View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1326-Insertion-19 (Length: 722)

Name: NF1326-Insertion-19
Description: NF1326
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1326-Insertion-19
NF1326-Insertion-19
[»] chr6 (63 HSPs)
chr6 (8-721)||(24941901-24942612)
chr6 (8-557)||(24934368-24934917)
chr6 (8-489)||(29953511-29953992)
chr6 (10-545)||(21160386-21160921)
chr6 (10-536)||(30053130-30053656)
chr6 (7-545)||(24738956-24739494)
chr6 (8-549)||(29949654-29950195)
chr6 (241-557)||(30135059-30135376)
chr6 (154-542)||(24897924-24898312)
chr6 (8-557)||(30149228-30149777)
chr6 (7-550)||(30577524-30578067)
chr6 (9-314)||(30154202-30154507)
chr6 (9-185)||(24884842-24885017)
chr6 (346-503)||(29348401-29348558)
chr6 (346-488)||(29366239-29366381)
chr6 (304-489)||(29898074-29898255)
chr6 (250-473)||(24263585-24263808)
chr6 (304-471)||(29887294-29887461)
chr6 (18-399)||(30028849-30029230)
chr6 (341-505)||(15726990-15727154)
chr6 (304-471)||(28926382-28926549)
chr6 (260-399)||(30154564-30154703)
chr6 (554-636)||(21160269-21160351)
chr6 (265-399)||(30029306-30029440)
chr6 (89-409)||(29882217-29882537)
chr6 (89-409)||(29909373-29909693)
chr6 (356-473)||(30118574-30118691)
chr6 (340-444)||(15714854-15714958)
chr6 (564-636)||(24738839-24738911)
chr6 (305-473)||(30126888-30127056)
chr6 (308-495)||(16701966-16702153)
chr6 (356-487)||(29073812-29073943)
chr6 (356-487)||(29078576-29078707)
chr6 (356-487)||(29106385-29106516)
chr6 (356-471)||(29835264-29835379)
chr6 (356-471)||(29866698-29866813)
chr6 (356-471)||(29894602-29894717)
chr6 (304-409)||(24730852-24730957)
chr6 (356-473)||(29905688-29905805)
chr6 (13-210)||(30132417-30132618)
chr6 (89-399)||(24271854-24272164)
chr6 (554-609)||(24934940-24934995)
chr6 (356-458)||(29357827-29357929)
chr6 (356-473)||(29211226-29211343)
chr6 (89-210)||(29929055-29929176)
chr6 (346-502)||(29929312-29929468)
chr6 (20-197)||(24730568-24730745)
chr6 (356-409)||(24890143-24890196)
chr6 (341-502)||(29889764-29889925)
chr6 (304-409)||(30060059-30060164)
chr6 (554-635)||(30135399-30135480)
chr6 (10-68)||(30134855-30134913)
chr6 (128-209)||(15715083-15715164)
chr6 (153-210)||(16702242-16702299)
chr6 (89-210)||(29348694-29348815)
chr6 (569-621)||(29949556-29949608)
chr6 (569-621)||(29953353-29953405)
chr6 (304-408)||(30061893-30061997)
chr6 (143-210)||(29946273-29946340)
chr6 (658-717)||(30029769-30029827)
chr6 (554-608)||(29085291-29085345)
chr6 (560-617)||(24889909-24889966)
chr6 (554-611)||(29211062-29211119)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-557)||(44262342-44262891)
chr4 (554-635)||(44262238-44262319)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (8-547)||(24226521-24227060)
chr3 (89-399)||(24219142-24219452)
chr3 (373-505)||(11991378-11991510)
chr3 (372-480)||(16351115-16351223)
chr3 (340-489)||(33997973-33998122)
[»] scaffold0110 (2 HSPs)
scaffold0110 (10-516)||(43659-44165)
scaffold0110 (569-635)||(43514-43580)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (355-547)||(9782587-9782779)
chr8 (128-209)||(13904694-13904775)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (241-489)||(8651200-8651447)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-184)||(20888440-20888612)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (304-485)||(17251310-17251491)
chr1 (136-209)||(10129966-10130039)
chr1 (554-609)||(17251586-17251641)
chr1 (23-210)||(19489966-19490153)
chr1 (361-522)||(41316314-41316475)
[»] scaffold0572 (1 HSPs)
scaffold0572 (304-522)||(3230-3448)
[»] scaffold0014 (4 HSPs)
scaffold0014 (241-522)||(121264-121545)
scaffold0014 (361-505)||(137428-137572)
scaffold0014 (361-505)||(104539-104683)
scaffold0014 (112-186)||(140103-140177)
[»] scaffold0019 (2 HSPs)
scaffold0019 (341-480)||(125949-126088)
scaffold0019 (113-186)||(126243-126316)
[»] scaffold0177 (1 HSPs)
scaffold0177 (308-522)||(27354-27568)
[»] scaffold0652 (1 HSPs)
scaffold0652 (308-522)||(1079-1293)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (89-409)||(22125-22445)
[»] scaffold0429 (1 HSPs)
scaffold0429 (346-522)||(6235-6411)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (14-210)||(53692-53888)
[»] scaffold0573 (1 HSPs)
scaffold0573 (304-471)||(4134-4301)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-117)||(32760416-32760513)
[»] scaffold0654 (1 HSPs)
scaffold0654 (308-404)||(1122-1218)
[»] scaffold0086 (1 HSPs)
scaffold0086 (153-210)||(31401-31458)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 646; Significance: 0; HSPs: 63)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 646; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 721
Target Start/End: Original strand, 24941901 - 24942612
Alignment:
Q  8 gtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24941901 gtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagaagtgaacagggccacatatgtattcaacactatggctca 24942000  T
Q  108 aagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24942001 aagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattg 24942100  T
Q  208 catataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatg 307  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24942101 catataagaaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaatcgggaagaatctctgatgtttgggatcttatagatg 24942200  T
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24942201 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 24942300  T
Q  408 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcg 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24942301 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggactatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcg 24942400  T
Q  508 gtttatcagtatcttctttttaagggctatcatttagatgttaaaatgtaaaaagggcttgtttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24942401 gtttatcagtatcttctttttaagggctatcatttagatgttaaaatgtaaaaagggcttgtttgatgaagcattgtccttagtgtcaaaaatggaagac 24942500  T
Q  608 aatgattgcacccctaatcatgtaactttttgaaactcttatttgtcgcaaaatgattgctagaggtctattgtaagagtaggacaagggtgagatgctt 707  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  24942501 aatggttgcacccctaatcatgtaac-ttttgaagctcttatttgtcgcgaaatggttgctagaggtctattgtaagagtaagacaa-ggtgagatgctt 24942598  T
Q  708 tctcgttacaattt 721  Q
    ||||||||||||||    
T  24942599 tctcgttacaattt 24942612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 8 - 557
Target Start/End: Original strand, 24934368 - 24934917
Alignment:
Q  8 gtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctca 107  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||| | | ||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||      
T  24934368 gtgtggattctaatattgttacttataattctttaatggatgggtatttcttggtcaaacaagagaataaggccacatttgtgttcaacactatggctag 24934467  T
Q  108 aagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattg 207  Q
    ||| |||||| ||||| || |||| ||||||||| | ||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  24934468 aaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaatggactatgcaagactaaaatggtggatgaagccgttaatctcttcaaagaaatg 24934567  T
Q  208 catataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatg 307  Q
    |||   |  |  ||||||||| ||| | ||  ||||| ||| ||||| ||||| |||  |||||  || ||||||||||||| ||| |||||| || |||    
T  24934568 cattccaaaagtatggctcctaatactgtaacatacaattcacttatcgatggtcttctcaaatatgggagaatctctgatgcttgggatcttgtaaatg 24934667  T
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  24934668 agatgcataatagaggccaacctgccgatgtgatcacttacagttccttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattaat 24934767  T
Q  408 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcg 507  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  24934768 aacgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatttatacttacactatacttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagcg 24934867  T
Q  508 gtttatcagtatcttctttttaagggctatcatttagatgttaaaatgta 557  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24934868 gtttatcaggatcttcttattaagggctatcatttagatgttaaaatgta 24934917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 8 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 29953992 - 29953511
Alignment:
Q  8 gtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  29953992 gtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtatttcctagttaaagaagtcaacaaggccacatatatattcaacactattgctca 29953893  T
Q  108 aagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattg 207  Q
    ||| |||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||  ||    
T  29953892 aaggggagtgactcctgaacttcatagctacaatgtcatgattaacggattatgtaagaataaaatggtgaatgaagctgcgaatctcttcaaagatatg 29953793  T
Q  208 catataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatg 307  Q
    |||   || || ||| |||||||||  |||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||  || || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  29953792 cattccagaaatatgactcctgatacaatatcatacaattctcttattgatggactttgcaaatcagggagcatctctgatgtttgggatcttatagatg 29953693  T
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 407  Q
    |||||||||||||| | ||||| | | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  29953692 agatgcataatagatgtcaaccggttaatgtgatcacttacaattctttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcgattgcattatt 29953593  T
Q  408 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaaga 489  Q
    || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  29953592 aaagaagatgaaagaccaagggattcagccaaatatgtatacatacactatacttgttgatgggctatgcaaaaatggaaga 29953511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 10 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 21160921 - 21160386
Alignment:
Q  10 gtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaaa 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||| |  ||    
T  21160921 gtggaacttaatgttgttacttatagttttttgatggatgggtatttcttggtcaaagaagtgaataaggccacatttgtgttcaacactatggttagaa 21160822  T
Q  110 gaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgca 209  Q
    | |||||| || ||||| |||||||||| | ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  21160821 ggggagtgacttctaatgttcatagctatactgtcatgattaatggactatgtaagaataaaatggtggatgaagccgttaatctctttaaagaaatgca 21160722  T
Q  210 tataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgag 309  Q
