View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1326R-Insertion-16 (Length: 860)

Name: NF1326R-Insertion-16
Description: NF1326R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1326R-Insertion-16
NF1326R-Insertion-16
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (9-761)||(28288566-28289318)
chr8 (9-694)||(28264418-28265103)
chr8 (15-761)||(28294239-28294985)
chr8 (15-753)||(28304441-28305179)
chr8 (10-760)||(28278702-28279452)
chr8 (316-398)||(28342037-28342119)
chr8 (145-214)||(43363692-43363761)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 28289318 - 28288566
Alignment:
Q  9 aacaaccccaaaactgtacacatccgactctttgctagccttacctgtacttatatattcgggagccaaatagcttaaggttccggcaaccactgttgtt 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28289318 aacaaccccaaaactatacacatctgactctttgctagccttacctgtacttatatattctggagccaaatagcctaaggttccggcaaccactgttgtt 28289219  T
Q  109 tggggtccaatctcatggtccattagtttagccaacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctc 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28289218 tggggtccaatctcatgatccattagtttagccaacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatctagcataacattacttgatttgatatctc 28289119  T
Q  209 tatgaaccacacacctctcccattcttcatgtagataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcct 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28289118 tatgaaccacacacctctcccattcttcatgtagataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcct 28289019  T
Q  309 ttttccgaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaaga 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28289018 ttttccgaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttgtcatggcaccatcctaagagcttcacaaga 28288919  T
Q  409 ttccgatgtctcagctggctaataactttcacttcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaat 508  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28288918 ttcctatgtctcagctggctaataactttaacttcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaat 28288819  T
Q  509 cttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctccaaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggta 608  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28288818 cttgatcgaaaaagtaacctttataaacagctccaaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagccaaatcaagttcttggta 28288719  T
Q  609 ggtaaacctccttggccctgctcctctttcaaggtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctc 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28288718 ggtaaacctccttggccctgctcctctttgaaggtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttcctttttctttttacttctctttattttcctc 28288619  T
Q  709 caaagtaatgcatatattgccagtgctcccactcccataactacaatcccaca 761  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28288618 caaagtaatgcatatattgccagtgctcccactcccataactacaatcccaca 28288566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 694
Target Start/End: Original strand, 28264418 - 28265103
Alignment:
Q  9 aacaaccccaaaactgtacacatccgactctttgctagccttacctgtacttatatattcgggagccaaatagcttaaggttccggcaaccactgttgtt 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28264418 aacaaccccaaaactatacacatctgactctttgctagtcttacctgtacttatatattccggagccatatagcctaaggttccggcaaccactgttgtt 28264517  T
Q  109 tggggtccaatctcatggtccattagtttagccaacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  28264518 tggggtccaatctcatggtccattagcttagccaacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatctagcataacattacttgatttaatatccc 28264617  T
Q  209 tatgaaccacacacctctcccattcttcatgtagataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcct 308  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||| ||||| |||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||    
T  28264618 tatgtaccacacacctctcccattcttcatgtagataaagcacaccagaggccaagccaagtgctattttgtgccttacaatccaaggaagaggtgtcct 28264717  T
Q  309 ttttccgaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaaga 408  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  ||||||||||||    
T  28264718 tttaccaaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttatcatggcaccatcccagaagcttcacaaga 28264817  T
Q  409 ttccgatgtctcagctggctaataactttcacttcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaat 508  Q
    || | ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||    
T  28264818 tttctatgtctcagttgactaataactttaacttcagttacatactctttctttccttgtcttgaccctctggatattttcttcacagcaacttgtaaat 28264917  T
Q  509 cttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctccaaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggta 608  Q
