View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13271_low_2 (Length: 1111)

Name: NF13271_low_2
Description: NF13271
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13271_low_2
NF13271_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-1101)||(33170301-33171400)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (872-1080)||(25355778-25355986)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 965; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 965; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1101
Target Start/End: Original strand, 33170301 - 33171400
Alignment:
Q  20 gtacaagcatactctaaactaaacagcatcaaatcacaactcaatacatagtat--------atactctaaacttaatagcatcaaatcatataatattg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33170301 gtacaagcatactctaaactaaacagcatcaaatcacaactcaatacatagtatgtacaagcatactctaaacttaatagcatcaaatcatataatattg 33170400  T
Q  112 cctcttgctgctacacaacattaagtttcgtttatacacataacatatagattcaaccaaaatttgaacatctgttctgtaaagttgaaactgaag---t 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  33170401 cctcttgctgctacacaacattaagtttcgtttatacacataacatatagattcaaccaaaatttgaacatctgttctgtaaagttgaaactgaagaagt 33170500  T
Q  209 atcgtaagcaggtatccggctcttcctctaaggagtaatcctaggtgacctcatggaatcgaatggacgagaagtccagagagaacaaatagtacgaagg 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33170501 atcgtaagcaggtatccggctcttcctctaaggagtaatcctaggtgacctcatggaatcgaatggacgagaagtccagagagaacaaatagtacgaagg 33170600  T
Q  309 cgatgaaagtattccccaagagcaatcaagcccctagcagcttggtgtgtagacaggatgcgggacatgtgtatcagagtttgctgcctgagatgatctg 408  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33170601 cgatgaaagtattcccctagagcaatcaagcccctagcagcttggtgcgtagacaggatgcgggacatgtgtatcagagtttgctgcctgagatgatctg 33170700  T
Q  409 cctgtggacaacacaaatcattcacaatgtatcaaattgaataatgtaatgatgagtaagggtctagttatagtttgaacaccaggacttaggacaaaag 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33170701 cctgtggacaacacaaatcattcacaatgtatcaaattgaataatgtaatgatgagtaagggtctagttatagtttgaacaccaggacttaggataaaag 33170800  T
Q  509 agtggcattagaaaattcctagttgattcaaatttcttggtgttacattacctggattacaaaaccttctagtccctcaaatttgtctatagcaatagcc 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33170801 agtggcattagaaaattcctagttgattcagatttcttggtgttacattacctggattacaaaaccttctagtccctcaaatttgtctatagcaatagcc 33170900  T
Q  609 atctgaattccatgatttgctgcatttaatggaacaaatgccatgtcttggaccagactctcctggagtttatttagtccttgtgaaagagcatcttcgg 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33170901 atctgaattccatgatttgctgcatttaatggaacaaatgccatgtcttggaccagactctcctggagtttatttagtccttgtgaaagagcatcttcgg 33171000  T
Q  709 cttgctgagacgacaggtgaagttttttaatgctaaacatctgttcatcagacaaaggctcaagttgtggcacaatgagctgtagcagnnnnnnnnncta 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||    
T  33171001 cttgctgagacgacaggtgaagttttttgatgctaaacatctgttcatcagacaaaggctcaagttgtggcacaatgagctgtagcag-aaaaaaaacta 33171099  T
Q  809 ataatggttagtgattcgttgaggt--------taccgacttttaatctaattcgctattaagatcagatttgtacatttagaagctgggatgggcgaga 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  33171100 ataatggttagtgattcgttgaggtttcgagagtaccgacttttaatctaatttgctattaagatcagatttgtacatttagaagctgtgatggccgaga 33171199  T
Q  901 tcctccgatccataggaaaagtcgctctacggatggtttccacacaccggagattaaatagaggggatcagcctttgcagcatccgttttcattctgaaa 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33171200 tcctccgatccataggaaaagtcgctctacggatggtttccacacaccggagattaaatagaggggatcagcctttgcagcatccgttttcattctgaaa 33171299  T
Q  1001 agatccgagtaatgattcaagacactctgaacaactagacggagctgcacttcggacgcattagtttgaaatgcatttctgagctcttcattccgcctat 1100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33171300 agatccgagtaatgattcaagacactctgaacaactagacggagctgcacttcggacgcattagtttgaaatgcatttctgagctcttcattccgcctat 33171399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 8e-21; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 872 - 1080
Target Start/End: Original strand, 25355778 - 25355986
Alignment:
Q  872 tgtacatttagaagctgggatgggcgagatcctccgatccataggaaaagtcgctctacggatggtttccacacaccggagattaaatagaggggatcag 971  Q
    |||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || || || | || |||||| || || |||||||||||||    |||||    
T  25355778 tgtacatttagaatttgtgatggacgagatcctccgatccaaagaaaaaggcgttcgaccggtgatttccatacgccagagattaaatagaaaacatcag 25355877  T
Q  972 cctttgcagcatccgttttcattctgaaaagatccgagtaatgattcaagacactctgaacaactagacggagctgcacttcggacgcattagtttgaaa 1071  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||||  ||||| || ||||||  ||||| ||||| |||| | || || |  || || ||||||||||| ||    
T  25355878 cctttgcagcttcagctttcattctgaaaagatttgagtattggttcaagctactctcaacaagtagatgaagttgtatatcagatgcattagtttgcaa 25355977  T
Q  1072 tgcatttct 1080  Q
    |||||||||    
T  25355978 tgcatttct 25355986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University