View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13263_low_1 (Length: 813)

Name: NF13263_low_1
Description: NF13263
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13263_low_1
NF13263_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-794)||(30668097-30668859)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 30668859 - 30668097
Alignment:
Q  10 ataattctaatgaaaatgacatttacttttaaaacaaannnnnnnnnncctaataaagtgacattattgtgaagcatatcagtgaagaaagtaggaaagt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30668859 ataattctaatgaaaatgacatttacttt-aaaacaa-ttttttttttcctaataaagtgacattattgtgaagcatatcagtgaagaaagtaggaaagt 30668762  T
Q  110 tctgaatttcctataattgcagtatgatgaaagttatgagttcctaggccaacatgcaaaatgtaatagtgacattaactgatgggtccaatccctttaa 209  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30668761 tctgaatttcctttaattgcagtatgatgaaagttatgagttcctaggccaacatgcaaaatgtaacagtgacattaactgatgggtccaatccctttaa 30668662  T
Q  210 attatgaaattatcttgaattttccaaattaatttacagaaataaaataattgggtgactaatgcgaaataaaatgataggtttgtatgtaataataatg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30668661 attatgaaattatcttgaattttccaaattaatttacagaaataaaataattgggtgactaatgcgaaataaaatgataggtttgtatgtaataataatg 30668562  T
Q  310 taatctaaattgaaagaccaatatgataggttgaaaatagaaatgataatgatcagtttaaaatagcaatattatgattggtcactcaccaataaaagac 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||                    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30668561 taatctaaattgaaagaccaatatgat--------------------aatgatcagtttaaaatagcaatattatgattggtcactcaccaataaaagac 30668482  T
Q  410 attgatgttttaatttttagtgtaaaatgagagtaaccaatgcttgaatatttagaataaagatgagatgagatgagtcctatccaagtcttgtgtggta 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30668481 attgatgttttaatttttagtgtaaaatgagagtaaccaatgcttgaatatttagaataaagatgagatgagatgagtcctatccaagtcttgtgtggta 30668382  T
Q  510 agaaactctccttaatacttgtggagatggaaataccttcaataccaacctcaaggtcattgcttaagagtgaatgagaaatgtagcaactctatgattg 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30668381 agaaactctccttaatacttgtggagatggaaataccttcaataccaacctcaaggtcattgcttaagagtgaatgagaaatgtagcaactctatgattg 30668282  T
Q  610 ccacgtggcagcttggtaatcttcattgtgtggacgttatggtttcaatggccaatcctattgttacaccctatcaattaatcagctaatataaatccct 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30668281 ccacgtggcagcttggtaatcttcattgtgtggacgttatggtttcaatgaccaatcctattgttacaccctatcaattaatcagctaatataaatccct 30668182  T
Q  710 caatttgatcacaaatttgcatagaataattttcttcaatttcaactacctttctcttttgtgtaataccaatcagtgcagtatc 794  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30668181 caatttgatcacaaatttgcatagaataatttgcttcaatttcaactatctttctcttttgtgcaataccaatcagtgcagtatc 30668097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University