||||| |||| |||||||| |||| |||| |||||||||| ||  ||||||||||    
T  15347473 ggggagtccctctcgcagcaaaagcactgggaagtttattgcggtttaaacgagaagaaaaggaatggcgctatgtcaaggaaagtaagctatggaattt 15347374  T
Q  206 acaagatgaagataatgtcatgcctgcattgagattaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaa 305  Q
    ||||| |||  ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||     
T  15347373 acaaggtgagaattctgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccggtaaaattgagacaatgttttgccttttgtgcactatttcccaag 15347274  T
Q  306 gatcacagaataggcaagcagctactaattcagctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatg 405  Q
    ||| | |  ||| |||| ||| |  ||||| |||||||||| |||||| |||||||| | |||||| |||||||||| |  |||||||| | |||||| |    
T  15347273 gatgaaattataagcaaacagtttgtaattgagctttggatggctaatggatttattccatccaatggaatgttggaagcagaagatattggtaatgaag 15347174  T
Q  406 tgtggaatgaactatattggagatccttttttcaagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatct 505  Q
      ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||  | ||| |||||  |||||  ||||| ||  ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  15347173 catggaatgaattatattgtagatcattttttcaagatactcagacagatgattttggacaaattgtatatttcacgatgcatgatcttgttcatgatct 15347074  T
Q  506 cgctcagtcaatttcagaagaggt 529  Q
     ||||| || ||  ||||||||||    
T  15347073 tgctcaatctatcacagaagaggt 15347050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 430
Target Start/End: Original strand, 15452986 - 15453398
Alignment:
Q  18 aaattgtttaaacaaaatgcttttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctc 117  Q
    |||||||||||||||   ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||| |||  || ||||| ||||| |||     
T  15452986 aaattgtttaaacaacgagcttttggaccaaatgaagtagaacaggaagagcttgtggtcataggcaaggagatagtaaataagtgtggaggagttcctt 15453085  T
Q  118 ttgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaaga 217  Q
    | |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | |||| ||||||||  ||| |    
T  15453086 tggcagcaattgcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtcaagaaaagcaaactttggagtttacaaggcgaaaa 15453185  T
Q  218 taatgtcatgcctgcattgagattaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatcacagaata 317  Q
    |  |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |  |||    
T  15453186 ttctgtcatgcctgccttgagattaagctacttcaatttgccaataaaattgagacaatgtttttccttctgtgcattatttcccaaaggtgaaactata 15453285  T
Q  318 ggcaagcagctactaattcagctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaac 417  Q
     ||||| || |  ||||| ||||||||||   |||| | |||||||| || |||  ||||||||| |  |||||| | | | |||| ||||| ||||||     
T  15453286 agcaagaagatgataattgagctttggatttgtaatggttttatttcttctaatcaaatgttggaagcagaagatgttggtcatgaggtgtgtaatgaat 15453385  T
Q  418 tatattggagatc 430  Q
    |||||||||||||    
T  15453386 tatattggagatc 15453398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 21 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 16414550 - 16414042
Alignment:
Q  21 ttgtttaaacaaaatgcttttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctcttg 120  Q
    ||||| |||||||  || |||||| ||||||| | |||||||||||| || |||||||| || || |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||    
T  16414550 ttgttgaaacaaagagcctttggaccaaatgatgaagaacgggaagaactcgtggtcatagggaaagagatagtaaagaaatgtaggggagtacctcttg 16414451  T
Q  121 cagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagataa 220  Q
    | ||||  ||| |||||||||||||||| || |||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||  ||||| ||||||||| |||  |       
T  16414450 ccgcaatggcattaggaagtctcttgcgtttcaaaagagaggaaatagagtggctcaatgtcaaggaaagcaagctatgggatttacaaggtgagaactg 16414351  T
Q  221 tgtcatgcctgcattgagattaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatcacagaataggc 320  Q
     ||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | | ||||  |    
T  16414350 cgtcatgcctgccttaaggttaagttacttgaatttaccagttaaattgagacaatgtttttccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaac 16414251  T
Q  321 aagcagctactaattcagctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaactat 420  Q
    ||| || |  | ||| | |||||||| || ||| | ||| |||| ||||||   |||||  |    |||||||| |  ||||| |||||||||||  |||    
T  16414250 aagaagtttttgattgacctttggatggcaaatggttttctttcatccaatgctatgttacaaacagaagatattggcaatgaggtgtggaatgagttat 16414151  T
Q  421 attggagatccttttttcaagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatctcgctcagtcaatttc 520  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||   |||| ||||||  |||||  ||  ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||| |    
T  16414150 attggagatcattttttcaagatattgagcatgatggatttggaaaaattcaaaaattcaaaatgcacgaccttgtacatgatcttgctcaatccattac 16414051  T
Q  521 agaagaggt 529  Q
    |||||||||    
T  16414050 agaagaggt 16414042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 39 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 16403799 - 16403323