    ||  ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |  | ||| |||||||| || || |||||||||| |||    
T  28264918 ctaaatcagcaaagtaacctttaaaaactgctccaaaaccaccttgacccaactttctatccttagaaaagttattggttgccaactcaagttctttgta 28265017  T
Q  609 ggtaaacctccttggccctgctcctctttcaaggtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttc 694  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  28265018 ggtaaacctccttggccctgctcctctttcaaggtcatcattcattgaagtcaaatgcatagcctcttccttttgcttttcacttc 28265103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 761
Target Start/End: Original strand, 28294239 - 28294985
Alignment:
Q  15 cccaaaactgtacacatccgactctttgctagccttacctgtacttatatattcgggagccaaatagcttaaggttccggcaaccactgttgtttggggt 114  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| || ||| ||||||| || | |||||| ||||| | |||||  || |||||||| | | | |||||||| ||     
T  28294239 cccaaaactatacacatctgactctttacttgccctacctgtgctcacatattccggagctagatagccaaatgttccggccagcccagttgtttgcggc 28294338  T
Q  115 ccaatctcatggtccattagtttagccaacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaa 214  Q
    ||||  |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || | |||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  28294339 ccaagttcatggtccattaacttagccaacccaaaatcaccaagcttgacattgaaacttgagtctaacataacattacttgatttaatatccctatgaa 28294438  T
Q  215 ccacacacctctcccattcttcatgtagataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttcc 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
T  28294439 ccacacacctctcccattcttcatgtagataaagcaaaccagaagccaatccaagagctattttgtgccttacaccccaagaaagaggtgttcttttacc 28294538  T
Q  315 gaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccga 414  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |    
T  28294539 aaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttgtcatggcaccaacccaaaagcttcacaagattccta 28294638  T
Q  415 tgtctcagctggctaataactttcacttcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgat 514  Q
    |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||  ||    
T  28294639 tgtctcagttgactaatgactttaacttcagttacatactctttctttccttgtcttgatcctcttgatattttcttcacagcaacttgtaaatctaaat 28294738  T
Q  515 caaaaaagtaacctttataaactgctccaaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaa 614  Q
    ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |  |  || |||||||| || ||||||||||||| |||||| ||    
T  28294739 cagcaaagtaacctttataaacagctccaaaaccaccttgacccaactttctatccttagagaagttattggttgccaaatcaagttctttgtaggtgaa 28294838  T
Q  615 cctccttggccctgctcctctttcaaggtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctccaaagt 714  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   | |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |    
T  28294839 ccttcttggccctgctcctctttcaagatcatcattcattgaagtcaaatgcatagcctcttccttttgcttattacttctctttcttttcctccaaaat 28294938  T
Q  715 aatgcatatattgccagtgctcccactcccataactacaatcccaca 761  Q
    ||||| |||  | | | |||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  28294939 aatgcgtatgctactaatgctcccactcctataactataaccccaca 28294985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 753
Target Start/End: Original strand, 28304441 - 28305179
Alignment:
Q  15 cccaaaactgtacacatccgactctttgctagccttacctgtacttatatattcgggagccaaatagcttaaggttccggcaaccactgttgtttggggt 114  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||| || ||| | |||||||| | |||||| ||||| | |||||  || |||||||| | | | || ||||| ||     
T  28304441 cccaaaactataaacatctgactctttactcgcccttcctgtactcacatattctggagctagatagccgaatgttccggccagccccgtcgtttgaggc 28304540  T
Q  115 ccaatctcatggtccattagtttagccaacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaa 214  Q
    ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  28304541 ccaagttcatggtccattaatttagccaacccaaaatcaccaagcttaacattaaaacttgaatctagcataacattacttgatttaatatccctatgta 28304640  T
Q  215 ccacacacctctcccattcttcatgtagataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttcc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||| | ||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
T  28304641 ccacacacctctcccattcttcatgtagatacagcaaaccagaggccaatccaagagttattttgtgccttacaccccaagaaagaggtgttcttttacc 28304740  T
Q  315 gaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccga 414  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  28304741 aaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaataagtagaaactcacctttgtcatggcaccagcctaagagcttcacaagattccta 28304840  T