    | |||  |||||||||||||||||| ||  ||||| ||| ||||| ||||| |||  |||||  || ||||||||||||| ||| |||||| || |||||    
T  21160721 tttaaaaaacatggctcctgatattgtaacatacaattcacttatcgatggtcttctcaaatatgggagaatctctgatgcttgggatcttgtaaatgag 21160622  T
Q  310 atgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  21160621 atgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacttacaattccttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggttgacatggcaatcacattattta 21160522  T
Q  410 tgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggt 509  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | || |||| |||    
T  21160521 cgaagataaaagaccaaggaattcagccgtatatatatacatacacaatacttgttgatggtttatgcaaaaatggaagacttaaggacgcgcaagaggt 21160422  T
Q  510 ttatcagtatcttctttttaagggctatcatttaga 545  Q
     ||||||  |||| |  |||| ||||||||||||||    
T  21160421 ctatcagattcttttgattaaaggctatcatttaga 21160386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 10 - 536
Target Start/End: Original strand, 30053130 - 30053656
Alignment:
Q  10 gtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||| | |||||||| |||||||  ||| ||    
T  30053130 gtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtatttcttggtaaaagaagtcaacaaggccaaacatgtattcaacactatttctctaa 30053229  T
Q  110 gaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgca 209  Q
    | |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||| ||||    
T  30053230 ggggagtgactcctaatgttcatagctacattgtcatgattaatggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtgaaacttttcaaagaaatgca 30053329  T
Q  210 tataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgag 309  Q
    | |||  |||||| ||||| ||| | |   ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  30053330 tttaaaaaacatgactcctaatactgttacatacagttcacttattgatggactttgcaaatcgggaagaatctctgatgtttgggatcttatagatgat 30053429  T
Q  310 atgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaa 409  Q
    ||  ||||| | || ||||| ||| || | ||||| |||||||| |||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||    
T  30053430 atttataattgtggtcaaccagctaatataatcacttacaattctttattatatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttgttaa 30053529  T
Q  410 tgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggt 509  Q
     |||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  | |    
T  30053530 cgaagatgaaagacgaaggaattcagccagatatgtttacatacacaacacttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaaaggat 30053629  T
Q  510 ttatcagtatcttctttttaagggcta 536  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||    
T  30053630 ttatcaggatcttctatgtaagggcta 30053656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 7 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 24739494 - 24738956
Alignment:
Q  7 agtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctc 106  Q
    |||||||| ||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| | | ||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||     
T  24739494 agtgtggatcctgatgtcattacttataattctttgatggatgggtatttcttggtcaaacaagagaataaggccacatttgtgttcaacactatggcta 24739395  T
Q  107 aaagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaatt 206  Q
     ||| |||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  24739394 gaaggggagtgactcctgatgttcatagctatagtgtcatgattaatggactatgtaagactaaaatggtggatgaagccgttaatctcctcaaagaaat 24739295  T
Q  207 gcatataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagat 306  Q
    ||||   |  |  ||||||||| ||| | ||  ||||||||| ||||| ||||| |||  |||||  || ||||||| ||||| ||| |||||| || ||    
T  24739294 gcattccaaaagtatggctcctaatactgtaacatacagttcacttatcgatggtcttcacaaatctgggagaatctttgatgcttgggatcttgtaaat 24739195  T
Q  307 gagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattat 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  24739194 gagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacttacaattccttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattac 24739095  T
Q  407 taatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagc 506  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| | || ||||     
T  24739094 ttacgaagatcaaagaccaaggaattcagccggatatatatacatacacaatacttgttgatggtttatgcaaaaatggaagactcaaggacgcgcaaga 24738995  T
Q  507 ggtttatcagtatcttctttttaagggctatcatttaga 545  Q
    ||||||||||  |||| |  |||| ||||||||||||||    
T  24738994 ggtttatcagattcttttgattaaaggctatcatttaga 24738956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 8 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 29950195 - 29949654
Alignment:
Q  8 gtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctca 107  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||| | || ||||| ||||  |  |||     
T  29950195 gtgtggaacctgatattgttacttatagttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtcaacaaggccaaacatctattcaacacccttcctct 29950096  T
Q  108 aagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattg 207  Q
    ||| |||||| |||||||| ||  |||||||| | ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||| ||    
T  29950095 aaggggagtgactcctaatgtttttagctacaatatcatgattaacggattatgtaagaataaaatggtgaatgaagctgcgaatctcttcaaagaaatg 29949996  T
Q  208 catataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatg 307  Q
    |||   ||||| ||| |||| |||| | ||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||| | |  |    
T  29949995 cattccagtaatatgactccagatactgtatcatacaattctcttattgatggactttgcaaatcagggagaatctctgatgtttgggatcttcttgtcg 29949896  T
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 407  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  29949895 agatgcatgatataggccaacctgctaatgtgatcacttacaattctttattagatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcgattgcattatt 29949796  T
Q  408 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcg 507  Q
    ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| |    
T  29949795 aaaaaagataaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacatacactatacttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttgaggatgcacaagag 29949696  T
Q  508 gtttatcagtatcttctttttaagggctatcatttagatgtt 549  Q
     |||||||  |||||||   |||||| |||| |||| |||||    
T  29949695 atttatcatgatcttctgactaagggttatcctttaaatgtt 29949654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 241 - 557
Target Start/End: Original strand, 30135059 - 30135376
Alignment:
Q  241 tacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtga 340  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||    
T  30135059 tacacttcgcttattgatggactttgcatatcggggagaacctctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgaaagaggtcaacctgctaatgtga 30135158  T
Q  341 tcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggtt-gacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaa 439  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30135159 tcacttacaattctttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggtttgacaaggcaatcacattattaacgaagatcaaagaccaaggtattcagccaa 30135258  T
Q  440 atatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggtttatcagtatcttctttttaagggctatca 539  Q
    || ||||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||  |||||||  ||||||| |||||    
T  30135259 atttgtatacatacacattacttgttgatggaatatgcaaaaatggaaaacttaaggatgcaaaagcggtttatcaagatcttctgattaagggatatca 30135358  T
Q  540 tttagatgttaaaatgta 557  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  30135359 tttagatgttataatgta 30135376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 154 - 542
Target Start/End: Original strand, 24897924 - 24898312
Alignment:
Q  154 ggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgcatataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgctta 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  24897924 ggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcactta 24898023  T
Q  254 ttgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattc 353  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||  |||||  | ||||  ||||  ||    
T  24898024 ttgatggactttgcaaatcggggaaaatatctgatgtttgggatcttatagatgatatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctc 24898123  T
Q  354 cttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttac 453  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||  |||||| | ||| ||||||  || |||    
T  24898124 gttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatac 24898223  T
Q  454 actatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggtttatcagtatcttctttttaagggctatcattt 542  Q
    || || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| | ||||| |  ||||||||||||||||    
T  24898224 acaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattt 24898312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 557
Target Start/End: Original strand, 30149228 - 30149777
Alignment:
Q  8 gtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctca 107  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||| | || ||||| ||||  |  |||     
T  30149228 gtgtggaacctgatattgttacttatagttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtcaacaaggccaaacatctattcaacaccctttctct 30149327  T
Q  108 aagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattg 207  Q
    ||| |||||| |||||||| ||  |||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||    
T  30149328 aaggggagtgactcctaatgtttttagctacaatatcatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtaaatcttttcaaagaaatg 30149427  T
Q  208 catataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatg 307  Q
    |||   |   | |||  |||| | | | ||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||| ||| |||||||||    
T  30149428 cattcgaaagatatgattcctaacactgtaacatacaattcccttattgatggactttgcaaattagggagagtatctgatgtttgggattttatagatg 30149527  T
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 407  Q
    |||||||| ||||||| |||||  | ||  | ||||| |||||||| ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  30149528 agatgcatgatagaggtcaaccaaccgacataatcacttacaattctttatttgatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacagggcaattgcattatt 30149627  T
Q  408 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcg 507  Q
    ||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||| || || |||||||||      
T  30149628 aaaaaagatcaaagaccagggaattcagccaagtatgtattcatacactatactttttgttggactatgcaaaaacggaagacttgaggatgcacaagaa 30149727  T
Q  508 gtttatcagtatcttctttttaagggctatcatttagatgttaaaatgta 557  Q
