View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13254_low_1 (Length: 1288)

Name: NF13254_low_1
Description: NF13254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13254_low_1
NF13254_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-1288)||(43365261-43366536)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1193; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1193; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1288
Target Start/End: Original strand, 43365261 - 43366536
Alignment:
Q  13 aacctgtgtaatgcaattaaatgttattcaatcatatggcatcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaatt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365261 aacctgtgtaatgcaattaaatgttattcaatcatatggcatcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaatt 43365360  T
Q  113 ttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagcttccaattagggacctttaatgaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365361 ttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagcttccaattagggacctttaattaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacg 43365460  T
Q  213 accctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacgcactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365461 accctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacgcactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatg 43365560  T
Q  313 tcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaataattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtac 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365561 tcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaataattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtac 43365660  T
Q  413 aatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatgtgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365661 aatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatgtgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtc 43365760  T
Q  513 tttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaagagtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatct 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365761 tttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaagagtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatct 43365860  T
Q  613 gtattttttcaataccagaaatattgcatccacataacattatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaa 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365861 gtattttttcaataccagaaatattgcatccacataacattatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaa 43365960  T
Q  713 ttgagnnnnnnnagccgaacggcacatacaaaatctgtatatcaatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatactttt 812  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365961 ttgagtttttttagccgaacggcacatacaaaatctgtatatcgatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatactttt 43366060  T
Q  813 ttgcaaatgaccacggtcccactctatgaaataaagttatagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgca 912  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366061 ttgcaaatgaccagggtcccactctatgaaataaagttatagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgca 43366160  T
Q  913 attatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataaaacaatttggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctc 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366161 attatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataaaaaaaattggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctc 43366260  T
Q  1013 actgaactccttcctttatatttattt----gatcaaaaggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgtt 1108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366261 actgaactccttcctttatatttatttatttgatcaaaaggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgtt 43366360  T
Q  1109 ctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaataca 1208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366361 ctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaataca 43366460  T
Q  1209 ctcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaaggactagctagtattctaggatggagtttacttgcaaagttgacacc 1288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43366461 ctcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaaggactagg----agtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacacc 43366536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University