View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13268_low_1 (Length: 669)

Name: NF13268_low_1
Description: NF13268
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13268_low_1
NF13268_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-654)||(43439658-43440293)
chr8 (13-654)||(43742190-43742825)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 43440293 - 43439658
Alignment:
Q  13 atactcagtctaaagcgaagtgtgagaccattctctaatttcagtagatggtgagaccattgtctcagaggtgagagttgacgccgttatttaagaggtg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43440293 atactcagtctaaagcgaagtgtgagaccattctctaatttcagtagatggtgagaccattgtctcagaggtgagagttgacgccgttatttaagaggtg 43440194  T
Q  113 ggactgaactcacagttgcttttaaattttaagaggtgaggcctaaaacaaggaacttgagtgaccttgcgcccttgtgtcggccttggttgtaatggaa 212  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43440193 ggactgaattcacagttacttttaaattttaagaggtgaggcctaaaacaaggaacttgagtgacctttcgcccttgtgtcggccttggttgtaatggaa 43440094  T
Q  213 tagtttatcatcatatatacattcaagtgacagaaaaggttagcaatgcataaagaaaaaataacagaaatggaactaaagattgacatgaaggaaggag 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43440093 tagtttatcatcatatatacattcaagtgacagaaaaggttagcaatgcataaagaaaaaataacagaaatggaact-aagattgacatgaaggaaggag 43439995  T
Q  313 ccttaaaatgagttcttgtgatactttatatttgttccattccataactcaaaatcaatttaagcttcgaacatgttcaaaaagttgtacattacaagtt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43439994 ccttaaaatgagttcttgtgatactttatatttgttccattccataactcaaaatcaatttaagcttcgaacatgttcaaaaagttgtacattacaagtt 43439895  T
Q  413 taagcacaattaacactgaaccaattattgctggcttacaacgtctataaatcatggactcaaataaaacgagcagccttgggaatgactcactcattct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    |||||||||    
T  43439894 taagcacaattaacactgaaccaattattgctggcttacaacgtctataaatcatggactcaaataaaacgagcagccttggtgatg----actcattct 43439799  T
Q  513 gcatgaagtgcagacaagcttgccgatcaggcctgagagcagaaaatgacgcgacagagctgcaagaacaaaattcaactcaatttaacgattttttatg 612  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  43439798 gcatgaagtgcagacaagcttgctgatcaggcctgagagcagaaaatgacgcgacagagctgcaag-acaaaattcaactcaaactaaagattttttatg 43439700  T
Q  613 tgaaaacaacgataacgggcctgacaagatcaatgttatgag 654  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43439699 tgaaaacaaagataacgggcctgacaagatcaatgttatgag 43439658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 43742825 - 43742190
Alignment:
Q  13 atactcagtctaaagcgaagtgtgagaccattctctaatttcagtagatggtgagaccattgtctcagaggtgagagttgacgccgttatttaagaggtg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43742825 atactcagtctaaagcgaagtgtgagaccattctctaatttcagtagatggtgagaccgttgtctcagaggtgagagttgacgccgttatttaagaggtg 43742726  T
Q  113 ggactgaactcacagttgcttttaaattttaagaggtgaggcctaaaacaaggaacttgagtgaccttgcgcccttgtgtcggccttggttgtaatggaa 212  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43742725 ggactgaattcacagttactttcaaattttaagaggtgaggcctaaaacaaggaacttgagtgacctttcacccttgtgtcggccttggttgtaatggaa 43742626  T
Q  213 tagtttatcatcatatatacattcaagtgacagaaaaggttagcaatgcataaagaaaaaataacagaaatggaactaaagattgacatgaaggaaggag 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43742625 tagtttatcatcatatatacattcaagtgacagaaaaggttagcaatgcataaagaaaaaataacagaaatggaact-aagattgacatgaaggaaggag 43742527  T
Q  313 ccttaaaatgagttcttgtgatactttatatttgttccattccataactcaaaatcaatttaagcttcgaacatgttcaaaaagttgtacattacaagtt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43742526 ccttaaaatgagttcttgtgatactttatatttgttccattccataactcaaaatcaatttaagcttcgaacatgttcaaaaagttgtacattacaagtt 43742427  T
Q  413 taagcacaattaacactgaaccaattattgctggcttacaacgtctataaatcatggactcaaataaaacgagcagccttgggaatgactcactcattct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    |||||||||    
T  43742426 taagcacaattaacactgaaccaattattgctggcttacaacgtctataaatcatggactcaaataaaacgagcagccttggtgatg----actcattct 43742331  T
Q  513 gcatgaagtgcagacaagcttgccgatcaggcctgagagcagaaaatgacgcgacagagctgcaagaacaaaattcaactcaatttaacgattttttatg 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  43742330 gcatgaagtgcagacaagcttgccgatcaggcctgagagcagaaaatgacgcgacagagctgcaag-acaaaattcaactcaaactaaagattttttatg 43742232  T
Q  613 tgaaaacaacgataacgggcctgacaagatcaatgttatgag 654  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43742231 tgaaaacaaagataacgggcctgacaagatcaatgttatgag 43742190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University