    ||||||| | |||||    |||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  30149728 gtttatcgggatcttacgattaaaggctatcatttagatgctaagatgta 30149777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 7 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 30578067 - 30577524
Alignment:
Q  7 agtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctc 106  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||||| | | ||||||||| | |||| ||||| || |||||||||    
T  30578067 agtgtgaaacctgatgttgttacttgtagttctttaatagatgggtatttcttggttaaaaaagcgaacaaggctagatatatattcaacgctatggctc 30577968  T
Q  107 aaagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaatt 206  Q
    |||  |||||| ||  | |||||| |||||||| | | ||||| | ||||||| |||||  |||||||||||||||||| || | |||||| |||||| |    
T  30577967 aaaacggagtgactattgatcttcgtagctacaatataatgattaatggattaagtaaggctaaaatggtggatgaagctgtgattctctttaaagaaat 30577868  T
Q  207 gcatataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagat 306  Q
    |||  | |  |  ||| ||||||||| ||||  ||||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  30577867 gcaattcaaaagtatgactcctgatactataacatacagtacccttattgacggacttggcaaattgggaagaatctcttatgtttgggatcttatagat 30577768  T
Q  307 gagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattat 406  Q
    ||||||| |  || ||| |   | ||| |||||||||| |||| ||| |||||  ||| ||||| |||||    |||  |||||| |||||||| | |||    
T  30577767 gagatgcgtgctacaggtcggtcagctaatgtgatcacatacagttctttattaaatgttttgtgcaaaagtggtcattttgacacggcaattagaatat 30577668  T
Q  407 taatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagc 506  Q
    | |  |||||||||||| ||||| || |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  30577667 ttacaaagatcaaagacaaaggatttgagccaaatatggttacatacaatatacttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaaga 30577568  T
Q  507 ggtttatcagtatcttctttttaagggctatcatttagatgtta 550  Q
    | ||| |||  |||||||  |||||||||||| |||||||||||    
T  30577567 gatttttcatgatcttctgattaagggctatcgtttagatgtta 30577524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 314
Target Start/End: Original strand, 30154202 - 30154507
Alignment:
Q  9 tgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaa 108  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||  | |||| |    
T  30154202 tgtggaacctgatgttgttacttataattctttgatggatgggtatttcttggttaaagaagtgaataaggccacatatgtattcgatacacttgctcga 30154301  T
Q  109 agaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgc 208  Q
    || |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||||||| || | |||||| |||||| |||    
T  30154302 aggggagtgactcctaatgttcgtagctacagtgtcatgattaatggattatgtaaggttaaaatggtggatgaagctgtgattctctttaaagaaatgc 30154401  T
Q  209 atataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatga 308  Q
    ||   |  |   || ||||| ||| ||||  ||||| ||| |||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  30154402 attccaaaagtttgactcctaatactataacatacaattcccttattgacgggctttgcaaatcggggagaatctctgatgtttggtatcttatagatga 30154501  T
Q  309 gatgca 314  Q
    ||||||    
T  30154502 gatgca 30154507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 9 - 185
Target Start/End: Original strand, 24884842 - 24885017
Alignment:
Q  9 tgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |    
T  24884842 tgtggaacctaatgttgttacttatacttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtgaacaaggccacatatgtattcaacactattgctcga 24884941  T
Q  109 agaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagc 185  Q
    || ||||||  |||| || |||| ||||||| | |||   |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24884942 agtggagtgattccttatgttcaaagctacaatatcacattaac-gaattatgtaagaataaaatggtggatgaagc 24885017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 346 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 29348558 - 29348401
Alignment:
Q  346 tacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgt 445  Q
    ||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||| |||||  |||||||||| ||| ||||||    
T  29348558 tacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttgttaacgaagatgaaagatgaaggaattcaaccagatatgt 29348459  T
Q  446 atacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcaca 503  Q
    | || |||||||| ||| |||||||||| || |||  ||||||| | ||| |||||||    
T  29348458 acacatacactattcttattgatggattgtgtaaaggtggaagactaaaggatgcaca 29348401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 346 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 29366381 - 29366239
Alignment:
Q  346 tacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgt 445  Q
    ||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||| |||||  |||||||||| ||| |||| |    
T  29366381 tacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttgttaacgaagatgaaagatgaaggaattcaaccagatattt 29366282  T
Q  446 atacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaag 488  Q
     ||| ||||| | | | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  29366281 gtacatacacaacattagttgatggactatgcaaaaatggaag 29366239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 304 - 489
Target Start/End: Original strand, 29898074 - 29898255
Alignment:
Q  304 gatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacat 403  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||  || || | || ||||||| |||  ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  29898074 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacgtacagttctatattgaatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacgt 29898173  T
Q  404 tattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaaga 489  Q
    | ||||  ||||| ||||||    ||||||||||| |||| | ||| ||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  29898174 tgttaacaaagattaaagac----gaattcagccagatatttgtacatacacaacacttgttgatggactatggaaaaatggaaga 29898255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 250 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 24263808 - 24263585
Alignment:
Q  250 cttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtaca 349  Q
    |||||||||||| | |||||||  |||||||| ||  ||| ||  || ||||| |||  ||||||| || |||| ||||   ||||| | ||||||||||    
T  24263808 cttattgatggattgtgcaaatctggaagaatatcatatgctttggaacttatcgatttgatgcatgatcgagggcaacaacctgatataatcacgtaca 24263709  T
Q  350 attccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatac 449  Q
     |||  |||||||||| || | ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||  | |||||||| || ||||  ||||||||||| ||    
T  24263708 gttctatattggatgccttatgcaaaaaccatctggttgacaaggcaattgcattattaataaaattgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacac 24263609  T
Q  450 ttacactatacttgttgatggatt 473  Q
     |||||||| ||| ||||||||||    
T  24263608 atacactattcttattgatggatt 24263585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 304 - 471
Target Start/End: Original strand, 29887294 - 29887461
Alignment:
Q  304 gatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacat 403  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||  ||||| | || || |||| ||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  29887294 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattacttacagttctttattagatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgt 29887393  T
Q  404 tattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatgga 471  Q
    ||||||  ||  | |||||||| || ||||  ||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||    
T  29887394 tattaacaaatttgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattcttattgatgga 29887461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 399
Target Start/End: Original strand, 30028849 - 30029230
Alignment:
Q  18 taatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaaagaggagtg 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||    || || || ||||| ||||| | | |||||||||| | |||||  | | | ||||||    
T  30028849 taatgttgttacttatagttctttaatggatgggtattttcaagtcaatgaagtgaataaggcgaaagatgtattcgagattatggtgcgatggggagtg 30028948  T
Q  118 gctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgcatataagta 217  Q
      ||||||| |||| ||||| | | | |||||   |||||| ||||| | |||||||||||||||||| || ||||| || ||  || ||||| || | |    
T  30028949 agtcctaatattcacagctataatattatgattgatggattgtgtaatagtaaaatggtggatgaagctgtgaatctttttaagaaaatgcatttacgaa 30029048  T
Q  218 acatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgagatgcataa 317  Q
    | |||| |||| |||   |    |||| ||| |||||| |||||||||| ||||  |||||||| ||  ||||||  |||||||| |||||||||  | |    
T  30029049 atatggttcctaatacggtgacgtacaattctcttatttatggactttgtaaatccggaagaatttcgtatgttttggatcttattgatgagatgtgtga 30029148  T
Q  318 tagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatt 399  Q
    |||||| ||| | ||| ||||||||||||||| ||||||| |||| || |||| |||||||||| |  ||||||||||||||    
T  30029149 tagaggtcaagcagctaatgtgatcacgtacacttccttaatggacgcgttgtgcaaaaaccataatcttgacaaggcaatt 30029230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 341 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 15727154 - 15726990
Alignment:
Q  341 tcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaa 440  Q
    |||| |||||||| ||| | |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||  |||| | | ||| ||||||||||| || |||||  || |    
T  15727154 tcacttacaattcgttaatagatgctttatgcaaaaaccatcacgttgacaaggcaattgtattagtcaagaaaatcaaagaccagggcattcaatcaga 15727055  T
Q  441 tatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaag 505  Q
    ||||||||| || | ||||||| | |||||| |||||||| | |||||| ||||| |||||||||    
T  15727054 tatgtatacatatagtatacttatcgatggactatgcaaacaaggaagacttaaggatgcacaag 15726990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 304 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 28926549 - 28926382
Alignment:
Q  304 gatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacat 403  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||  ||||| | || || |||| |||  ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  28926549 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattacttacagttctctattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcat 28926450  T
Q  404 tattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatgga 471  Q
    ||||||  ||  | |||||||| ||  |||| ||||||||||| || |||||||| ||| || |||||    
T  28926449 tattaacaaaattgaaagaccagggtcttcaaccaaatatgtacacatacactattcttattaatgga 28926382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 260 - 399
