View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13256_high_1 (Length: 876)

Name: NF13256_high_1
Description: NF13256
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13256_high_1
NF13256_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (6-859)||(13247486-13248339)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (5-825)||(19307082-19307902)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (37-231)||(9824328-9824521)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (37-231)||(18447799-18447992)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (162-231)||(21228106-21228175)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 810; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 810; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 13248339 - 13247486
Alignment:
Q  6 tggagcagcacagacatagcaagaagtatcattctcatgatctttccaatagatcatgcaatctttagggcaagcatcaatcttttttataatccagccc 105  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248339 tggagcaccacaaacatagcaagaagtatcattctcatgatctttccaatagatcatgcaatctttagggcaagcatcaatcttttttataatccagccc 13248240  T
Q  106 caagtcctttatcatgcttttagttttattgaacgtatcaaggatgatcaaaaaatgcatagcttctctcaacaattctaagattgcattgaatgatgta 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13248239 caagtcctttatcatgcttttagttttattgaacgtatcagggatgatcaaaaaatgcatagcttctctcaacaattttaagattgcattgaatgatgta 13248140  T
Q  206 ttgctccaaccataaagacatttcaataaatatagccgaatgatgaacgaaaatttagagaattttttgcaacccggataaaactcttgtttggattctt 305  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248139 ttgctccaaccataaagacacttcaataaatatagccgaatgatgaacgaaaatttagagaattttttgcaacccggataaaactcttgtttggattctt 13248040  T
Q  306 gactatattatggaaattttttgcatcttcgttggggccttcattaactatgtattcttcttgtgcgacacctttgaatctttcatagaacaatccatca 405  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13248039 gactatattatggaacttttttgcatcttcgttggggccttcattaactttgtattcttcttgtgcgacacctctgaatctttcatagaacaatccatca 13247940  T
Q  406 atatcgtcaacttgatcattttcatcattcatatgattatcattaatatcattgagtttttgtatcttcacgccatgacgaacccaaacattatatcctt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13247939 atatcgtcaacttgatcattttcatcattcatatgattatcattaatatcattgagtttctgtatcttcacaccatgacgaacccaaacattatatcctt 13247840  T
Q  506 tttgaaatccaaatgctattaaatgatttcgtactacattccttgtaaatcatttgttgttgtaacatgtagcacaaggccaaaaaatctcttttccatg 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13247839 tttgaaatccaaatgctattaaatgatttcgtactacattccttgtaaatcatttgttgttgtaacatgtagcacaaggccaaaaaatctcttttccatg 13247740  T
Q  606 aggttttcctttggtgtatgcgtggtctagaaaataattaggaccattttcatactcttcactctctctagctgattttgtccattctttgtcgatcgga 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13247739 aggttttcctttggtgtatgcgtggtctagaaaataattaggaccattttcatactcttcactctctctagctgattttgtccattctttgtccatcgga 13247640  T
Q  706 ttttgaacaaactaccgtatatggaaactaatttcagagggttgttagtacatgtttcaatatgtgaaccgacataggattcctaatattacaatcggtt 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13247639 ttttgaacaaactaccgtatatggaaactaatttcagagggttgttagtacatgtttcaatatgtgaaccgacataggattcctaatattacaatcggtt 13247540  T
Q  806 ttggtttcagattggtggttttgtaaataagttcagattttattcggctttatt 859  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13247539 ttggtttcagattggtggttttgtaaataagttcagattttattcggctttatt 13247486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 19307902 - 19307082
Alignment:
Q  5 gtggagcagcacagacatagcaagaagtatcattctcatgatctttccaatagatcatgcaatctttagggcaagcatcaatcttttttataatccagcc 104  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  19307902 gtggagcaccacaaacatggcaagaagtatcattctcatgatctttccaatagatcatgcaatcattagggcaagcatcaatcttttt-ataatccatcc 19307804  T
Q  105 ccaagtcctttatcatgcttttagttttattgaacgtatcaaggatgatcaaaaaatgcatagcttctctcaacaattctaagattgcattgaatgatgt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  19307803 ccaagtcctttatcatgcttttagttttattgaacgtatcagggatgttcaaaaaaggcatagcttctctcaacaactctaagagtgcattgaatgatgt 19307704  T
