View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13262_low_36 (Length: 282)

Name: NF13262_low_36
Description: NF13262
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13262_low_36
NF13262_low_36
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (20-282)||(22805095-22805357)
chr7 (116-264)||(22893748-22893896)
chr7 (131-273)||(22913460-22913602)
chr7 (94-273)||(22875708-22875890)
chr7 (94-281)||(22814805-22815001)
chr7 (94-264)||(22898067-22898237)
chr7 (20-276)||(22830814-22831079)
chr7 (20-277)||(22889074-22889340)
chr7 (94-277)||(22880373-22880565)
chr7 (94-273)||(22809427-22809618)
chr7 (98-276)||(22839835-22840022)
chr7 (116-264)||(22826053-22826201)
chr7 (94-270)||(22858248-22858436)
chr7 (184-277)||(22885407-22885500)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (94-282)||(21150740-21150937)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 20 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 22805357 - 22805095
Alignment:
Q  20 atcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaatccaatacagg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22805357 atcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaacagtagacctttccagtggaaatcctatacagg 22805258  T
Q  120 tatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgttaaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaaga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805257 tatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgttaaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaaga 22805158  T
Q  220 tctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagggttacttgc 282  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22805157 tctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgc 22805095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 116 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 22893896 - 22893748
Alignment:
Q  116 caggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgttaaaccaacaggaccttcgttatcaatgacca 215  Q
    |||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  ||||| ||||||| ||||||    
T  22893896 caggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttatcattgacca 22893797  T
Q  216 aagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatc 264  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  22893796 aagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattttcatc 22893748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 131 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 22913602 - 22913460
Alignment:
Q  131 tatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgttaaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaa 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||    
T  22913602 tatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttatcattgaacaaagatctttcttcaa 22913503  T
Q  231 ttcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagg 273  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22913502 ttcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacagg 22913460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 94 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 22875890 - 22875708
Alignment:
Q  94 cctttccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgtt-gt--taaacca 190  Q
    ||||| ||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| | ||  |||||||    
T  22875890 ccttttcagtggatatcccatgcaggtatggattgactatgatggagtgaaaaaaaagattgatgttactttagctccaatagatgctagtaataaacca 22875791  T
Q  191 acaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagg 273  Q
    |||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22875790 acacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagg 22875708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 94 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 22815001 - 22814805
Alignment:
Q  94 cctttccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgtt--------- 184  Q
    |||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |             
T  22815001 cctttccaatggatttcctatacaggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaatgagtgttggtgctagtaat 22814902  T
Q  185 aaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagggttacttg 281  Q
    |||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22814901 aaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttg 22814805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 94 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 22898237 - 22898067
Alignment:
Q  94 cctttccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgttaaaccaaca 193  Q
    ||||| |||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |    
T  22898237 ccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaaa 22898138  T
Q  194 ggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatc 264  Q
      ||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||    
T  22898137 caacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatc 22898067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 22831079 - 22830814
Alignment:
Q  20 atcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaatccaatacagg 119  Q
    ||||||||| ||||||||| |   |||||| ||||||  ||||| ||||||  ||||| | |||| | | ||  |||| |||||||| |||| || ||||    
T  22831079 atcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcagg 22830980  T
Q  120 tatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttg---------ttaaaccaacaggaccttcgttatcaat 210  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||          ||||||||||  |||  |||||||| |    
T  22830979 tatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaacacaaccgacgttatcatt 22830880  T
Q  211 gaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagggtt 276  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22830879 gaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggtt 22830814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 20 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 22889340 - 22889074
Alignment:
Q  20 atcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatcatggtcaaatcagaactgtagacctttccagtggaaatccaatacagg 119  Q
    ||||||||| ||||||||| ||  |||||| ||||||  ||||| |||| | |||||||| |||    | ||  ||||||||||||| | || || ||||    
T  22889340 atcaatgatttgaaatcagctgattcaactcctgcaggatattatgatggttatggtcaattcaaggatttatccctttccagtggataccctatgcagg 22889241  T
Q  120 tatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgtt---------aaaccaacaggaccttcgttatcaat 210  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |   ||||| |         |||||||||  ||||| ||||||| |    
T  22889240 tatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagcaccaatgagtgttggtgctagtaataaaccaacacaacctttgttatcatt 22889141  T
Q  211 gaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagggtta 277  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22889140 gaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggtta 22889074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 94 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 22880565 - 22880373
Alignment:
Q  94 cctttccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgtt--------- 184  Q
    ||||||||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||  ||||| |             
T  22880565 cctttccagtggatatcccatgcaggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgaggttacattagctccgattagtgttggttttaataat 22880466  T
Q  185 aaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagggtta 277  Q
    ||||||||| ||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  22880465 aaaccaacacgacatttgttgtcattgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagtatgtatgttggattatcatcttcaacaaggtta 22880373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 94 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 22809618 - 22809427
Alignment:
Q  94 cctttccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctcca----------gttt--atgtt 181  Q
    ||||| ||||||  |||| || || ||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||          ||||  |||||    
T  22809618 ccttttcagtggctatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgctactttagctccaattaatgttggttttaatgtt 22809519  T
Q  182 gttaaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagg 273  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22809518 gttaaaccaacacgacctttgttatcattcaccaaagatctttctccaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacagg 22809427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 98 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 22840022 - 22839835
Alignment:
Q  98 tccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgtt---------aaac 188  Q
    ||||||||| |||| || || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||| |         ||||    
T  22840022 tccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccatttagtgttggttttagtcataaac 22839923  T
Q  189 caacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagggtt 276  Q
    |||||  |||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22839922 caacacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggtt 22839835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 116 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 22826201 - 22826053
Alignment:
Q  116 caggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgttaaaccaacaggaccttcgttatcaatgacca 215  Q
    ||||||||||| || |||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  ||||| ||| ||| ||||||    
T  22826201 caggtatggatagaatatgatggtgaaaataaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgttaaaccaaaacaacctttgttttcattgacca 22826102  T
Q  216 aagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatc 264  Q
     ||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||    
T  22826101 gagatcttcctccaattttgaacaatagtatgtatgttggattctcatc 22826053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 94 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 22858436 - 22858248
Alignment:
Q  94 cctttccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttat------------gtt 181  Q
    |||||| |||||| |||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||            |||    
T  22858436 cctttctagtggatatcctatgcaggtatggatagaatatgatggagtgaagaaaaatattgatgttacattagctccaattaattttggttgtaatgtt 22858337  T
Q  182 gttaaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaac 270  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||| | || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  22858336 gttaaaccagcacgacctttgttatcattcacgaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaac 22858248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 184 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 22885500 - 22885407
Alignment:
Q  184 taaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagggtta 277  Q
    ||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22885500 taaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaatactcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggtta 22885407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 94 - 282
Target Start/End: Original strand, 21150740 - 21150937
Alignment:
Q  94 cctttccagtggaaatccaatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgtt--------- 184  Q
    ||||| ||||||| |||| || || ||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||  ||||| |             
T  21150740 ccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtgttggttttaataaa 21150839  T
Q  185 aaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaaaaatagtatgtatgttggattgtcatcttcaacagggttacttgc 282  Q
    |||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21150840 aaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgc 21150937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University