Target Start/End: Original strand, 30154564 - 30154703
Alignment:
Q  260 gactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttatt 359  Q
    |||| |||||||  ||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||| |||| |||| ||||||| |    
T  30154564 gactgtgcaaatctggaagaatcgctgatgcttggtatcttatagatgagatgcacgatagaggccaaccagctaatgtggtcacatacacttccttaat 30154663  T
Q  360 ggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatt 399  Q
     || | ||||| |||||||||| |  ||||||||||||||    
T  30154664 agacggtttgtgcaaaaaccataatcttgacaaggcaatt 30154703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 554 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 21160351 - 21160269
Alignment:
Q  554 tgtaaaaagggcttgtttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaatgattgcacccctaatcatgtaacttt 636  Q
    |||||| || ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  21160351 tgtaaagagagcttgttcgataaagcattatccttactgtcaaaaatgaaagacaatggttgcacccctaatcctgtaacttt 21160269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 265 - 399
Target Start/End: Original strand, 30029306 - 30029440
Alignment:
Q  265 tgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatg 364  Q
    |||||||  ||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||| |||| |||| ||||||| | || |    
T  30029306 tgcaaatctggaagaatcgctgatgcttggtatcttatagatgagatgcacgatagaggccaaccagctaatgtggtcacatacacttccttaatagacg 30029405  T
Q  365 ctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatt 399  Q
     ||||| |||||||||| |  ||||||||||||||    
T  30029406 gtttgtgcaaaaaccataatcttgacaaggcaatt 30029440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 89 - 409
Target Start/End: Original strand, 29882217 - 29882537
Alignment:
Q  89 tattcgacactatggctcaaagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgt 188  Q
    ||||| |||||||| |||| || |||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  29882217 tattcaacactatgtctcataggggagtgactgctaatgttcagagctacagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatgaagccat 29882316  T
Q  189 caatctcttcaaagaattgcat-ataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctga 287  Q
     || || ||||||||| ||||| | ||  || ||   ||||||| | |||   || ||| | ||||| |||||| | |||||||  |||||||| ||  |    
T  29882317 gaaacttttcaaagaaatgcatcacaaacaa-atttttcctgatgtgataacttatagtgcccttatcgatggattgtgcaaatctggaagaatatcata 29882415  T
Q  288 tgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggtt 387  Q
    || ||  || ||| | |||||||||||| || |||| ||||   ||||| | || || ||||||||  ||||||||||||| | |||||| ||||| |||    
T  29882416 tgctttggaacttgtcgatgagatgcatgatcgagggcaacaacctgatataattacctacaattctatattggatgctttatgcaaaaaacatcatgtt 29882515  T
Q  388 gacaaggcaattacattattaa 409  Q
    ||||| |||||| |||||||||    
T  29882516 gacaaagcaattgcattattaa 29882537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 89 - 409
Target Start/End: Original strand, 29909373 - 29909693
Alignment:
Q  89 tattcgacactatggctcaaagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgt 188  Q
    ||||| |||||||| |||| || |||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  29909373 tattcaacactatgtctcataggggagtgactgctaatgttcagagctacagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatgaagccat 29909472  T
Q  189 caatctcttcaaagaattgcat-ataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctga 287  Q
     || || ||||||||| ||||| | ||  || ||   ||||||| | |||   || ||| | ||||| |||||| | |||||||  |||||||| ||  |    
T  29909473 gaaacttttcaaagaaatgcatcacaaacaa-atttttcctgatgtgataacttatagtgcccttatcgatggattgtgcaaatctggaagaatatcata 29909571  T
Q  288 tgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggtt 387  Q
    || ||  || ||| | |||||||||||| || |||| ||||   ||||| | || || ||||||||  ||||||||||||| | |||||| ||||| |||    
T  29909572 tgctttggaacttgtcgatgagatgcatgatcgagggcaacaacctgatataattacctacaattctatattggatgctttatgcaaaaaacatcatgtt 29909671  T
Q  388 gacaaggcaattacattattaa 409  Q
    ||||| |||||| |||||||||    
T  29909672 gacaaagcaattgcattattaa 29909693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 356 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 30118691 - 30118574
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacac 455  Q
    ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||  | |||||||  |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  30118691 tattggatgctttatgcaaaaactatcaggttgacaaggcaatcacattattaacaaaattgaaagacctgggaattcaaccaaatatgtacacatacac 30118592  T
Q  456 tatacttgttgatggatt 473  Q
     || ||| ||||||||||    
T  30118591 cattcttattgatggatt 30118574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 340 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 15714958 - 15714854
Alignment:
Q  340 atcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaa 439  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||| | ||  | | |||||||||||||||||||||| | ||||    
T  15714958 atcacatacaattccttattgcatgctttatgcaaaaatcatcacgttgacaaggcaattgctttggtcaagaagatcaaagaccaaggaattgaaccaa 15714859  T
Q  440 atatg 444  Q
    |||||    
T  15714858 atatg 15714854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 564 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 24738911 - 24738839
Alignment:
Q  564 gcttgtttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaatgattgcacccctaatcatgtaacttt 636  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  24738911 gcttgttcgataaagcattgtccttactgtcaaaaatggaagacaatggttgcacccctaatcctgtaacttt 24738839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 305 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 30127056 - 30126888
Alignment:
Q  305 atgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacatt 404  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||  ||||| | || |  ||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  30127056 atgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattatttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaagcaattgcatt 30126957  T
Q  405 attaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggatt 473  Q
     |||| |||  | ||| |||| || ||||| |||| | |||| || |||||||| ||| ||||||||||    
T  30126956 gttaacgaaatttaaaaaccagggtattcaaccaagtgtgtacacatacactattcttattgatggatt 30126888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 308 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 16702153 - 16701966
Alignment:
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 407  Q
    |||||| | |||||||||||||| |  |||| ||||| ||||||||||||||  ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |    
T  16702153 agatgcgtgatagaggccaacctcccaatgtaatcacttacaattccttattacatgctttatgtaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcattggt 16702054  T
Q  408 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaag 495  Q
     |  ||  | ||||||||||| ||||| ||| ||||| | || || | || ||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||    
T  16702053 caacaattttaaagaccaaggcattcaaccagatatgcacacatataatacacttgttgatggactatgcaaacaaggaagacttaag 16701966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 356 - 487
Target Start/End: Original strand, 29073812 - 29073943
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacac 455  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||  | ||||||||||| ||||  |||| |||| | || |||||    
T  29073812 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcattattaacaaaattgaaagaccaaggtattcgaccaactatgcacacatacac 29073911  T
Q  456 tatacttgttgatggattatgcaaaaatggaa 487  Q
    ||| ||| ||||| |||| || |||| |||||    
T  29073912 tattcttattgattgattgtgtaaaagtggaa 29073943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 356 - 487
Target Start/End: Original strand, 29078576 - 29078707
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacac 455  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||  | ||||||||||| ||||  |||| |||| | || |||||    
T  29078576 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcattattaacaaaattgaaagaccaaggtattcgaccaactatgcacacatacac 29078675  T
Q  456 tatacttgttgatggattatgcaaaaatggaa 487  Q
    ||| ||| ||||| |||| || |||| |||||    
T  29078676 tattcttattgattgattgtgtaaaagtggaa 29078707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 356 - 487
Target Start/End: Original strand, 29106385 - 29106516
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacac 455  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||  | ||||||||||| ||||  |||| |||| | || |||||    
T  29106385 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcattattaacaaaattgaaagaccaaggtattcgaccaactatgcacacatacac 29106484  T
Q  456 tatacttgttgatggattatgcaaaaatggaa 487  Q
    ||| ||| ||||| |||| || |||| |||||    
T  29106485 tattcttattgattgattgtgtaaaagtggaa 29106516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 356 - 471
Target Start/End: Original strand, 29835264 - 29835379
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacac 455  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||  | |||||||| || ||||  ||||||||||| || |||||    
T  29835264 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttattaacaaaattgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacac 29835363  T
Q  456 tatacttgttgatgga 471  Q
    ||| ||| ||||||||    
T  29835364 tattcttattgatgga 29835379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 356 - 471
Target Start/End: Original strand, 29866698 - 29866813
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacac 455  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||  | |||||||| || ||||  ||||||||||| || |||||    
T  29866698 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttattaacaaatttgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacac 29866797  T
Q  456 tatacttgttgatgga 471  Q
    ||| ||| ||||||||    
T  29866798 tattcttattgatgga 29866813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 356 - 471
Target Start/End: Original strand, 29894602 - 29894717
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacac 455  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||  | |||||||| || ||||  ||||||||||| || |||||    
T  29894602 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttattaacaaaattgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacac 29894701  T
Q  456 tatacttgttgatgga 471  Q
    ||| ||| ||||||||    
