View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13260_low_23 (Length: 318)

Name: NF13260_low_23
Description: NF13260
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13260_low_23
NF13260_low_23
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (14-300)||(24218318-24218604)
chr4 (74-300)||(16843583-16843809)
chr4 (14-300)||(16846251-16846536)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (14-300)||(37382913-37383199)
chr5 (39-300)||(37701995-37702256)
chr5 (34-300)||(37393464-37393730)
chr5 (41-300)||(37401585-37401844)
chr5 (41-300)||(37639060-37639319)
chr5 (15-300)||(37593492-37593777)
chr5 (15-300)||(37695883-37696168)
chr5 (14-300)||(37532387-37532673)
chr5 (41-300)||(37823218-37823477)
chr5 (14-300)||(37434997-37435283)
chr5 (39-300)||(37710816-37711077)
chr5 (153-300)||(37413752-37413899)
chr5 (14-238)||(37428339-37428562)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (34-298)||(14552679-14552943)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 14 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 24218604 - 24218318
Alignment:
Q  14 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  24218604 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattcttgaggcaagatgtt 24218505  T
Q  114 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 213  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24218504 ggcacggggccacggaaattattaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgattccaccatgaagatgat 24218405  T
Q  214 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24218404 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 24218318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 74 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 16843809 - 16843583
Alignment:
Q  74 cacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgat 173  Q
    |||||| |||||||||||||| || | || ||| |||||||||| || |||||  ||||||||   |||||||||  ||||||||| ||| |||||||      
T  16843809 cacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgga 16843710  T
Q  174 tgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtat 273  Q
    || ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||  ||| | |||| ||||||||||||    
T  16843709 tgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaaacgagtacctgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtat 16843610  T
Q  274 cgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    | | |||| ||||||| ||||||||||    
T  16843609 cctctatgttgttgtcaccaaggtcca 16843583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 14 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 16846536 - 16846251
Alignment:
Q  14 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 113  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||  ||||| | || ||||||||||||||||| ||||  || ||||||    
T  16846536 cacagaatcattatagtaattgacctttcccatgtactgcaaaccagttttattatcattcgcgttcatcattccttgaaaattcttgatacatgatgtt 16846437  T
Q  114 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 213  Q
    ||||  || |||| ||| |||||| |  |||  ||  |||||||||  || |||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||| ||| | ||    
T  16846436 ggcaacggtccactgaatttgttatcgaagatgtccaaaattctcaattt-ggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgaaccataaagtttat 16846338  T
Q  214 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    |||| | |||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | |||| ||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||    
T  16846337 ttgaccttaaactgagtacatgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtcca 16846251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 14 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 37383199 - 37382913
Alignment:
Q  14 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  37383199 cacagaatcattatagtaattggacttacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaaattcttgatgcacgatgtt 37383100  T
Q  114 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 213  Q
    |||| ||| |||   ||||||||   |||||||||  ||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||| || |||||| | |||||||| | ||    
T  37383099 ggcaagggcccaataaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatggatgtttggtgctagagcatgtgattgcgccatgaagtttat 37383000  T
Q  214 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||  ||| | |||||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||||    
T  37382999 ttgatcttaaactgagcacctgtaattcttgtagagtttcaagccaattgggaaaagtatcctctacgttgttgtctccaaggtcca 37382913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 39 - 300
Target Start/End: Original strand, 37701995 - 37702256
Alignment:
Q  39 ttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttac 138  Q
    |||| ||||||||||| | ||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||||||      
T  37701995 ttacgcatgtattgcagatcagtttttttgtcatttacattaatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttgt 37702094  T
Q  139 cagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaa 238  Q
     |||| ||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  37702095 tagaggcatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaa 37702194  T
Q  239 ctcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    |||| | | |  ||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||    
T  37702195 ctctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtcca 37702256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 34 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 37393730 - 37393464
Alignment:
Q  34 tggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaatt 133  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||   ||  ||||||||  |||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||||||||  |||||    
T  37393730 tggctttacccatgtattgcaaaccaatttggctgttattcacatccatcattccttgaaagttcttgaagcatgatgttggcaaggggccactaaaatt 37393631  T
Q  134 gttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacc 233  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  37393630 gttactagagacatcataaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgacccatgaagatgatttgatcgtaaacttagcacc 37393531  T
Q  234 tgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    ||||||||||| |||  ||||| |||||||||||| ||||| | |||| ||||||| ||||||||||    
T  37393530 tgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaaagtatcctctatgttgttgtcaccaaggtcca 37393464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 41 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 37401844 - 37401585
Alignment:
Q  41 acccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttacca 140  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||| ||||  ||||||||   |    
T  37401844 acccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 37401745  T
Q  141 gagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaact 240  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  37401744 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 37401645  T
Q  241 cttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    || | |||  ||||| |||||  ||||||||||| |  | | ||||||| ||||||||||    
T  37401644 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtcca 37401585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 41 - 300
Target Start/End: Original strand, 37639060 - 37639319
Alignment:
Q  41 acccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttacca 140  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||| ||||  ||||||||   |    
T  37639060 acccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 37639159  T
Q  141 gagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaact 240  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  37639160 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 37639259  T
Q  241 cttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    || | |||  ||||| |||||  ||||||||||| |  | | ||||||| ||||||||||    
