View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13256_low_3 (Length: 391)

Name: NF13256_low_3
Description: NF13256
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13256_low_3
NF13256_low_3
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-384)||(64757-65140)
chr8 (6-384)||(22639404-22639770)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-384)||(51166753-51167137)
chr4 (270-384)||(16081120-16081234)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (163-384)||(48773222-48773443)
chr3 (1-167)||(48775482-48775648)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (3-384)||(44884907-44885288)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-204)||(19329827-19330030)
chr6 (4-115)||(8833011-8833122)
chr6 (4-204)||(8831565-8831762)
chr6 (15-156)||(8832097-8832237)
chr6 (304-383)||(19329710-19329789)
chr6 (4-143)||(8835280-8835421)
chr6 (2-150)||(8628036-8628184)
chr6 (275-324)||(8835551-8835600)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 65140 - 64757
Alignment:
Q  1 ctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  65140 ctctttccttgttataacgtgtgtcaagagtcttctcatactgtatcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttatt 65041  T
Q  101 catactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacataggaatgaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||| ||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  65040 catactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaactctgacgtacataagaaggaacccatttttctcgaatggagtagatcttctttagc 64941  T
Q  201 catttgttatcttgcaactcgtacttatccatcattgctccccaatcagaatcaaagtcatcagtagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  64940 catttgttatcttgcaactcgtacttatctatcattgctccccaatcagaatcaaagtcataagaagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgat 64841  T
Q  301 ttttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgccacatacaataatgatgat 384  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  64840 ttttaaactcgctatgttgatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgccacatacaataatgatgat 64757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 22639770 - 22639404
Alignment:
Q  6 tccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagc--ccttaaaaaatttattcat 103  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||    ||||||| || ||||||||    
T  22639770 tccttgttgtaacgtgcatcaagagccttgtcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtaccagagttaaaaaaaaatccttaaagaacttattcat 22639671  T
Q  104 actttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacataggaatgaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagccat 203  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || |||||| | | ||||||| ||| ||| ||| | ||| ||||| |  |||||     
T  22639670 actttcactcctttgagtagtggacattccagcacaaaaattgttacgtacataagcaggaatccatttttctctaatagagtatatcttttgaagccac 22639571  T
Q  204 ttgttatcttgcaactcgtacttatccatcattgctccccaatcagaatcaaagtcatcagtagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttt 303  Q
       |||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||             | ||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||| |||    
T  22639570 cgattatcttgcaacccatacttatctatcattgcttcccaatcag-------------attagtgattgattggtgaatacacttgtaaaattgacttt 22639484  T
Q  304 taaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgccacatacaataatgatgat 384  Q
    |||| | ||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| ||||||||||    
T  22639483 taaaatcactgtgttcatgatggatttcgctcaagtactctggaacttt-ttttcaatgcgccacatacagtaatgatgat 22639404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 51167137 - 51166753
Alignment:
Q  1 ctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttatt 100  Q
    |||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51167137 ctctttgcttgttataatgtgtgtcaagagccttctcatactgtatcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttatt 51167038  T
Q  101 catactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacataggaatgaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||| ||| ||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  51167037 catactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaactccgacgtacataagaaggaacccatttttctcgaatggagtagatattctttagc 51166938  T
Q  201 catttgttatcttgcaactcgtacttatccatcattgctccc-caatcagaatcaaagtcatcagtagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattga 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51166937 catttgttatcttgcaactcgtacttatttatcattgctcccgaaatcagaatcaaagtcatcataagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattga 51166838  T
Q  300 tttttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgccacatacaataatgatgat 384  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  51166837 tttttaaactcgccatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttattctcgatatgccacatacaataatgatgat 51166753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 270 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 16081234 - 16081120
Alignment:
Q  270 atagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgccaca 369  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16081234 atagtttggcgaatgcacttctgaaattgatttttaaactcactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctgaatatgccaca 16081135  T
Q  370 tacaataatgatgat 384  Q
    ||||||| |||||||    
T  16081134 tacaatagtgatgat 16081120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 163 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 48773443 - 48773222
Alignment:
Q  163 gaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagccatttgttatcttgcaactcgtacttatccatcattgctccccaatcagaatcaaagtcatc 262  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  48773443 gaatccactttgctcgaatggagtagatcttctttagccatttgttatcttgcaactcataattatctatcattgctccccaataagaatcaaagtcata 48773344  T
Q  263 agtagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaata 362  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  48773343 agtagtgatagtttgatgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgataaatttggttcaagtactctcgaactttcttctcaata 48773244  T
Q  363 tgccacatacaataatgatgat 384  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  48773243 tgccacatacaatagtgatgat 48773222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 48775648 - 48775482
Alignment:
Q  1 ctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48775648 ctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttatt 48775549  T