T  29894702 tattcttattgatgga 29894717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 304 - 409
Target Start/End: Original strand, 24730852 - 24730957
Alignment:
Q  304 gatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacat 403  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||  || || | || || ||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  24730852 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataataacttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcat 24730951  T
Q  404 tattaa 409  Q
    ||||||    
T  24730952 tattaa 24730957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 356 - 473
Target Start/End: Original strand, 29905688 - 29905805
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacac 455  Q
    ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||  | |||||||  || ||||| ||||||||||| || |||||    
T  29905688 tattggatgctttatgcaaaaactatcaggttgacaaggcaatcacattattaacaaaattgaaagacctgggtattcaaccaaatatgtacacatacac 29905787  T
Q  456 tatacttgttgatggatt 473  Q
     || ||| ||||||||||    
T  29905788 cattcttattgatggatt 29905805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 13 - 210
Target Start/End: Original strand, 30132417 - 30132618
Alignment:
Q  13 gaacctaatgttgttactta-tacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaaaga 111  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||| | |||||| |||||||     
T  30132417 gaacttaatgttgttacttaatagttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtgaacatggccacata--tattcaaaactatgcctcaaagg 30132514  T
Q  112 ggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaa-----gaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaatt 206  Q
    ||| ||  |||| || |||| ||||||| |  |||| |   ||||||||||||     |||||||||||||||||||||  | | |||||| |||||| |    
T  30132515 ggaatgattcctgatgttcagagctacactaacatggttgatggattatgtaagaattgaataaaatggtggatgaagctctgattctctttaaagaaat 30132614  T
Q  207 gcat 210  Q
    ||||    
T  30132615 gcat 30132618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 24272164 - 24271854
Alignment:
Q  89 tattcgacactatggctcaaagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgt 188  Q
    ||||| |||||||| |||| || |||||| |  ||||| |||  ||||||||| ||||||| | | |||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  24272164 tattcaacactatgtctcataggggagtgaccgctaatgttcggagctacagtatcatgattaatagattttgtaagattaaaatggtggatcaagccat 24272065  T
Q  189 caatctcttcaaagaattgcat-ataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctga 287  Q
     || || ||||||||| ||||| | ||  || ||   |||| || | |||   || ||||| |||||||||||| | |||||||  |||||||| ||  |    
T  24272064 gaaacttttcaaagaaatgcatcacaaacaa-atttttcctaatgtgataacttatagttcccttattgatggattgtgcaaatctggaagaatatcata 24271966  T
Q  288 tgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggtt 387  Q
    || ||  || ||||  |||||||||||| || |||| ||||   ||||| | |||||||||| |||  ||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  24271965 tgctttggaacttaacgatgagatgcatgatcgagggcaacaacctgatataatcacgtacagttctatattggatgatttatgcaaaaaccatcaggtt 24271866  T
Q  388 gacaaggcaatt 399  Q
    ||||||||||||    
T  24271865 gacaaggcaatt 24271854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 554 - 609
Target Start/End: Original strand, 24934940 - 24934995
Alignment:
Q  554 tgtaaaaagggcttgtttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaa 609  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  24934940 tgtaaagagggcttgtttgatgaagcactgtccttagtgtcaaaaatggaagacaa 24934995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 356 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 29357929 - 29357827
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacac 455  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||   |||| ||| |||| || ||||| ||||||||||| || |||||    
T  29357929 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaatgcaattgcgttattaacacagatgaaaaaccagggtattcaaccaaatatgtacacatacac 29357830  T
Q  456 tat 458  Q
    |||    
T  29357829 tat 29357827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 356 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 29211343 - 29211226
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacac 455  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||  ||  | ||||||||||| ||||  ||||||||| | || |||||    
T  29211343 tattggatgctttatgcaaaacccatcgggttgacaaggcagttgcattattaacaaaattgaaagaccaaggtattcgaccaaatatgcacacatacac 29211244  T
Q  456 tatacttgttgatggatt 473  Q
    ||| ||| ||||||||||    
T  29211243 tattcttattgatggatt 29211226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 210
Target Start/End: Original strand, 29929055 - 29929176
Alignment:
Q  89 tattcgacactatggctcaaagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgt 188  Q
    ||||| |||||||| |||| || |||||| || |||||  | | ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  29929055 tattcaacactatgtctcataggggagtgactgctaatgctaagagctacagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatgaagccat 29929154  T
Q  189 caatctcttcaaagaattgcat 210  Q
     || || ||||||||| |||||    
T  29929155 gaaacttttcaaagaaatgcat 29929176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 346 - 502
Target Start/End: Original strand, 29929312 - 29929468
Alignment:
Q  346 tacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgt 445  Q
    ||||||||  |||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||  |||||||||| || ||||| |||| | |||    
T  29929312 tacaattctatattagatgctttatgcaaaacccatcaggttgacaaagcaattgcattgttaacgaaattcaaagaccagggtattcaaccaagtgtgt 29929411  T
Q  446 atacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcac 502  Q
    | || |||||||| ||| |||| ||||| || |||  ||||||| | ||| ||||||    
T  29929412 acacatacactattcttattgacggattgtgtaaaggtggaagactaaaggatgcac 29929468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 197
Target Start/End: Original strand, 24730568 - 24730745
Alignment:
Q  20 atgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaaagaggagtggc 119  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||||| | || ||| ||||||||  | |||||||||| | || ||||||| | ||||||   ||| |||||       
T  24730568 atgttgttacttataactctttaatggatggatattgcttagttaaagaaattaacaaggccaaagatatattcgatagtatggcctcaaggggagtcat 24730667  T
Q  120 tcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctctt 197  Q
    | ||||| |||| ||||| |    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  24730668 tgctaatgttcagagctataccaccatgattaatggattatgtaagattaaaatggtggatgaagctgtaaatctctt 24730745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 356 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 24890196 - 24890143
Alignment:
Q  356 tattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaa 409  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  24890196 tattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcattattaa 24890143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 341 - 502
Target Start/End: Original strand, 29889764 - 29889925
Alignment:
Q  341 tcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaa 440  Q
    |||| ||||||||  |||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||  ||||| |||| | || |||  | ||||||||  | ||||| |||||    
T  29889764 tcacttacaattctatattagatgctttatgcaaaacccatcaggttgacaaaacaattgcattgtcaacgaaatttaaagaccagagtattcaaccaaa 29889863  T
Q  441 tatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcac 502  Q
    | |||| || |||||||| ||| |||||||||| ||||||  ||||||| | ||| ||||||    
T  29889864 tgtgtaaacatacactattcttattgatggattgtgcaaaggtggaagactaaaggatgcac 29889925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 304 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 30060164 - 30060059
Alignment:
Q  304 gatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacat 403  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||   ||||| | || || ||||||||  ||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30060164 gatgagatgaatgatagaggtcaactacctgatataattacttacaattctatattaaatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcat 30060065  T
Q  404 tattaa 409  Q
    ||||||    
T  30060064 tattaa 30060059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #51
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 554 - 635
Target Start/End: Original strand, 30135399 - 30135480
Alignment:
Q  554 tgtaaaaagggcttgtttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaatgattgcacccctaatcatgtaactt 635  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||  ||||||||    
T  30135399 tgtaaagagggtttgtttgatgaagcattgtccatattgtcaaaaatggaacacaacaattgcacccctgatgttgtaactt 30135480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #52
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 68
Target Start/End: Original strand, 30134855 - 30134913
Alignment:
Q  10 gtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaaga 68  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| | | |||||||||||||||    
T  30134855 gtggaacctaatgttgttacttatagttttttaatggatagatatttcttggttaaaga 30134913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #53
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 15715164 - 15715083
Alignment:
Q  128 ttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgca 209  Q
    |||| ||||||| | |||| || | ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  15715164 ttcacagctacactatcattattaatggcttatgtaagattaaaatggttgatgaagccttgaatctcttcaaagaaatgca 15715083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #54
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 16702299 - 16702242
Alignment:
Q  153 tggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgcat 210  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||| |||||    
T  16702299 tggattatgtaagattaaaatggttgatgaagccttgaatctcttcacagaaatgcat 16702242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #55
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 29348815 - 29348694
Alignment:
Q  89 tattcgacactatggctcaaagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgt 188  Q
    ||||| |||||||||||||  | |||||| || ||||| |||| ||||||| | ||||||| |  || || ||||||| ||||| ||| ||||||||| |    
T  29348815 tattcaacactatggctcaggggggagtgactgctaatgttcagagctacaatatcatgattaacgggttttgtaagattaaaaaggttgatgaagccat 29348716  T
Q  189 caatctcttcaaagaattgcat 210  Q
     |||||||| |||||| |||||    
T  29348715 gaatctctttaaagaaatgcat 29348694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #56
