View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13264_low_1 (Length: 682)

Name: NF13264_low_1
Description: NF13264
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13264_low_1
NF13264_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-655)||(7355257-7355902)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 577; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 577; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 655
Target Start/End: Original strand, 7355257 - 7355902
Alignment:
Q  10 aagaatatgagcataactgaggctagaggaatcccaaatatgggatgcatgtaaataaatggcataactgaatcattttatcttgttattggttgaannn 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  7355257 aagaatatgagcataactgaggctagaggaatcccaaatatgggatgcaggtaaataaatggcataactgaatcattttatcttgttattggttgaattt 7355356  T
Q  110 nnnnaactaaattgtatggacttgcagtgataattctggtgtgtgggtactagattggggtgaaagtgcacattgtattgatctaaaaaaccttcctgac 209  Q
        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7355357 ttttaactaaactgtatggacttgcagtgataattctggtgtctgggtactagattggggcgaaagtgcacattgtattgatctaaaaaaccttcctggc 7355456  T
Q  210 aaggttggtatttaataataatgtgacattttgatattcatctcaatttaattacaatttataattaattatttctctattatgtgtagttgaatgagaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7355457 aaggttggtatttaataataatgtgagattttgatatgcatctcaatttaattacaatttataattaattatttctctattatgtgtagttgaatgagaa 7355556  T
Q  310 tgaagtgaggatgacaacaactgcaaagttaatgcttggaaaacataacgagctaaaggtaaaggtggaacatcacacatcgatgtttatcgacagcttt 409  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7355557 tgaagtgaggatgacaacagctgcaaagttaatgcttggaaaacataacgagctaaaggcaaaggtggaacatcacacatcgatgtttatcgacagcttt 7355656  T
Q  410 ccaagtgacactccaatcaatttggatgcttagttttattgtattgttgagtccttggtgatattagaggaactcatttgaacttgaatgatattttgtt 509  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7355657 ccaagtgacactccaattaatttggatgcctagttttattgtattgttgagtccttggtgatattagaggaactcatttgaacttgaatgatattttgtt 7355756  T
Q  510 ttgtaacgggtagtcatattttttgggttgtgatcgaccacgtatgtcttttggtacatggtctatgaatcacgtaggcaatcatgtttcatgaatcatg 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7355757 ttgtaacgggtagtcatattttttgggttgtgatcgaccacgtatgtcttttggtacatggtctatgaatcacgtaggcagtcatgtttcatgaatcatg 7355856  T
Q  610 tacgaacacttttaactaaagtttagctagattattattatgaaag 655  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7355857 tacgaacacttttaactaaagtttagctagattattattatgaaag 7355902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University