Q  101 catactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacataggaatgaatc 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  48775548 catactttcactcctttgggtggtggacattccaacacaaaaattgtgacgtacataagaaggaatc 48775482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 166; Significance: 9e-89; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 3 - 384
Target Start/End: Original strand, 44884907 - 44885288
Alignment:
Q  3 ctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattca 102  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  44884907 ctttcctcgttgtaacgtgcatcaagagctttctcatattgtgtcagaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaaatccttaaaaaatttattca 44885006  T
Q  103 tactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacataggaatgaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagcca 202  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||  |||||| | | ||||||| || | |||||| | ||| ||||| | ||||||    
T  44885007 tactttcactcctttgagtggtggacattccagcacagaaattatgatgtacatatgcaggaatccatttggatcgaattgagtatatcttttctagcca 44885106  T
Q  203 tttgttatcttgcaactcgtacttatccatcattgctccccaatcagaatcaaagtcatcagtagtgatagtttggtgaatgcacttgtgaaattgattt 302  Q
     |  |||||||||||| | || ||||| | ||||||| |||| ||||| ||||| || ||| | || |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  44885107 ctgattatcttgcaacccatatttatcaaccattgcttcccattcagagtcaaattcttcaattgtaatagattggtgaatgcacttgtaaaaatgattt 44885206  T
Q  303 ttaaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgccacatacaataatgatgat 384  Q
    ||||| | ||| ||| |||||||||| || | || || |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  44885207 ttaaattcactgtgtccatgatagatatgatccatgtgctctggaactttttcctcaatatgccacatgcaataatggtgat 44885288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 19330030 - 19329827
Alignment:
Q  1 ctctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttatt 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  19330030 ctctttccttgatataacgtgcatcaagagtcttctcatacagtatcacaaactttcacaatggagtacttgaattcaaaaagccctgaaaaattttatt 19329931  T
Q  101 catactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacataggaatgaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagc 200  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  19329930 catagtttcactcctgtgggtggtggacattccagcacaaaaattgccacgtacataggagggaatccattttgctcgaatggagtatatcttctttagc 19329831  T
Q  201 catt 204  Q
    ||||    
T  19329830 catt 19329827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 4 - 115
Target Start/End: Original strand, 8833011 - 8833122
Alignment:
Q  4 tttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcat 103  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||    
T  8833011 tttccttgttgtaacattcatcaagagccttttcatgttgtgtcacaaattttctcaatggagtacttgaattgaaaaaatccttaaaaaagttattcat 8833110  T
Q  104 actttcactcct 115  Q
    ||||||||||||    
T  8833111 actttcactcct 8833122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 4 - 204
Target Start/End: Original strand, 8831565 - 8831762
Alignment:
Q  4 tttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcat 103  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | || |||||||||||| |||||   ||||||||| | ||||||    
T  8831565 tttcctggttgtaacgtgcatcaagagccttttcatattgtgtcacaaactttttgattgaagtacttgaatt-aaaaaattcttaaaaaactcattcat 8831663  T
Q  104 actttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacataggaatgaatccactttgctcgaatggtgtagatcttctttagccat 203  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||   ||||||||| |||||| |||||    |  |||||| ||||||||||||| ||| || ||||||| ||||    
T  8831664 actttcactcctttgtgtggtagatattttggcacaaaaaatgtgacgtacat--ctagaaatccattttgctcgaatggagtatatattctttacccat 8831761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 156
Target Start/End: Original strand, 8832097 - 8832237
Alignment:
Q  15 taacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattcatactttcactcc 114  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||  | | || |||||||||||| ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||    
T  8832097 taacgtgcatcaagagtctttttatattgtgtcacaaactttttgattgaagtacttgaattaaaaaatcc-ttaaaaaactcattcatactttcactcc 8832195  T
Q  115 tttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgacatacat 156  Q
    |||| ||||| |||||| | ||||||||| | |||| |||||    
T  8832196 tttgtgtggtagacatttcggcacaaaaaatttgacgtacat 8832237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 304 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 19329789 - 19329710
Alignment:
Q  304 taaacttactatgttcatgatagatttggttcaagtactctggaactttcttctcaatatgccacatacaataatgatga 383  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19329789 taaactcactatgttcatgctagatatggtttaagtactctagaactttcttctcattatgccacatacaataatgatga 19329710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 4 - 143
Target Start/End: Original strand, 8835280 - 8835421
Alignment:
Q  4 tttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtg--tcacaaacttgctcaatggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaatttattc 101  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||  | | || |||||||||||| ||||| || | |||||| | ||||    
T  8835280 tttcctggttgtaacgtgcatcaagagcctttttatattgtgtgtcacaaactttttgattgaagtacttgaattaaaaaatccttaaaaaaactcattc 8835379  T
Q  102 atactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaa 143  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||    
T  8835380 atactttcactcctttgtgtggtagacatttcggcacaaaaa 8835421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 8628184 - 8628036
Alignment:
Q  2 tctttccttgttataacgtgcatcaagagccttctcatattgtgtcacaaacttgctcaat---ggagtacttgaattcaaaaagcccttaaaaaattta 98  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| | | | |   |||| ||||||   ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||    
T  8628184 tctttccttattttaacgtgcatcaagagccttttcatactatctta---actttctcaatattggagtacttgaattcaaaaaatccttaaaaaaatta 8628088  T
Q  99 ttcatactttcactcctttgggtggtggacattccagcacaaaaattgtgac 150  Q
    ||| ||||||| |||||||  ||||| | ||||  |||||||||||||||||    
T  8628087 ttcttactttctctcctttatgtggtaggcattgtagcacaaaaattgtgac 8628036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 324
Target Start/End: Original strand, 8835551 - 8835600
Alignment:
Q  275 ttggtgaatgcacttgtgaaattgatttttaaacttactatgttcatgat 324  Q
    ||| ||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  8835551 ttgttgaatgcacttgtaaatttgatttttaaattcactatgttcatgat 8835600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University