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 569 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 29949608 - 29949556
Alignment:
Q  569 tttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaatgattgcacccc 621  Q
    ||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29949608 tttgacgaggcattgtccttactgtcaaaaatggaagacaatggttgcacccc 29949556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #57
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 569 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 29953405 - 29953353
Alignment:
Q  569 tttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaatgattgcacccc 621  Q
    ||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29953405 tttgacgaggcattgtccttactgtcaaaaatggaagacaatggttgcacccc 29953353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #58
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 304 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 30061997 - 30061893
Alignment:
Q  304 gatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacat 403  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||  || || | || || ||||||||  ||||||||||||| | ||||  ||||||  ||||||||||||| ||||    
T  30061997 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacttacaattctatattggatgctttatgcaaacgccatcatcttgacaaggcaatcacat 30061898  T
Q  404 tatta 408  Q
    |||||    
T  30061897 tatta 30061893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #59
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 210
Target Start/End: Original strand, 29946273 - 29946340
Alignment:
Q  143 tcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgcat 210  Q
    ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||| |||||    
T  29946273 tcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatgaagccatgaatctctttgaagaaatgcat 29946340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #60
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 658 - 717
Target Start/End: Original strand, 30029769 - 30029827
Alignment:
Q  658 aaatgattgctagaggtctattgtaagagtaggacaagggtgagatgctttctcgttaca 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||| ||| ||||||    
T  30029769 aaatgattgctagaggtctattgtaagagtaaaagaa-ggtgagatgctatctagttaca 30029827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #61
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 554 - 608
Target Start/End: Original strand, 29085291 - 29085345
Alignment:
Q  554 tgtaaaaagggcttgtttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagaca 608  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||    
T  29085291 tgtaagaagggcttgtttgatgaagcattgtctttgttgtcaaaaatgaaagaca 29085345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #62
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 560 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 24889966 - 24889909
Alignment:
Q  560 aagggcttgtttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaatgattgca 617  Q
    |||||||| |||||| |||||||  ||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  24889966 aagggcttctttgataaagcattggccttgctgtcaaaaatggaagacaatggttgca 24889909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #63
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 554 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 29211119 - 29211062
Alignment:
Q  554 tgtaaaaagggcttgtttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaatg 611  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||||||||| ||||    
T  29211119 tgtaagaagggcttgtttgatgaagcatcggccttgctgtcaaaaatggaagagaatg 29211062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 44262891 - 44262342
Alignment:
Q  8 gtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctca 107  Q
    ||||||| ||| || || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||     
T  44262891 gtgtggatcctgatatttttacttatatttctttgatggatgggtatttcttggttaaagaagtgaacaaggccacatatgtattcaacactattgctcg 44262792  T
Q  108 aagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattg 207  Q
    ||| ||||||  ||||| | |||| ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  44262791 aagtggagtgattcctagtgttcaaagctacagtgttatgattaatggattgtgtaagaaaaaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaactg 44262692  T
Q  208 catataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatg 307  Q
    || ||||  ||||||||||| |||| ||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  44262691 caaataaaaaacatggctcccgatactataacatacaattcacttattgatggactttgcaaatcaggaagaatatctgatgtttgggatcttatagatg 44262592  T
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 407  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44262591 agatgcataatataggccaacctgctgatgttatcacttacaattccttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattatt 44262492  T
Q  408 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcg 507  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |    
T  44262491 aacgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgacggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagtg 44262392  T
Q  508 gtttatcagtatcttctttttaagggctatcatttagatgttaaaatgta 557  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44262391 gtttatcagaatcttcttattaagggctatcatttagatgttaaaatgta 44262342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 554 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 44262319 - 44262238
Alignment:
Q  554 tgtaaaaagggcttgtttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaatgattgcacccctaatcatgtaactt 635  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||  ||||||||    
T  44262319 tgtaaagagggcttgtttgatgacgcattgtccttagtgtcaaaaatggaagacaacagttgcacccctaatgctgtaactt 44262238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 8 - 547
Target Start/End: Original strand, 24226521 - 24227060
Alignment:
Q  8 gtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctca 107  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| | |  ||||| |||||||  |||     
T  24226521 gtgtggaacctaatattgttacttataattctttgatggatgggtatttcttggttaaagaagtcaacaaggccaaacagttattcaacactatttctct 24226620  T
Q  108 aagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattg 207  Q
    ||| ||| || |||||||| ||| ||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||    
T  24226621 aaggggaatgactcctaatgttcgtagctacaaagtcatgattaatggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgcaaatcttttcaaagaaatg 24226720  T
Q  208 catataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatg 307  Q
    |||   |  || |||| |||||| | | ||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||| ||| | |||| ||    
T  24226721 cattccaaaaatatggttcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcaaggagaatatatgatgtttgggatttcataggtg 24226820  T
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 407  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||| |  | ||||| |||||||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  24226821 agatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcacttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgtt 24226920  T
Q  408 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcg 507  Q
    || |||||||||  | |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| | ||||||||| |    
T  24226921 aacgaagatcaagaatcaaggaattcggccaaatatctatacatacactatacttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagag 24227020  T
Q  508 gtttatcagtatcttctttttaagggctatcatttagatg 547  Q
    ||||||||| |||||||   ||| |||||||| |||||||    
T  24227021 gtttatcaggatcttctgaataaaggctatcagttagatg 24227060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 89 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 24219452 - 24219142
Alignment:
Q  89 tattcgacactatggctcaaagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgt 188  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||||||||||| |  ||||||| |||||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  24219452 tattcaacactatggctcaaattggagtggctcctgacgttcatagttacagtatcatgattagtggattttgtaagattaaaatggtggatgaagccat 24219353  T
Q  189 caatctcttcaaagaattgcatataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgat 288  Q
     || |||||  ||||| |||||   |   | ||   ||| ||| |  |    |||| ||| |||||||||||  | ||||||| ||||||||||||  ||    
T  24219352 gaaactctttgaagaaatgcattgcaaacaaatttttcccgatgtggtgacgtacaattcccttattgatggtttgtgcaaatcgggaagaatctcatat 24219253  T
Q  289 g-tttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggtt 387  Q
    | ||||| | ||||| |  ||||||||| ||||||| |||||  || || | || || |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  24219252 gctttga-aacttatcggagagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacttacaattctttattggatgctttatgcaaaaaccatcatgtt 24219154  T
Q  388 gacaaggcaatt 399  Q
    ||||||||||||    
T  24219153 gacaaggcaatt 24219142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 373 - 505
Target Start/End: Original strand, 11991378 - 11991510
Alignment:
Q  373 aaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggat 472  Q
    ||||||||||| |||||| |||| ||| ||||| | | ||| || ||||| ||||| ||||| ||| ||||||| || | || ||||||| || ||||||    
T  11991378 aaaaaccatcatgttgaccaggctattgcattagttaagaaaattaaagatcaaggcattcaaccagatatgtacacgttcaatatacttatttatggat 11991477  T
Q  473 tatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaag 505  Q
    ||||||||   ||| || ||||| |||||||||    
T  11991478 tatgcaaagtaggacgacttaagaatgcacaag 11991510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 372 - 480
Target Start/End: Original strand, 16351115 - 16351223
Alignment:
Q  372 caaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatgga 471  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||| ||||| | | ||| || ||||| || || ||||| ||||||||||  || |||| ||||||| ||||||||    
T  16351115 caaaaaccaacatgttgacaaggctattgcattagttaagaaaattaaagaacatggcattcaaccaaatatgtgcacatacaatatacttattgatgga 16351214  T
Q  472 ttatgcaaa 480  Q
     ||||||||    
T  16351215 ctatgcaaa 16351223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 340 - 489
Target Start/End: Original strand, 33997973 - 33998122
Alignment:
Q  340 atcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacatt-attaatgaagatcaaagaccaaggaattcagcca 438  Q