Alignment:
Q  39 tttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctcttgcagcaaaagcactaggaa 138  Q
    |||||| ||||||||| ||||   ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||  || |||| | |||| |||||||| |||| |||||||||||    
T  16403799 tttggaccaaatgaggcagaagatgaaaagcttgtggtcataggaaaggagatactaaaaaagtgtgtgtgagtccctcttgcggcaatagcactaggaa 16403700  T
Q  139 gtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagataatgtcatgcctgcattgag 238  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| ||  |||||| |||| ||| ||||||| | |||| | |||| || |     
T  16403699 gtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggctctatgtgaaggaaagtaagctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaa 16403600  T
Q  239 attaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatcacagaataggcaagcagctactaattcag 338  Q
    | |||||||| | ||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |  ||  |||||||  |  | ||| ||    
T  16403599 actaagttacctcaatttgccagtaaaattgagacagtgtttttccttttgtgcattatttcccaaagatgaaattatgagcaagcacttcatgattgag 16403500  T
Q  339 ctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaactatattggagatccttttttc 438  Q
    |||||||| |||||| | || ||||| ||||||  ||||||||| |  |||| | | | |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  16403499 ctttggattgctaatggcttcatttcatccaatcaaatgttggatgcagaaggtgttggtaatgaggtgtggaatgaattatattggagatcatttttcc 16403400  T
Q  439 aagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatctcgctcagtca 515  Q
    |||||  ||||| ||||| ||||||  |||||| |   || |||||||| |||||||||||||| || ||| |||||    
T  16403399 aagatactgagacagatgaatttggtcaaattacatcatttaagatgcatgatcttgttcatgaacttgctgagtca 16403323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 102 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 15336104 - 15335698
Alignment:
Q  102 tgtgggggagtacctcttgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatgga 201  Q
    |||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  15336104 tgtgtgggagtgcctcttgcggcaatagcactaggaagtctcttgtgtttcaaaagagacgaaaatgagtggctctatgtcaaggaaagcaagctatgga 15336005  T
Q  202 atttacaagatgaagataatgtcatgcctgcattgagattaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcc 301  Q
     |||||||| |||  ||   ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| | |||||    
T  15336004 gtttacaaggtgataattcagtcatgcctgccttgagactaagttatttgaatttaccagtaaaattgagacagtgttttgccttgtgtgcactctttcc 15335905  T
Q  302 caaagatcacagaataggcaagcagctactaattcagctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaat 401  Q
    ||||||| |   |||| | || ||  | |||||  | || ||||| |||||| | |||||||| || |||  || |||||| || |  ||||| |  |||    
T  15335904 caaagataaactaataagaaaacactttctaatagaactctggatggctaatggctttatttcttcaaatgaaaagttggaagatggtgatattggcaat 15335805  T
Q  402 gatgtgtggaatgaactatattggagatccttttttcaagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatcttgttcatg 501  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||  ||||||  ||| |   |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  15335804 gaggtgtggaatgaattatattggagatcattttttcaagatattgagatagatcaatttgggaaaact---agtttcaaaatgcatgatcttgttcatg 15335708  T
Q  502 atctcgctca 511  Q
    |||| |||||    
T  15335707 atcttgctca 15335698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 39 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 15357809 - 15357343
Alignment:
Q  39 tttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctcttgcagcaaaagcactaggaa 138  Q
    |||||| |||||||||  ||||||   || || |||||||| || ||||||||| |||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  15357809 tttggaccaaatgaggatgaacggcccgatcttgtggtcatagggaaggagatagtaaaaaagtgtgggggagttcctcttgcggcaaaagcactaggaa 15357710  T
Q  139 gtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagataatgtcatgcctgcattgag 238  Q
    || |||| || |||||| |||| |||||||| |||| |||| |||||||||||||  |||||| |||||||| |||  ||   |||||| || | |||||    
T  15357709 gtttcttacgttttaaacgagaagaaaaggaatggcgctatgtcaaggaaagcaatctatggagtttacaaggtgagaattcagtcatgtcttccttgag 15357610  T
Q  239 attaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatcacagaataggcaagcagctactaattcag 338  Q
     |||||||||||||||||||| || ||| |||| || || |||||||| |||||| | ||| |||| ||||| |  ||| | |||||| |  | ||| ||    
T  15357609 gttaagttacttgaatttgccggtaaaattgaggcagtgctttgccttttgtgcacttttttccaaggatcaaattataagtaagcagtttttgattgag 15357510  T
Q  339 ctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaactatattggagatccttttttc 438  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| ||||||  |||  |||| |   |||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |    
T  15357509 ctttggatggctaatggatttatttcatccaatgaaatactggaagcacaagatatcggcaatgaggtgtggaatgaattatattgtagatcatttttcc 15357410  T
Q  439 aagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatct 505  Q
