View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13254_low_2 (Length: 791)

Name: NF13254_low_2
Description: NF13254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13254_low_2
NF13254_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-779)||(45954251-45955012)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 734; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 734; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 779
Target Start/End: Original strand, 45954251 - 45955012
Alignment:
Q  18 gcatttatatttgaaatagacttttataatacatcagaaaaactattgctactgcttactgttctagattaggcagagcatccaatatgggctcaacttc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954251 gcatttatatttgaaatagacttttataatacatcagaaaaactattgctactgcttactgttcaagattaggcagagcatccaatatgggctcaacttc 45954350  T
Q  118 ttctgcctctcgtcctgtaacatatgccaaataaaatcattaaatttgaagagagatacatatcatgaaaaatcacaattcttaatatgaatagtaagaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954351 ttctgcctctcgtcctgtaacatatgccaaataaaatcattaaatttgaagagagatacatatcatgaaaaatcacaattcttaatatgaatagtaagaa 45954450  T
Q  218 atggtattcagcacagaaggtgtgagagttaagaatctaaataccattaatgtcataaacaacatcaaatccttctgctgagagactagattttacaaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954451 atggtattcagcacagaaggtgtgaaagttaagaatctaaataccattaatgtcataaacaacatcaaatccttctgctgagagactagattttacaaaa 45954550  T
Q  318 tcatagtctttcctgtctcctttcaaatgcaagatctatgaaataaaaataaattacattacattacaaaaatagtgaatgatccagctttgatgtttac 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  45954551 tcatagtctttcctgtctcctttcaaatgcaagatctatgaaataaaaataagttacattacattacaaaaatagtgaatgaaacagctttgatgtttac 45954650  T
Q  418 atttacaattagcataccttggaagaaaaatcagcaaagtcagtgtctgattcacctggcaattgttgagtgataggtgcttttcctcttgtaaataaag 517  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  45954651 atttacaattaacataccttggaagaaaaatcagcaaagtcagtgtctgattcacctggcaattgttgagtgataggtgcttttcctcttgtgaataaag 45954750  T
Q  518 ttacctaccaaatttacaagttattttcctaaaccttaattcaaaaatatattatttccggttagagtcaaataatgagtaataataaaatcatatatac 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954751 ttacctaccaaatttacaagttattttcctaaaccttaattcaaaaatatattatttccggttagagtcaaataatgagtaataataaaatcatatatac 45954850  T
Q  618 ctggtggccttctttgacaagttgccttgacaaaaacacaccaatgaatctagtacctcccattatgaggattttcttggtgcttgatgctgagacaatt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954851 ctggtggccttctttgacaagttgccttgacaaaaacacaccaatgaatctagtacctcccattatgaggattttcttggtgcttgatgctgagacaatt 45954950  T
Q  718 aaagaaccttttggctgccatgtttttcttttcaactgtaaccaaaattatttcgagagtat 779  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954951 aaagaaccttttggctgccatgtttttcttttcaactgtaaccaaaattatttcgagagtat 45955012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University