    ||||| || ||||| |||||| ||||||| | |||||| |||||  | ||| |||||||||||||  |||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  33997973 atcacttataattctttattgcatgctttatgcaaaaatcatcatctcgaccaggcaattacattggttaaggaa-attaaagaccaaggtattcagcca 33998071  T
Q  439 aatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaaga 489  Q
    ||| | |  || || |||| |||  |||||||| |||||||| ||||||||    
T  33998072 aatgtttgcacatatactacactaattgatggactatgcaaagatggaaga 33998122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0110 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: scaffold0110
Description:

Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 10 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 44165 - 43659
Alignment:
Q  10 gtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaaa 109  Q
    |||||||| ||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  ||    
T  44165 gtggaacccaatattgctacttatagttctttaatggatgggtgtttctcggttaaagaagtgaacaaggccacatatgtattcaacactattgctagaa 44066  T
Q  110 gaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgca 209  Q
    | |||||||||| | || |||| ||||||||||| ||||| |  ||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  44065 ggggagtggctcttgatgttcagagctacagtgttatgattaacggattttgcaagaataaaatggtggatgaagcagttaatctcttcaaagaaatgca 43966  T
Q  210 tataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgag 309  Q
    |   |  || |||| |||| | | | ||  ||||| |||  | |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  43965 ttccaaaaatatggttcctaacactgtaacatacaattccttaattgatggactttgcaaattagggagaatgtctgatgcttgggattttatagatgag 43866  T
Q  310 atgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaa 409  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||  |  | ||||| |||| ||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||    
T  43865 atgcatgatagaggtcaaccagcgaacattatcacttacagttctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcactttgttaa 43766  T
Q  410 tgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggt 509  Q
     |||||||||  ||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||| | ||||||||| |||    
T  43765 cgaagatcaagaaccaaggaattcagctagatatctatacatacactatacttgttgatggactgtgcaaaaatggaaaacttagggatgcacaagaggt 43666  T
Q  510 ttatcag 516  Q
    |||||||    
T  43665 ttatcag 43659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0110; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 569 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 43580 - 43514
Alignment:
Q  569 tttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaatgattgcacccctaatcatgtaactt 635  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||  ||||||||    
T  43580 tttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaacggttgcactcctgatggtgtaactt 43514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 355 - 547
Target Start/End: Original strand, 9782587 - 9782779
Alignment:
Q  355 ttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttaca 454  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | || ||||  ||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  9782587 ttattggatgctttgtgcaaaatccatcaggttgacaaggcaattgcgttgttaacaaagatgaaagacgaaggaattcagccagatatgtgtacataca 9782686  T
Q  455 ctatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggtttatcagtatcttctttttaagggctatcatttagatg 547  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||| | |||||    |||| || |||||||||||||    
T  9782687 ctatacttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaaagggtttatcgggatcttacgattaaaggttatcatttagatg 9782779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 13904775 - 13904694
Alignment:
Q  128 ttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgca 209  Q
    |||| ||||||| | |||| || | ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  13904775 ttcacagctacactatcattattaatggcttatgtaagattaaaatggttgatgaagccttgaatctcttcaaagaaatgca 13904694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 241 - 489
Target Start/End: Original strand, 8651200 - 8651447
Alignment:
Q  241 tacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtga 340  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | ||| | || |||||  |||||||||||||| |||||| ||||| | ||||  |||||  | |    
T  8651200 tacagttcgcttattcatggactttgcaaatcggagaaaatatatgttgttttggatcttatagatga-atgcatgatagatgtcaacaagctgacataa 8651298  T
Q  341 tcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaa 440  Q
    |||| |||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||  ||||| | ||| |    
T  8651299 tcacttacacttctttatttgatgcattgttcaaaaaccataaggtttacatggcaattgcattattgaagaagatcaaagaccatagaattgaaccata 8651398  T
Q  441 tatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaaga 489  Q
    |||||  |  |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8651399 tatgttcatatacacactacttgttgatggactatgcaaaaatggaaga 8651447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 70; Significance: 3e-31; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 9 - 184
Target Start/End: Original strand, 20888440 - 20888612
Alignment:
Q  9 tgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaa 108  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||| |  |    
T  20888440 tgtgaaacctaatgttgttacttatagttctttaat---tgggtatttcttggttaaagatgtgaccaaagccacatatgtattcaacaatatggtttga 20888536  T
Q  109 agaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaag 184  Q
    || |||||| ||  |||| || ||||||||| ||||||||| |  | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20888537 aggggagtgacttataatgttgatagctacaatgtcatgattaacgtattatataagaataaaatggtggatgaag 20888612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 304 - 485
Target Start/End: Original strand, 17251310 - 17251491
Alignment:
Q  304 gatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacat 403  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||  || |||| || || |||| ||| ||  | |||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||| |||    
T  17251310 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatgtaataacttacacttctttgatagatgctttgtgcaaaagccatcaagttgataaggcaattgcat 17251409  T
Q  404 tattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatgg 485  Q
    || ||| ||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||| ||||    
T  17251410 tactaaagaaaattaaagatcaaggtattcaggcaaatatgtatacatacaatatacttgttgatggactttgcaaagatgg 17251491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 136 - 209
Target Start/End: Original strand, 10129966 - 10130039
Alignment:
Q  136 tacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgca 209  Q
    |||||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  |  |||||||||||||| ||||    
T  10129966 tacagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatgaagctattgatctcttcaaagaaatgca 10130039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 554 - 609
Target Start/End: Original strand, 17251586 - 17251641
Alignment:
Q  554 tgtaaaaagggcttgtttgatgaagcattatccttagtgtcaaaaatggaagacaa 609  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||    
T  17251586 tgtaaagagagcttgtttgatgaagcattgaccttgctgtcaaaaatggaagacaa 17251641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 210
Target Start/End: Original strand, 19489966 - 19490153
Alignment:
Q  23 ttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaaagaggagtggctcc 122  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||| || | | ||||| || ||||||||||| | | || ||||| |  |||||   ||||| ||| || ||||    
T  19489966 ttgttacttatagtgttttgatggatgggtattgcctagttaatgaagtgaacaaggcgaaagatatattcaattctatgatgcaaaggggaatgactcc 19490065  T
Q  123 taatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgcat 210  Q
    | || |||| ||||| | | ||||||| | ||||||||||||||  |||||| |||||||||| || | ||||||  ||||| |||||    
T  19490066 tgatattcagagctatactatcatgattaatggattatgtaagatgaaaatgttggatgaagcggtaagtctctttgaagaaatgcat 19490153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 361 - 522
Target Start/End: Original strand, 41316314 - 41316475
Alignment:
Q  361 gatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatac 460  Q
    |||||||| | ||||| | ||||  |||||||||| ||| ||||| | | ||| || ||||||||||| |||||  |  ||||||| || | || |||||    
T  41316314 gatgctttatgcaaaagcaatcatcttgacaaggctattgcattagtgaagaaaattaaagaccaaggcattcaatcggatatgtacacatccaatatac 41316413  T
Q  461 ttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggtttatcagtatctt 522  Q
    || ||||||| |||||||||   |||||| ||||| |||||||||  |||| |||| |||||    
T  41316414 ttattgatgggttatgcaaatgaggaagacttaagaatgcacaagatgtttttcaggatctt 41316475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0572 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:

Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 304 - 522
Target Start/End: Original strand, 3230 - 3448
Alignment:
Q  304 gatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacat 403  Q
    |||||||||| | |||| || ||||| |||||| | ||||| |||||||| ||| | |||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  3230 gatgagatgcgtgatagtggtcaaccagctgatataatcacttacaattcattaatagatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggctattgcat 3329  T
Q  404 tattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcaca 503  Q
    || | | ||| || ||||||||||| ||||| | | ||||||| || |||| ||||||| | |||||| |||||||| | |||||  ||||| |||||||    
T  3330 tagtcaagaaaattaaagaccaaggcattcaactagatatgtacacatacaatatacttatcgatggactatgcaaacaaggaaggcttaaggatgcaca 3429  T
Q  504 agcggtttatcagtatctt 522  Q
    || | ||| |||| |||||    
T  3430 agtgatttttcaggatctt 3448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 4)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 241 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 121545 - 121264
Alignment:
Q  241 tacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctgatgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtga 340  Q
    |||||||| ||||||||||   | |||||||  || ||||||||| |||  || || ||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||||  || | |    
T  121545 tacagttctcttattgatgctttgtgcaaatcagggagaatctctcatgcatgggagcttcttgatcagatgcatgatagaggtcaacctgccaatatta 121446  T
Q  341 tcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaa 440  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  | | ||| || ||||| || || ||||| || ||    
T  121445 tcacatacaattccttattgcatgctttatgcaaaaatcatcaagttgacaaggcaattgcattggtcaagaaaattaaagatcagggcattcaacccaa 121346  T
Q  441 tatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggtttatcagtatctt 522  Q