Q  415 tgtctcagctggctaataactttcacttcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgat 514  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||  ||    
T  28304841 tgtctcagttgactaataactttaacttcagttacatactctttctttccttgtcttgaccctctggatattttcttcacagcaacttgtaaatctaaat 28304940  T
Q  515 caaaaaagtaacctttataaactgctccaaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaa 614  Q
    ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |  | ||| |||||||| || || |||||||||| |||||||||    
T  28304941 cagcaaagtaacctttaaaaactgctccaaaaccaccttgacccaactttctatccttagaaaagttattggttgccaactcaagttctttgtaggtaaa 28305040  T
Q  615 cctccttggccctgctcctctttcaaggtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctccaaagt 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||   |||    
T  28305041 cctccttggccctgctcctctttcaaggtcatcattcattgaagtcaaatgcatagcctcttccttttgcttttcacttctctttcttttcctctttagt 28305140  T
Q  715 aatgcatatattgccagtgctcccactcccataactaca 753  Q
    | | |||||  | ||| |||||||||||| |||| ||||    
T  28305141 attacatatgctaccaatgctcccactcctataattaca 28305179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 28279452 - 28278702
Alignment:
Q  10 acaaccccaaaactgtacacatccgactctttgctagccttacctgtacttatatattcgggagccaaatagcttaaggttccggcaaccactgttgttt 109  Q
    ||||||||||| || || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||    
T  28279452 acaaccccaaagctatagacatcagattctttgctagccttacctgtacttatatattctggagccaaatatcctaaggttccagcaatcactgttgttt 28279353  T
Q  110 ggggtccaatctcatggtccattagtttagccaacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctct 209  Q
    | || |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||    
T  28279352 gaggcccaagctcatggtctattaatttagccaacccaaaatcaccaagcttgacattgaaactagaatctaacataacattacttgatttaatatccct 28279253  T
Q  210 atgaaccacacacctctcccattcttcatgtagataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctt 309  Q
    ||| ||||||||  | |||||||||||||||| |||||| || ||| | |||||| |||| |||||||| || |||| |||||||||||||||| | |||    
T  28279252 atgtaccacacatttttcccattcttcatgtaaataaagcacaccagatgccaattcaagtgctattttgtgccttagactccaagaaagaggtattctt 28279153  T
Q  310 tttccgaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagat 409  Q
    || || |||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  28279152 ttaccaaataaatgagaatccaggctaccgttaggcataaactcataaacaagaagaaactcacctttttcatggcaccaacctaacaacttcacaagat 28279053  T
Q  410 tccgatgtctcagctggctaataactttcacttcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatc 509  Q
    |||| |||||||   ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||  | |||||||||||||||||||| | ||||||    
T  28279052 tccggtgtctcaatgggctaatgactttaacttcagtaacatactctttcttcccttgtctagatcccttcgatattttcttcacagcaaccggtaaatc 28278953  T
Q  510 ttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctccaaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtag 609  Q
    | |||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||    |  || ||||| || ||||||| |||||||| ||||    
T  28278952 tggatcaaaaaagttacctttatatacagctccaaacccaccttgacccaactttctatccctagagaagttattagtggctaaattaagttctttgtag 28278853  T
Q  610 gtaaacctccttggccctgctcctctttcaaggtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctcc 709  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||   |||||  ||||||||||||| |||  ||||| ||||||||| | || ||||    
T  28278852 gtgaacctccttggccctgctcctctttcaagatcgtcattcattgaagttaaactcatagcctcttccttttctttttttcttctctttgtctttctcc 28278753  T
Q  710 aaagtaatgcatatattgccagtgctcccactcccataactacaatcccac 760  Q
    ||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  28278752 aaagtaatgcatatgctgcaattgctcccactcccactactacaaccccac 28278702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 316 - 398
Target Start/End: Original strand, 28342037 - 28342119
Alignment:
Q  316 aataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagag 398  Q
    |||| |||| |||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||| || ||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  28342037 aatagatgataatcaagacttccattaggcatgtattcataaacaagtaaaagctcacttttttcatgacaccaacctaagag 28342119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 145 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 43363761 - 43363692
Alignment:
Q  145 ccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaa 214  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| | ||||  | |||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  43363761 ccaaagtcaccaagcttagcattgaaatttgaatacaacataacattacttgattttatatccctatgaa 43363692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University