View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13261_low_1 (Length: 892)

Name: NF13261_low_1
Description: NF13261
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13261_low_1
NF13261_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-882)||(43339413-43340282)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (37-494)||(1014632-1015088)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 765; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 882
Target Start/End: Complemental strand, 43340282 - 43339413
Alignment:
Q  19 acactacatacgcacaagaactgatatgagcaaaacagaaccagccactaccaacatcaaaagcagtcgacgatcatataccacggatacaaacaagtgg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43340282 acactacatacgcacaagaactgatatgagcaaaacagaaccagccactaccaacatcaaaagcagtcgacgatcatataccacggatacaaacaagtgg 43340183  T
Q  119 attcaaccaccaatcggaccatcgaaagtttgtgttcaatccctccct----acacataaaccaagaccaagataggcttctgatatggtcaaccacctc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  43340182 attcaaccaccaatcggaccatcgaaagtttgtgttcaatccctccctccctacacataaaccaagaccaagataggctcttgatatggtcaaccacctc 43340083  T
Q  215 taaataatttgcaaccttcctgttaaaaataacattatttcgctccaaccacatgcaccaagccgttgttaaccacaataaatgcgatacnnnnnnnact 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||    
T  43340082 taaataatttgcaaccttcctgttaaaaataacattatttcgctccaaccacatgcaccaagccgttgttaaccacactaaatgcgatactttttttact 43339983  T
Q  315 tttcttacctttgcaaattggattgaattaatgaaagttgtttactacatcaccatctcaaaccttcagcccccactcccaaccaattaaaaatcaagct 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339982 tttcttacctttgcaaattggattgaattaatgaaagttgtttactacatcaccatcccaaaccttcagcccccactcccaaccaattaaaaatcaagct 43339883  T
Q  415 ctacgcttccaacatctctgagcaaattgcaaacaaatggctagatgtttcaatttctctaaagcagcaca--cacaacattgtcggtgaacatctctta 512  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  43339882 ccacgcttccaacgtctctgagcaagttgcaaacaaatggctagatgtttcaatttctctaaagcagcacacacacaacattgtcggtgaacatctctta 43339783  T
Q  513 ttacttcccttctccgcaattccactctagctggcagcctgctccaaatctgcgaagctgctgccacaataatcttcatcatattcagcatcacggaaca 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339782 ttacttcccttctccgcaattccactctagttggcagcctgctccaaatctgcgaagctgctgccacaataatcttcatcatattcagcatcacggaaca 43339683  T
Q  613 aatttgacagcaccaaatagaannnnnnnncaccaagaaccctgctccttcgtcgggcagccagcagaaggtatcagaaacagatggtcgcggctgcacc 712  Q
    ||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339682 aatttgacagcaccaaatagaattttttttcaccaagaaccctgctccttcgtcgggcagccagcagaaggtatcagaaacagatggtcgcggctgcacc 43339583  T
Q  713 tgcagaatttcctactgcaaaacagatggtccggttgcaaatttttggaccaattccatctccaaatccacatattatctcaccaacatcccatgtcgga 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339582 tgcagaatttcctactgcaaaacagatggtccggttgcaaatttttggaccaattccatctccaaatccacatattatctcaccaacatcccatgtcgga 43339483  T
Q  813 caccttaacatctctgttagaaaccgcactgaataaatgagggaatcacacacagaatggttgttctctg 882  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339482 caccttaacatctctgttagaaaccgcactgaataaatgagggaatcacacacagaatggttgttctctg 43339413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 165; Significance: 9e-88; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 37 - 494
Target Start/End: Original strand, 1014632 - 1015088
Alignment:
Q  37 aactgatatgagcaaaacagaaccagccactaccaacatcaaaagcagtcgacgatcatataccacggatacaaacaagtggattcaaccaccaatcgga 136  Q
    |||||||| ||| |||| ||||  ||||||||| |||||   ||| || ||||| ||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1014632 aactgatacgagtaaaatagaaagagccactacaaacattgcaagaaggcgacgttcaaatacttcagatacaaacaagtggattcaaccaccaatagga 1014731  T
Q  137 ccatcgaaagtttgtgttcaatccctccctacacataaaccaagaccaagataggcttctgatatggtcaaccacctctaaataatttgcaaccttcctg 236  Q
     ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| | ||||||||||||||| ||||  |||||| ||      
T  1014732 tcatcgaaagttcgtgttgaacccctccctacacataaaccaagaccaagataggtgtttgataggatcaaccacctctaaacaattcacaacctaccat 1014831  T
Q  237 ttaaaaataacattatttcgctccaaccacatgcaccaagccgttgttaaccacaataaatgcgatacnnnnnnnacttttcttacctttgcaaattgga 336  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||       || ||||||||| | |||||||| |    
T  1014832 ttaaaaagaacattataacgctccaaccaaatacaccaagctgttgttagccacactaaatgcgatactttttttacctttcttaccctcgcaaattgaa 1014931  T
Q  337 ttgaattaatgaaagttgtttactacatcaccatctcaaaccttcagcccccactcccaaccaattaaaaatcaagctctacgcttccaacatctctgag 436  Q
    |||||| || | ||||||||| |||||| || ||| | ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |  | ||| || ||| ||||    
T  1014932 ttgaataaaaggaagttgtttgctacataacaatc-ccaaccttcagcctccactcccaatcaattacaaatcaagctccatacatccgacgtctttgag 1015030  T
Q  437 caaattgcaaacaaatggctagatgtttcaatttctctaaagcagcacacacaacatt 494  Q
    |||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1015031 caagatgcaaacaaagggccagatgtttcaatttctctaaagcaccacacacaacatt 1015088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University