    |||  | || |||| ||||||| | |||||| |||||||| | |||||| || || ||||||||| | ||| |||| |||||    
T  121345 tattaacacatacaatatacttatcgatggactatgcaaagaaggaagacttgagaatgcacaagtgatttttcaggatctt 121264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 361 - 505
Target Start/End: Original strand, 137428 - 137572
Alignment:
Q  361 gatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatac 460  Q
    |||||||| | ||||||| ||||  ||||||| || ||| ||||| | | ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||| |||||    
T  137428 gatgctttatgcaaaaacaatcatcttgacaaagctattgcattagtcaagaaaattaaagaccaaggcattcaaccaaatatgtacacatacaatatac 137527  T
Q  461 ttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaag 505  Q
    || ||||||| |||||||||   ||| || ||||| |||||||||    
T  137528 ttattgatgggttatgcaaaggaggacgacttaagaatgcacaag 137572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 361 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 104683 - 104539
Alignment:
Q  361 gatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatac 460  Q
    |||||||| | ||||||| ||||  ||||||| || || |||||| | | ||| || ||||||||||| ||||| ||| ||||||| || |||| |||||    
T  104683 gatgctttatgcaaaaacaatcatcttgacaaagctatgacattagtcaagaaaattaaagaccaaggcattcaaccagatatgtacacatacaatatac 104584  T
Q  461 ttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaag 505  Q
    || ||||||| |||||||||   ||| || ||||| |||||||||    
T  104583 ttattgatgggttatgcaaaggaggacgacttaagaatgcacaag 104539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 112 - 186
Target Start/End: Original strand, 140103 - 140177
Alignment:
Q  112 ggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagcc 186  Q
    |||||||||||| ||  ||||| ||| ||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  140103 ggagtggctcctgatgctcatacctatagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggttgatgaagcc 140177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 2)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 341 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 126088 - 125949
Alignment:
Q  341 tcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaa 440  Q
    |||| |||||||||||| | |||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| | | ||| |||||||| ||||| ||||| ||| |    
T  126088 tcacttacaattccttaatagatgctttatgcaaaaaccatcagattgacaaggctattgcattagttaagaaaatcaaagatcaaggcattcaaccaga 125989  T
Q  441 tatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaa 480  Q
    |||||  || |||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  125988 tatgtgcacatacaatatacttattgatggactatgcaaa 125949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 113 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 126316 - 126243
Alignment:
Q  113 gagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagcc 186  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||  ||||||||| || ||||||    
T  126316 gagtggctcctgatgctcatagctatagtatcatgattaatggattatgtaaggttaaaatggtcgacgaagcc 126243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0177 (Bit Score: 51; Significance: 8e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0177
Description:

Target: scaffold0177; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 308 - 522
Target Start/End: Original strand, 27354 - 27568
Alignment:
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 407  Q
    ||||||||  |||||| |||||||| ||||| ||||| ||||  ||||| ||| ||||||| |  |||||||| || |||||||||||| || ||||  |    
T  27354 agatgcatgctagaggtcaacctgccgatgtaatcacatacacctccttcttgcatgctttatgtaaaaaccaccaagttgacaaggcagttgcattggt 27453  T
Q  408 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcg 507  Q
     | ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||  | || |||| ||||||| | |||||| |||||||| | ||||||||| || ||||||||| |    
T  27454 caagaaaattaaagaccaaggcattcaaccaaatattaacacgtacaatatacttatcgatggactatgcaaagaaggaagatttgagaatgcacaagtg 27553  T
Q  508 gtttatcagtatctt 522  Q
     ||| |||| |||||    
T  27554 atttttcaggatctt 27568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0652 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0652
Description:

Target: scaffold0652; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 308 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 1293 - 1079
Alignment:
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattatt 407  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||  | ||||| |  ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  |    
T  1293 agatgcatgatagaggtcaacctgccgatgtgatcacttacaattccttcttacacgctttatgtaaaaatcatcaagttgacaaggcaattgcattggt 1194  T
Q  408 aatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcg 507  Q
     | ||| || ||||| || || ||||| || |||||  | || |||| ||||||| | |||||| |||||||| | |||||| || || ||||||||| |    
T  1193 caagaaaattaaagatcagggcattcaacccaatattaacacatacagtatacttatcgatggactatgcaaagaaggaagacttgagaatgcacaagtg 1094  T
Q  508 gtttatcagtatctt 522  Q
     ||| |||| |||||    
T  1093 atttttcaggatctt 1079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 46; Significance: 7e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 89 - 409
Target Start/End: Original strand, 22125 - 22445
Alignment:
Q  89 tattcgacactatggctcaaagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgt 188  Q
    ||||| |||||||| |||| || || ||| || ||||| |||| ||||||| | ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  22125 tattcaacactatgtctcataggggtgtgactgctaatgttcagagctacaatatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatgaagccat 22224  T
Q  189 caatctcttcaaagaattgcat-ataagtaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaattgggaagaatctctga 287  Q
     || || ||||||||| ||||| | ||  || ||   ||||||| | |||   || ||||| ||||| |||||| | |||||||  |||||||| ||  |    
T  22225 gaaacttttcaaagaaatgcatcacaaacaa-atttttcctgatgtgataacttatagttcccttatcgatggattgtgcaaatctggaagaatatcata 22323  T
Q  288 tgtttgagatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggtt 387  Q
    || ||  || ||| | |||||||||||| || |||| ||||   ||||| | || || ||||||||  ||||||||||||| | |||||| ||||| ||     
T  22324 tgctttggaacttgtcgatgagatgcattatcgagggcaacaacctgatataattacttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaacatcatgtg 22423  T
Q  388 gacaaggcaattacattattaa 409  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  22424 gacaaagcaattacattattaa 22445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0429 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0429
Description:

Target: scaffold0429; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 346 - 522
Target Start/End: Original strand, 6235 - 6411
Alignment:
Q  346 tacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgt 445  Q
    |||||||| ||| | ||||| || | |||||||||||| ||||||||||| |||  |||| | | ||| || ||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  6235 tacaattctttaatagatgcattatgcaaaaaccatcatgttgacaaggctattgtattagtcaagaaaattaaagaccaaggcattcaactaaatatgt 6334  T
Q  446 atacttacactatacttgttgatggattatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggtttatcagtatctt 522  Q
    | || |||| ||||||| | |||||| |||||||| | |||||  ||||| ||||||||| | ||| |||| |||||    
T  6335 acacatacaatatacttatcgatggactatgcaaacaaggaaggcttaaggatgcacaagtgatttttcaggatctt 6411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 53888 - 53692
Alignment:
Q  14 aacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaaagagg 113  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| | || | | |||||| | ||||| ||||| |   |  ||||| |||||||| |||| || ||    
T  53888 aacctaatgttgttacttattgctctttaatggatggatattgcctagttaaacaagtgaataaggctaagaagatattcaacactatgtctcagagggg 53789  T
Q  114 agtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgcat 210  Q
    |||| || ||||| |||||||||||| | ||||||| | |||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||| | || ||||||| |||| |||||    
T  53788 agtgactgctaatgttcatagctacaatatcatgattaatggattttgtaagattaaaaaggtggataaagccatgaaactcttcatagaaatgcat 53692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0573 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0573
Description:

Target: scaffold0573; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 304 - 471
Target Start/End: Original strand, 4134 - 4301
Alignment:
Q  304 gatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacat 403  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||  ||||| | || || |||| |||  ||||||||||||| | |||||||||||  | ||||||||||||| |||    
T  4134 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattacttacagttctctattggatgctttatgcaaaaaccatccaggtgacaaggcaattgcat 4233  T
Q  404 tattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatgga 471  Q
    ||||||  ||  | |||||||| ||  |||| ||||||||||| || |||||||| ||| || |||||    
T  4234 tattaacaaaattgaaagaccagggtcttcaaccaaatatgtacacatacactattcttattaatgga 4301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 32760513 - 32760416
Alignment:
Q  20 atgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggccacatatgtattcgacactatggctcaaagaggagtg 117  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||| |||||||||  ||||||| |||| ||| ||||||    
T  32760513 atgttgtcatttataattctttgacggatgggtatttcttggttaaggaagtgaacaagaccaaatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtg 32760416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0654 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0654
Description:

Target: scaffold0654; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 308 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 1218 - 1122
Alignment:
Q  308 agatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacatt 404  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||| ||  | ||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  1218 agatgcatgatagaggtcaacatgcaaatgtgatcacttacaattccttcttacacgctttatgtaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcatt 1122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 153 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 31458 - 31401
Alignment:
Q  153 tggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgcat 210  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||||||| | |||||||||| |||| |||||    
T  31458 tggattatgtaagattaaaattgttgatgaagccttgaatctcttcacagaaatgcat 31401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University