Q  205 attgctccaaccataaagacatttcaataaatatagccgaatgatgaacgaaaatttagagaattttttgcaacccggataaaactcttgtttggattct 304  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  19307703 attgctccaaccataaagacacttaaataaatatagccgaatgatgaacgacaatttagagaatgttttgcaacccggatacaactcttgttgggattct 19307604  T
Q  305 t-gactatattatggaaattttttgcatcttcgttggggccttcattaactatgtattcttcttgtgcgacacctttgaatctttcatagaacaatccat 403  Q
    | || || |||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||    
T  19307603 tcgattagattataaaacttttttgcatcttcgttggggccttcattaactctgtattcttcttgtgcgacacctctgaatctttcagacaacagtccat 19307504  T
Q  404 caatatcgtcaacttgatcattttcatcattcatatgattatcattaatatcattgagtttttgtatcttcacgccatgacgaacccaaacattatatcc 503  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  19307503 caatatcgtcaacttgatcatttgcatcattcatatgattatcattaatatcattgggtttccgtatcttctcaccatgacgaacccaaacatcatatcc 19307404  T
Q  504 tttttgaaatccaaatgctattaaatgatttcgtactacattccttgtaaatcatttgttgttgtaacatgtagcacaaggccaaaaaatctcttttcca 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  19307403 tttttgaaatccaaatgctattaaatgatttcatactgcattccttgtaaaccatctgctgttgtaacatgtagcacaagggcacaaaatctcttttcca 19307304  T
Q  604 tgaggttttcctttggtgtatgcgtggtctagaaaataattaggaccattttcatactcttcactctctctagctgattttgtccattctttgtcgatcg 703  Q
     | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||     
T  19307303 cggggttttcctttggtgtatgcgtagtctagaaaataattaagaccaatttcatactcttcactctctctagcggattttgtccattctttgtccatca 19307204  T
Q  704 gattttgaacaaactaccgtatatggaaactaatttcagagggttgttagtacatgtttcaatatgtgaaccgacataggattcctaatattacaatcgg 803  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  19307203 ggttttgaacagactactgtatatggaaactaatttcagaggggtgttagtacatgtttcaatatgtgaacctacataggattcctaatattacagtcgg 19307104  T
Q  804 ttttggtttcagattggtggtt 825  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  19307103 tttcggtttcagattggtggtt 19307082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 37 - 231
Target Start/End: Original strand, 9824328 - 9824521
Alignment:
Q  37 ttctcatgatctttccaatagatcatgcaatctttagggcaagcatcaatcttttttataatccagccccaagtcctttatcatgcttttagttttattg 136  Q
    |||||||| ||||||||| | | |||||||| ||| || || |||||||||||||| ||| || |  ||||| || ||||||||   ||| |||||||||    
T  9824328 ttctcatgctctttccaaaacaacatgcaatttttgggacatgcatcaatcttttt-atagtctaagcccaaatcttttatcatagattttgttttattg 9824426  T
Q  137 aacgtatcaaggatgatcaaaaaatgcatagcttctctcaacaattctaagattgcattgaatgatgtattgctccaaccataaagacatttcaa 231  Q
    || |   || ||||| |||||    ||||||| ||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| ||||  || ||||||||    
T  9824427 aaagagacagggatgttcaaatctggcatagcctctttcaacaattctaagagagcagtgaatgatgcattgctccatccatggaggcatttcaa 9824521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 37 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 18447992 - 18447799
Alignment:
Q  37 ttctcatgatctttccaatagatcatgcaatctttagggcaagcatcaatcttttttataatccagccccaagtcctttatcatgcttttagttttattg 136  Q
    |||||||| ||||||||| | | |||||||| ||| || || |||||||||||||| ||| || |  ||||| || ||||||||   ||| |||||||||    
T  18447992 ttctcatgctctttccaaaacaacatgcaatttttgggacatgcatcaatcttttt-atagtctaagcccaaatcttttatcatagattttgttttattg 18447894  T
Q  137 aacgtatcaaggatgatcaaaaaatgcatagcttctctcaacaattctaagattgcattgaatgatgtattgctccaaccataaagacatttcaa 231  Q
    || |   || ||||| |||||    ||||||| ||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| ||||  || ||||||||    
T  18447893 aaagagacagggatgttcaaatctggcatagcctctttcaacaattctaagagagcagtgaatgatgcattgctccatccatggaggcatttcaa 18447799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 162 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 21228175 - 21228106
Alignment:
Q  162 gcatagcttctctcaacaattctaagattgcattgaatgatgtattgctccaaccataaagacatttcaa 231  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| ||||  || ||||||||    
T  21228175 gcatagcctctttcaacaattctaagagagcagtgaatgatgcattgctccatccatggaggcatttcaa 21228106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University