T  37639260 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtcca 37639319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Original strand, 37593492 - 37593777
Alignment:
Q  15 acagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttg 114  Q
    |||||||||||||| ||||   ||  |||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||||    
T  37593492 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37593591  T
Q  115 gcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatt 214  Q
    ||| ||| ||||  ||||||||   ||| |||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  37593592 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 37593691  T
Q  215 tgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    ||||||||| || || || ||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||    
T  37593692 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtcca 37593777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 300
Target Start/End: Original strand, 37695883 - 37696168
Alignment:
Q  15 acagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttg 114  Q
    |||||||||||||| ||||   | | |||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||||    
T  37695883 acagaatcattatagtaataaccgtcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37695982  T
Q  115 gcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatt 214  Q
    ||| ||| ||||  ||||||||   ||| |||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  37695983 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 37696082  T
Q  215 tgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    ||||||||| || || || ||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||    
T  37696083 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtcca 37696168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 14 - 300
Target Start/End: Original strand, 37532387 - 37532673
Alignment:
Q  14 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 113  Q
    ||||||||||||||| ||||   ||  |||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||| |||||||||| ||| || |||| ||| ||| ||    
T  37532387 cacagaatcattatagtaataacccgcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattcctttaaagttcttgatgcatgatatt 37532486  T
Q  114 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 213  Q
    |||| ||| ||||  ||||||||   ||| |||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  37532487 ggcaagggcccactaaaattgttgttagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 37532586  T
Q  214 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    |||||||||| || || || ||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||    
T  37532587 ttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtcca 37532673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 41 - 300
Target Start/End: Original strand, 37823218 - 37823477
Alignment:
Q  41 acccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttacca 140  Q
    |||||||||||||||||||  ||  | | || ||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||| ||||  ||||||||   |    
T  37823218 acccatgtattgcaaaccaatttggtcgtcactcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 37823317  T
Q  141 gagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaact 240  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  37823318 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 37823417  T
Q  241 cttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    || | |||  ||||| |||||  ||||||||||| |  | | ||||||| ||||||||||    
T  37823418 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtcca 37823477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 14 - 300
Target Start/End: Original strand, 37434997 - 37435283
Alignment:
Q  14 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||   |   |  |||||||||| |||||||||||||| || ||||  || ||||||    
T  37434997 cacagaatcattatagtaattgttcttacccatgtattgcaaaccaatctggctatcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatacatgatgtt 37435096  T
Q  114 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 213  Q
    |||| ||  ||||  |||||||||||  |||  ||  ||||||| | ||| | ||| |  || |||||| ||||||| ||||||  ||||| ||| | ||    
T  37435097 ggcaaggatccactaaaattgttaccgaagatgtcaaaaattcttaacttagaaaaaggatggttggtgttagaacaggtgattgaaccattaagtttat 37435196  T
Q  214 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||||    
T  37435197 ttgatcttaaactgagtacctgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtatccaaggtcca 37435283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 39 - 300
Target Start/End: Original strand, 37710816 - 37711077
Alignment:
Q  39 ttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttac 138  Q
    |||| ||||||||||| | ||  ||| ||| ||||||| || |||||||||||||| || |||| ||| |||| ||||| ||| ||||  ||||||||      
T  37710816 ttacgcatgtattgcagatcaatttttttgtcattcaccttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgctggcaagggcccactaaaattgttgt 37710915  T
Q  139 cagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaa 238  Q
     |||||||||  ||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||    
T  37710916 tagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaa 37711015  T
Q  239 ctcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    |||| | |||  ||||| |||||  ||||||||||| |  | | ||||||| ||||||||||    
T  37711016 ctctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtcca 37711077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 153 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 37413899 - 37413752
Alignment:
Q  153 attctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaactt 252  Q
    ||||||| ||| |||||||  || || ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||  ||    
T  37413899 attctcaacttgggaaatgtatgctttgtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacctgtaactcttgtagagttt 37413800  T
Q  253 ctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtcca 300  Q
    ||| |||||||||||||||||| | |||  ||||||| ||||||||||    
T  37413799 ctagccaattgggaaatgtatcctctatattgttgtcaccaaggtcca 37413752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 238
Target Start/End: Original strand, 37428339 - 37428562
Alignment:
Q  14 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||   |  |||||||||| |||||||||||||||||  ||| ||| | |||     
T  37428339 cacagaatcattatagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtc 37428438  T
Q  114 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 213  Q
    |||| ||| ||||  ||| | |||  | |||  ||| ||||||||| ||| || ||||  ||||||||  ||||||||||||||  |||||| || | ||    
T  37428439 ggcaagggaccactaaaaattttattatagatgtcgaaaattctcaactt-gggaatggatgtttggtcatagaacaagtgattgtaccatgcagtttat 37428537  T
Q  214 ttgatcgtaaactgagtacctgtaa 238  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||    
T  37428538 ttgatcttaaaatgagaacctgtaa 37428562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 34 - 298
Target Start/End: Original strand, 14552679 - 14552943
Alignment:
Q  34 tggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaatt 133  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||   || ||||||| || |||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| || |||||  |||||    
T  14552679 tggctttacccatgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacgttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaatt 14552778  T
Q  134 gttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacc 233  Q
    |||   |||||||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||| |||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||| || ||     
T  14552779 gttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttgatgctagaacaggtgattgctccgtgaagatgatttgatcgtaaacttagcact 14552878  T
Q  234 tgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtc 298  Q
    ||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||    
T  14552879 tgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtc 14552943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University