    |||||    ||| | ||| ||||||  ||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15357409 aagataccaagacaaatgaatttggaaaaattgtatctttcaagatgcatgatcttgttcatgatct 15357343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 21 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 17928148 - 17927726
Alignment:
Q  21 ttgtttaaacaaaatgcttttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctcttg 120  Q
    ||||||||||||   || |||||| ||||||||||||||| |  | |||| ||||  ||||| || ||||| |||| ||| ||| ||||||| |||||||    
T  17928148 ttgtttaaacaacgagcatttggaccaaatgaggtagaactgacaaagcttgtggcaattgggaaagagatcctaaagaagtgtaggggagtgcctcttg 17928049  T
Q  121 cagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagataa 220  Q
    |||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||| ||||||| |||||  | ||||  ||||||| |||  |       
T  17928048 cagcaataacattaggaagtctgttgcgctttaaaagagaagaaaaagaatggatctatgtcaaggacagcaagttgtggagcttacaaggtgagaactc 17927949  T
Q  221 tgtcatgcctgcattgagattaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatcacagaataggc 320  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||||| |||||||||| |||  ||||||| |||||| |   |||| |     
T  17927948 tgtcatgcaggccttgagattaagttacttgtacttgccggttaagttgagacaatgctttgccttctctgctatatttccaaaagatgaattaataagt 17927849  T
Q  321 aagcagctactaattcagctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaactat 420  Q
    |||||||| |||||| | |||||| | || ||| |||| ||||||||||||  ||  ||||| | ||||||||| | | |||| |||||||||||| |||    
T  17927848 aagcagcttctaattgaactttgggtggccaatggattcatttcgtccaatgaaagtttggaagcggaagatattggtgatgaggtgtggaatgaattat 17927749  T
Q  421 attggagatccttttttcaagat 443  Q
    ||||||| || ||||||||||||    
T  17927748 attggagttcattttttcaagat 17927726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 476 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 29872343 - 29872302
Alignment:
Q  476 tttcaagatgcacgatcttgttcatgatctcgctcagtcaat 517  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  29872343 tttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcaat 29872302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 9e-78; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 39 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 8187640 - 8187145
Alignment:
Q  39 tttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctcttgcagcaaaagcactaggaa 138  Q
    ||||||||| ||||||  ||||  | |||||| |||||||| || |||||||||  ||  || |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  8187640 tttggaacagatgaggatgaacatgcagagcttgtggtcatagggaaggagatagcaaaaaagtgtgggggtgtacctcttgcagcaatagcactaggaa 8187541  T
Q  139 gtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggctctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagataatgtcatgcctgcattgag 238  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||  |||||| |||||||| |||  |||  ||||||||||| |||||    
T  8187540 gtctcttgcgttttaaaagagaggaaaaggagtggctctatgtcttggaaagtaatctatggagtttacaaggtgagaatacagtcatgcctgccttgag 8187441  T
Q  239 attaagttacttgaatttgccagttaaactgagacaatgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatcacagaataggcaagcagctactaattcag 338  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||| |   ||||   |||||  | |||||| |     
T  8187440 attaagttacttgaatttgccaataaaattgagacaatgttttgccttttgtgcactttttccaaaagatgaattaataaaaaagcaattcctaattgat 8187341  T
Q  339 ctttggatagctaatagatttatttcgtccaatagaatgttggacgaggaagatatcgctaatgatgtgtggaatgaactatattggagatccttttttc 438  Q
    || ||||| |||||| | |||||||| ||||||  |||  | || |  || ||||| |  ||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  8187340 ctatggatggctaatggttttatttcatccaatgaaattctagaagctgaggatattggcaatgaggtatggaatgaattatattggagatcatttttcc 8187241  T
Q  439 aagattttgagagagatgtatttggcgaaattataagtttcaagatgcacgatcttgttcatgatctcgctcagtcaatttcagaagaggtgtgtt 534  Q
    ||||| ||  || ||||| ||||||  ||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||    
T  8187240 aagatattatgacagatgaatttggaaaaattatatatttcaagatgcatgatcttgtacatgatcttgctcaatctatatcagaagaggtttgtt 8187145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0511 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0511
Description:

Target: scaffold0511; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 9368 - 9225
Alignment:
Q  21 ttgtttaaacaaaatgcttttggaacaaatgaggtagaacgggaagagctagtggtcattggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctcttg 120  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||   | ||| || | |||||| ||||  || || |||||| || | || ||||||| |||    |||||||    
T  9368 ttgtttaaacaaaaagcttttgaaacaaatagagaagagcgtgcagagcttgtggcaataggcaaggagttagtgagaaaatgtgtgggttcgcctcttg 9269  T
Q  121 cagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaa 164  Q
    | || |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  9268 ccgccaaagtactaggaagtcttttgcgctttaaaagtgaggaa 9225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University